genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87587552--87587699	41	3.6	41	76	8	122	33	16	27	22	1.95
87598409--87598436	6	4.7	6	100	0	56	71	0	14	14	1.15
87598774--87599000	120	1.9	120	89	0	355	32	18	18	29	1.95
87606063--87606156	44	2.1	45	86	2	127	22	13	25	38	1.91
87606076--87606238	44	3.8	44	76	7	138	23	17	26	31	1.97
87612442--87612477	17	2.1	17	100	0	72	38	22	16	22	1.93
87620206--87620396	19	10.3	18	71	16	97	50	14	16	18	1.78
87620206--87620396	6	31.0	6	71	16	124	50	14	16	18	1.78
87620220--87620291	37	1.9	37	88	0	108	51	12	16	19	1.76
87620269--87620335	25	2.7	25	92	0	116	47	14	19	17	1.82
87620266--87620376	31	3.6	30	76	13	118	48	15	17	18	1.81
87620294--87620370	37	2.1	37	87	0	109	49	16	16	16	1.80
87620294--87620396	25	4.4	25	70	22	64	48	15	17	18	1.81
87620617--87620668	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
87620896--87621181	27	10.6	27	86	0	365	41	7	21	29	1.80
87620896--87621181	81	3.5	81	86	1	403	41	7	21	29	1.80
87620896--87621215	81	3.9	78	73	11	243	41	7	21	29	1.80
87624729--87624771	23	1.9	22	85	4	59	48	30	4	16	1.66
87634567--87634737	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.98
87634562--87634734	46	3.7	46	77	13	201	29	27	20	21	1.98
87643786--87643827	21	2.0	21	100	0	84	42	9	28	19	1.82
87646774--87646843	35	2.0	35	100	0	140	37	14	17	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87648328--87648400	37	2.0	37	86	5	103	46	0	5	47	1.25
87648532--87648623	46	2.0	44	87	8	132	39	23	4	32	1.75
87648602--87648641	16	2.5	16	88	8	55	25	27	7	40	1.82
87648799--87648862	29	2.2	30	81	13	71	67	3	6	23	1.28
87664354--87664419	28	2.3	29	86	2	98	30	31	13	24	1.94
87667187--87667289	42	2.4	43	79	7	120	24	14	17	43	1.86
87667187--87667289	43	2.4	42	79	10	111	24	14	17	43	1.86
87679707--87679876	92	1.8	94	82	2	218	24	21	28	25	1.99
87681838--87681906	16	4.5	16	68	23	58	56	11	1	30	1.44
87681820--87681906	45	1.9	45	100	0	174	58	9	2	29	1.41
87681907--87681936	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
87683471--87684125	137	4.9	135	77	5	551	31	24	17	25	1.97
87683492--87684115	268	2.3	264	80	4	662	31	25	17	25	1.97
87686119--87686267	81	1.8	81	80	8	178	21	18	32	27	1.96
87690658--87690711	24	2.1	27	83	10	69	29	7	5	57	1.49
87696203--87696359	43	3.6	44	76	12	164	26	17	24	31	1.97
87698498--87698549	19	2.7	19	87	0	68	21	21	28	28	1.98
87706483--87706782	47	6.4	47	92	0	474	32	8	30	28	1.87
87712446--87712493	24	2.0	24	100	0	96	33	16	16	33	1.92
87720208--87720240	16	1.9	18	88	11	52	39	3	12	45	1.57
87721192--87721243	23	2.2	24	86	3	70	48	0	1	50	1.12
87722941--87722974	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87731297--87731343	22	2.1	22	100	0	94	65	8	8	17	1.44
87739607--87739817	42	4.9	42	75	7	172	26	16	27	29	1.97
87739646--87739817	90	1.9	90	83	2	220	26	17	27	28	1.98
87768139--87768237	48	2.1	48	90	3	155	28	15	29	27	1.96
87768333--87768441	42	2.6	42	86	0	164	24	19	30	25	1.98
87772332--87772603	46	5.9	46	83	2	323	22	23	11	41	1.87
87772332--87772599	92	2.9	91	86	2	360	22	23	11	42	1.87
87776264--87776357	42	2.2	43	84	5	129	27	13	24	34	1.93
87776277--87776369	43	2.2	42	84	1	114	29	17	23	30	1.97
87779091--87779488	101	4.0	100	79	5	397	25	18	25	30	1.98
87779089--87779487	152	2.6	150	92	2	647	25	18	25	31	1.98
87779046--87779488	102	4.4	100	76	7	401	25	17	25	31	1.97
87779046--87779488	50	8.8	50	79	5	444	25	17	25	31	1.97
87779046--87779498	152	3.0	153	88	1	644	25	17	25	31	1.97
87785008--87785062	27	2.0	27	100	0	110	29	21	3	45	1.69
87785016--87785071	27	2.2	26	87	6	78	33	23	5	37	1.78
87786484--87786659	46	3.8	47	82	7	200	26	21	31	21	1.98
87786487--87786701	94	2.3	94	81	7	231	27	20	28	22	1.99
87795143--87795461	46	6.9	46	92	0	469	21	24	13	40	1.89
87797586--87797644	11	5.2	11	84	8	73	64	0	1	33	1.04
87797586--87797646	24	2.6	25	82	12	76	62	0	1	36	1.05
87800541--87800583	22	1.9	23	90	4	70	23	6	30	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87804906--87805078	85	2.0	85	98	0	337	47	24	6	21	1.75
87810196--87810527	114	2.9	114	82	9	374	25	8	16	49	1.74
87810179--87810531	117	3.1	115	80	8	402	24	8	17	49	1.74
87811874--87811915	19	2.2	19	95	0	75	42	11	33	11	1.78
87815141--87815305	49	3.5	46	74	8	145	29	29	16	24	1.97
87815141--87815348	93	2.2	95	83	7	255	28	28	17	25	1.98
87815282--87815495	46	4.5	48	78	4	222	22	27	20	30	1.98
87815184--87815495	46	6.6	48	73	10	193	25	27	19	27	1.98
87815282--87815495	94	2.3	93	84	8	290	22	27	20	30	1.98
87818288--87818323	18	2.0	18	88	0	54	25	22	13	38	1.91
87821740--87821868	49	2.6	49	81	0	159	24	25	19	30	1.98
87827027--87827134	26	4.2	26	91	0	180	32	7	23	37	1.82
87828726--87828866	27	5.2	27	78	14	130	19	25	21	33	1.97
87828723--87828866	54	2.7	54	89	2	218	18	25	22	33	1.97
87828726--87828884	81	2.0	80	81	10	191	20	25	20	33	1.97
87829943--87830012	32	2.2	31	94	2	122	28	5	10	55	1.55
87834845--87834950	27	3.9	27	87	0	140	23	14	19	42	1.88
87838727--87838797	37	1.9	37	88	0	106	38	1	19	40	1.61
87841096--87841144	13	3.8	13	77	0	53	30	16	18	34	1.93
87841292--87841351	24	2.5	23	76	10	57	31	21	11	35	1.90
87841931--87842017	40	2.2	40	91	4	140	22	24	13	39	1.91
87844340--87844376	18	2.1	18	90	5	58	16	40	27	16	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87860460--87860608	39	3.8	40	89	3	223	26	28	22	22	1.99
87860435--87860607	38	4.5	39	87	5	219	24	28	22	24	1.99
87860460--87860608	79	1.9	78	88	4	228	26	28	22	22	1.99
87862414--87862491	29	2.7	28	80	11	95	25	12	30	30	1.93
87862469--87862742	145	1.9	145	96	0	512	29	15	23	31	1.95
87867922--87868099	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
87867943--87868098	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
87878531--87878588	23	2.5	23	88	2	80	46	3	0	50	1.18
87878631--87878680	19	2.6	19	81	12	57	58	2	0	40	1.10
87879646--87879689	22	1.9	24	86	9	65	45	4	0	50	1.22
87881056--87881093	7	5.4	7	90	0	58	26	0	26	47	1.52
87881108--87881192	13	6.5	13	70	8	55	17	2	34	45	1.61
87881108--87881192	27	3.2	27	75	8	77	17	2	34	45	1.61
87881131--87881192	7	9.3	7	75	15	51	14	1	35	48	1.54
87886026--87889328	825	4.0	825	99	0	6563	31	17	18	33	1.94
87890974--87891288	39	8.1	39	91	0	495	23	29	25	21	1.99
87893364--87893514	67	2.2	68	79	11	168	31	15	30	21	1.95
87898203--87898272	36	1.9	36	97	0	131	31	15	30	22	1.95
87900704--87900742	4	9.8	4	94	0	69	48	23	2	25	1.63
87902546--87902642	51	1.9	51	91	4	160	31	14	25	27	1.95
87903666--87903849	48	3.8	48	79	4	165	27	22	26	24	2.00
87909544--87909603	31	2.0	31	86	3	86	20	25	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87914141--87914403	40	6.6	40	86	3	300	27	28	19	24	1.99
87921834--87922096	40	6.6	40	86	3	300	27	28	19	24	1.99
87924904--87924942	19	2.0	21	85	10	55	25	12	28	33	1.93
87927284--87927340	29	2.0	29	96	0	105	43	8	31	15	1.78
87929683--87929823	57	2.5	57	78	3	149	30	24	17	27	1.97
87938097--87938193	6	15.8	6	72	16	74	46	16	18	18	1.84
87938081--87938203	31	4.0	31	85	3	151	47	15	17	18	1.82
87938345--87938446	27	3.8	26	85	5	123	36	20	23	19	1.95
87938603--87938667	22	3.0	22	73	8	60	33	20	24	21	1.97
87939092--87939520	27	16.3	27	85	5	538	24	19	20	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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