genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14289599--14289766	40	4.2	40	81	6	153	25	26	23	24	2.00
14289622--14289766	40	3.6	39	83	6	173	24	25	24	26	2.00
14290954--14291029	38	2.0	38	94	0	134	32	25	11	30	1.91
14293775--14293961	50	3.8	49	83	7	216	25	18	27	28	1.98
14296959--14297023	15	4.4	15	81	9	80	9	15	13	61	1.56
14296955--14297023	30	2.3	30	85	7	97	8	14	17	59	1.60
14299151--14299295	49	2.9	49	82	4	175	25	16	28	29	1.97
14309264--14309308	23	2.0	23	100	0	90	35	20	13	31	1.91
14311188--14311350	68	2.4	68	78	12	154	21	26	16	34	1.95
14313285--14313592	40	7.6	40	82	10	349	26	27	22	23	1.99
14313313--14313592	83	3.4	81	89	5	422	26	28	22	22	1.99
14313285--14313592	123	2.5	122	82	7	360	26	27	22	23	1.99
14314800--14314840	20	2.0	20	85	0	55	73	7	4	14	1.22
14315303--14315396	28	3.3	28	89	4	136	32	22	23	21	1.98
14315499--14315565	28	2.4	28	92	2	109	31	7	26	34	1.84
14319266--14319415	27	5.5	27	87	1	192	30	28	16	24	1.96
14319266--14319416	55	2.8	55	87	2	198	30	29	15	24	1.96
14327747--14328024	40	6.8	40	84	8	362	26	28	21	22	1.99
14327717--14328024	83	3.8	82	91	3	464	26	28	22	23	1.99
14327747--14328024	123	2.3	121	85	6	364	26	28	21	22	1.99
14333757--14333804	18	2.4	19	80	16	53	50	4	2	43	1.33
14338239--14338425	70	2.7	70	79	1	178	31	14	22	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14340207--14340493	9	30.7	9	65	20	74	64	3	1	30	1.20
14340288--14340330	17	2.5	16	78	14	50	67	0	0	32	0.91
14340296--14340493	10	20.6	10	69	17	93	64	3	0	31	1.14
14340221--14340493	19	14.7	18	67	20	100	64	3	1	30	1.20
14340610--14340648	16	2.5	16	87	4	53	25	2	2	69	1.14
14340894--14340941	23	2.2	23	78	17	57	31	4	0	64	1.12
14340906--14340964	28	2.1	29	83	3	75	27	5	1	66	1.22
14341448--14341508	18	3.3	18	78	17	72	32	0	1	65	1.02
14341460--14341692	9	24.3	9	65	19	73	34	3	3	59	1.30
14341527--14341624	29	3.4	28	77	13	83	41	2	2	54	1.23
14341558--14341621	30	2.1	31	85	8	87	46	1	1	50	1.20
14342390--14342422	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
14343242--14343282	20	2.0	20	85	9	55	70	9	0	19	1.14
14343233--14343282	21	2.3	23	80	19	63	70	8	0	22	1.13
14349725--14349764	21	2.0	21	95	5	73	20	30	40	10	1.85
14351360--14351403	23	1.9	23	81	9	54	45	20	2	31	1.64
14359302--14359661	47	7.7	46	74	13	206	27	20	29	22	1.99
14359305--14359662	94	3.8	91	75	15	281	27	20	29	22	1.98
14361759--14362264	47	10.6	49	92	3	786	29	29	8	33	1.86
14361759--14362264	96	5.3	95	93	2	784	29	29	8	33	1.86
14365528--14365888	40	9.1	40	90	1	528	25	27	22	24	2.00
14368179--14368604	49	9.0	42	92	3	321	29	28	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14368112--14368618	47	10.6	49	91	3	777	29	28	8	33	1.86
14368112--14368618	96	5.3	95	93	1	784	29	28	8	33	1.86
14371794--14371843	24	2.1	24	92	0	82	22	28	32	18	1.97
14377634--14377994	47	7.7	44	73	14	196	27	20	29	21	1.98
14377634--14377994	94	3.9	93	77	9	326	27	20	29	21	1.98
14377634--14377994	141	2.6	137	79	10	383	27	20	29	21	1.98
14382457--14382532	34	2.3	34	84	6	93	34	18	19	27	1.95
14389332--14389481	43	3.5	43	73	8	135	27	13	24	34	1.93
14406744--14406917	46	3.8	45	78	13	201	27	29	22	21	1.99
14406751--14406921	93	1.8	93	93	0	297	26	29	22	21	1.99
14409907--14409984	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
14409937--14410438	174	2.9	174	96	0	923	29	14	24	31	1.94
14426735--14426802	20	3.3	21	83	6	86	11	25	8	54	1.65
14429162--14429255	18	5.4	18	92	3	131	28	9	25	36	1.87
14437507--14437534	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
14437531--14437604	6	13.2	6	78	18	72	33	1	17	47	1.56
14437532--14437608	11	7.5	11	79	15	94	33	1	18	46	1.57
14437526--14437604	30	2.6	30	83	13	99	32	2	16	48	1.60
14437546--14437607	5	12.0	5	76	17	56	33	1	17	46	1.58
14437532--14437608	20	3.8	21	83	16	108	33	1	18	46	1.57
14453800--14453864	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
14455344--14455396	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14460160--14460189	15	1.9	16	93	6	53	0	33	0	66	0.92
14461828--14461885	30	1.9	30	89	0	89	17	37	31	13	1.89
14465882--14465939	30	1.9	30	86	6	82	22	25	36	15	1.94
14466286--14466332	9	5.2	9	80	10	51	19	0	0	80	0.70
14466281--14466332	18	2.9	17	83	8	68	21	0	0	78	0.74
14466281--14466332	26	2.1	24	85	7	68	21	0	0	78	0.74
14466329--14466377	20	2.5	20	83	3	64	10	14	4	71	1.27
14466428--14466466	7	5.7	7	90	6	53	7	5	0	87	0.68
14466436--14466484	19	2.5	19	78	15	55	10	10	0	79	0.93
14466430--14466516	13	6.7	13	74	8	63	12	5	2	79	1.00
14467050--14467131	26	3.2	26	96	0	146	30	7	26	35	1.84
14468098--14468162	31	2.1	31	91	0	103	26	10	13	49	1.75
14468769--14468846	27	2.9	27	86	7	97	20	24	21	33	1.97
14473650--14473731	26	3.2	26	98	0	155	31	7	25	35	1.84
14475319--14475396	27	2.9	27	86	7	97	20	24	21	33	1.97
14476663--14476761	19	5.3	19	86	9	141	37	10	16	36	1.82
14476684--14476739	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
14476671--14476762	35	2.5	36	89	8	132	36	10	15	36	1.82
14477230--14477295	17	3.9	17	71	23	59	34	1	0	63	1.04
14477272--14477320	26	1.9	25	83	4	62	36	4	0	59	1.17
14478985--14479013	11	2.6	11	100	0	58	79	0	13	6	0.93
14488353--14488381	8	3.8	8	95	4	51	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14488349--14488381	13	2.3	15	90	10	52	60	0	0	39	0.97
14493068--14493189	39	3.1	39	89	3	174	31	31	21	16	1.95
14495357--14495731	47	7.9	47	95	1	669	32	8	28	30	1.87
14495904--14495982	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
14497836--14497938	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
14497920--14497993	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
14498345--14498495	40	3.8	39	82	6	142	28	22	25	23	1.99
14498306--14498502	80	2.5	81	81	7	215	26	22	26	24	2.00
14501791--14502172	47	8.1	47	92	1	613	32	9	30	28	1.88
14502291--14502369	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
14503719--14503798	39	2.1	39	97	0	151	31	30	21	17	1.96
14507444--14507502	5	12.4	5	94	3	88	1	20	0	77	0.85
14507586--14507614	8	3.8	8	95	4	51	65	0	0	34	0.93
14507579--14507626	21	2.3	21	88	0	69	60	2	0	37	1.09
14507579--14507604	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
14509010--14509094	37	2.3	38	83	6	102	68	1	3	27	1.13
14509044--14509094	5	9.6	5	76	19	50	74	0	1	23	0.92
14509033--14509076	22	2.0	23	86	4	63	70	0	4	25	1.06
14509033--14509084	12	4.4	12	78	11	63	71	0	3	25	1.03
14509041--14509093	9	5.7	9	76	24	56	73	0	1	24	0.93
14511193--14511233	21	1.9	22	85	5	57	41	0	9	48	1.36
14512158--14512280	45	2.9	41	77	9	113	26	18	23	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14512158--14512280	41	2.8	43	76	18	112	26	18	23	30	1.98
14516508--14516546	19	2.0	20	90	5	62	46	17	0	35	1.49
14516620--14516688	20	3.5	20	91	0	111	36	10	7	46	1.65
14527077--14527146	35	2.0	35	97	0	131	24	0	32	42	1.55
14528274--14528330	24	2.4	24	84	0	78	40	15	3	40	1.65
14528315--14528367	24	2.2	24	82	0	61	41	15	11	32	1.82
14528583--14528637	27	2.0	27	92	0	92	40	29	10	20	1.86
14547024--14547180	37	4.0	37	82	14	199	26	21	15	36	1.93
14547097--14547461	46	7.5	46	86	7	424	29	22	13	35	1.92
14547140--14547471	52	6.6	52	86	7	427	29	22	13	34	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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