genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21636794--21636824	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
21636791--21636830	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
21637068--21637270	55	3.8	53	81	7	214	22	25	17	34	1.95
21644569--21644629	24	2.5	24	83	0	95	42	24	13	19	1.87
21645287--21645370	30	2.8	30	81	3	98	26	27	17	28	1.98
21650964--21651058	47	2.0	48	95	2	174	34	15	14	34	1.89
21658333--21658427	47	2.0	48	95	2	174	34	15	14	34	1.89
21672315--21672357	13	3.2	13	86	3	50	27	2	32	37	1.70
21672397--21672500	28	3.8	29	80	10	123	15	4	31	48	1.66
21674259--21674323	29	2.2	29	83	0	76	18	13	16	50	1.78
21683986--21684023	19	2.0	19	100	0	76	21	42	21	15	1.89
21696558--21696629	26	2.5	26	82	17	74	20	6	2	69	1.25
21706642--21706770	55	2.4	53	81	7	134	24	34	26	14	1.94
21711566--21711590	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
21715405--21715438	11	3.1	11	95	0	59	76	0	23	0	0.79
21716691--21716857	40	4.2	40	89	2	248	23	21	27	26	1.99
21725102--21725176	37	2.0	37	97	0	141	21	26	16	36	1.94
21731508--21731550	5	8.0	5	85	14	59	23	2	0	74	0.93
21731513--21731563	22	2.3	21	83	9	66	25	3	0	70	1.04
21731503--21731563	18	3.8	17	78	18	51	26	4	0	68	1.09
21731534--21731663	63	2.1	63	85	2	172	29	6	0	63	1.26
21736200--21736224	12	2.1	12	100	0	50	44	24	8	24	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21742802--21742849	24	2.0	24	100	0	96	16	33	12	37	1.86
21749806--21749863	15	3.9	15	76	0	62	53	12	17	17	1.73
21751912--21752081	40	4.2	40	89	3	236	27	25	19	27	1.99
21751912--21752137	80	2.8	80	82	6	262	26	26	21	26	1.99
21751912--21752137	40	5.6	39	87	5	231	26	26	21	26	1.99
21756721--21757157	47	9.2	47	90	2	667	31	8	30	29	1.86
21756721--21757157	96	4.6	94	91	1	667	31	8	30	29	1.86
21756721--21757157	143	3.1	142	91	3	700	31	8	30	29	1.86
21757275--21757353	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
21759216--21759403	43	4.4	43	95	0	331	23	15	34	26	1.95
21759386--21759459	29	2.6	29	89	4	105	27	14	32	25	1.95
21759751--21760018	40	6.7	40	82	6	242	26	20	28	23	1.99
21759751--21760018	120	2.2	120	79	7	276	26	20	28	23	1.99
21759952--21760028	40	1.9	40	86	0	109	22	22	29	25	1.99
21763353--21763789	47	9.2	47	90	3	660	31	8	30	29	1.86
21763353--21763789	96	4.6	94	91	2	660	31	8	30	29	1.86
21763353--21763789	143	3.1	142	91	3	700	31	8	30	29	1.86
21763907--21763985	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
21770817--21771042	40	5.7	40	88	4	271	26	26	21	25	2.00
21791469--21792474	45	21.6	45	73	9	468	33	16	19	29	1.94
21791469--21792474	96	10.7	96	73	10	613	33	16	19	29	1.94
21791789--21792450	51	13.9	51	70	13	367	34	16	19	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21791519--21792444	141	6.6	141	78	8	785	34	16	19	29	1.94
21792208--21792382	95	1.8	96	88	3	273	36	14	17	32	1.90
21791556--21792474	146	6.5	144	76	10	545	33	16	19	29	1.94
21793059--21793120	21	2.9	22	86	11	85	16	6	3	74	1.16
21793943--21793975	16	2.1	15	94	5	57	18	3	0	78	0.87
21793944--21793989	23	2.0	24	82	4	58	17	8	0	73	1.07
21794036--21794090	23	2.5	22	77	13	58	25	3	3	67	1.23
21794068--21794181	59	1.9	59	87	5	167	28	7	1	63	1.30
21794861--21794913	27	2.0	27	96	0	97	16	15	32	35	1.90
21796999--21797106	26	4.2	26	93	0	189	29	8	26	35	1.86
21798701--21798859	27	5.9	26	80	10	151	20	23	21	33	1.97
21798698--21798841	54	2.7	54	90	2	209	19	23	22	34	1.97
21805010--21805090	26	3.2	26	96	1	146	29	9	27	33	1.89
21806678--21806822	54	2.7	54	90	2	220	20	23	22	34	1.97
21806682--21806839	27	5.9	27	76	11	137	21	24	20	34	1.97
21807753--21807832	39	2.1	39	95	0	142	18	28	26	26	1.98
21814325--21814350	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
21816144--21816179	18	2.0	18	88	0	54	30	13	25	30	1.94
21817763--21817800	20	2.1	18	85	14	51	57	10	0	31	1.32
21820326--21820433	48	2.2	50	77	12	118	52	2	0	43	1.22
21821515--21821585	37	1.9	37	91	0	115	43	11	8	36	1.71
21821766--21821824	24	2.5	24	75	5	57	50	3	1	44	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21822846--21822889	22	2.0	22	100	0	88	45	4	18	31	1.69
21825142--21825173	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
21831818--21831856	13	3.0	13	85	11	53	25	2	5	66	1.25
21839324--21839364	21	2.0	21	90	9	66	53	12	12	21	1.70
21843176--21843262	27	3.2	27	84	12	108	33	24	24	18	1.97
21843649--21843678	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
21844855--21844962	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
21849617--21849742	46	2.7	45	78	14	134	30	18	27	23	1.97
21853254--21853302	19	2.5	20	80	10	55	55	8	10	26	1.61
21854881--21854927	24	2.0	24	86	0	67	17	23	10	48	1.77
21861027--21861067	21	2.0	21	90	0	64	21	17	17	43	1.87
21865457--21865534	24	3.2	23	75	13	68	19	29	16	34	1.94
21865476--21865522	25	1.9	24	86	4	67	19	25	17	38	1.92
21866914--21867066	43	3.6	43	81	3	155	25	13	25	35	1.92
21866914--21866998	44	2.0	43	88	2	125	23	11	29	35	1.90
21866974--21867063	42	2.1	43	85	2	119	26	14	23	35	1.93
21874530--21874694	43	3.9	42	78	9	156	23	16	27	32	1.96
21876396--21876513	58	2.0	58	100	0	236	25	16	19	38	1.93
21883625--21883692	27	2.6	25	75	8	64	20	25	22	32	1.98
21883689--21883764	24	3.2	24	84	0	80	19	27	17	35	1.94
21883700--21883766	24	2.8	24	86	0	89	17	31	19	31	1.95
21883748--21883813	27	2.6	24	73	17	62	22	25	21	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21889636--21889666	16	1.9	16	93	0	53	19	16	6	58	1.59
21903753--21903849	39	2.5	39	93	0	158	39	25	21	13	1.90
21906033--21906074	15	2.8	15	85	0	57	50	14	19	16	1.79
21909320--21909421	18	5.4	19	74	15	68	39	24	21	14	1.91
21909334--21909421	38	2.3	39	88	2	124	40	25	20	13	1.89
21914590--21914675	4	21.5	4	100	0	172	24	0	25	50	1.50
21919734--21919788	28	1.9	29	85	3	76	12	21	43	21	1.86
21921325--21921377	25	2.1	25	92	0	88	24	16	26	32	1.97
21930710--21930751	19	2.2	19	95	0	75	38	2	21	38	1.67
21931211--21931267	22	2.6	22	83	5	71	29	17	17	35	1.93
21938896--21938921	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
21939108--21939141	16	2.1	16	88	0	50	35	20	14	29	1.93
21948033--21948122	45	2.0	45	97	0	171	20	13	21	45	1.84
21949982--21950012	12	2.6	12	94	0	53	58	0	9	32	1.31
21959400--21959451	13	4.1	12	73	9	50	48	9	0	42	1.36
21960625--21960677	24	2.1	26	86	6	74	28	3	18	49	1.65
21961998--21962029	16	2.0	16	100	0	64	18	43	6	31	1.75
21976697--21976767	36	2.0	35	86	5	99	59	7	9	23	1.54
21982110--21982258	74	2.0	75	96	1	273	33	7	20	38	1.81
21982499--21982533	15	2.4	15	90	4	54	74	0	22	2	0.95
21984117--21984160	21	2.1	21	100	0	88	15	18	22	43	1.88
21989404--21989535	39	3.4	39	93	0	210	28	20	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21989404--21989553	78	1.9	78	82	2	185	28	21	28	22	1.99
21993197--21993239	11	4.1	11	79	11	54	60	0	0	39	0.97
21993196--21993233	20	2.0	20	94	5	69	60	0	0	39	0.97
22000853--22000905	25	2.1	25	96	0	97	45	30	3	20	1.69
22015061--22015153	37	2.5	37	94	0	168	18	16	30	35	1.92
22023238--22023267	15	2.0	15	100	0	60	6	6	20	66	1.38
22023279--22023325	24	2.0	24	100	0	94	8	34	12	44	1.73
22027290--22027340	25	2.0	25	92	0	84	39	5	17	37	1.74
22027293--22027340	12	3.9	12	75	5	51	39	4	18	37	1.70
22030407--22030457	25	2.0	25	92	0	84	39	5	17	37	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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