genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54448068--54448183	27	4.3	27	79	6	83	40	18	8	31	1.81
54448163--54448518	27	13.2	27	84	5	400	30	21	8	39	1.84
54448163--54448518	81	4.4	81	85	4	452	30	21	8	39	1.84
54448998--54449070	31	2.4	31	90	0	110	19	19	13	47	1.82
54448998--54449091	6	15.3	6	70	16	68	19	17	14	48	1.81
54457155--54457190	19	1.9	18	88	5	54	44	16	0	38	1.48
54464354--54464539	80	2.3	82	83	5	229	27	26	20	24	1.99
54464354--54464483	40	3.2	40	94	2	217	28	27	19	24	1.98
54466910--54467131	40	5.6	40	84	5	272	25	21	28	25	1.99
54466981--54467154	80	2.2	79	83	6	210	26	21	27	24	1.99
54478148--54478416	49	5.6	49	88	3	422	30	9	30	28	1.89
54478148--54478416	47	5.6	47	88	3	412	30	9	30	28	1.89
54478167--54478416	96	2.6	95	93	1	410	31	8	30	29	1.87
54479756--54479957	40	5.1	40	80	7	218	25	27	21	25	1.99
54483634--54483822	43	4.4	43	98	0	369	23	14	34	26	1.94
54483804--54483877	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
54484186--54484446	40	6.5	40	81	5	280	24	22	27	25	2.00
54487921--54488361	49	9.1	49	88	5	630	31	9	30	28	1.88
54487924--54488361	96	4.5	96	94	2	671	31	9	30	28	1.88
54487924--54488361	191	2.2	192	90	3	671	31	9	30	28	1.88
54493402--54493452	27	1.9	26	84	4	66	37	17	27	17	1.93
54493707--54493740	18	2.0	18	88	11	54	5	38	29	26	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54495132--54495202	37	1.9	37	100	0	142	47	12	22	16	1.80
54497018--54497046	14	2.0	15	93	6	51	55	20	0	24	1.44
54504218--54504402	40	4.6	40	81	3	219	23	27	23	24	2.00
54504182--54504402	80	2.8	80	82	6	227	24	26	23	25	2.00
54510983--54511106	63	2.0	62	96	1	230	32	25	23	19	1.98
54512446--54512630	40	4.6	40	82	3	228	23	27	24	24	2.00
54512410--54512630	80	2.8	80	83	6	236	23	26	23	25	2.00
54519198--54519321	63	2.0	62	96	1	230	32	25	23	19	1.98
54520656--54520840	40	4.6	40	80	3	219	23	27	23	24	2.00
54520621--54520840	80	2.8	81	80	9	231	24	26	23	25	2.00
54533646--54533830	40	4.6	40	78	8	196	25	23	27	24	2.00
54543059--54543213	42	3.7	42	78	3	168	28	16	25	29	1.96
54543728--54543756	15	2.0	15	93	6	51	24	13	20	41	1.89
54552938--54553005	30	2.3	28	80	12	66	19	13	2	64	1.40
54560593--54560851	27	9.6	27	78	7	190	40	23	6	29	1.80
54560700--54560853	81	1.9	80	85	6	213	42	24	5	27	1.77
54560727--54560897	27	6.4	27	78	8	91	39	20	11	28	1.87
54561421--54561528	27	4.0	27	84	5	121	17	21	22	38	1.93
54561421--54561524	54	1.9	53	84	1	136	18	21	21	39	1.93
54561647--54561777	6	21.3	6	69	16	81	19	16	12	51	1.76
54561650--54561714	25	2.6	25	87	0	76	20	16	13	49	1.80
54561790--54561854	34	2.0	32	82	14	80	23	18	27	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54568968--54569105	6	22.8	6	75	15	124	49	13	16	21	1.79
54568968--54569130	30	5.4	30	87	5	220	47	12	17	21	1.81
54568992--54569130	61	2.3	58	90	7	206	46	12	18	21	1.82
54569248--54569313	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
54569248--54569321	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
54569272--54569329	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
54569635--54569714	27	3.0	26	88	3	106	36	21	22	20	1.95
54569913--54570108	27	7.3	27	85	0	230	25	18	19	36	1.95
54569913--54570108	54	3.6	54	85	2	259	25	18	19	36	1.95
54570113--54570333	27	8.2	27	81	7	252	40	9	21	28	1.84
54570118--54570330	54	3.9	54	85	6	279	40	8	21	28	1.83
54570113--54570333	81	2.7	81	84	4	295	40	9	21	28	1.84
54573957--54574128	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
54573959--54574181	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
54573957--54574181	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
54574113--54574190	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
54580419--54580475	23	2.5	23	83	8	73	21	19	21	38	1.93
54582404--54582437	18	1.9	17	88	5	50	52	14	11	20	1.73
54582425--54582501	6	12.3	6	74	17	68	48	15	18	18	1.82
54582425--54582501	31	2.5	31	91	2	118	48	15	18	18	1.82
54582638--54582739	27	3.8	26	85	5	123	36	20	23	19	1.95
54582871--54582935	22	3.0	22	75	8	69	33	21	23	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54583360--54583877	81	6.4	80	86	3	603	26	19	20	34	1.96
54583360--54583823	27	17.3	27	89	0	617	25	20	19	33	1.97
54583359--54583906	54	10.2	54	86	3	381	25	18	20	35	1.95
54583809--54584149	54	6.3	54	75	2	211	33	7	20	38	1.82
54583809--54583974	81	2.0	81	80	2	181	30	6	22	39	1.80
54583809--54584152	27	12.8	26	77	8	156	33	8	20	38	1.82
54585038--54585094	23	2.5	23	83	8	73	21	19	21	38	1.93
54587024--54587057	18	1.9	17	88	5	50	52	14	11	20	1.73
54587045--54587121	6	12.3	6	74	17	68	48	15	18	18	1.82
54587045--54587121	31	2.5	31	91	2	118	48	15	18	18	1.82
54587258--54587359	27	3.8	26	85	5	123	36	20	23	19	1.95
54587491--54587555	22	3.0	22	75	8	69	33	21	23	21	1.97
54588008--54588497	81	6.1	80	87	3	624	25	19	20	34	1.96
54588008--54588443	27	16.1	27	91	0	638	25	20	19	33	1.97
54588429--54588981	27	20.6	27	77	7	319	32	8	20	38	1.82
54588008--54588497	54	9.1	54	89	1	581	25	19	20	34	1.96
54588429--54588981	54	10.3	54	75	4	363	32	8	20	38	1.82
54588429--54588981	81	6.9	81	73	6	358	32	8	20	38	1.82
54591101--54591136	18	2.0	18	94	0	63	11	11	25	52	1.69
54601209--54601268	23	2.7	22	82	5	84	25	21	18	35	1.96
54608047--54608149	29	3.6	29	80	3	111	26	16	33	24	1.96
54614455--54614554	29	3.5	29	80	1	85	29	13	32	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54614475--54614568	29	3.3	28	75	7	82	29	12	30	26	1.93
54618069--54618142	14	5.2	14	76	9	60	48	22	1	27	1.59
54618070--54618138	21	3.2	21	76	10	77	47	24	1	26	1.60
54618613--54618641	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
54618883--54619043	74	2.2	73	80	9	168	36	19	11	31	1.88
54619762--54619806	21	2.1	21	95	0	81	26	6	31	35	1.82
54620294--54620371	39	2.0	38	92	2	129	39	15	3	41	1.65
54622852--54622905	19	2.8	19	75	10	56	46	0	1	51	1.11
54622858--54622934	25	3.2	25	76	10	97	45	0	3	50	1.20
54622857--54622965	47	2.4	46	89	4	168	46	0	2	50	1.15
54622851--54622970	20	5.7	20	72	15	91	47	0	2	50	1.14
54623246--54623310	9	7.2	9	89	0	85	46	24	0	29	1.53
54623246--54623348	18	5.8	18	79	7	95	46	21	0	32	1.52
54623246--54623317	27	2.7	27	91	4	112	47	23	0	29	1.52
54625445--54625670	84	2.7	84	92	0	362	29	16	27	26	1.97
54625543--54625681	43	3.3	44	70	10	128	28	17	27	25	1.98
54625509--54625639	41	3.1	41	65	12	104	28	18	29	24	1.98
54625518--54625649	42	3.1	42	65	12	108	28	18	28	24	1.98
54632455--54632483	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
54647466--54647727	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
54655481--54655742	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
54661055--54661126	36	2.0	35	97	2	135	50	25	2	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54661416--54661564	44	3.5	43	74	10	133	29	24	17	28	1.97
54664750--54664967	46	4.7	44	71	13	125	31	20	25	22	1.98
54666636--54666866	48	4.8	48	86	1	311	26	31	17	24	1.97
54671724--54671772	24	2.0	24	92	0	80	24	16	32	26	1.96
54677428--54677514	28	3.1	28	90	3	129	28	14	26	29	1.95
54683611--54683658	15	3.3	15	82	5	62	25	2	22	50	1.60
54696863--54696911	15	3.3	15	82	0	71	18	6	28	46	1.72
54704396--54704437	20	2.1	20	100	0	84	45	9	4	40	1.58
54712671--54712697	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
54729938--54730110	39	4.4	39	88	2	204	25	30	24	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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