genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70343088--70343230	54	2.6	54	76	10	132	38	19	11	30	1.87
70343721--70343783	32	2.0	32	90	0	99	22	22	22	33	1.97
70346785--70346809	13	1.9	13	100	0	50	0	32	0	68	0.90
70351349--70351394	21	2.2	21	100	0	92	26	23	4	45	1.71
70351500--70351619	44	2.8	42	76	8	116	31	28	17	22	1.97
70358429--70358554	46	2.7	46	91	0	198	21	20	26	30	1.98
70360163--70360324	43	3.8	43	79	7	152	31	29	17	22	1.96
70362010--70362044	17	2.1	17	100	0	70	45	11	5	37	1.64
70370929--70371070	72	2.0	72	91	0	230	35	23	12	28	1.91
70371273--70371297	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
70372381--70372553	43	4.0	43	66	16	115	25	17	25	31	1.97
70376921--70376970	25	2.0	25	100	0	100	32	12	24	32	1.91
70377105--70377209	42	2.5	43	79	1	122	27	17	22	32	1.96
70377066--70377222	43	3.7	43	70	16	119	26	17	25	31	1.97
70379629--70379658	12	2.5	12	94	0	51	26	30	26	16	1.97
70379960--70380084	41	3.1	41	61	26	95	41	14	16	28	1.87
70379935--70380091	79	2.0	79	97	0	296	39	17	14	28	1.89
70381683--70381718	18	2.0	18	94	0	63	58	22	8	11	1.59
70384525--70384798	39	7.0	38	86	3	314	29	27	20	21	1.98
70384541--70384798	78	3.3	78	86	2	365	29	26	21	22	1.99
70384524--70384798	117	2.3	117	85	3	365	29	27	20	21	1.98
70386947--70387045	48	2.1	48	98	0	189	31	15	14	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70393618--70393655	19	2.0	19	89	0	58	44	5	26	23	1.74
70396939--70397116	79	2.3	79	93	3	297	27	25	21	25	2.00
70396939--70397115	40	4.5	41	87	7	260	27	25	22	24	2.00
70405055--70405228	40	4.4	39	89	5	262	28	25	21	24	1.99
70405063--70405216	78	2.0	77	93	1	263	30	25	20	23	1.99
70433466--70433562	27	3.6	27	84	4	115	26	26	17	28	1.98
70437687--70437889	44	4.7	44	79	11	222	33	27	16	23	1.96
70437687--70437889	86	2.3	86	84	9	254	33	27	16	23	1.96
70440981--70441165	40	4.6	39	82	5	194	24	22	27	25	2.00
70441034--70441198	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
70443108--70443181	23	3.2	23	81	9	89	33	18	21	25	1.96
70443112--70443181	24	3.0	24	87	2	97	35	18	20	25	1.95
70445405--70445446	21	2.0	21	95	0	75	38	7	23	30	1.82
70448720--70448790	37	2.0	35	83	10	90	39	2	2	54	1.29
70457071--70457200	49	2.6	50	80	6	158	26	26	20	25	1.99
70458871--70459140	48	5.6	47	80	2	270	28	18	28	24	1.98
70458874--70459141	96	2.8	96	83	2	333	29	18	28	23	1.98
70458858--70459140	144	2.0	144	84	4	374	28	18	28	25	1.98
70464654--70465009	40	8.9	40	89	0	541	25	29	21	23	1.99
70471784--70471833	21	2.4	21	93	0	82	20	20	14	46	1.84
70475702--70475852	28	5.4	28	91	1	214	33	28	12	25	1.92
70478126--70478179	26	2.1	26	100	0	108	35	3	22	38	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70479917--70479970	27	2.1	25	83	10	65	24	3	0	72	1.01
70483890--70483925	6	6.0	6	96	0	63	16	33	13	36	1.89
70492613--70492690	39	2.0	39	97	0	147	42	14	17	25	1.87
70493766--70493808	21	2.0	21	86	0	59	13	11	23	51	1.74
70494176--70494209	3	11.3	3	93	0	59	70	0	29	0	0.87
70515487--70515624	40	3.5	40	87	3	145	26	27	20	26	1.99
70515521--70515677	40	3.9	39	80	7	156	26	26	21	25	2.00
70515521--70515677	79	2.0	80	82	6	194	26	26	21	25	2.00
70523488--70523672	79	2.3	80	82	9	218	26	28	22	23	1.99
70523488--70523672	40	4.7	40	80	7	207	26	28	22	23	1.99
70527855--70528156	39	7.6	39	88	5	355	24	26	21	26	2.00
70535268--70535467	44	4.5	44	86	4	278	25	28	21	25	1.99
70535305--70535472	89	1.9	89	94	0	300	27	27	20	24	1.99
70543802--70544242	48	9.1	48	92	0	684	30	24	6	37	1.81
70547162--70547277	45	2.6	44	86	6	155	25	29	19	25	1.99
70551074--70551147	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
70554360--70554406	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
70556076--70556181	48	2.2	48	83	12	130	14	24	1	59	1.45
70556113--70556181	18	4.2	18	64	27	53	15	26	1	56	1.48
70558747--70558793	20	2.3	20	88	0	76	19	14	36	29	1.92
70572713--70572761	23	2.1	23	100	0	98	26	16	14	42	1.86
70573443--70573558	44	2.7	43	83	4	126	19	19	27	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70574750--70575160	46	8.7	48	73	14	231	27	18	29	24	1.98
70574796--70575160	49	7.7	49	75	11	282	26	19	29	24	1.98
70574836--70575158	47	6.8	47	74	9	221	26	19	28	25	1.98
70574936--70575160	96	2.3	96	96	0	405	25	20	28	24	1.99
70574789--70575063	146	1.9	140	81	7	329	26	18	30	24	1.98
70583092--70583202	55	2.0	55	82	0	132	29	29	25	15	1.96
70584772--70584994	119	1.9	120	83	6	292	25	27	21	24	1.99
70584770--70584994	40	5.7	40	85	6	278	25	28	21	24	1.99
70591773--70591944	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
70593530--70593789	40	6.5	40	92	0	421	27	21	28	23	1.99
70610387--70610432	19	2.4	19	85	3	56	32	21	10	34	1.88
70610442--70610536	40	2.4	40	81	0	109	24	26	17	31	1.97
70610467--70610515	20	2.5	20	75	0	53	28	24	16	30	1.96
70615549--70615608	31	1.9	31	100	0	120	30	16	30	23	1.96
70615578--70616271	330	2.1	332	92	2	1182	30	14	24	30	1.95
70616241--70616300	31	1.9	31	93	0	102	26	15	33	25	1.95
70620606--70620666	30	2.0	30	87	0	86	42	0	37	19	1.52
70620708--70620744	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
70622472--70622516	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
70631513--70631619	37	2.9	37	95	0	187	28	31	17	22	1.97
70631768--70632352	48	12.1	48	94	1	965	30	26	6	36	1.82
70644875--70644941	21	3.1	22	75	14	59	8	2	14	73	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70645849--70645913	11	5.8	11	78	8	60	21	7	1	69	1.22
70646050--70646108	23	2.6	23	83	0	64	30	10	3	55	1.49
70645994--70646138	3	48.3	3	68	13	75	29	9	2	58	1.41
70646601--70646630	15	2.0	15	93	0	51	33	3	0	63	1.11
70646772--70646842	28	2.6	26	80	12	65	32	5	2	59	1.35
70646796--70646857	27	2.3	28	86	5	83	29	3	6	61	1.37
70647071--70647131	18	3.4	18	73	8	70	29	9	9	50	1.67
70647059--70647131	36	2.0	36	100	0	146	27	10	8	53	1.64
70648414--70648466	27	2.0	26	82	10	63	52	7	9	30	1.61
70648789--70648834	3	15.7	3	80	13	51	63	4	2	30	1.26
70650279--70650317	12	3.2	12	81	0	51	20	5	10	64	1.44
70654304--70655036	176	4.1	177	84	4	863	27	22	17	31	1.97
70658922--70660085	612	1.9	612	98	0	2247	29	23	16	30	1.96
70661074--70661279	28	7.4	28	91	2	281	32	28	13	25	1.94
70668256--70668461	28	7.4	28	90	2	272	32	29	13	25	1.94
70670791--70670876	40	2.2	40	100	0	172	26	0	22	51	1.48
70684217--70684260	19	2.3	19	88	0	61	43	18	2	36	1.63
70684562--70684595	18	1.9	17	94	5	59	26	8	0	64	1.22
70695352--70695400	25	2.0	25	83	0	62	34	8	16	40	1.78
70702917--70702955	20	2.0	20	89	0	60	71	0	0	28	0.86
70710484--70710591	38	2.8	38	87	0	162	36	30	23	10	1.88
70715204--70715450	40	6.2	40	77	12	226	23	22	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70715246--70715450	79	2.6	79	85	3	261	23	21	28	26	1.99
70732211--70732456	40	6.2	40	78	12	233	22	21	28	26	1.99
70732252--70732433	79	2.3	80	90	0	276	22	21	29	26	1.99
70732252--70732456	79	2.6	79	85	3	270	22	21	28	26	1.99
70736753--70737051	145	2.0	147	90	2	469	32	21	12	33	1.91
70741246--70741274	8	3.6	8	100	0	58	65	0	0	34	0.93
70741687--70741725	19	1.9	19	85	10	51	41	0	2	56	1.13
70741950--70741991	21	2.0	21	86	9	59	50	7	11	30	1.66
70742133--70742185	29	1.9	28	88	11	83	49	7	7	35	1.60
70760728--70760797	25	2.8	25	88	0	104	24	22	25	27	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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