genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67805328--67805510	39	4.6	39	82	4	208	25	27	21	25	2.00
67805328--67805510	79	2.3	80	83	5	212	25	27	21	25	2.00
67812276--67812445	27	6.3	27	80	0	178	25	22	16	34	1.95
67812291--67812444	81	1.9	81	86	2	220	24	21	18	35	1.95
67816051--67816137	44	2.0	44	95	0	156	18	19	29	32	1.96
67832884--67833064	40	4.6	40	78	7	172	25	25	24	24	2.00
67834567--67834615	24	2.0	24	100	0	98	51	16	4	28	1.63
67840887--67841031	40	3.6	40	83	6	168	24	26	24	24	2.00
67846545--67846617	36	2.0	36	94	0	128	39	9	15	35	1.80
67847452--67847547	34	2.8	34	93	0	165	23	25	22	28	2.00
67849227--67849294	27	2.6	27	83	6	77	30	29	19	20	1.97
67849694--67849752	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
67849899--67850018	41	3.0	41	93	1	206	25	31	22	20	1.98
67850254--67850773	27	19.3	27	77	8	409	33	11	16	37	1.86
67860041--67860787	120	6.2	120	96	1	1291	44	2	5	48	1.37
67860616--67860650	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
67860736--67860770	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
67860935--67861025	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
67861006--67861074	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
67861006--67861074	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
67888527--67888606	27	2.9	27	84	1	88	37	18	22	21	1.94
67897287--67897326	15	2.6	15	84	4	53	77	0	7	15	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67897526--67897658	54	2.4	55	83	1	160	15	24	31	29	1.95
67900144--67900390	40	6.2	40	86	3	322	24	22	26	26	2.00
67904879--67905125	40	6.2	40	86	3	313	24	22	26	26	2.00
67909836--67909876	19	2.2	19	86	8	57	12	26	12	48	1.75
67911830--67911864	8	4.4	8	86	13	54	54	22	20	2	1.58
67912088--67912221	29	4.7	29	86	3	139	26	15	31	26	1.96
67912088--67912198	58	1.9	58	86	0	159	26	15	29	28	1.96
67918872--67919043	93	1.8	93	91	2	283	26	29	22	22	1.99
67918873--67919040	46	3.6	46	75	17	168	26	28	22	22	1.99
67925787--67925833	23	2.0	23	83	0	58	21	27	10	40	1.86
67927185--67927243	24	2.4	24	78	16	59	18	5	3	72	1.17
67930209--67930336	63	2.0	64	89	1	195	42	14	10	32	1.80
67933748--67933925	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
67933769--67933924	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
67947621--67947658	19	2.0	20	89	5	60	26	10	7	55	1.61
67956046--67956229	40	4.6	39	78	10	176	24	28	22	25	1.99
67956046--67956230	79	2.3	81	81	7	200	24	28	22	24	1.99
67964135--67964291	79	2.0	80	82	6	194	24	28	22	25	2.00
67964107--67964251	40	3.7	40	83	7	161	26	28	20	25	1.99
67967565--67967827	27	9.7	27	83	1	269	38	20	9	31	1.85
67967565--67967827	81	3.2	80	84	3	303	38	20	9	31	1.85
67967722--67967875	81	1.9	81	80	5	177	37	20	9	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67967869--67968027	27	5.9	27	88	0	212	35	18	22	23	1.95
67967861--67968031	81	2.1	81	86	4	254	36	18	20	23	1.95
67979976--67980241	47	5.7	47	77	6	222	22	29	19	28	1.98
67979976--67980241	140	1.9	141	82	3	331	22	29	19	28	1.98
67990382--67990508	46	2.8	46	82	0	155	33	12	21	32	1.91
67999386--67999430	22	2.0	22	82	0	54	28	15	20	35	1.93
67999404--67999529	50	2.5	51	76	6	132	30	18	17	33	1.94
68001183--68001309	37	3.5	37	89	3	177	42	27	11	18	1.84
68003479--68003511	16	2.1	16	88	5	50	54	0	39	6	1.25
68011129--68011275	43	3.4	43	77	10	156	28	17	26	27	1.98
68024489--68024705	46	4.7	47	88	2	289	18	22	15	42	1.88
68026515--68026562	11	4.2	11	76	10	51	62	4	0	33	1.14
68036222--68036462	40	6.1	40	88	7	350	24	28	23	23	2.00
68041820--68041875	28	2.0	28	100	0	112	21	28	32	17	1.96
68044405--68044660	40	6.5	40	83	5	299	24	26	23	25	2.00
68054889--68054982	48	2.0	48	89	0	143	25	20	31	22	1.98
68055012--68055139	49	2.6	50	78	7	136	23	20	31	25	1.98
68056919--68056972	19	2.8	19	97	0	99	24	27	33	14	1.94
68059269--68059304	16	2.2	16	90	0	54	0	30	0	69	0.89
68061727--68061766	20	2.0	20	100	0	80	30	10	15	45	1.78
68061712--68061776	34	1.9	33	84	9	87	35	9	13	41	1.77
68061864--68061902	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68079951--68079997	24	2.0	24	82	0	58	51	4	36	8	1.52
68092927--68092956	14	2.1	14	100	0	60	30	36	6	26	1.82
68093846--68093900	27	2.0	27	85	0	74	23	27	25	23	2.00
68094770--68094833	22	2.9	22	77	13	60	62	4	0	32	1.16
68094807--68094838	16	2.1	16	94	5	57	56	6	0	37	1.25
68094895--68095331	115	3.9	115	90	5	673	51	15	1	32	1.51
68094895--68095331	226	1.9	223	89	4	682	51	15	1	32	1.51
68095600--68095635	3	11.3	3	88	11	54	0	33	0	66	0.92
68095602--68095635	10	3.5	10	88	4	52	0	35	0	64	0.94
68095600--68095635	13	2.8	13	95	0	63	0	33	0	66	0.92
68096745--68096785	18	2.3	18	82	0	55	65	0	2	31	1.05
68097255--68097318	26	2.4	27	85	10	80	39	3	3	54	1.32
68101772--68101826	21	2.6	21	91	0	83	18	34	30	16	1.93
68108948--68109210	40	6.6	40	87	3	307	26	28	20	24	1.99
68109142--68109219	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
68116891--68117153	40	6.6	40	87	3	307	26	28	20	24	1.99
68117085--68117162	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
68125365--68125417	23	2.3	23	100	0	106	33	26	5	33	1.80
68127695--68127727	16	2.1	16	100	0	66	57	6	6	30	1.47
68150392--68150604	39	5.4	39	90	3	293	27	28	19	25	1.99
68150583--68150660	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
68158833--68158885	23	2.3	23	100	0	106	33	26	5	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68161164--68161196	16	2.1	16	100	0	66	57	6	6	30	1.47
68169828--68169920	40	2.3	40	81	7	100	27	17	29	25	1.97
68176642--68176839	55	3.7	53	81	6	211	21	24	18	35	1.95
68180989--68181216	48	4.9	48	76	12	222	28	23	21	27	1.99
68186218--68186391	48	3.6	48	82	3	165	27	20	27	25	1.99
68186730--68186791	31	2.0	31	100	0	124	29	12	12	45	1.80
68190090--68190348	39	6.6	39	85	9	293	25	27	22	25	2.00
68190090--68190348	79	3.3	79	84	11	295	25	27	22	25	2.00
68193631--68193687	29	1.9	30	96	3	107	35	14	17	33	1.90
68198141--68198402	39	6.7	40	87	7	319	24	26	22	26	2.00
68208746--68208935	43	4.4	43	89	1	256	34	24	14	26	1.94
68208746--68208935	86	2.2	86	88	1	283	34	24	14	26	1.94
68213494--68213568	38	2.0	38	89	0	114	20	22	26	30	1.98
68213540--68213686	43	3.5	43	87	1	199	14	21	32	30	1.94
68213916--68214126	43	4.9	43	93	2	361	12	24	33	29	1.92
68213332--68214041	355	2.0	355	95	0	1269	23	15	26	33	1.95
68220220--68220317	34	2.9	34	95	0	169	23	23	28	24	2.00
68221377--68221407	8	3.9	8	95	0	53	61	22	3	12	1.46
68222510--68222545	16	2.2	16	90	0	54	50	13	22	13	1.77
68222653--68222688	18	1.9	19	88	5	56	27	16	38	16	1.90
68222760--68222875	29	4.0	29	79	9	130	30	14	28	26	1.95
68222763--68222875	57	2.0	57	83	10	142	29	15	29	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68227112--68227221	29	3.9	29	82	4	127	29	12	28	30	1.93
68230082--68230120	16	2.4	16	91	0	60	53	35	2	7	1.43
68231224--68231266	16	2.7	16	81	0	50	51	16	20	11	1.75
68231475--68231586	29	3.9	29	82	2	120	27	14	30	27	1.95
68231488--68231599	58	1.9	58	81	3	136	26	15	31	26	1.96
68239280--68239381	34	3.0	34	84	2	123	28	19	22	29	1.98
68239281--68239381	35	2.9	35	85	1	123	28	19	22	28	1.98
68241905--68241944	20	2.0	20	85	0	53	35	22	2	40	1.68
68242135--68242390	55	4.8	54	79	10	235	22	24	17	35	1.95
68242182--68242382	108	1.8	110	87	4	300	23	24	16	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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