genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84662731--84662902	79	2.2	80	87	5	242	25	27	20	26	1.99
84662731--84662909	40	4.5	40	90	4	231	25	27	20	26	1.99
84662757--84662941	40	4.7	40	84	8	148	25	25	20	27	1.99
84662759--84662954	79	2.5	79	82	9	222	25	26	21	26	1.99
84680956--84681146	40	4.8	40	91	2	305	23	23	29	24	1.99
84680952--84681146	79	2.5	80	88	5	313	24	22	28	24	1.99
84686074--84686121	22	2.2	21	77	3	51	56	0	6	37	1.25
84692876--84692919	17	2.6	16	82	10	61	27	29	20	22	1.99
84694307--84694562	43	6.0	43	81	5	295	27	15	26	31	1.96
84694304--84694562	129	2.0	129	90	0	410	27	15	25	31	1.96
84696566--84696605	21	1.9	20	90	10	62	62	7	0	30	1.23
84696726--84696806	41	2.0	41	95	0	144	48	7	2	41	1.44
84696890--84696952	30	2.0	31	82	11	76	46	4	4	44	1.45
84700227--84700282	25	2.3	24	77	19	62	53	0	1	44	1.11
84705063--84705102	21	1.9	21	89	0	62	35	17	2	45	1.62
84713141--84713193	26	2.0	26	82	7	63	22	16	20	39	1.92
84714440--84714545	24	4.4	24	82	1	131	19	34	4	40	1.73
84714481--84714545	12	5.4	12	70	7	51	20	40	1	38	1.62
84722672--84723719	270	3.9	269	97	1	1975	46	6	8	39	1.58
84722672--84723719	537	2.0	535	97	1	1985	46	6	8	39	1.58
84725739--84725797	30	2.0	29	86	3	82	38	0	11	49	1.40
84725761--84725895	34	4.0	34	75	19	115	40	0	14	44	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84725952--84726471	124	4.2	125	80	6	511	37	16	15	30	1.90
84727165--84727205	5	8.4	5	94	5	75	21	0	0	78	0.76
84727165--84727205	14	2.9	14	96	3	73	21	0	0	78	0.76
84732175--84732352	40	4.5	40	88	3	227	22	23	28	25	1.99
84746696--84746771	38	2.0	38	97	0	143	31	11	23	32	1.91
84747960--84748104	40	3.6	40	85	4	184	26	24	25	23	2.00
84750351--84750528	40	4.5	40	88	3	227	22	23	28	25	1.99
84784023--84784065	18	2.4	18	84	3	61	48	6	23	20	1.73
84785509--84785631	25	5.0	25	73	9	83	18	22	21	37	1.94
84794890--84794934	23	2.0	23	90	0	72	8	15	31	44	1.77
84794948--84795008	26	2.4	25	81	10	70	16	21	21	40	1.91
84794970--84795040	26	2.8	26	82	2	90	21	23	16	38	1.93
84794970--84795106	25	5.5	25	72	12	95	21	21	18	37	1.94
84809692--84809780	34	2.6	34	77	10	83	29	21	22	26	1.99
84810634--84810686	26	2.1	26	80	16	67	69	1	1	26	1.09
84813053--84813103	19	2.5	21	81	15	70	43	11	5	39	1.66
84813063--84813103	19	2.2	19	100	0	82	46	9	4	39	1.58
84819413--84819467	16	3.7	16	74	18	64	10	18	14	56	1.67
84819413--84819478	28	2.3	28	94	2	114	10	19	12	57	1.63
84823008--84823183	46	3.8	46	76	12	189	22	21	27	28	1.99
84823004--84823174	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	27	1.99
84827686--84827874	43	4.4	42	87	2	243	31	15	19	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84827686--84827872	86	2.2	86	89	3	279	31	15	19	33	1.93
84833223--84833305	31	2.7	31	94	3	143	27	26	15	30	1.96
84833513--84833755	26	9.3	26	83	3	294	28	23	21	26	1.99
84833526--84833755	53	4.4	52	88	2	327	28	23	22	25	1.99
84834556--84834639	27	3.1	27	85	0	123	21	26	20	32	1.98
84834701--84834835	27	4.9	27	78	10	103	31	8	18	41	1.81
84834763--84834849	27	3.2	25	75	10	75	27	9	21	41	1.84
84834839--84835208	54	6.7	54	79	8	329	39	10	22	27	1.86
84834839--84834893	27	2.0	27	92	0	92	40	9	23	27	1.85
84834801--84834982	89	2.0	89	98	0	355	35	11	19	34	1.88
84834928--84835208	27	10.4	27	88	3	352	40	9	23	25	1.85
84835188--84835361	27	6.4	27	74	5	113	32	10	18	39	1.84
84835213--84835356	54	2.7	54	79	3	166	31	11	18	38	1.85
84835188--84835362	80	2.2	81	84	2	217	32	10	18	38	1.85
84837202--84837361	46	3.5	44	76	10	135	22	30	19	28	1.98
84838142--84838192	25	2.0	25	96	0	93	50	19	7	21	1.72
84843957--84844212	40	6.5	40	90	4	403	24	20	27	27	1.99
84843962--84844212	78	3.2	80	91	2	409	23	21	27	27	1.99
84843957--84844233	118	2.3	119	91	3	454	24	21	27	27	1.99
84856874--84856909	18	2.0	18	100	0	72	33	16	16	33	1.92
84862949--84863018	34	2.1	34	97	0	131	37	24	4	34	1.75
84873279--84873376	6	18.2	5	74	19	74	18	6	1	74	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84873279--84873353	21	3.5	20	82	12	80	16	6	1	76	1.07
84873279--84873371	41	2.4	37	81	16	102	18	6	1	74	1.09
84873282--84873325	15	2.9	15	78	21	56	15	6	0	77	0.97
84873316--84873376	17	3.6	16	76	12	59	18	4	1	75	1.06
84880317--84880357	13	3.2	13	89	0	64	19	26	31	21	1.97
84888931--84889152	39	5.6	39	86	5	245	23	23	28	24	2.00
84888931--84889154	40	5.7	40	85	6	271	23	23	28	24	1.99
84888931--84889152	79	2.8	79	84	8	279	23	23	28	24	2.00
84888984--84889187	79	2.6	79	83	6	211	25	22	28	24	1.99
84903001--84903078	6	12.8	6	76	12	70	15	3	1	79	0.94
84903007--84903056	5	9.8	5	80	20	59	18	2	0	80	0.82
84903007--84903078	25	2.9	25	87	8	94	15	4	1	79	0.96
84905800--84905949	27	5.6	26	81	6	149	27	15	28	29	1.96
84905800--84905949	54	2.8	53	81	7	167	27	15	28	29	1.96
84905801--84905949	81	1.8	81	86	2	219	26	15	28	29	1.96
84918172--84918249	39	2.0	39	97	0	147	32	7	17	42	1.78
84922711--84922887	27	6.6	27	79	5	151	28	29	16	25	1.97
84922711--84922887	55	3.3	54	81	4	196	28	29	16	25	1.97
84930696--84930873	27	6.6	27	80	3	160	28	29	16	25	1.97
84930717--84930872	82	1.9	81	84	3	206	28	29	16	25	1.97
84942733--84942815	9	8.9	9	83	7	103	24	1	19	55	1.50
84944705--84944887	79	2.3	81	83	7	223	23	22	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84944706--84944889	40	4.6	40	82	9	207	23	22	28	25	1.99
84944762--84944922	79	2.0	79	83	7	202	25	20	27	26	1.99
84954047--84954081	12	2.9	12	91	0	52	48	8	17	25	1.75
84954594--84954906	27	12.0	27	78	11	305	23	22	18	35	1.96
84954595--84954913	53	6.1	54	76	13	301	24	21	17	35	1.95
84954813--84954849	19	1.9	19	100	0	74	27	27	16	29	1.97
84954782--84954878	46	2.1	45	86	1	131	25	21	18	34	1.96
84954734--84954913	99	1.8	98	90	3	290	24	21	18	35	1.95
84954757--84954906	72	2.1	72	83	5	187	24	22	19	34	1.96
84954965--84955023	27	2.2	27	90	6	93	33	10	16	38	1.83
84954992--84955263	53	5.1	52	80	10	239	30	9	19	40	1.84
84954966--84955263	104	2.8	104	80	6	235	31	9	19	39	1.84
84955032--84955263	27	8.7	27	84	7	262	30	9	20	40	1.83
84956682--84956734	19	2.8	19	82	0	61	45	13	20	20	1.84
84956856--84956973	27	4.5	26	84	7	148	37	22	25	15	1.93
84956856--84956976	54	2.3	54	86	2	174	37	21	24	16	1.94
84956868--84956996	27	4.6	30	75	16	93	34	21	26	17	1.95
84957241--84957533	27	11.0	27	86	1	371	24	21	19	34	1.96
84957524--84957825	27	11.3	27	79	9	118	32	8	20	38	1.84
84957495--84957774	81	3.5	80	79	4	208	31	10	20	37	1.86
84957561--84957888	27	12.3	27	84	3	342	30	9	20	39	1.84
84959055--84959099	23	2.0	23	82	8	56	15	2	4	77	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84959229--84959373	69	2.1	69	94	1	254	31	10	19	38	1.85
84959427--84959469	21	2.0	21	100	0	86	18	0	9	72	1.11
84963093--84963129	16	2.3	17	86	9	51	56	0	37	5	1.22
84967773--84967936	43	3.8	43	88	2	249	25	18	33	23	1.97
84973963--84974079	9	12.3	9	73	10	99	31	0	22	45	1.58
84973998--84974073	39	1.9	39	94	0	134	31	0	21	47	1.51
84973965--84974077	57	2.0	57	85	0	154	30	0	23	46	1.58
84974104--84974967	242	3.6	242	98	0	1676	32	14	17	34	1.90
84978108--84978139	13	2.5	13	95	5	57	34	0	40	25	1.56
84978575--84978608	18	2.0	18	88	11	54	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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