genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18487989--18488027	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
18488097--18488138	18	2.4	17	81	14	50	33	4	7	54	1.49
18510474--18510597	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
18510474--18510707	37	5.8	45	86	9	198	26	20	16	36	1.94
18510560--18510734	37	4.8	37	94	1	289	25	20	14	40	1.90
18513402--18513624	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
18513402--18513624	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
18513402--18513657	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
18521386--18521608	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
18521386--18521608	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
18521386--18521641	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
18525016--18525063	13	3.8	12	82	15	53	83	0	14	2	0.74
18525015--18525063	18	2.6	19	87	6	73	83	0	14	2	0.73
18525016--18525063	26	1.9	24	87	8	69	83	0	14	2	0.74
18526020--18526413	45	8.9	45	82	8	443	28	19	26	25	1.99
18528393--18528435	15	2.8	15	86	10	52	27	2	0	69	1.00
18528634--18528696	3	21.0	3	100	0	126	33	0	0	66	0.92
18529681--18529705	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
18532246--18532543	84	3.7	83	79	8	308	36	16	25	21	1.94
18532334--18532473	75	1.9	75	93	0	244	37	16	21	24	1.93
18532250--18532543	159	1.8	159	85	1	410	36	16	24	22	1.94
18532409--18532562	84	1.8	84	88	0	236	36	17	24	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18533160--18533204	22	2.0	22	95	0	81	44	6	0	48	1.29
18533534--18533694	78	2.1	78	95	0	286	41	13	16	28	1.86
18534075--18534219	75	1.9	75	90	0	227	24	22	15	37	1.93
18534150--18534318	93	1.8	93	88	0	257	23	27	17	31	1.97
18536867--18536947	41	2.0	41	97	0	153	37	23	22	17	1.94
18544350--18544475	42	3.0	42	86	0	153	28	12	25	33	1.92
18544399--18544496	42	2.3	42	84	3	117	31	17	22	28	1.96
18551189--18551335	42	3.3	42	83	8	170	28	28	14	28	1.95
18551242--18551347	49	2.2	48	89	3	158	31	29	13	26	1.94
18551258--18551427	47	3.6	46	84	3	169	30	28	14	26	1.95
18551447--18551533	31	2.8	31	87	0	138	28	27	18	25	1.98
18551509--18551685	50	3.5	50	91	0	282	25	22	16	35	1.95
18553855--18553912	29	2.0	29	100	0	116	37	17	13	31	1.89
18559077--18559106	14	2.1	15	93	6	53	66	0	0	33	0.92
18570561--18570624	22	2.8	23	90	7	103	68	0	23	7	1.15
18571064--18571180	61	1.9	61	83	0	153	36	5	14	43	1.68
18574210--18574239	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
18574638--18574749	27	4.1	27	82	3	118	17	24	22	35	1.95
18574638--18574749	54	2.1	54	86	3	154	17	24	22	35	1.95
18581630--18581738	27	4.0	27	82	3	103	19	23	21	35	1.96
18581627--18581736	54	2.0	54	85	3	150	18	24	20	36	1.95
18584629--18584689	23	2.7	23	82	2	79	42	42	3	11	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18587364--18587444	23	3.4	23	78	6	90	45	35	3	14	1.63
18594890--18594944	22	2.5	22	88	5	76	27	21	20	30	1.98
18597304--18597355	20	2.5	20	75	6	50	32	25	26	15	1.95
18600260--18600612	47	7.5	46	93	1	526	29	29	8	32	1.87
18610269--18610320	25	2.0	26	85	3	70	25	23	0	51	1.48
18613599--18613631	11	3.0	11	91	8	50	27	3	0	69	1.03
18627694--18627882	94	2.0	95	95	1	344	24	14	13	48	1.79
18639602--18639645	20	2.2	20	83	4	52	52	2	0	45	1.13
18644981--18645026	24	1.9	24	100	0	92	47	4	0	47	1.21
18651454--18651544	15	6.0	15	68	25	50	47	1	1	50	1.15
18651512--18651538	13	2.1	13	100	0	54	37	0	0	62	0.95
18652405--18652437	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
18652718--18653040	46	7.0	46	91	2	454	21	23	13	40	1.90
18655134--18655201	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
18655540--18655653	41	2.7	41	93	2	183	24	14	23	36	1.93
18659335--18659373	20	1.9	20	84	5	51	7	23	15	53	1.67
18681197--18681552	94	3.8	94	81	9	399	23	27	18	29	1.98
18681197--18681552	47	7.6	45	74	13	274	23	27	18	29	1.98
18681197--18681549	187	1.9	186	82	8	439	23	27	18	29	1.98
18682272--18682296	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
18688790--18689094	47	6.5	46	73	11	224	22	28	20	29	1.98
18688792--18689094	141	2.1	141	81	10	334	22	28	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18691790--18691819	13	2.3	13	94	0	51	36	3	0	60	1.14
18695378--18695468	44	2.1	44	85	0	119	21	19	21	36	1.95
18697154--18697212	25	2.4	25	88	2	93	57	3	25	13	1.52
18713980--18714021	13	3.1	14	83	13	52	14	14	9	61	1.55
18716123--18716160	15	2.5	15	86	0	58	36	2	0	60	1.11
18717360--18717408	24	2.0	24	92	0	80	16	12	16	55	1.70
18718300--18718331	10	3.2	10	100	0	64	40	0	31	28	1.57
18722704--18722765	29	2.1	29	96	0	115	50	9	19	20	1.76
18726954--18727068	27	4.3	26	86	5	140	36	24	22	16	1.94
18726954--18727068	54	2.1	54	87	6	162	36	24	22	16	1.94
18728686--18728795	26	4.2	26	94	2	168	35	24	5	34	1.79
18729334--18729380	25	1.9	24	91	4	76	65	2	8	23	1.31
18734717--18734792	23	3.5	22	81	13	70	68	5	5	21	1.29
18740698--18740743	19	2.4	18	82	10	56	21	23	10	43	1.84
18749003--18749639	177	3.6	177	89	1	947	32	18	22	26	1.97
18751251--18751299	11	4.3	11	76	19	55	36	2	2	59	1.21
18751372--18751409	15	2.5	15	86	0	58	36	2	0	60	1.11
18753142--18753179	18	2.1	18	100	0	76	36	5	21	36	1.76
18754388--18754427	21	2.0	20	85	5	53	40	0	2	57	1.12
18754434--18754478	19	2.4	19	81	11	56	51	2	0	46	1.13
18754825--18754881	28	2.0	28	89	0	87	43	12	17	26	1.84
18757042--18757079	18	2.1	18	100	0	76	50	10	28	10	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18770690--18770725	15	2.2	18	85	14	51	27	0	5	66	1.13
18771017--18771047	14	2.2	14	94	0	53	25	6	6	61	1.45
18772500--18772535	13	2.8	13	91	0	54	30	2	11	55	1.49
18782367--18782516	75	2.0	75	98	0	291	34	14	21	30	1.92
18783276--18783380	52	2.0	52	96	0	192	37	6	18	38	1.77
18784371--18784584	103	2.1	101	79	8	229	35	16	21	26	1.94
18788912--18788954	20	2.2	20	91	0	68	27	23	13	34	1.93
18788917--18788990	20	3.6	21	82	8	82	25	16	17	40	1.90
18788923--18789049	21	6.1	21	71	8	73	21	20	16	41	1.90
18788923--18789006	41	2.0	41	84	4	107	23	17	16	41	1.89
18795480--18795614	67	2.0	67	95	0	243	42	17	7	31	1.77
18798085--18798121	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
18801602--18801631	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
18805181--18805223	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
18805204--18805236	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
18805215--18805309	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
18805471--18805505	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
18805429--18805501	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
18805607--18805648	17	2.5	17	85	14	52	54	0	0	45	0.99
18805614--18805648	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
18805390--18805660	143	1.9	147	93	4	478	46	3	2	46	1.34
18805402--18805790	129	2.8	142	81	12	384	49	4	2	43	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18805598--18805830	129	1.8	129	94	1	414	49	6	2	42	1.39
18805743--18805777	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
18805818--18805864	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
18805837--18805870	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
18805903--18806096	92	2.1	91	88	5	284	46	4	4	44	1.41
18807496--18807522	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
18829342--18829386	15	3.0	15	90	0	63	13	22	6	57	1.59
18829358--18829405	25	1.9	25	82	0	60	8	20	12	58	1.60
18830322--18830362	14	2.9	15	82	14	59	39	12	0	48	1.41
18834415--18834441	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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