genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1985373--1985506	46	2.9	46	98	0	259	35	14	25	24	1.93
1985484--1985522	16	2.4	16	100	0	78	35	15	25	23	1.94
1990554--1991194	341	1.9	341	84	2	867	34	17	21	26	1.96
1993446--1993508	30	2.1	30	90	0	99	22	3	14	60	1.48
1993591--1993630	18	2.2	18	86	8	55	20	2	12	65	1.38
2001012--2001074	30	2.1	30	93	0	108	25	3	15	55	1.55
2001667--2001710	9	4.9	9	84	13	56	31	0	2	65	1.05
2006652--2006694	20	2.0	22	86	8	63	30	23	0	46	1.52
2011541--2011590	24	2.1	24	96	0	91	48	0	12	40	1.40
2012039--2012097	21	2.8	21	75	12	50	22	0	8	69	1.15
2012053--2012128	22	3.4	21	72	20	66	25	0	3	71	1.03
2012068--2012117	26	2.0	26	92	7	86	32	0	4	64	1.12
2026935--2026993	20	3.0	20	71	11	59	44	6	3	45	1.47
2029776--2029810	17	2.1	17	88	0	52	42	8	14	34	1.76
2031002--2031059	18	3.2	18	71	11	55	67	3	0	29	1.07
2033208--2033430	40	5.6	40	82	10	237	25	27	21	25	2.00
2033208--2033431	79	2.8	80	86	7	289	25	27	21	25	2.00
2035081--2035110	14	2.1	14	93	0	51	53	0	3	43	1.17
2036241--2036282	15	2.9	14	82	10	57	35	0	11	52	1.38
2036682--2036741	21	2.9	21	84	0	75	13	23	26	36	1.92
2040049--2040096	24	2.0	24	100	0	96	50	8	4	37	1.52
2040269--2040308	21	1.9	21	85	10	55	32	17	20	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2041700--2041762	30	2.1	30	93	0	108	28	4	9	57	1.51
2041881--2041913	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
2043515--2043545	3	10.3	3	100	0	62	0	0	67	32	0.91
2045753--2045798	23	2.0	23	83	8	58	39	0	6	54	1.26
2046417--2046453	18	2.1	18	100	0	74	27	21	10	40	1.86
2046533--2046596	32	2.0	32	100	0	128	31	12	21	34	1.91
2047378--2047424	12	3.8	12	81	10	58	38	4	17	40	1.69
2047396--2047422	14	1.9	14	100	0	54	48	0	14	37	1.45
2053384--2053427	17	2.6	17	78	10	54	40	27	29	2	1.68
2059957--2060027	35	2.0	35	100	0	142	25	16	14	43	1.86
2063416--2063586	70	2.5	70	83	4	204	44	12	7	35	1.70
2069585--2069651	14	4.7	14	83	3	64	38	8	14	37	1.78
2069598--2069651	14	3.8	14	85	4	72	40	7	14	37	1.74
2070477--2070584	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
2070471--2070594	30	4.1	30	93	1	203	43	6	24	25	1.78
2075169--2075276	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
2075163--2075286	30	4.1	30	93	1	203	43	6	24	25	1.78
2089215--2089248	16	2.1	17	88	5	52	35	11	0	52	1.38
2092305--2092370	32	2.1	32	100	0	132	31	0	12	56	1.36
2094393--2094429	10	3.8	10	89	7	58	48	0	2	48	1.15
2099788--2099827	21	2.0	20	85	5	53	25	5	0	70	1.08
2106035--2106102	31	2.2	31	84	10	86	38	10	13	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2120441--2120479	14	2.6	16	80	16	55	41	7	10	41	1.68
2120652--2120706	21	2.8	20	86	8	69	54	7	0	38	1.28
2120652--2120708	19	2.9	19	82	10	62	54	7	0	38	1.28
2129078--2129127	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
2133717--2133766	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
2135174--2135218	20	2.3	21	81	14	60	64	4	2	28	1.25
2135264--2135307	20	2.2	20	95	0	79	61	2	0	36	1.09
2136478--2136516	20	2.0	19	95	5	69	71	0	15	12	1.14
2137870--2137905	13	2.7	13	86	4	54	0	2	8	88	0.59
2137912--2137992	24	3.4	24	70	8	76	13	9	4	71	1.28
2137897--2137962	18	3.5	19	72	13	55	15	9	4	71	1.28
2137920--2138012	48	1.9	48	86	2	132	15	10	6	67	1.39
2141834--2141874	3	13.7	3	100	0	82	0	31	0	68	0.90
2149754--2149886	67	2.0	66	98	1	257	31	16	9	42	1.79
2154142--2154190	15	3.3	15	71	5	55	65	0	4	30	1.11
2158190--2158272	31	2.8	31	85	8	102	32	12	12	43	1.79
2158977--2159041	32	2.0	32	100	0	130	47	15	15	21	1.82
2162251--2162298	23	2.1	23	88	0	69	56	10	12	20	1.65
2168741--2168784	16	2.8	15	83	10	52	68	0	0	31	0.90
2173256--2173281	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
2182800--2183324	79	6.6	80	78	7	442	41	20	12	24	1.87
2187913--2188065	75	2.0	75	93	0	261	45	19	13	21	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2191242--2191981	147	5.0	145	77	12	551	51	16	15	16	1.77
2191613--2191989	137	2.7	141	81	7	417	49	19	13	17	1.79
2192868--2192939	31	2.4	30	79	9	83	31	8	16	43	1.78
2192892--2192954	31	2.0	31	87	0	90	33	7	15	42	1.76
2196573--2196661	37	2.3	39	81	11	103	49	1	1	48	1.16
2198949--2199073	60	2.1	60	90	3	198	33	12	20	32	1.91
2201459--2201494	5	7.2	5	93	0	54	83	0	13	2	0.76
2203677--2203734	29	2.0	29	87	9	84	53	3	17	25	1.59
2206834--2206862	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
2210722--2210792	30	2.3	29	80	9	79	64	4	2	28	1.26
2212706--2213295	235	2.5	233	85	4	756	31	16	13	38	1.87
2221442--2221512	29	2.5	27	75	22	74	57	7	9	25	1.56
2221631--2221699	36	1.9	36	100	0	138	37	11	2	47	1.55
2221833--2221885	27	2.0	25	85	7	70	32	3	0	64	1.12
2225061--2225103	21	2.0	21	82	8	52	34	2	11	51	1.51
2234396--2234444	23	2.1	24	85	11	66	24	4	2	69	1.17
2237973--2238038	30	2.2	28	82	12	71	56	7	7	28	1.55
2240920--2240950	13	2.4	13	94	0	53	35	9	25	29	1.88
2241636--2241679	21	2.3	18	88	11	61	15	9	11	63	1.51
2243882--2243951	30	2.3	29	76	9	68	48	4	10	37	1.56
2260305--2260329	7	3.6	7	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2260964--2261087	61	2.0	61	81	7	144	52	0	1	45	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2261059--2261120	32	2.0	31	84	6	81	43	0	3	53	1.17
2261057--2261132	32	2.6	28	75	20	75	44	0	2	52	1.14
2264345--2264371	9	3.0	9	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2266772--2266818	19	2.5	20	77	19	55	8	8	27	55	1.59
2269517--2269597	31	2.6	31	79	12	96	39	9	2	48	1.50
2269518--2269597	30	2.6	30	81	11	92	40	10	2	47	1.50
2271863--2271897	11	3.3	11	84	8	54	60	0	0	40	0.97
2274186--2274243	23	2.5	23	76	18	57	44	6	1	46	1.40
2276252--2276292	15	2.5	17	80	11	59	65	0	0	34	0.93
2278081--2278108	7	4.0	7	100	0	56	28	14	57	0	1.38
2284154--2284207	18	3.0	18	89	5	83	57	0	7	35	1.27
2285467--2285515	23	2.1	23	96	0	89	10	4	42	42	1.57
2285922--2286456	132	4.0	132	91	0	809	29	24	17	28	1.97
2285922--2286423	44	11.4	43	74	4	331	29	24	17	28	1.97
2286431--2286624	46	4.3	46	66	15	125	30	23	19	25	1.98
2286414--2286735	134	2.4	134	93	1	547	30	22	19	27	1.98
2286682--2286860	86	2.1	87	86	1	252	27	24	22	25	2.00
2290977--2291020	19	2.3	20	84	7	56	40	11	20	27	1.86
2293352--2293405	18	3.0	18	83	5	74	55	0	9	35	1.32
2293352--2293421	37	2.0	34	84	13	90	54	0	10	35	1.34
2294666--2294714	23	2.1	23	96	0	89	10	4	42	42	1.57
2299159--2299207	25	1.9	25	88	12	73	73	2	2	22	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2301549--2301593	20	2.3	20	80	3	56	60	0	0	40	0.97
2302927--2302997	31	2.3	31	82	0	88	26	8	15	49	1.73
2311286--2311368	41	2.0	41	97	0	157	18	22	15	43	1.87
2312191--2312237	24	1.9	26	83	12	64	31	6	6	55	1.51
2315080--2315107	5	5.6	5	100	0	56	39	39	0	21	1.54
2315599--2315654	4	13.2	4	81	10	67	48	25	1	25	1.61
2316784--2316813	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2323377--2323415	20	2.0	20	85	10	53	56	5	2	35	1.35
2335389--2335464	29	2.5	30	82	4	82	39	6	19	34	1.78
2337046--2337988	313	3.0	307	78	9	881	37	21	13	27	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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