genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86993792--86993835	22	2.0	22	81	4	52	40	25	4	29	1.75
86995710--86995868	27	5.9	27	82	11	184	35	22	23	18	1.96
86995728--86995868	54	2.6	54	93	2	239	35	24	23	17	1.95
86997490--86997598	26	4.2	26	91	0	182	35	22	7	33	1.82
86999538--86999629	47	2.0	47	100	0	184	28	22	19	29	1.98
87003430--87003506	24	3.2	24	65	17	68	38	10	10	40	1.74
87003413--87003510	49	2.0	49	100	0	196	36	10	12	40	1.77
87003776--87003888	40	2.8	40	92	4	176	23	22	29	25	1.99
87007149--87007326	35	5.1	35	80	2	187	35	22	14	28	1.93
87012592--87012843	127	2.0	124	83	10	322	39	13	9	37	1.76
87018503--87018684	28	6.5	28	97	0	303	32	28	13	25	1.93
87026780--87026905	28	4.5	28	95	1	209	31	28	13	26	1.94
87026780--87026930	28	5.4	28	91	1	205	32	28	13	25	1.93
87033275--87033401	46	2.7	46	84	3	166	22	22	23	31	1.98
87036267--87036300	15	2.2	16	89	5	52	41	2	11	44	1.56
87040882--87040948	9	7.9	9	79	12	70	68	1	1	28	1.07
87040874--87040947	18	4.3	18	78	11	75	68	4	1	25	1.15
87040884--87040976	16	5.4	18	69	14	54	67	2	2	27	1.13
87041379--87041421	16	2.6	16	88	3	68	32	4	2	60	1.30
87041487--87041527	21	2.0	21	85	9	57	39	0	2	58	1.11
87044394--87044418	9	2.8	9	100	0	50	88	0	0	12	0.53
87048153--87048196	22	2.0	22	86	0	61	38	2	6	52	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87050062--87050270	46	4.5	46	79	13	191	24	28	18	28	1.98
87050001--87050278	94	3.0	93	75	13	273	25	29	17	27	1.98
87049998--87050272	46	5.9	46	73	16	165	25	28	17	28	1.98
87050006--87050268	138	1.9	141	81	7	329	24	29	17	27	1.98
87060589--87060656	31	2.2	31	84	7	86	26	11	16	45	1.81
87064111--87064256	55	2.6	54	79	11	170	25	9	14	50	1.73
87070507--87070550	20	2.2	20	84	8	54	61	6	15	15	1.54
87074521--87074720	102	2.0	102	95	0	364	27	17	24	31	1.97
87075448--87075542	30	3.2	30	65	21	72	41	2	18	37	1.63
87076199--87076257	24	2.5	25	79	20	65	16	27	20	35	1.94
87076212--87076324	25	4.6	25	71	3	86	19	29	18	32	1.96
87076231--87076359	50	2.6	50	75	13	120	22	26	20	30	1.99
87078686--87078712	9	3.0	9	100	0	54	66	11	0	22	1.22
87084155--87084201	18	2.7	18	83	12	62	76	2	17	4	1.04
87086411--87086593	50	3.7	49	81	7	199	28	27	18	25	1.98
87086411--87086597	101	1.9	99	85	4	259	28	28	18	25	1.98
87092899--87092964	19	3.2	21	87	8	73	36	18	9	36	1.82
87092916--87093012	19	5.1	19	90	7	153	36	15	9	39	1.79
87092916--87093012	36	2.5	37	88	9	142	36	15	9	39	1.79
87093442--87093728	84	3.4	84	90	8	469	24	22	23	29	1.99
87093589--87094021	43	10.3	43	67	19	252	25	22	22	29	1.99
87093510--87093937	209	2.1	202	89	6	653	25	22	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87093716--87094031	166	1.9	164	91	5	517	25	22	23	29	1.99
87093716--87094031	84	3.8	84	89	5	507	25	22	23	29	1.99
87093442--87094021	293	2.0	293	96	0	1072	24	22	23	29	1.99
87094981--87095037	8	7.7	7	81	14	62	0	14	0	85	0.59
87094979--87095034	9	6.9	9	73	22	52	0	14	0	85	0.59
87094972--87095036	21	3.0	22	76	14	64	1	18	0	80	0.80
87094981--87095037	22	2.5	24	86	11	84	0	14	0	85	0.59
87100491--87100563	36	2.0	38	91	5	123	34	15	9	41	1.79
87100491--87100569	19	4.2	19	82	9	99	34	16	8	40	1.80
87109819--87110244	47	9.1	47	92	0	665	32	9	30	28	1.88
87112255--87112349	43	2.2	43	98	0	181	25	14	32	27	1.95
87112312--87112406	28	3.4	28	67	23	83	24	13	32	29	1.93
87112295--87112404	55	2.0	55	100	0	220	23	14	32	29	1.94
87112394--87112467	29	2.6	29	86	4	96	24	17	32	25	1.97
87112775--87112934	40	4.0	40	79	7	155	27	22	25	24	2.00
87116338--87116773	47	9.1	47	88	5	595	32	9	30	27	1.88
87116408--87116522	57	2.0	57	94	0	203	34	7	31	26	1.85
87116338--87116773	151	3.0	140	88	4	568	32	9	30	27	1.88
87123490--87123649	42	3.7	42	75	11	144	30	18	23	27	1.98
87123491--87123580	44	2.0	45	87	8	130	31	16	23	28	1.96
87129739--87129807	34	2.0	34	97	0	129	50	13	5	30	1.64
87131732--87131764	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87132060--87132178	46	2.6	46	93	0	193	17	25	13	43	1.85
87132163--87132208	23	2.0	23	91	0	74	23	17	15	43	1.87
87140679--87140944	94	2.8	91	80	11	261	28	17	30	23	1.97
87140679--87140944	48	5.6	48	76	15	227	28	17	30	23	1.97
87146896--87147080	50	3.7	50	74	5	153	31	23	16	28	1.96
87150931--87150967	9	4.1	9	96	0	65	10	24	0	64	1.25
87163731--87163838	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
87171789--87171896	26	4.2	26	95	0	180	33	7	23	36	1.83
87180536--87180561	11	2.4	11	100	0	52	46	0	0	53	1.00
87181888--87181933	23	2.0	23	100	0	92	39	8	13	39	1.75
87184530--87184891	48	7.6	48	86	2	491	25	17	31	25	1.97
87188261--87188334	26	2.9	26	71	15	64	33	25	22	17	1.96
87188753--87188807	21	2.7	21	83	8	60	45	18	0	36	1.49
87197156--87197206	21	2.5	20	81	9	59	5	17	3	72	1.20
87197227--87197269	8	5.4	8	88	0	68	41	0	0	58	0.98
87201993--87202044	24	2.2	24	100	0	104	51	3	9	34	1.53
87203441--87203471	15	2.1	15	100	0	62	41	6	6	45	1.55
87209099--87209170	29	2.5	31	82	11	89	55	9	18	16	1.67
87220421--87220487	23	3.2	23	62	33	60	37	13	8	40	1.76
87220415--87220492	39	2.0	39	100	0	156	41	12	7	38	1.72
87221234--87221277	17	2.6	18	85	7	56	31	27	11	29	1.91
87233086--87233209	33	3.8	33	94	0	221	18	9	41	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87242749--87243019	28	9.9	27	76	11	187	37	12	21	28	1.91
87242760--87243019	27	9.5	27	77	9	168	36	13	22	28	1.91
87242749--87243019	56	4.9	54	76	8	210	37	12	21	28	1.91
87244452--87244534	41	2.0	41	97	0	157	24	7	12	56	1.60
87245201--87245458	31	8.3	31	79	1	257	47	8	14	29	1.74
87247811--87247979	48	3.6	48	82	3	225	28	18	28	24	1.98
87247814--87248219	48	8.5	49	77	8	207	26	19	29	24	1.98
87247858--87248177	142	2.3	142	82	7	382	26	19	29	24	1.98
87248097--87248222	48	2.6	48	97	1	236	22	21	30	26	1.99
87250100--87250152	22	2.6	19	82	8	61	13	33	35	16	1.88
87256027--87256133	38	2.8	38	89	1	178	30	15	22	30	1.95
87259757--87259811	25	2.2	25	90	6	85	14	16	21	47	1.82
87266264--87266483	46	4.7	47	73	13	161	23	30	18	27	1.98
87266624--87266671	22	2.1	23	92	3	80	41	22	8	27	1.82
87273913--87274130	46	4.7	44	75	16	142	22	29	20	27	1.99
87273959--87274132	46	3.8	44	78	13	156	21	29	21	28	1.98
87282581--87282626	23	2.0	23	100	0	92	34	8	13	43	1.74
87283117--87283141	8	3.1	8	100	0	50	24	12	28	36	1.91
87284267--87284604	50	6.7	51	82	4	350	24	17	27	30	1.97
87284267--87284611	101	3.4	101	79	4	365	24	17	27	31	1.97
87290963--87291300	50	6.7	51	82	4	350	24	17	27	30	1.97
87290963--87291307	101	3.4	101	79	4	365	24	17	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87297452--87297780	50	6.5	50	84	2	390	24	16	27	31	1.96
87297452--87297730	151	1.8	152	86	3	409	24	16	27	31	1.96
87297979--87298008	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
87304970--87305278	127	2.4	126	83	5	390	37	20	17	24	1.94
87307808--87307912	44	2.4	45	84	10	128	28	24	17	29	1.97
87307763--87307912	45	3.3	44	81	10	137	26	23	18	32	1.97
87307914--87308084	45	3.8	43	76	11	175	28	21	18	30	1.97
87307815--87308014	102	2.0	102	79	9	221	29	23	17	29	1.97
87308062--87308253	88	2.2	88	89	1	296	22	22	23	31	1.99
87316445--87316484	19	2.1	19	86	9	55	42	12	20	25	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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