genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11537454--11537521	32	2.1	32	94	0	118	27	0	33	38	1.57
11537658--11537960	157	1.9	157	94	0	534	44	3	4	47	1.41
11538839--11538868	13	2.3	13	100	0	60	60	13	6	20	1.55
11541929--11541954	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
11542732--11542777	17	2.6	17	79	3	56	67	4	4	23	1.27
11555776--11555877	51	2.0	51	92	3	170	27	7	25	39	1.83
11556796--11556833	10	3.4	12	79	20	55	39	0	0	60	0.97
11558961--11559010	26	1.9	26	100	0	100	42	12	6	40	1.67
11560241--11560271	12	2.6	12	94	0	53	35	12	9	41	1.76
11578686--11578783	40	2.5	40	84	0	133	35	22	11	30	1.89
11581939--11581981	22	1.9	22	85	4	59	23	4	4	67	1.28
11581958--11581996	18	2.1	19	86	13	55	23	7	2	66	1.30
11582601--11582648	25	1.9	25	100	0	96	25	14	18	41	1.88
11585492--11585562	35	2.0	35	94	0	124	33	5	16	43	1.72
11593017--11593042	13	2.0	13	100	0	52	23	7	23	46	1.78
11594772--11594828	22	2.6	22	78	10	55	7	12	7	73	1.23
11596729--11596772	21	2.1	21	91	4	72	15	4	0	79	0.89
11596729--11596767	11	3.6	12	77	22	50	15	5	0	79	0.90
11599158--11599188	13	2.4	13	94	0	53	29	32	25	12	1.93
11607363--11607387	11	2.3	11	100	0	50	40	20	0	40	1.52
11608127--11608446	46	7.0	46	92	0	489	23	23	15	38	1.92
11610094--11610357	46	5.7	46	93	0	404	22	24	14	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11621230--11621294	27	2.3	29	76	10	73	32	6	0	61	1.21
11621277--11621363	41	2.2	40	82	2	102	24	1	9	65	1.29
11623874--11624012	37	3.8	37	93	0	224	39	13	20	25	1.90
11623975--11624098	46	2.8	44	86	6	178	33	16	22	28	1.95
11628101--11628126	9	2.9	9	100	0	52	23	0	19	57	1.40
11629428--11629461	16	2.1	16	88	0	50	29	14	14	41	1.86
11633577--11633617	18	2.3	19	79	12	50	48	0	2	48	1.14
11636445--11636503	23	2.6	21	76	10	55	42	1	3	52	1.28
11639680--11639716	18	2.1	18	90	10	58	64	5	0	29	1.15
11639890--11639959	29	2.4	29	81	9	90	62	0	4	32	1.14
11659123--11659155	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
11665962--11666041	6	13.3	6	75	10	56	16	7	1	75	1.10
11665963--11666035	10	7.3	10	71	22	55	16	6	1	75	1.09
11665960--11666041	42	2.0	43	81	11	102	17	7	1	74	1.11
11667791--11667831	22	1.9	22	85	5	57	19	7	24	48	1.74
11668941--11668973	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
11673598--11673645	20	2.4	21	76	13	57	33	2	4	60	1.27
11673642--11673668	14	1.9	14	100	0	54	37	11	0	51	1.37
11673622--11673690	26	2.6	24	74	17	57	31	5	2	59	1.36
11676210--11676293	42	2.0	42	100	0	168	19	9	14	57	1.64
11676446--11676496	14	3.4	14	78	10	57	45	5	0	49	1.26
11676445--11676495	17	3.2	17	73	21	56	43	5	0	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11678411--11678518	26	4.2	26	95	0	198	32	7	25	35	1.84
11696008--11696151	60	2.4	62	86	10	199	27	18	25	28	1.98
11696016--11696121	28	3.7	27	72	21	90	28	18	26	26	1.98
11699058--11699117	26	2.3	26	79	0	75	36	20	23	20	1.95
11699709--11699814	53	2.0	53	100	0	212	37	18	7	35	1.80
11701003--11701057	21	2.7	21	80	8	60	47	3	25	23	1.68
11701024--11701069	21	2.2	21	88	7	67	56	4	19	19	1.58
11703815--11703871	29	2.0	29	100	0	114	26	31	14	28	1.94
11706111--11706175	32	2.0	32	81	3	76	29	10	23	36	1.88
11706135--11706223	33	2.7	33	74	8	92	29	11	23	35	1.90
11710471--11710517	3	15.3	3	78	12	51	63	0	6	29	1.19
11710466--11710516	18	2.8	17	85	11	57	64	0	5	29	1.17
11713777--11713830	27	2.0	27	100	0	108	18	33	7	40	1.78
11715462--11715490	7	4.1	7	100	0	58	58	13	27	0	1.36
11718081--11718252	46	3.7	46	94	0	290	22	19	28	30	1.98
11720421--11720456	18	2.1	18	89	5	56	66	0	0	33	0.92
11720748--11720825	36	2.2	36	88	9	115	37	12	12	37	1.82
11720745--11720817	19	3.9	19	92	7	132	35	15	10	38	1.82
11720936--11720974	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
11721167--11721440	45	6.1	45	78	6	295	26	27	14	31	1.95
11721167--11721366	89	2.2	90	87	5	289	24	28	15	33	1.95
11721380--11721674	78	3.8	78	88	1	430	25	23	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11730846--11730886	18	2.3	18	95	0	73	17	24	4	53	1.63
11733457--11733490	17	2.0	17	88	0	50	70	0	0	29	0.87
11733673--11733730	22	2.6	22	78	7	55	39	17	5	37	1.72
11733709--11733781	19	3.9	19	89	7	114	34	13	10	41	1.80
11733714--11733789	36	2.1	36	85	9	102	35	11	13	39	1.81
11733714--11733789	19	4.2	19	86	9	88	35	11	13	39	1.81
11733900--11733939	20	2.0	20	85	5	53	10	2	17	70	1.27
11734101--11734135	18	2.0	18	88	5	54	48	8	11	31	1.69
11734010--11734199	104	1.8	104	82	4	249	44	6	14	34	1.71
11737401--11737430	11	2.6	11	94	5	51	10	6	3	80	1.01
11738223--11738356	61	2.2	61	98	0	259	19	6	14	59	1.56
11741050--11741122	24	3.3	21	78	21	78	21	23	16	38	1.93
11741064--11741122	5	12.0	5	78	21	63	22	20	18	38	1.93
11741070--11741132	19	3.3	19	95	0	117	22	20	19	38	1.94
11745054--11746501	138	10.6	138	91	3	2316	31	16	22	29	1.96
11745033--11746501	412	3.6	413	92	2	2378	31	16	22	29	1.96
11745054--11746501	550	2.6	547	92	3	2351	31	16	22	29	1.96
11746432--11746756	138	2.4	135	92	2	544	30	15	21	32	1.95
11746769--11746952	87	2.2	82	88	8	264	26	18	28	26	1.98
11746918--11747004	44	2.0	43	88	2	129	29	16	31	22	1.96
11747154--11747252	44	2.3	43	84	5	128	36	12	24	27	1.91
11750540--11750688	25	5.9	26	80	13	143	18	22	24	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11750540--11750685	53	2.9	50	86	10	190	18	21	23	35	1.95
11750540--11750661	25	4.7	27	82	10	148	18	21	24	36	1.95
11757707--11757775	26	2.7	26	93	0	111	21	14	39	24	1.91
11772446--11772488	21	2.0	21	86	0	59	30	4	20	44	1.72
11788446--11788503	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
11788482--11788553	19	3.9	19	85	10	114	34	13	11	40	1.81
11788672--11788711	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
11790831--11790874	22	2.0	22	100	0	88	40	31	13	13	1.84
11793094--11793333	3	81.0	3	73	14	169	63	1	7	27	1.30
11793221--11793301	32	2.5	30	79	15	81	65	1	6	27	1.24
11794792--11795110	45	7.1	46	71	11	151	29	17	19	32	1.95
11794856--11795111	46	5.7	46	71	7	157	28	18	19	33	1.96
11794756--11795199	179	2.5	178	85	3	613	29	17	20	32	1.96
11795181--11795376	88	2.2	89	85	2	252	31	21	19	28	1.97
11795444--11795716	44	5.7	44	70	21	181	26	21	20	30	1.98
11795476--11795716	54	4.8	53	70	20	171	26	21	19	31	1.98
11795454--11795725	96	2.7	98	88	5	395	27	21	19	31	1.98
11796117--11796258	46	3.1	46	82	0	167	25	25	14	35	1.93
11796662--11796765	53	2.0	53	90	3	165	52	9	16	21	1.71
11797128--11797158	15	2.1	15	100	0	62	0	0	12	87	0.55
11800509--11800553	19	2.3	20	88	7	67	42	13	22	22	1.88
11802495--11802769	3	92.7	3	72	10	183	61	1	6	29	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11802537--11802658	22	5.7	22	70	16	71	65	3	5	25	1.30
11802668--11802763	43	2.3	42	82	15	110	56	1	6	36	1.32
11805607--11805657	18	2.7	19	81	3	59	39	17	23	19	1.92
11808910--11809063	76	2.0	76	92	2	256	31	5	20	41	1.76
11810914--11810944	12	2.6	12	94	0	53	22	41	29	6	1.78
11821235--11821297	21	2.9	21	75	9	63	33	25	26	14	1.94
11841738--11841795	29	2.0	28	90	3	89	29	17	24	29	1.97
11842690--11842735	3	17.0	3	79	20	57	32	0	0	67	0.91
11842689--11842735	8	5.9	8	94	0	76	34	0	0	65	0.93
11842849--11842903	5	11.4	5	88	7	87	40	0	1	58	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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