genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27043792--27043817	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
27046143--27046361	46	4.7	46	76	14	184	27	19	29	23	1.98
27047500--27047546	21	2.2	21	96	0	85	10	36	29	23	1.89
27053769--27053946	95	1.9	96	84	4	243	29	17	26	25	1.97
27057671--27057873	41	5.0	41	79	5	198	34	23	13	28	1.93
27057671--27057874	82	2.5	81	81	3	219	34	24	13	27	1.93
27059609--27059711	37	2.8	37	92	0	170	25	31	19	24	1.98
27059852--27060499	48	13.5	48	98	0	1215	30	29	7	33	1.84
27059852--27060824	144	6.6	144	84	8	1271	30	28	6	34	1.83
27059852--27060824	96	9.9	96	85	7	1262	30	28	6	34	1.83
27060478--27060520	21	2.0	21	95	0	77	32	23	4	39	1.75
27060430--27060568	69	2.0	69	95	0	251	31	25	5	36	1.80
27060382--27060616	117	2.0	117	95	0	425	31	26	5	36	1.81
27060499--27060824	48	6.8	48	96	0	573	30	27	5	36	1.80
27060334--27060664	165	2.0	165	95	0	599	31	26	6	35	1.81
27060286--27060712	213	2.0	213	94	0	755	31	27	5	35	1.80
27074281--27074324	15	3.0	15	80	6	54	52	2	4	40	1.34
27078279--27078320	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
27079001--27079058	21	2.7	22	75	19	68	24	8	1	65	1.30
27083844--27084010	43	3.9	43	81	6	187	31	26	16	25	1.96
27087900--27087939	19	2.1	19	100	0	80	67	5	0	27	1.11
27087957--27088022	29	2.3	29	82	7	73	54	3	10	31	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27087957--27088025	30	2.3	30	82	5	77	55	2	10	31	1.48
27090846--27091092	55	4.7	51	76	11	182	36	16	24	22	1.94
27090845--27091053	108	1.9	108	83	10	275	35	16	24	22	1.95
27091161--27091205	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
27091284--27091314	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
27095398--27095585	55	3.5	53	77	5	162	36	18	23	21	1.95
27095402--27095602	108	1.8	110	86	4	291	35	18	23	21	1.95
27096957--27097476	177	3.0	173	84	5	660	26	26	17	29	1.98
27097204--27097488	88	3.2	87	66	9	218	26	27	17	28	1.98
27107581--27107646	33	2.0	33	96	0	123	28	25	15	30	1.96
27111277--27111505	125	1.8	125	88	1	352	38	15	17	28	1.90
27112218--27112273	26	2.2	25	87	3	76	50	1	14	33	1.53
27115832--27115877	22	2.1	22	95	0	83	34	13	21	30	1.91
27117286--27117324	20	2.0	20	85	10	53	17	20	12	48	1.80
27117287--27117378	20	4.6	19	72	12	51	16	17	10	55	1.69
27117281--27117391	21	5.5	21	70	15	65	16	19	9	54	1.70
27125409--27125541	56	2.4	56	89	2	196	35	25	12	26	1.92
27128362--27128390	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
27130446--27130508	26	2.4	27	81	2	65	31	23	14	30	1.94
27134888--27134936	24	2.0	24	100	0	98	42	12	20	24	1.86
27135613--27135690	33	2.3	33	84	4	93	25	1	15	57	1.46
27158441--27158483	19	2.4	18	85	11	61	41	0	32	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27162026--27162216	96	2.0	96	91	0	310	35	31	18	14	1.90
27162187--27162335	78	2.0	71	85	11	194	32	31	21	14	1.93
27162374--27162464	21	4.2	21	80	8	92	18	54	5	20	1.63
27162374--27162446	24	3.2	24	84	5	89	19	57	4	19	1.56
27169698--27169737	21	1.9	21	89	0	62	25	32	12	30	1.92
27176574--27176629	28	2.0	28	96	0	103	33	3	10	51	1.54
27180136--27180217	43	1.9	43	89	0	128	32	20	14	31	1.93
27182065--27182101	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
27184641--27184679	19	2.1	19	100	0	78	53	0	10	35	1.35
27184728--27184794	31	2.2	31	86	0	89	53	8	4	32	1.52
27187946--27188292	175	2.0	175	94	0	606	45	4	7	42	1.52
27196371--27196406	17	2.1	18	89	5	56	75	2	11	11	1.16
27201160--27201221	30	2.1	30	100	0	124	58	9	9	22	1.59
27201638--27201671	9	3.8	9	92	0	59	8	11	0	79	0.94
27201687--27201760	36	2.0	36	85	12	98	21	5	4	68	1.26
27201714--27201761	18	2.7	17	75	9	51	27	4	2	66	1.21
27201776--27201845	22	3.1	22	78	10	63	41	0	1	57	1.08
27202312--27202374	26	2.4	27	83	2	74	50	3	1	44	1.27
27202378--27202444	35	1.9	35	81	6	82	13	8	4	73	1.23
27202503--27202546	21	2.1	21	84	16	56	36	2	0	61	1.09
27202648--27202695	18	2.8	18	75	15	57	60	0	0	39	0.97
27205692--27205767	30	2.5	30	91	0	125	23	22	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27208066--27208090	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
27212936--27212977	14	3.3	13	78	15	52	38	0	2	59	1.10
27212964--27213030	31	2.0	34	86	11	95	43	1	0	55	1.09
27213000--27213098	10	10.4	9	77	12	65	44	1	3	51	1.23
27213046--27213108	29	2.2	29	91	2	101	41	0	3	55	1.16
27213769--27213896	35	3.6	36	75	12	102	56	2	0	40	1.18
27213857--27213914	22	2.5	24	83	10	68	60	1	0	37	1.07
27213857--27213923	23	2.9	22	82	10	64	58	1	0	40	1.07
27213935--27213986	18	2.9	18	80	5	61	67	0	3	28	1.08
27213984--27214069	18	4.6	17	69	17	55	74	3	9	12	1.18
27213940--27214014	37	2.0	36	82	10	89	69	2	5	22	1.22
27214117--27214171	28	2.0	27	89	3	83	27	16	16	40	1.89
27219241--27219290	18	2.8	18	71	14	50	66	2	0	32	1.03
27219491--27219527	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
27229605--27229661	29	2.0	29	100	0	114	35	21	10	33	1.87
27238671--27238749	36	2.2	36	95	0	140	45	7	25	21	1.78
27246306--27246432	42	3.0	43	72	14	118	28	22	25	23	1.99
27253078--27253193	42	2.7	42	74	13	103	29	21	23	25	1.99
27253120--27253224	42	2.5	42	74	10	97	28	23	23	23	2.00
27271163--27271208	17	2.6	18	83	10	60	19	43	23	13	1.86
27274526--27274579	26	2.1	26	100	0	108	29	7	27	35	1.84
27279157--27279191	12	2.9	12	100	0	70	34	22	0	42	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27279738--27279819	17	4.8	17	79	10	87	34	23	2	40	1.68
27279767--27279815	11	4.4	11	78	14	55	38	22	0	38	1.54
27279980--27280127	79	1.8	78	84	5	179	37	20	1	39	1.62
27279971--27280143	79	2.3	76	77	11	176	37	19	1	41	1.59
27282119--27282153	13	2.7	13	95	0	61	60	5	0	34	1.21
27282115--27282156	13	2.9	14	86	13	59	59	4	0	35	1.19
27282108--27282162	13	4.1	13	72	22	51	56	3	0	40	1.17
27282599--27282660	12	5.3	12	72	12	58	61	3	0	35	1.12
27283684--27283742	23	2.6	22	75	19	59	42	22	13	22	1.88
27290716--27290829	27	4.2	27	81	5	133	36	22	21	18	1.95
27300358--27300444	44	2.0	44	88	0	129	32	13	5	48	1.66
27302514--27302558	20	2.2	20	88	0	63	48	2	11	37	1.51
27304426--27304480	22	2.5	22	85	2	76	18	32	30	18	1.95
27305232--27305320	43	2.0	44	89	6	137	30	11	11	47	1.74
27307008--27307148	40	3.5	40	87	2	196	24	25	24	25	2.00
27315158--27315381	40	5.6	40	84	6	292	26	26	22	24	2.00
27315158--27315381	83	2.8	80	86	4	299	26	26	22	24	2.00
27326892--27327167	77	3.5	78	80	8	276	31	10	13	44	1.77
27326892--27327202	77	4.0	80	78	10	223	31	10	12	45	1.76
27330905--27331161	39	6.6	39	82	0	316	34	32	16	16	1.92
27330905--27331161	78	3.3	78	86	0	352	34	32	16	16	1.92
27330905--27331161	117	2.2	117	86	0	352	34	32	16	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27332229--27332410	27	6.7	27	81	2	195	39	21	9	30	1.85
27332210--27332410	54	3.7	54	81	4	219	38	20	9	31	1.85
27332364--27332462	27	3.7	27	66	15	69	37	23	8	31	1.84
27332446--27332668	27	8.3	27	87	0	284	36	18	20	24	1.95
27332446--27332669	81	2.8	80	87	3	324	36	18	20	24	1.95
27332913--27332964	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
27333275--27333308	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
27333205--27333287	6	13.8	6	92	0	139	18	16	14	50	1.78
27339575--27339602	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
27342845--27342880	6	6.0	6	100	0	72	0	16	16	66	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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