genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.286.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94798134--94798172	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
94798456--94798563	48	2.2	48	85	0	135	18	16	27	37	1.93
94799988--94800141	43	3.6	43	79	10	156	24	19	25	31	1.98
94803848--94803872	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
94804269--94804341	31	2.4	31	88	4	103	28	13	9	47	1.74
94822522--94822566	24	1.9	23	86	4	63	66	0	0	33	0.92
94825047--94825124	31	2.6	29	82	9	102	46	1	0	52	1.08
94829904--94829995	48	1.9	48	97	0	175	32	4	15	47	1.65
94834543--94834873	163	2.0	164	96	1	610	42	7	6	43	1.59
94836095--94836177	41	2.0	41	97	0	157	30	7	18	44	1.76
94836108--94836172	21	3.1	21	61	12	53	30	9	18	41	1.82
94836179--94836235	20	2.9	20	94	2	98	63	0	28	8	1.24
94839871--94839983	54	2.1	54	81	4	131	16	20	16	46	1.85
94845045--94845147	44	2.3	45	84	3	127	31	22	13	33	1.93
94845064--94845152	46	2.0	44	88	4	133	29	25	13	31	1.94
94849291--94849327	14	2.4	17	86	13	53	48	0	0	51	1.00
94849477--94849527	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
94849516--94849549	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
94850641--94850736	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
94853247--94853377	35	3.8	35	75	10	101	43	21	8	26	1.81
94866158--94866212	28	2.0	28	82	10	69	43	3	3	49	1.37
94869469--94869561	41	2.2	42	88	1	134	29	6	12	51	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94877307--94877399	6	15.7	6	97	2	179	50	16	0	33	1.45
94880637--94880692	27	2.1	27	86	0	76	28	1	12	57	1.46
94880717--94880753	19	1.9	19	88	0	56	67	0	0	32	0.91
94887570--94887675	20	5.3	21	69	21	84	12	25	23	38	1.90
94887552--94887691	39	3.6	39	92	0	217	12	26	23	37	1.91
94889730--94889850	64	1.9	64	96	0	224	27	22	29	20	1.98
94892711--94892753	20	2.2	20	95	0	77	41	13	9	34	1.77
94922500--94922562	18	3.3	18	70	12	54	38	23	23	14	1.92
94922519--94922583	21	3.2	21	67	20	57	41	21	24	12	1.87
94922501--94922601	39	2.6	39	93	0	166	39	23	23	12	1.90
94924063--94924110	26	1.9	24	83	8	60	60	10	4	25	1.47
94925127--94926101	180	5.5	180	89	2	1468	28	24	17	29	1.97
94925127--94926101	357	2.7	354	90	2	1515	28	24	17	29	1.97
94937390--94937446	26	2.2	25	81	9	62	26	8	5	59	1.48
94943230--94943294	21	3.2	21	65	20	57	41	20	24	13	1.88
94943212--94943312	39	2.6	39	91	0	157	38	21	24	14	1.92
94944773--94944820	26	1.9	24	83	8	60	60	10	4	25	1.47
94955067--94955194	30	4.3	30	95	0	229	19	6	50	24	1.71
94962340--94962397	29	2.0	29	100	0	116	24	13	17	44	1.85
94969317--94969363	25	1.9	25	91	4	78	68	4	2	25	1.19
94969014--94969646	311	2.0	310	91	2	1022	45	12	16	25	1.82
94975611--94975754	43	3.3	43	86	1	200	29	24	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94976173--94976212	21	1.9	21	94	0	71	12	30	20	37	1.89
94976579--94976607	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
94979576--94979610	16	2.1	17	94	5	63	68	5	0	25	1.11
94979720--94979773	16	3.8	16	70	27	57	48	3	9	38	1.53
94979954--94980100	7	20.4	7	74	10	91	48	28	0	22	1.50
94979954--94980100	22	6.8	21	72	11	91	48	28	0	22	1.50
94979951--94980101	29	5.2	29	72	10	103	49	28	0	22	1.50
94980059--94980128	14	4.9	14	70	3	50	51	22	2	22	1.61
94980245--94980309	28	2.2	28	80	17	71	30	1	3	64	1.18
94980430--94980676	115	2.1	116	88	3	372	29	19	21	29	1.97
94981622--94981661	20	2.0	20	86	13	57	20	2	7	70	1.24
94984311--94984372	20	3.3	20	66	25	62	50	6	6	37	1.54
94984304--94984376	36	2.0	36	100	0	146	49	5	5	39	1.49
94984686--94984710	7	3.6	7	100	0	50	48	0	0	52	1.00
94994078--94994338	90	2.9	90	83	4	267	32	13	26	27	1.93
94994145--94994365	90	2.4	90	84	2	255	32	13	25	28	1.94
94996641--94996685	23	2.0	22	83	12	56	51	2	2	44	1.26
94998165--94998205	22	1.9	21	90	5	64	70	2	0	26	0.99
95002210--95002254	6	7.5	6	89	0	54	75	6	2	15	1.11
95002210--95002254	12	3.8	12	88	5	65	75	6	2	15	1.11
95005511--95005578	13	4.9	14	69	16	52	27	5	1	64	1.25
95005511--95005724	3	69.7	3	65	12	69	27	7	2	62	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95005791--95005835	14	3.1	16	81	18	62	24	11	0	64	1.26
95005958--95006305	3	118.3	3	70	14	129	27	7	3	61	1.39
95005937--95006064	21	6.2	20	75	12	91	31	3	2	62	1.26
95010483--95010531	15	3.1	14	76	23	53	67	2	4	26	1.19
95011258--95011306	20	2.5	20	89	0	71	14	38	18	28	1.90
95011258--95011315	20	2.8	21	82	10	66	13	34	20	31	1.92
95014409--95014465	28	2.0	29	82	3	71	29	24	1	43	1.64
95020519--95020594	40	1.9	40	86	5	109	15	13	34	36	1.87
95026185--95026222	5	7.6	5	91	8	60	81	0	0	18	0.69
95026192--95026222	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
95034543--95034589	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
95048995--95049036	22	1.9	22	90	9	68	71	0	28	0	0.86
95050042--95050075	16	2.1	17	88	5	52	32	0	2	64	1.08
95055174--95056059	147	6.1	146	86	5	1197	27	6	7	58	1.50
95056063--95056091	14	2.1	14	100	0	58	44	0	0	55	0.99
95056392--95056420	13	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
95056584--95056648	6	11.2	6	86	6	53	0	44	0	55	0.99
95056599--95056632	3	11.7	3	87	6	52	0	38	0	61	0.96
95056789--95056840	27	2.0	26	88	3	77	11	36	30	21	1.89
95069436--95069558	28	4.4	28	92	2	185	26	12	27	33	1.92
95069461--95069572	28	4.0	27	91	3	143	29	11	25	33	1.91
95069436--95069572	55	2.4	56	85	6	170	28	11	25	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95086483--95086541	30	2.0	30	93	0	100	49	8	13	28	1.71
95088387--95088445	26	2.2	26	90	3	91	44	27	13	15	1.84
95098165--95098235	35	2.0	35	94	0	124	28	25	11	35	1.90
95099004--95099050	20	2.4	19	82	7	58	0	51	2	46	1.13
95099225--95099279	28	2.0	28	82	13	69	25	7	0	67	1.16
95115433--95115462	6	5.2	6	92	8	53	16	0	0	83	0.65
95115433--95115462	11	2.6	11	94	5	51	16	0	0	83	0.65
95116462--95116502	4	10.2	4	100	0	82	51	24	0	24	1.49
95117298--95117354	30	1.9	30	92	0	96	26	35	28	10	1.89
95120002--95120042	19	2.2	19	91	4	66	17	24	2	56	1.53
95129572--95130613	48	21.5	48	74	12	648	22	19	23	34	1.97
95129983--95130291	57	5.8	57	75	16	338	21	18	25	35	1.95
95129935--95130350	105	4.1	102	88	5	578	21	17	25	35	1.95
95130254--95130330	39	2.0	39	92	0	127	22	22	22	33	1.97
95130324--95130380	30	1.9	30	100	0	114	21	3	47	28	1.67
95130373--95130631	99	2.7	95	86	4	329	23	20	20	36	1.95
95133204--95133255	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
95135759--95135842	38	2.2	39	81	10	102	27	13	17	41	1.87
95137312--95137414	51	2.0	51	98	0	197	16	25	10	47	1.78
95138375--95138409	18	1.9	18	94	0	61	34	14	14	37	1.86
95141916--95142014	50	2.0	50	100	0	198	31	16	8	44	1.76
95152986--95153058	30	2.4	30	88	0	101	27	32	24	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95153377--95153405	14	2.1	14	100	0	58	27	20	13	37	1.91
95161783--95161845	17	3.6	17	73	4	54	9	12	3	74	1.17
95161811--95161844	6	5.5	6	92	3	50	11	2	2	82	0.89
95171367--95171442	26	2.9	25	78	7	80	36	17	5	40	1.72
95175506--95175617	27	4.2	26	84	7	134	17	24	23	34	1.96
95175506--95175617	54	2.1	54	86	3	154	17	24	23	34	1.96
95178343--95178409	16	4.2	16	80	0	71	44	2	23	28	1.68
95178822--95178861	18	2.4	17	87	8	55	35	0	0	65	0.93
95181278--95181369	26	3.4	26	73	8	103	53	2	0	44	1.12
95181276--95181391	55	2.1	57	91	3	191	51	2	0	45	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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