genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.161.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51103171--51103415	38	5.9	38	71	20	170	29	23	15	31	1.95
51103183--51103415	86	2.7	86	87	2	335	28	24	15	31	1.95
51114664--51114698	15	2.4	15	95	4	63	74	0	11	14	1.08
51120783--51120911	46	2.8	46	95	0	222	29	29	21	19	1.98
51120791--51120930	46	3.0	45	88	4	140	28	29	21	20	1.98
51121326--51121389	30	2.1	30	85	2	83	29	21	7	40	1.82
51134690--51134724	17	2.0	18	88	5	54	60	8	2	28	1.41
51137375--51137519	40	3.6	40	84	4	184	23	25	25	25	2.00
51138707--51138782	38	2.0	38	97	0	143	31	22	13	32	1.92
51145431--51145575	40	3.6	40	84	4	184	23	25	25	25	2.00
51146763--51146838	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
51151674--51151828	41	3.7	43	77	10	158	23	20	25	29	1.99
51151674--51151833	42	3.8	42	78	12	150	23	20	25	30	1.98
51154212--51154363	77	2.0	77	100	0	304	28	25	17	27	1.98
51157226--51157337	29	3.9	29	76	12	104	28	29	13	28	1.94
51157226--51157337	58	1.9	58	83	3	145	28	29	13	28	1.94
51157409--51157442	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
51161803--51161867	15	4.4	15	74	16	64	10	16	12	60	1.59
51163757--51163811	26	2.1	26	86	3	74	36	25	10	27	1.89
51163919--51163981	28	2.2	28	88	0	90	17	23	17	41	1.90
51173339--51173454	43	2.7	42	79	10	112	24	21	25	29	1.99
51193407--51193556	67	2.2	67	81	8	171	32	17	27	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51203251--51203345	40	2.4	41	84	8	117	24	30	17	27	1.97
51207050--51207486	47	9.2	46	88	6	590	31	9	30	27	1.88
51207050--51207486	96	4.6	94	93	3	698	31	9	30	27	1.88
51207050--51207486	143	3.1	144	89	5	656	31	9	30	27	1.88
51209344--51209389	18	2.6	18	82	0	65	36	17	19	26	1.94
51218348--51218479	69	1.9	70	92	1	221	32	12	17	37	1.87
51219238--51219498	39	6.7	39	87	2	317	19	23	27	28	1.99
51219238--51219446	79	2.7	79	89	3	323	20	23	27	28	1.99
51219254--51219487	118	2.0	118	89	0	360	20	23	27	28	1.99
51221882--51221989	43	2.5	42	78	11	112	28	25	16	28	1.97
51225647--51225682	19	1.9	18	88	5	54	41	0	0	58	0.98
51225728--51225774	22	2.1	23	88	4	69	53	2	2	42	1.25
51229952--51229990	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
51239029--51239253	40	5.6	40	80	3	245	23	21	27	28	1.99
51239033--51239253	83	2.7	83	81	5	229	22	22	27	27	1.99
51245202--51245330	44	2.9	44	81	2	152	31	17	21	30	1.96
51245504--51245863	44	8.0	44	72	11	138	34	15	20	29	1.94
51245683--51245856	45	3.9	45	81	5	160	33	13	22	29	1.92
51247721--51247756	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
51248928--51248981	15	3.2	16	82	12	56	38	1	1	57	1.20
51249149--51249173	13	1.9	13	100	0	50	40	24	20	16	1.91
51250329--51250485	43	3.7	43	76	11	126	32	23	15	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51252797--51252825	11	2.6	11	100	0	58	58	24	6	10	1.55
51257052--51257262	43	4.9	43	83	5	275	27	28	17	26	1.97
51265919--51266086	27	6.3	27	77	9	155	36	20	19	24	1.95
51265915--51266082	54	3.2	53	86	4	214	36	19	20	24	1.95
51266087--51266140	27	2.0	26	85	3	72	22	18	20	38	1.93
51267336--51267369	18	1.9	18	94	5	61	47	11	26	14	1.79
51271995--51272161	53	3.1	53	86	0	235	37	17	19	25	1.93
51271995--51272175	80	2.3	79	90	3	274	37	18	19	24	1.94
51271995--51272190	27	7.3	27	84	2	243	37	17	20	25	1.94
51272852--51272903	27	2.0	26	84	3	68	19	25	21	34	1.96
51274916--51275173	43	6.0	43	84	3	340	27	28	18	24	1.98
51280107--51280182	29	2.6	29	78	0	89	40	19	17	22	1.91
51282343--51282513	43	4.0	43	85	3	220	23	30	19	25	1.98
51312744--51312784	21	2.0	21	90	0	64	4	4	53	36	1.44
51317987--51318342	96	3.7	95	89	8	530	32	8	31	27	1.88
51317987--51318342	143	2.5	143	95	1	626	32	8	31	27	1.88
51317987--51318354	47	7.7	46	87	8	499	32	8	30	27	1.87
51320586--51320738	28	5.5	28	84	1	182	28	30	11	28	1.92
51322478--51322544	20	3.3	20	91	0	107	34	10	22	32	1.88
51322594--51322667	25	3.0	24	84	9	96	32	20	21	25	1.97
51322860--51322922	31	2.0	31	90	0	99	36	14	23	25	1.93
51332517--51332574	20	2.9	20	86	0	80	20	27	5	46	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51340634--51340742	42	2.6	42	85	4	141	28	14	26	30	1.95
51345967--51346135	27	6.2	27	83	4	196	27	15	26	30	1.96
51345968--51346123	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
51348165--51348315	42	3.6	42	79	3	169	29	15	25	28	1.96
51350616--51350791	46	3.8	45	78	10	194	21	20	28	28	1.98
51350612--51350784	93	1.9	93	93	0	301	21	20	29	27	1.98
51353955--51354122	46	3.6	45	75	12	162	20	19	29	30	1.97
51353952--51354123	93	1.8	93	90	2	274	20	19	29	30	1.97
51360564--51360886	47	6.8	47	96	1	565	29	29	8	33	1.86
51360621--51360905	96	3.0	91	89	8	353	32	28	7	31	1.85
51364733--51365004	40	6.8	40	93	0	445	25	28	22	23	1.99
51366417--51366690	47	5.8	47	95	1	476	29	28	8	33	1.86
51366417--51366690	96	2.9	96	94	2	475	29	28	8	33	1.86
51366428--51366690	143	1.9	140	94	1	429	29	28	8	33	1.86
51370589--51370864	40	6.8	40	89	3	408	24	28	21	25	1.99
51371044--51371094	15	3.5	15	79	10	54	7	25	0	66	1.18
51371036--51371087	20	2.5	21	78	12	54	7	25	0	67	1.17
51377404--51377467	27	2.4	27	78	7	67	37	25	18	18	1.94
51377463--51377588	54	2.3	54	88	0	189	26	19	18	35	1.94
51377447--51377581	27	5.0	27	86	0	171	25	20	18	35	1.95
51379940--51379970	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
51381601--51381638	20	2.1	18	85	14	51	55	13	0	31	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51384065--51384223	35	4.5	35	82	0	192	31	8	17	42	1.80
51391309--51391483	35	5.0	35	80	2	181	29	9	18	42	1.81
51396527--51396584	26	2.2	25	82	14	73	37	25	8	27	1.85
51400008--51400045	8	4.9	8	81	18	53	52	26	18	2	1.58
51400453--51400546	27	3.4	28	80	2	102	20	19	22	38	1.94
51400498--51400565	27	2.5	26	79	6	64	22	17	19	41	1.91
51403218--51403302	43	2.0	43	100	0	170	22	21	11	44	1.84
51410997--51411243	39	6.3	39	87	3	311	30	28	23	17	1.97
51412382--51412452	35	2.0	35	100	0	142	33	25	2	38	1.71
51420599--51420699	27	3.7	28	89	4	152	25	13	28	31	1.94
51429535--51429758	80	2.8	79	81	5	247	25	21	27	25	1.99
51429535--51429756	40	5.6	39	82	8	216	25	21	27	25	2.00
51429614--51429791	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
51433629--51433800	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
51433631--51433853	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
51433629--51433853	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
51433785--51433862	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
51440832--51441052	40	5.6	39	81	7	207	25	27	21	25	1.99
51440830--51440999	77	2.2	77	82	5	207	25	28	21	25	1.99
51440830--51441052	80	2.8	79	80	8	231	25	27	21	25	1.99
51440984--51441061	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
51453279--51453456	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51453300--51453455	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
51456925--51456981	24	2.4	24	93	0	96	35	19	24	21	1.96
51458339--51458496	43	3.7	43	78	13	130	31	23	17	27	1.97
51458344--51458490	42	3.4	42	79	10	138	31	23	17	27	1.97
51468536--51468713	47	3.8	46	80	14	177	23	28	18	29	1.98
51468582--51468712	50	2.7	47	87	6	167	22	29	19	28	1.98
51468781--51468827	22	2.3	21	85	10	62	23	29	4	42	1.73
51476363--51476540	40	4.5	40	90	3	254	24	21	28	25	1.99
51484341--51484518	40	4.5	40	85	6	229	23	21	28	26	1.99
51492081--51492118	20	1.9	20	89	10	60	18	31	39	10	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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