genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75128527--75128574	23	2.1	22	88	3	69	12	27	6	54	1.61
75131975--75132416	219	2.0	219	98	0	848	27	16	21	34	1.95
75133062--75133123	18	3.3	18	77	4	61	41	6	17	33	1.75
75134994--75135419	44	9.8	44	74	9	318	26	21	20	30	1.98
75140749--75140786	12	3.2	12	96	0	67	63	5	0	31	1.17
75140749--75140786	3	12.7	3	88	0	58	63	5	0	31	1.17
75145534--75145576	18	2.4	17	81	11	50	41	2	16	39	1.61
75146256--75146480	114	2.0	114	97	0	423	39	6	10	44	1.64
75158152--75158191	20	2.0	20	90	5	62	35	2	5	57	1.34
75167461--75167513	23	2.4	22	76	20	56	69	1	18	9	1.25
75170210--75170417	91	2.3	91	92	0	335	45	3	4	46	1.39
75170332--75170392	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
75170250--75170392	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
75170423--75170738	64	5.1	63	66	16	228	43	3	4	48	1.41
75170445--75170997	59	9.2	58	65	18	254	42	3	5	48	1.42
75170800--75170833	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
75170932--75170973	15	2.8	16	85	10	61	47	0	2	50	1.14
75170419--75171095	239	2.8	243	91	4	1073	42	2	5	49	1.41
75171052--75171093	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
75171043--75171084	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
75170433--75171087	123	5.4	120	95	2	1030	42	2	5	48	1.41
75171220--75171324	44	2.5	40	76	18	115	34	29	2	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75171306--75171343	16	2.4	16	95	0	67	31	34	0	34	1.58
75172303--75172329	10	2.7	10	100	0	54	0	18	0	81	0.69
75175055--75175084	15	1.9	16	93	6	53	46	0	6	46	1.29
75174894--75175189	119	2.5	120	97	1	558	42	2	4	49	1.37
75175071--75175408	102	3.1	102	87	9	453	43	2	3	50	1.34
75175178--75175573	117	3.4	117	94	2	697	43	2	3	50	1.34
75175298--75175332	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
75175415--75175449	18	2.0	17	88	5	52	42	0	2	54	1.15
75175394--75175451	16	3.8	15	73	22	50	44	1	1	51	1.21
75175724--75175816	44	2.1	46	87	4	136	36	27	4	31	1.76
75175804--75175835	16	2.0	16	100	0	64	25	37	0	37	1.56
75185119--75185152	17	1.9	18	88	5	52	23	11	17	47	1.81
75207763--75208076	44	7.1	44	65	8	154	32	20	22	24	1.98
75207750--75208126	132	2.9	132	91	0	576	32	20	22	24	1.98
75208431--75208470	17	2.3	18	86	4	55	37	42	7	12	1.71
75212477--75212522	15	3.0	16	82	17	62	15	47	0	36	1.45
75212487--75212530	19	2.3	19	88	0	61	15	45	0	38	1.47
75212470--75212530	7	8.6	7	77	16	54	16	47	0	36	1.47
75229599--75229697	43	2.3	43	81	10	121	23	31	27	18	1.97
75231683--75232038	45	7.9	45	83	1	372	22	20	18	38	1.93
75231593--75231761	91	1.8	92	81	6	209	16	21	17	44	1.86
75231731--75232036	135	2.3	135	87	1	434	24	20	18	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75236486--75236660	27	6.4	27	82	3	172	29	28	14	27	1.96
75236504--75236659	82	1.9	81	85	3	215	28	29	15	26	1.96
75236508--75236659	54	2.8	54	84	3	198	27	29	15	26	1.96
75244669--75244843	27	6.4	27	82	3	172	29	28	14	27	1.96
75244687--75244842	82	1.9	81	85	3	215	28	29	15	26	1.96
75244691--75244842	54	2.8	54	84	3	198	27	29	15	26	1.96
75248903--75249207	45	6.8	45	88	1	416	23	21	19	35	1.96
75248951--75249237	90	3.2	88	81	11	314	22	20	18	37	1.94
75249897--75250060	80	2.0	80	96	0	301	48	18	12	20	1.80
75259555--75259600	22	2.1	22	100	0	92	39	4	17	39	1.69
75266404--75266603	45	4.5	43	80	6	168	24	15	26	34	1.94
75266400--75266567	90	1.9	90	85	0	237	26	15	24	33	1.95
75270922--75270995	30	2.5	30	90	0	112	27	25	8	39	1.84
75270893--75271140	29	8.4	29	78	5	153	24	27	13	35	1.92
75270896--75271126	59	3.9	60	73	6	168	24	26	13	35	1.93
75277642--75277680	20	2.0	20	90	10	62	15	25	2	56	1.52
75281283--75281511	89	2.6	90	80	4	239	21	27	13	37	1.90
75281363--75281509	29	5.0	30	74	7	131	18	28	15	37	1.91
75281364--75281509	59	2.5	57	75	13	152	18	28	15	36	1.92
75287455--75287518	26	2.4	26	92	2	101	32	25	18	23	1.97
75287455--75287526	26	2.7	25	87	6	90	31	25	16	26	1.96
75288218--75288474	128	2.0	128	100	0	514	30	10	24	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75308406--75308434	9	3.2	9	100	0	58	48	0	0	51	1.00
75313441--75313486	22	2.0	23	84	12	60	30	8	10	50	1.68
75315839--75315877	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
75316078--75316369	50	5.7	50	83	6	268	23	27	21	27	1.99
75325757--75325796	20	2.0	20	85	0	53	52	7	15	25	1.68
75326372--75326407	18	2.0	18	94	0	63	58	0	2	38	1.13
75328538--75328566	13	2.1	14	93	6	51	10	6	13	68	1.37
75330683--75330844	75	2.2	75	81	8	195	51	11	11	25	1.71
75331523--75331565	23	1.9	23	81	13	54	51	4	20	23	1.66
75333319--75333388	35	2.0	35	88	0	104	55	12	21	10	1.66
75342556--75342804	41	6.1	41	82	0	309	32	15	28	22	1.95
75342589--75342768	20	8.8	20	66	8	62	31	16	29	22	1.96
75342556--75342770	82	2.6	82	97	0	403	31	16	30	22	1.96
75350045--75350234	50	3.7	50	82	4	191	23	28	20	27	1.99
75357647--75357771	50	2.5	50	80	2	153	21	28	23	27	1.99
75359293--75359351	20	2.9	21	73	14	59	28	15	32	23	1.95
75359182--75359351	41	4.2	41	84	5	193	30	14	31	23	1.94
75361826--75361877	22	2.4	22	87	6	70	19	9	26	44	1.81
75364436--75364619	101	1.8	102	85	5	266	25	16	26	31	1.97
75364431--75364606	51	3.5	50	76	4	183	23	17	27	31	1.97
75364623--75364717	45	2.1	45	92	3	156	28	17	23	30	1.97
75369434--75369631	51	3.9	51	76	6	186	23	16	27	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75369628--75369722	45	2.1	45	90	0	145	29	15	23	31	1.95
75375126--75375164	19	2.1	19	90	0	60	23	5	10	61	1.48
75379210--75379255	19	2.4	18	82	10	56	23	23	13	39	1.90
75384114--75384340	40	5.7	40	96	0	409	30	20	27	21	1.98
75387286--75387411	48	2.6	48	88	0	198	27	15	28	28	1.96
75387286--75387462	48	3.7	47	80	8	169	28	17	25	27	1.98
75387384--75387501	48	2.5	48	81	0	128	28	16	24	29	1.97
75404220--75404523	45	6.7	47	75	7	247	27	20	28	23	1.99
75404265--75404564	45	6.6	45	76	10	259	27	19	29	23	1.98
75404176--75404523	91	3.8	90	84	5	432	27	20	27	24	1.99
75404176--75404523	182	1.9	183	86	1	493	27	20	27	24	1.99
75404176--75404564	91	4.2	89	82	6	408	27	19	28	24	1.98
75404176--75404564	46	8.5	45	71	11	209	27	19	28	24	1.98
75407612--75407738	54	2.4	54	90	4	204	52	10	22	14	1.71
75408868--75409091	40	5.6	40	94	2	380	23	23	27	25	2.00
75410643--75410814	93	1.8	93	93	2	301	28	30	20	20	1.98
75410636--75410811	46	3.8	46	78	14	200	29	30	20	19	1.97
75419658--75419720	31	2.0	31	100	0	126	39	6	15	38	1.73
75431485--75431881	40	9.9	40	94	0	668	23	28	20	27	1.99
75437322--75437458	40	3.5	40	85	4	172	24	18	29	26	1.98
75450575--75450642	34	2.0	34	100	0	136	29	17	14	38	1.90
75458690--75458853	80	2.1	80	96	1	303	27	6	23	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75459261--75459339	23	3.4	23	87	0	104	20	16	21	41	1.90
75459261--75459351	23	4.0	23	83	0	101	19	15	21	42	1.88
75459853--75459901	24	2.0	24	100	0	98	28	8	22	40	1.82
75461060--75461105	19	2.3	20	82	14	60	56	0	0	43	0.99
75461834--75461866	15	2.1	16	88	5	50	33	6	3	57	1.38
75465844--75466002	80	2.0	80	91	1	255	49	5	20	25	1.69
75465864--75466010	81	1.9	79	88	5	208	48	6	19	25	1.72
75466054--75466096	21	2.1	21	87	12	63	46	2	0	51	1.13
75467227--75467255	14	2.0	15	93	6	51	37	6	6	48	1.57
75471550--75471587	17	2.1	19	85	9	53	50	7	2	39	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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