genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  107  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33512919--33513673	177	4.3	177	90	2	1151	25	21	20	31	1.98
33513749--33513870	64	1.9	64	93	0	208	39	13	16	30	1.88
33524531--33524610	40	2.0	40	100	0	160	32	15	12	40	1.84
33525106--33525541	127	3.5	127	88	0	617	38	19	14	26	1.91
33528566--33528625	30	2.0	30	93	0	102	30	0	11	58	1.34
33540944--33541042	51	1.9	51	89	0	153	35	16	16	32	1.91
33541306--33541376	13	5.5	13	87	0	106	25	7	25	42	1.80
33541308--33541376	26	2.7	26	95	0	120	26	7	24	42	1.80
33541598--33541670	21	3.6	19	78	10	65	50	0	1	47	1.09
33547783--33547893	59	1.9	58	86	1	159	52	2	0	45	1.15
33547862--33547910	21	2.3	21	86	13	66	59	2	2	36	1.21
33548812--33548864	26	2.0	26	96	0	97	33	20	13	32	1.91
33553636--33553687	19	2.8	18	75	16	52	50	1	0	48	1.12
33561070--33561136	21	3.2	21	86	0	89	35	26	22	14	1.93
33561072--33561157	21	4.0	22	83	6	86	36	26	22	15	1.93
33561527--33561584	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
33562821--33562848	13	2.2	13	100	0	56	0	14	7	78	0.95
33567589--33567656	21	3.2	21	68	15	68	33	11	23	30	1.91
33567577--33567656	42	1.9	42	100	0	160	35	10	23	31	1.88
33569823--33570071	69	3.6	67	77	4	230	22	23	20	32	1.98
33569949--33570110	69	2.3	69	90	0	243	27	22	19	31	1.97
33578465--33578632	69	2.4	69	86	2	214	33	24	22	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33581783--33581996	48	4.5	48	75	4	191	24	27	18	29	1.98
33581783--33582054	142	1.9	140	79	5	296	24	27	18	30	1.98
33589053--33589097	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
33595937--33595978	19	2.2	20	91	4	68	61	2	0	35	1.09
33596620--33596674	19	2.8	19	84	13	60	27	0	3	69	1.05
33596620--33596703	9	8.4	10	67	18	50	28	3	2	65	1.22
33596657--33596714	31	1.9	31	89	6	93	32	6	0	60	1.23
33597393--33597442	18	2.7	18	82	11	57	66	4	6	24	1.32
33597411--33597452	19	2.2	19	83	8	50	71	0	2	26	0.98
33597439--33597488	18	2.7	19	81	12	59	64	2	6	28	1.28
33598342--33598394	13	4.1	13	72	18	56	37	24	5	32	1.79
33601510--33601554	20	2.3	20	82	14	58	33	8	4	53	1.52
33601575--33601619	21	2.1	21	91	0	72	15	22	17	44	1.86
33611175--33611256	35	2.3	35	81	8	96	40	19	17	23	1.91
33616601--33616817	44	4.7	45	73	14	131	24	29	17	28	1.97
33616597--33616814	48	4.7	45	75	14	169	23	29	17	28	1.97
33616641--33616812	94	1.9	90	84	7	229	24	28	18	29	1.98
33632772--33632853	19	4.2	20	66	21	57	59	2	2	35	1.24
33632777--33632866	28	3.1	28	75	12	85	61	1	4	33	1.23
33632777--33632848	10	7.7	9	77	13	65	61	1	2	34	1.19
33636276--33636441	81	2.0	81	97	0	314	28	13	21	36	1.92
33650756--33651551	416	1.9	416	88	2	1206	36	18	15	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33661891--33661960	25	2.8	25	80	4	88	51	18	24	5	1.68
33661984--33662032	15	3.3	15	77	11	55	59	10	20	10	1.59
33662078--33662143	31	2.2	30	83	2	78	62	16	13	7	1.53
33666020--33666171	27	5.6	27	90	2	223	26	14	28	30	1.95
33666020--33666171	55	2.8	55	89	2	234	26	14	28	30	1.95
33666020--33666171	82	1.9	82	91	0	250	26	14	28	30	1.95
33668728--33668785	29	2.0	29	86	0	80	27	34	20	17	1.95
33669418--33669457	21	2.0	20	90	5	62	70	5	5	20	1.26
33671159--33671206	20	2.3	20	92	3	78	33	0	6	60	1.22
33697699--33697733	18	2.0	17	88	5	52	14	34	11	40	1.82
33700478--33700705	121	1.9	121	99	0	447	36	20	5	37	1.76
33706172--33706221	21	2.3	22	83	10	59	20	28	34	18	1.95
33707655--33707791	49	2.8	48	81	6	161	27	18	32	21	1.97
33720576--33720622	22	2.1	23	84	11	62	40	4	12	42	1.63
33722460--33722496	18	2.1	18	100	0	74	45	10	5	37	1.62
33722722--33722808	27	3.3	27	91	1	131	21	22	19	35	1.96
33729950--33730001	20	2.5	20	75	9	52	34	0	17	48	1.48
33730307--33730359	25	2.2	24	82	3	61	15	24	22	37	1.92
33736620--33736695	38	2.0	38	94	0	134	46	17	19	17	1.85
33753937--33753962	7	3.7	7	100	0	52	0	0	11	88	0.52
33756969--33757096	61	2.1	60	80	9	136	38	6	7	48	1.56
33770552--33770704	41	3.8	40	85	4	164	30	21	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33770570--33770704	41	3.3	40	88	2	180	31	22	24	21	1.98
33770824--33770863	7	5.7	7	87	0	53	12	10	40	37	1.77
33770815--33770909	21	4.4	21	76	5	66	17	4	37	40	1.70
33770839--33770909	7	10.0	7	78	3	70	18	2	36	42	1.65
33771514--33771545	16	2.0	16	93	0	55	75	3	0	21	0.95
33775308--33775404	43	2.3	43	85	0	122	22	20	29	26	1.99
33778589--33778909	161	2.0	161	95	0	579	43	17	10	27	1.82
33780790--33781337	47	11.6	47	93	1	907	33	7	29	29	1.85
33780790--33781337	190	2.9	190	94	0	947	33	7	29	29	1.85
33796616--33796793	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
33796588--33796793	54	3.8	55	80	6	213	27	15	27	29	1.96
33796617--33796772	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
33796613--33796793	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
33804224--33804250	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
33804730--33804907	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
33804731--33804886	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
33804727--33804907	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
33807597--33807646	20	2.5	20	86	3	64	36	12	2	50	1.51
33812908--33813241	41	8.2	41	88	1	168	34	24	16	25	1.95
33812892--33813241	82	4.3	82	84	3	413	32	24	17	25	1.96
33812892--33813241	122	2.9	122	82	4	420	32	24	17	25	1.96
33813547--33813621	20	3.6	21	76	5	62	53	29	0	17	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33814940--33815034	40	2.4	41	75	10	99	43	18	16	21	1.88
33815609--33815644	18	1.9	19	88	5	56	50	2	25	22	1.63
33816023--33816072	11	4.4	11	80	9	64	40	8	14	38	1.75
33823068--33823134	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
33831401--33831447	24	2.0	24	95	0	85	42	21	21	14	1.88
33839062--33839176	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
33839062--33839176	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
33840793--33840902	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
33840898--33840924	10	2.7	10	100	0	54	33	11	7	48	1.67
33847169--33847211	19	2.3	19	87	0	59	76	4	0	18	0.95
33847208--33847389	28	6.2	28	71	15	102	60	3	2	33	1.27
33847223--33847390	19	8.7	19	67	13	83	60	3	1	33	1.24
33847166--33847390	9	23.3	9	72	15	132	62	4	1	31	1.24
33859761--33859932	40	4.3	40	87	2	204	26	28	21	23	1.99
33859761--33859985	80	2.8	79	79	7	204	26	28	21	24	1.99
33859917--33859994	40	1.9	41	82	10	97	28	28	20	23	1.99
33865238--33865651	47	8.6	47	91	3	621	29	29	7	33	1.86
33865238--33865651	145	2.9	145	92	2	660	29	29	7	33	1.86
33865238--33865651	192	2.2	193	92	2	694	29	29	7	33	1.86
33867790--33867968	85	2.1	85	97	0	340	26	27	8	36	1.85
33869415--33869523	57	1.9	58	86	1	157	28	27	19	24	1.98
33869422--33869520	29	3.5	28	72	9	83	30	25	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33869735--33870164	40	10.8	40	93	1	729	24	29	22	23	1.99
33871617--33871977	47	7.6	47	94	2	596	29	28	8	33	1.86
33871621--33871977	96	3.7	96	92	3	610	29	28	8	33	1.86
33871633--33871958	49	6.9	42	94	2	238	29	28	8	33	1.87
33871617--33871977	192	1.9	190	97	1	686	29	28	8	33	1.86
33873858--33874036	85	2.1	85	97	0	340	26	27	8	36	1.85
33904547--33904607	23	2.5	25	76	19	67	50	11	0	37	1.39
33905401--33905800	144	2.8	144	93	3	672	36	18	3	41	1.67
33907662--33907707	18	2.7	17	77	9	58	34	2	0	63	1.07
33907729--33907957	9	23.7	9	66	24	71	30	3	6	59	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316