Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  199  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
64502625--64502674
21
2.3
23
80
13
61
26
0
6
68
1.13
64502648--64502708
16
3.9
16
77
10
63
31
0
3
65
1.09
64503747--64503789
18
2.5
17
76
3
50
65
0
2
32
1.06
64503788--64503826
20
1.9
21
89
5
62
58
0
0
41
0.98
64503751--64503826
26
2.9
26
79
11
68
64
0
1
34
1.02
64508764--64508870
46
2.3
46
82
10
121
30
18
25
25
1.98
64519274--64519308
17
2.1
17
89
5
54
22
5
0
71
1.07
64519993--64520032
17
2.4
17
91
4
64
27
7
0
65
1.20
64520000--64520034
17
2.1
17
100
0
70
28
5
0
65
1.15
64525081--64525272
47
4.1
47
89
0
267
31
11
31
25
1.92
64525246--64525382
46
3.0
46
86
0
193
35
8
30
25
1.86
64527543--64527651
37
2.8
40
77
9
125
36
22
14
26
1.93
64528498--64528583
4
22.0
4
74
23
69
1
23
2
73
1.02
64528499--64528573
22
3.4
22
92
3
116
0
22
2
74
0.94
64528499--64528583
10
7.7
10
75
17
71
1
22
2
74
1.01
64528490--64528583
22
4.2
21
87
5
98
1
24
2
72
1.02
64528731--64528768
20
2.0
19
85
10
51
23
15
0
60
1.35
64531078--64531151
29
2.6
29
88
0
112
32
22
5
39
1.77
64531245--64531349
41
2.6
41
78
15
110
49
20
2
26
1.63
64531233--64531364
22
6.4
22
70
17
63
50
20
2
27
1.60
64543162--64543213
26
2.0
25
85
14
70
36
3
28
30
1.75
64543716--64543814
42
2.4
42
79
3
101
34
15
20
30
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
64548547--64548723
55
3.2
55
89
0
246
31
29
12
26
1.93
64548547--64548698
27
5.6
27
92
3
232
30
28
13
27
1.94
64551019--64551127
40
2.7
40
81
9
132
26
26
18
28
1.98
64551893--64551938
19
2.3
20
81
3
67
36
8
0
54
1.32
64561177--64561247
35
2.0
35
100
0
142
25
22
26
25
2.00
64562610--64562816
53
3.8
53
76
1
153
21
22
17
38
1.93
64571917--64571994
34
2.3
34
86
0
102
24
24
26
24
2.00
64577980--64578017
19
2.0
20
85
15
53
39
23
0
36
1.55
64578247--64578417
93
1.8
93
93
0
297
28
28
21
21
1.98
64578244--64578414
46
3.7
45
80
10
202
29
28
20
21
1.98
64578837--64578896
30
2.0
30
86
0
84
33
25
5
36
1.78
64582264--64582334
37
1.9
37
97
0
133
22
32
22
22
1.98
64582460--64582618
48
3.3
48
84
2
194
30
27
7
34
1.84
64588524--64588692
92
1.8
92
83
7
227
24
21
30
23
1.99
64588527--64588702
46
3.8
46
73
14
157
25
21
30
22
1.99
64602533--64602689
44
3.7
43
77
12
139
33
25
15
25
1.96
64610323--64610417
42
2.2
42
83
5
120
33
20
16
29
1.95
64610300--64610420
43
2.8
44
79
9
126
31
22
18
28
1.97
64619142--64619198
29
2.0
29
89
0
87
26
21
5
47
1.71
64621805--64621882
32
2.4
34
82
4
88
35
2
5
56
1.35
64621836--64621884
25
2.0
25
83
0
62
34
0
6
59
1.22
64626960--64627071
42
2.7
41
86
8
138
19
27
24
28
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
64633961--64633998
15
2.5
16
91
8
62
28
18
7
44
1.78
64640642--64640786
40
3.6
40
84
4
184
25
25
26
22
2.00
64661883--64661994
42
2.7
41
86
10
147
28
24
28
18
1.98
64667079--64667127
25
2.0
25
83
0
62
59
6
0
34
1.22
64667081--64667158
32
2.4
34
80
6
90
56
5
2
35
1.35
64669758--64669814
29
2.0
29
89
0
87
47
5
21
26
1.71
64674232--64674262
16
1.9
16
93
0
53
32
22
3
41
1.70
64678473--64678631
43
3.7
42
72
10
126
25
18
24
31
1.97
64684031--64684056
13
2.0
13
100
0
52
61
0
0
38
0.96
64708411--64708555
40
3.6
40
85
4
193
25
24
26
23
2.00
64718607--64718632
13
2.0
13
100
0
52
38
0
0
61
0.96
64724046--64724159
43
2.7
43
79
6
126
31
25
17
25
1.97
64726942--64727127
40
4.7
40
87
5
243
24
22
27
25
1.99
64726995--64727160
80
2.1
79
85
5
219
25
20
27
25
1.99
64736364--64736420
29
2.0
29
89
0
87
26
21
5
47
1.71
64739028--64739107
32
2.5
33
83
2
99
35
2
3
58
1.29
64739059--64739107
25
2.0
25
83
0
62
34
0
4
61
1.15
64744200--64744300
42
2.4
42
90
6
152
18
27
24
28
1.98
64751285--64751440
29
5.5
28
91
2
141
29
12
25
33
1.92
64751313--64751441
57
2.3
57
93
2
215
29
11
25
33
1.91
64754503--64754542
16
2.5
16
100
0
80
30
17
7
45
1.76
64764037--64764204
90
1.9
90
83
0
219
30
25
17
26
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
64764869--64764893
12
2.1
12
100
0
50
40
16
0
44
1.47
64765601--64765659
26
2.3
25
80
5
64
40
18
15
25
1.90
64767739--64767791
25
2.1
25
96
0
97
26
7
16
49
1.73
64771450--64771507
30
1.9
31
82
3
73
39
10
20
29
1.86
64772270--64772391
47
2.6
47
89
0
190
36
13
23
26
1.93
64772370--64772566
55
3.6
54
85
6
247
36
17
24
21
1.95
64775846--64775906
30
2.0
30
100
0
122
29
22
11
36
1.90
64777733--64777829
43
2.3
43
87
1
133
30
16
23
28
1.96
64779783--64779897
7
16.0
7
88
5
131
20
0
34
44
1.57
64783433--64783472
20
2.0
20
100
0
80
35
10
5
50
1.58
64786584--64786737
42
3.6
42
83
1
191
28
24
15
31
1.95
64787205--64787246
22
1.9
22
85
0
57
35
21
0
42
1.53
64794902--64795003
31
3.3
31
87
1
143
19
39
25
15
1.91
64803285--64803335
27
1.9
26
84
11
68
43
3
5
47
1.46
64803691--64803746
15
3.4
16
73
22
53
42
0
1
55
1.10
64803702--64803746
19
2.6
18
80
16
51
42
0
2
55
1.12
64803781--64803817
16
2.3
16
86
13
58
40
0
0
59
0.97
64805347--64805456
3
36.7
3
74
17
86
29
3
3
63
1.28
64810094--64810124
9
3.6
9
91
8
55
74
12
0
12
1.08
64812238--64812375
43
3.2
43
65
11
111
28
24
22
24
2.00
64812227--64812565
87
3.9
87
90
0
529
29
22
23
24
1.99
64812558--64813148
44
13.3
44
68
13
187
31
19
21
27
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
64812760--64812920
87
1.9
87
85
2
225
30
21
22
26
1.99
64812983--64813098
46
2.6
44
82
5
126
30
20
19
29
1.97
64814947--64815056
3
36.7
3
74
17
86
29
3
3
63
1.28
64818854--64818897
21
2.1
21
95
0
79
18
0
11
70
1.16
64820016--64820230
97
2.3
95
80
8
231
28
19
27
24
1.98
64822352--64822523
93
1.8
93
94
0
308
27
30
21
20
1.98
64822345--64822520
46
3.8
46
78
12
207
28
30
21
20
1.98
64825304--64825412
53
2.1
53
100
0
218
40
20
3
35
1.70
64826585--64826641
18
3.2
17
80
14
62
57
1
1
38
1.19
64830198--64830408
55
3.9
54
79
6
230
34
17
25
22
1.96
64830205--64830407
108
1.9
110
85
6
288
33
18
25
22
1.96
64830645--64830675
16
1.9
16
93
0
53
41
0
22
35
1.54
64832401--64832444
20
2.2
20
87
0
61
20
31
18
29
1.96
64832670--64832704
13
2.7
13
95
0
61
31
0
5
62
1.18
64833600--64833663
14
4.6
14
84
7
85
26
31
1
40
1.65
64834811--64834912
17
5.9
17
67
18
59
67
1
22
7
1.27
64834855--64834924
6
11.2
6
73
8
59
71
1
21
5
1.15
64834866--64834924
18
3.2
18
80
7
66
71
0
22
6
1.09
64836957--64837003
20
2.3
21
85
3
69
21
27
19
31
1.97
64837216--64837250
13
2.7
13
95
0
61
31
0
5
62
1.18
64839394--64839534
58
2.4
58
83
6
169
34
14
17
34
1.90
64839921--64840077
70
2.2
70
85
3
199
20
16
26
36
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
64839833--64840389
71
7.8
70
74
4
366
24
17
22
35
1.96
64839833--64840389
214
2.6
210
79
5
569
24
17
22
35
1.96
64844266--64844363
48
2.0
48
90
0
151
29
24
18
27
1.98
64844703--64844761
30
2.0
30
82
0
73
37
22
5
35
1.76
64869186--64869286
44
2.4
42
80
9
116
33
25
19
20
1.97
64875577--64875702
45
2.9
44
84
6
143
23
26
24
24
2.00
64876031--64876206
43
4.1
43
91
1
266
31
34
22
11
1.90
64876183--64876257
38
2.0
38
91
0
123
29
26
22
21
1.99
64877575--64877692
43
2.8
43
81
1
148
29
26
15
28
1.96
64887418--64887527
43
2.6
42
78
4
105
31
21
16
30
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316