genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7303709--7304178	43	10.9	42	67	13	199	20	20	20	37	1.95
7303672--7303861	86	2.2	89	85	7	255	18	21	21	37	1.94
7303740--7303988	124	2.0	123	85	5	333	20	19	20	39	1.92
7303864--7304160	87	3.4	86	86	4	396	20	21	21	36	1.95
7303879--7304124	44	5.6	44	70	7	158	17	22	23	36	1.95
7308942--7308984	22	2.0	22	85	0	59	9	20	6	62	1.48
7314349--7314396	3	15.0	3	85	12	53	62	4	0	33	1.14
7314471--7314545	3	24.3	3	72	20	50	64	1	4	30	1.20
7314471--7314545	12	6.3	12	76	13	75	64	1	4	30	1.20
7314467--7314546	18	4.4	18	74	16	67	63	1	3	31	1.20
7315059--7315144	30	2.9	30	98	0	163	24	6	52	16	1.68
7315091--7315143	18	3.3	18	65	29	55	24	7	52	15	1.68
7318388--7318439	25	2.1	25	85	0	68	28	11	9	50	1.70
7322582--7322623	15	2.8	15	81	0	57	52	11	16	19	1.74
7332188--7332235	3	16.3	3	82	4	53	62	6	2	29	1.31
7332193--7332231	15	2.7	15	92	4	62	66	7	0	25	1.18
7349197--7349239	21	2.0	21	86	8	61	48	9	2	39	1.48
7351286--7351343	28	2.2	27	82	11	75	51	6	1	39	1.39
7364171--7364259	29	2.9	30	75	12	85	53	11	11	23	1.68
7369205--7369238	17	1.9	17	88	5	50	52	14	0	32	1.42
7374951--7374976	5	5.2	5	100	0	52	80	19	0	0	0.71
7385459--7385551	18	5.2	18	85	0	114	33	13	22	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7385457--7385551	36	2.6	36	86	3	138	32	14	22	30	1.94
7394612--7394644	16	2.0	17	88	5	50	69	0	0	30	0.88
7395097--7395202	37	2.9	37	92	2	178	16	15	20	47	1.83
7395283--7395367	42	2.0	42	93	0	143	22	21	11	44	1.84
7395132--7395333	91	2.2	89	87	5	307	19	18	16	45	1.86
7401133--7401200	16	4.2	16	94	0	118	27	0	36	35	1.58
7401181--7401290	45	2.6	41	78	9	116	32	5	29	32	1.80
7401416--7401457	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
7401425--7401466	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
7406436--7406534	52	1.9	52	83	2	128	56	1	9	33	1.37
7406576--7406750	26	6.9	25	72	13	90	58	4	5	31	1.42
7406634--7406751	26	4.5	26	75	9	91	59	5	5	29	1.43
7406666--7406782	51	2.3	49	77	15	123	56	4	5	33	1.43
7412278--7412317	3	13.3	3	100	0	80	65	0	0	35	0.93
7423512--7423536	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
7429242--7429290	3	16.3	3	100	0	98	65	0	0	34	0.93
7439076--7439204	67	1.9	67	98	0	249	43	14	13	28	1.83
7442628--7442663	17	2.1	17	90	10	56	50	0	5	44	1.25
7443555--7443600	24	1.9	24	86	8	67	47	4	6	41	1.49
7450741--7450783	17	2.4	18	81	18	54	58	4	4	32	1.39
7450883--7450913	16	1.9	16	93	0	53	54	6	6	32	1.51
7451927--7451970	22	2.0	22	86	0	61	11	15	13	59	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7463063--7463206	58	2.5	58	89	0	216	32	19	25	22	1.97
7466720--7466956	50	4.7	50	82	3	287	25	17	26	30	1.97
7466720--7466956	101	2.4	100	81	2	278	25	17	26	30	1.97
7466674--7466967	50	5.8	50	79	5	261	26	17	25	30	1.97
7471809--7471856	26	1.9	24	91	8	78	27	2	4	66	1.21
7471802--7471854	21	2.4	23	76	20	60	24	1	5	67	1.22
7471817--7471860	13	3.4	13	74	0	52	31	2	4	61	1.28
7472203--7472263	27	2.2	28	82	8	72	59	9	4	26	1.50
7474596--7474669	26	2.7	27	75	21	66	66	2	2	28	1.19
7474602--7474637	17	2.2	16	90	5	54	69	2	0	27	1.02
7474852--7474964	44	2.8	41	78	13	108	38	7	3	51	1.47
7478210--7478262	27	2.0	27	81	7	63	50	1	18	28	1.57
7482499--7482545	3	15.7	3	90	0	76	34	4	0	61	1.15
7482522--7482571	17	3.0	16	81	18	50	32	4	0	64	1.12
7482824--7482867	22	2.0	23	90	4	72	25	6	2	65	1.28
7483009--7483069	3	20.7	3	78	9	63	32	3	4	59	1.35
7483101--7483135	18	1.9	18	88	0	52	40	8	0	51	1.33
7488063--7488141	39	2.0	39	95	0	140	21	13	21	43	1.87
7491479--7491597	24	5.0	24	91	0	166	30	29	28	11	1.92
7492766--7492800	6	5.8	6	100	0	70	68	14	17	0	1.21
7499472--7499530	29	2.0	29	93	0	100	40	0	35	23	1.55
7502900--7502966	30	2.2	31	84	7	84	49	19	8	22	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7507012--7507134	38	3.2	38	91	0	192	21	21	26	30	1.98
7511050--7511118	31	2.3	31	80	7	79	21	7	20	50	1.72
7513526--7514188	159	4.2	159	92	2	1070	22	17	26	33	1.96
7513526--7514188	312	2.1	315	92	1	1107	22	17	26	33	1.96
7528304--7528427	61	2.0	61	100	0	248	20	26	14	38	1.91
7529024--7529150	42	3.0	42	80	8	145	29	26	13	30	1.94
7529067--7529234	88	1.9	89	82	8	214	29	25	14	29	1.95
7529109--7529234	47	2.7	46	85	2	171	30	26	15	28	1.96
7529257--7529436	31	5.8	31	91	0	270	23	28	19	28	1.98
7529412--7529533	50	2.6	45	82	11	131	26	22	15	36	1.94
7529430--7529531	50	2.0	50	94	0	177	26	21	14	37	1.92
7533188--7533258	13	5.5	13	77	0	70	38	23	8	29	1.85
7533180--7533258	26	3.0	26	73	0	77	35	22	7	34	1.83
7540247--7540328	37	2.2	37	91	0	128	40	15	8	35	1.78
7543377--7544123	121	6.2	120	97	1	1282	43	3	5	47	1.43
7543377--7544123	241	3.1	241	95	1	1329	43	3	5	47	1.43
7544072--7544106	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
7544271--7544361	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
7544342--7544410	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
7544342--7544410	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
7544741--7544778	4	9.5	4	100	0	76	26	0	0	73	0.83
7549355--7549401	17	2.8	17	76	20	53	55	4	2	38	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7549706--7549753	14	3.4	14	72	11	53	43	0	22	33	1.54
7549709--7549765	28	2.0	28	93	0	96	47	0	24	28	1.52
7554275--7554351	24	3.2	24	84	0	109	25	36	18	19	1.94
7561307--7561344	11	3.5	11	78	7	51	78	5	15	0	0.91
7562985--7563015	12	2.5	12	94	5	53	48	0	16	35	1.46
7562982--7563046	26	2.6	25	75	4	67	49	1	23	26	1.59
7565884--7566157	46	6.0	46	93	0	406	23	24	14	37	1.92
7566055--7566134	25	3.4	24	65	31	64	23	28	15	32	1.95
7568290--7568317	11	2.5	11	100	0	56	71	0	0	28	0.86
7568291--7568366	19	3.7	21	79	10	77	60	6	0	32	1.22
7570762--7570822	15	4.1	14	70	8	50	49	3	1	45	1.28
7576371--7576498	3	43.0	3	79	1	132	64	0	5	29	1.22
7576521--7576567	20	2.3	20	85	0	58	59	2	4	34	1.29
7576377--7576592	21	10.7	20	71	14	77	61	2	6	29	1.34
7576548--7576589	22	1.9	22	85	0	57	52	2	7	38	1.42
7578202--7578249	17	3.1	16	80	11	55	52	0	0	47	1.00
7578656--7578698	22	2.0	22	90	9	70	67	0	11	20	1.22
7579009--7579060	27	1.9	27	84	7	70	36	0	26	36	1.57
7582378--7582410	16	2.0	17	88	5	50	39	24	6	30	1.79
7584646--7584711	29	2.3	29	81	0	78	50	4	1	43	1.32
7587692--7587723	15	2.1	16	94	5	57	59	0	9	31	1.29
7590722--7590765	12	3.8	12	78	6	54	25	6	0	68	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7593102--7593142	22	1.9	22	85	5	57	31	4	4	58	1.40
7595415--7595443	13	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
7607270--7607317	22	2.1	23	88	3	71	50	6	0	43	1.27
7610879--7610926	22	2.2	21	79	20	55	58	4	25	12	1.52
7612055--7612117	22	2.8	22	79	13	67	38	1	3	57	1.24
7612075--7612112	11	3.5	11	79	13	51	36	0	5	57	1.21
7612075--7612146	37	1.9	38	88	2	110	36	4	5	54	1.43
7612459--7612502	20	2.2	20	84	8	54	36	15	4	43	1.68
7612588--7612641	19	2.9	17	84	13	63	33	5	1	59	1.31
7612682--7612715	15	2.4	14	90	5	50	32	5	0	61	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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