Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  46  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13212464--13212531
16
4.2
16
92
0
109
29
0
35
35
1.58
13212767--13212801
18
2.0
17
88
5
52
54
0
0
45
0.99
13212661--13212967
157
2.0
157
97
0
578
44
2
4
47
1.39
13212904--13212945
15
2.7
16
82
14
52
52
2
0
45
1.13
13212913--13212954
15
2.9
15
82
10
52
52
0
0
47
1.00
13214450--13214484
16
2.2
16
89
0
52
91
5
2
0
0.50
13220562--13220620
14
4.3
14
75
10
59
35
0
3
61
1.13
13223855--13223927
38
1.9
38
91
0
119
20
28
21
28
1.98
13225280--13225309
15
2.0
15
100
0
60
20
6
20
53
1.67
13228655--13228696
17
2.5
17
85
11
59
33
0
9
57
1.31
13230132--13230185
27
2.0
27
100
0
108
48
22
3
25
1.67
13232699--13232747
26
2.0
24
84
8
62
63
8
0
28
1.23
13232738--13232822
41
2.1
40
82
2
98
65
10
3
20
1.37
13238371--13238428
31
1.9
30
82
10
73
41
0
3
55
1.17
13238383--13238444
27
2.3
26
76
10
63
45
0
1
53
1.10
13238969--13239052
42
2.0
42
90
0
132
59
2
4
33
1.31
13239145--13239189
14
3.0
15
83
9
65
46
8
6
37
1.61
13240391--13240447
26
2.0
28
83
12
73
35
7
5
52
1.51
13241114--13241140
7
3.9
7
100
0
54
44
11
0
44
1.39
13244527--13244564
20
1.9
20
88
0
58
57
5
5
31
1.43
13252345--13252394
24
2.1
24
88
0
73
56
8
4
32
1.47
13262868--13262905
18
2.1
19
90
5
60
42
5
7
44
1.56
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13264995--13265039
17
2.6
18
83
13
58
4
8
8
77
1.10
13265702--13265903
92
2.2
92
90
0
314
25
19
19
35
1.96
13265964--13266220
89
2.9
89
81
5
270
31
22
14
31
1.94
13265964--13266181
45
4.9
45
79
8
203
30
22
14
32
1.94
13265963--13266228
44
6.0
44
76
9
236
30
21
15
32
1.94
13269545--13269793
50
4.8
50
84
4
275
20
29
23
26
1.99
13269544--13269793
100
2.4
104
87
6
348
21
29
23
26
1.99
13269888--13269919
13
2.5
13
94
0
55
56
12
0
31
1.37
13270131--13270187
30
1.9
30
85
3
80
31
22
3
42
1.71
13281407--13281465
29
2.0
29
93
0
100
30
20
15
33
1.93
13291593--13291627
10
3.6
10
88
7
54
37
0
0
62
0.95
13291586--13291634
18
2.5
19
83
12
64
38
0
0
61
0.96
13314272--13314386
58
2.0
59
92
1
196
27
11
14
46
1.79
13323047--13323087
21
2.0
21
90
0
64
19
29
21
29
1.98
13328081--13328140
31
1.9
31
87
12
88
43
6
11
38
1.68
13331275--13331559
144
2.0
143
93
0
489
30
11
19
39
1.86
13332423--13332472
25
2.0
25
92
0
82
24
6
34
36
1.80
13333272--13333327
29
1.9
29
88
0
85
33
0
10
55
1.35
13334441--13334499
29
2.0
30
93
3
102
33
1
10
54
1.44
13340665--13340758
42
2.2
42
86
0
134
18
22
36
23
1.95
13342907--13342933
5
5.4
5
100
0
54
18
0
0
81
0.69
13343922--13343954
16
2.1
16
100
0
66
18
0
33
48
1.48
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13347500--13347539
12
3.3
12
92
0
62
55
5
0
40
1.22
13349391--13349554
79
2.0
81
86
4
226
42
6
9
42
1.62
13352403--13352497
31
3.2
29
79
16
97
43
10
10
35
1.74
13354934--13354977
20
2.2
21
84
11
58
65
2
0
31
1.05
13359968--13360060
10
9.8
9
72
14
71
62
4
0
33
1.15
13360487--13360688
9
21.4
9
67
18
58
36
1
3
58
1.24
13360487--13360561
27
2.6
28
83
10
89
36
2
4
57
1.32
13360575--13360666
18
5.1
18
68
6
69
35
1
3
59
1.21
13361733--13361770
14
2.6
15
84
15
53
52
2
0
44
1.14
13361736--13361766
16
1.9
16
93
0
53
48
3
0
48
1.17
13375017--13375048
4
7.8
4
96
3
55
78
21
0
0
0.76
13381961--13382021
30
2.0
30
96
0
113
32
13
8
45
1.72
13382980--13383057
39
2.0
39
97
0
147
28
17
8
44
1.79
13383859--13383909
23
2.2
24
82
10
61
74
1
19
3
1.07
13388396--13388483
5
18.0
5
95
4
162
39
0
0
60
0.97
13389264--13389344
40
2.0
40
82
0
99
35
8
16
39
1.79
13389554--13389578
12
2.1
12
100
0
50
16
24
20
40
1.91
13389556--13389662
45
2.4
45
88
3
162
20
18
19
41
1.91
13389646--13389687
6
6.8
6
91
2
57
19
21
16
42
1.89
13394565--13394626
30
2.1
30
90
0
97
30
14
27
27
1.95
13394595--13394669
38
2.0
38
94
0
132
33
12
25
29
1.92
13395277--13395420
56
2.6
56
88
0
225
25
17
24
32
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13399500--13399535
14
2.6
14
90
0
54
80
2
0
16
0.83
13400125--13400171
3
15.7
3
100
0
94
31
0
0
68
0.90
13400283--13400322
18
2.3
17
86
4
53
42
5
0
52
1.23
13400436--13400484
20
2.5
20
75
0
53
38
4
2
55
1.31
13400581--13400630
15
3.3
15
83
5
57
38
2
6
54
1.37
13400581--13400631
13
4.1
13
75
10
52
37
1
5
54
1.36
13400610--13400719
26
4.5
26
67
18
74
34
9
3
52
1.50
13401761--13401819
27
2.2
28
84
9
86
44
3
3
49
1.36
13401860--13401897
20
1.9
20
94
0
67
34
10
0
55
1.34
13402516--13402555
19
2.1
19
86
9
55
47
0
10
42
1.37
13402716--13402745
13
2.3
13
94
0
51
46
0
0
53
1.00
13403753--13403804
24
2.2
24
89
0
77
55
9
1
32
1.43
13404973--13405020
19
2.5
20
83
10
55
37
0
4
58
1.18
13405454--13405508
21
2.5
22
73
2
58
45
1
5
47
1.36
13405909--13405968
29
2.0
31
83
6
79
51
8
11
28
1.67
13406001--13406034
18
1.9
17
88
5
50
20
2
8
67
1.31
13407123--13407165
11
4.3
10
78
21
54
27
0
2
69
1.00
13410686--13410716
15
2.1
15
93
0
53
9
35
0
54
1.33
13414722--13414753
4
7.8
4
93
6
55
28
0
21
50
1.49
13432524--13432618
25
3.8
25
92
0
154
32
18
23
25
1.97
13432524--13432642
25
4.7
25
86
2
121
30
20
24
25
1.99
13453211--13453269
29
2.0
29
83
9
75
54
15
3
27
1.57
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13457868--13457926
24
2.5
22
77
17
66
55
5
6
32
1.48
13457865--13457986
26
4.8
24
69
21
72
57
2
8
31
1.41
13458414--13458494
3
28.3
3
70
20
50
64
2
4
28
1.27
13458420--13458498
26
3.1
25
75
18
74
65
1
6
26
1.24
13460331--13460366
13
2.6
14
91
4
56
66
11
11
11
1.45
13460394--13460595
76
2.7
76
88
1
298
36
22
13
27
1.92
13460524--13460777
89
2.9
87
87
5
350
37
21
16
24
1.93
13460671--13460705
14
2.5
14
95
0
61
54
8
20
17
1.68
13460685--13460844
73
2.2
72
89
3
248
32
20
18
28
1.96
13470466--13470564
51
2.0
51
84
6
130
35
4
2
58
1.28
13471083--13471154
35
2.2
34
85
9
96
38
4
9
47
1.56
13471096--13471171
17
4.3
18
70
11
68
40
5
6
47
1.52
13476227--13476265
19
2.1
19
90
0
60
48
0
2
48
1.15
13482059--13482112
20
2.7
20
78
13
58
50
0
1
48
1.11
13482059--13482112
21
2.7
20
81
13
58
50
0
1
48
1.11
13491310--13491378
22
3.1
22
74
13
61
21
13
2
62
1.44
13491609--13491641
11
2.9
12
86
13
52
66
0
0
33
0.92
13494975--13495180
96
2.1
99
83
7
262
39
0
17
42
1.56
13495156--13495185
15
2.0
15
93
0
51
16
0
36
46
1.47
13495253--13495798
126
4.3
126
89
2
801
33
17
21
27
1.96
13497608--13497673
30
2.2
30
81
10
73
7
19
43
28
1.78
13498171--13498197
7
3.9
7
100
0
54
59
14
0
25
1.36
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13498163--13498196
14
2.4
14
90
0
50
64
8
0
26
1.22
13499344--13499392
22
2.2
21
78
7
53
44
2
24
28
1.65
13499358--13499400
11
3.9
11
90
0
68
44
0
27
27
1.55
13507171--13507404
116
2.0
116
96
0
432
34
17
17
31
1.93
13507647--13507727
39
2.1
39
100
0
162
38
17
7
37
1.78
13510054--13510199
73
2.0
73
90
0
229
30
13
13
43
1.82
13511896--13511961
33
2.0
33
91
5
107
30
37
9
22
1.85
13519014--13519056
16
2.7
16
100
0
86
46
0
25
27
1.53
13519042--13519095
28
2.0
28
81
3
65
40
0
37
22
1.54
13522874--13522935
24
2.6
24
78
12
74
54
1
0
43
1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316