genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82823868--82824114	132	1.9	132	83	1	325	27	17	27	28	1.97
82831607--82831742	48	2.8	48	83	2	166	28	19	27	25	1.98
82831694--82831918	90	2.5	90	75	8	217	26	18	27	27	1.98
82834025--82834238	47	4.5	47	89	3	304	28	30	8	32	1.87
82837072--82837147	29	2.6	31	79	10	88	30	30	15	23	1.96
82837039--82837147	57	1.9	58	86	1	157	29	28	18	23	1.98
82837359--82837706	40	8.7	40	89	1	511	25	28	22	24	1.99
82837638--82837702	23	3.1	23	62	25	61	20	29	26	24	1.99
82839933--82840146	47	4.5	47	89	3	304	28	30	8	32	1.87
82843775--82844208	50	8.6	50	77	3	404	25	17	25	30	1.98
82843821--82844209	151	2.6	151	88	0	580	25	17	26	30	1.98
82843827--82844208	101	3.8	100	77	3	318	25	18	26	29	1.98
82844777--82845142	180	2.0	179	85	4	497	37	9	18	34	1.83
82846040--82846139	42	2.4	42	98	1	193	18	27	30	25	1.98
82847611--82847706	28	3.4	28	97	0	183	16	44	20	17	1.86
82848728--82849105	48	7.9	48	78	5	361	24	27	19	28	1.99
82848727--82849106	96	4.0	97	86	2	482	24	27	19	28	1.99
82848727--82849106	144	2.6	143	81	4	406	24	27	19	28	1.99
82851745--82851783	21	1.9	21	89	5	62	23	30	35	10	1.88
82852913--82853183	46	5.8	48	80	9	224	23	28	18	29	1.98
82853010--82853182	94	1.9	92	85	7	242	22	30	19	27	1.98
82855995--82856026	12	2.8	12	95	4	57	37	25	9	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82860723--82860752	14	2.1	14	93	0	51	16	26	33	23	1.96
82860745--82860874	47	2.8	45	83	11	156	23	30	16	30	1.96
82862448--82862625	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
82862469--82862624	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
82870526--82870703	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
82870547--82870702	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
82875391--82875429	20	2.0	20	89	0	60	33	10	12	43	1.77
82879009--82879096	31	2.9	31	82	1	106	47	1	2	48	1.21
82880262--82880310	24	2.0	24	84	7	64	10	20	32	36	1.86
82883198--82883275	38	2.1	38	100	0	156	57	7	5	29	1.48
82887236--82887284	25	2.0	25	100	0	98	32	18	12	36	1.88
82888005--82888144	71	2.0	71	91	0	226	28	9	25	36	1.87
82890724--82890931	28	7.6	27	94	2	326	31	28	13	26	1.94
82890724--82890931	55	3.8	55	93	1	344	31	28	13	26	1.94
82890724--82890956	83	2.8	83	91	2	360	31	29	13	25	1.94
82904841--82904920	41	1.9	42	85	7	110	21	27	25	26	1.99
82905627--82905665	6	6.5	6	87	0	51	51	5	17	25	1.66
82905627--82905671	18	2.5	18	92	0	72	48	6	20	24	1.73
82906519--82906580	15	3.9	15	73	10	52	6	22	3	67	1.28
82906639--82906672	17	2.0	17	100	0	68	64	5	11	17	1.45
82908578--82908621	19	2.2	20	84	4	54	34	25	20	20	1.97
82914728--82914835	42	2.5	41	82	7	126	31	28	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82916511--82916563	27	2.0	27	85	7	72	33	3	0	62	1.13
82917497--82917563	33	2.0	33	82	5	82	32	10	14	41	1.80
82919624--82919735	27	4.2	26	85	7	143	36	23	24	16	1.94
82919624--82919735	54	2.1	54	89	3	172	36	23	24	16	1.94
82921348--82921457	26	4.2	26	96	0	175	37	23	5	33	1.78
82922786--82922824	20	2.0	20	89	0	60	12	17	15	53	1.72
82925000--82925042	16	2.7	16	85	0	50	41	2	2	53	1.26
82927039--82927091	16	3.4	16	73	5	54	35	0	5	58	1.22
82927292--82927325	17	1.9	17	88	5	50	67	2	0	29	1.05
82927269--82927331	30	2.1	30	82	11	76	66	1	1	30	1.10
82929052--82929214	87	1.9	86	92	1	272	38	22	12	25	1.90
82944992--82945059	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
82944882--82945207	173	1.9	173	92	1	555	30	24	14	30	1.94
82945160--82945238	29	2.7	27	86	9	104	27	29	16	26	1.97
82953770--82953805	4	8.8	4	87	6	54	72	0	0	27	0.85
82954393--82954426	5	7.0	5	86	6	52	23	0	0	76	0.79
82954393--82954426	14	2.3	15	95	5	61	23	0	0	76	0.79
82956975--82957036	22	2.8	22	77	0	70	17	27	25	29	1.98
82964181--82964287	23	4.7	23	71	18	64	40	17	18	23	1.91
82964198--82964287	23	3.9	23	80	0	108	42	17	18	21	1.90
82974104--82974167	34	1.9	33	87	3	92	31	25	23	20	1.98
82990683--82990761	29	2.7	27	86	9	104	26	16	29	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82990714--82991040	173	1.9	174	93	0	566	30	14	24	31	1.94
82994080--82994116	19	1.9	19	100	0	74	16	16	16	51	1.77
83011058--83011285	40	5.7	40	97	0	420	31	20	27	21	1.98
83014923--83014960	18	2.2	18	86	9	53	68	0	7	23	1.16
83019775--83019807	11	3.1	11	91	4	50	42	3	0	54	1.15
83019982--83020007	13	2.0	13	100	0	52	92	0	7	0	0.39
83025774--83025844	34	2.1	34	81	0	79	25	11	25	38	1.89
83027727--83027752	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
83030333--83030425	42	2.2	42	79	7	109	31	22	16	30	1.95
83031512--83031537	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
83032924--83033043	44	2.7	44	79	3	116	28	19	19	33	1.96
83033074--83033186	51	2.2	52	90	3	176	31	13	16	38	1.88
83032963--83033918	44	20.8	45	71	11	326	29	18	17	34	1.94
83033192--83033369	96	1.9	96	83	1	232	30	20	17	31	1.95
83033391--83033915	233	2.3	232	83	2	631	29	17	18	33	1.94
83033785--83033920	45	3.0	44	83	5	175	30	17	15	36	1.91
83036972--83037000	12	2.3	13	94	5	51	58	13	6	20	1.58
83037835--83037955	43	2.8	42	78	10	138	30	14	23	31	1.95
83047148--83047284	48	2.9	48	98	0	265	29	30	6	32	1.83
83051728--83051753	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
83051912--83051965	4	13.8	4	80	3	56	68	1	5	24	1.21
83056059--83056147	29	3.1	29	86	1	117	23	12	31	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83062266--83062524	46	5.5	45	75	14	195	28	16	31	23	1.96
83072789--83073151	47	7.7	48	71	17	210	26	18	31	23	1.98
83072789--83073151	46	7.7	48	75	11	256	26	18	31	23	1.98
83072789--83073151	94	3.8	97	74	13	269	26	18	31	23	1.98
83078274--83078320	20	2.3	20	78	10	51	21	8	8	61	1.51
83079811--83080036	40	5.7	40	86	4	206	27	27	20	23	1.99
83079811--83080036	80	2.8	80	85	4	287	27	27	20	23	1.99
83079813--83080036	120	1.9	120	82	3	281	27	27	20	24	1.99
83103435--83103577	38	3.7	38	79	3	171	32	30	20	16	1.95
83112513--83112676	46	3.6	44	80	9	172	24	29	17	28	1.97
83124649--83124841	40	4.8	40	88	3	255	25	28	21	24	1.99
83128908--83129083	28	6.3	28	91	2	239	25	12	27	34	1.92
83136386--83136465	30	2.7	30	82	0	115	21	23	11	43	1.84
83139938--83140070	27	4.9	27	77	1	97	31	22	12	33	1.92
83141748--83141802	27	2.0	27	100	0	110	21	7	18	52	1.69
83147702--83147885	67	2.8	64	77	8	194	28	16	30	23	1.96
83150248--83150419	93	1.8	93	92	0	290	27	28	22	22	1.99
83150240--83150415	46	3.8	46	79	10	205	28	27	21	22	1.99
83152814--83152869	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
83155822--83155997	46	3.8	46	74	12	162	31	27	19	22	1.98
83155831--83156001	93	1.8	93	87	0	252	30	28	19	22	1.98
83160460--83160643	67	2.8	64	77	8	194	28	16	30	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83163202--83163239	19	2.0	19	100	0	76	36	5	15	42	1.70
83165935--83165959	13	1.9	13	100	0	50	16	36	32	16	1.90
83183853--83184196	47	7.3	47	89	1	526	26	28	9	35	1.87
83189697--83189758	7	9.0	7	77	8	65	43	30	0	25	1.55
83189710--83189785	27	2.8	26	77	18	75	40	28	1	28	1.65
83202864--83202894	14	2.2	14	94	0	53	41	35	19	3	1.67
83203227--83203716	242	2.0	242	94	0	854	37	26	8	28	1.85
83205579--83205822	49	4.9	49	84	2	290	29	27	18	25	1.98
83205579--83205822	101	2.5	98	84	2	308	29	27	18	25	1.98
83213749--83213996	40	6.2	40	89	3	349	27	28	21	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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