genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.315.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103455726--103455860	18	8.0	17	70	19	95	40	0	1	57	1.13
103455584--103455826	120	2.0	120	97	0	459	43	1	4	51	1.31
103455741--103455799	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
103455754--103455809	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
103455605--103455845	41	5.9	40	68	22	121	41	1	3	53	1.25
103456024--103456078	21	2.6	21	88	8	85	27	38	9	25	1.86
103456257--103456759	275	1.8	274	84	3	699	26	26	16	31	1.97
103457958--103457992	18	1.9	18	100	0	70	31	11	17	40	1.85
103465403--103465432	15	2.0	15	100	0	60	33	40	6	20	1.78
103466300--103466332	8	4.2	8	92	3	50	0	33	0	66	0.92
103507715--103507755	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
103533992--103534059	27	2.5	27	95	0	127	32	11	33	22	1.90
103534842--103534875	16	2.2	16	89	5	52	41	2	8	47	1.50
103535961--103536007	5	9.0	5	83	6	58	42	0	2	55	1.12
103537331--103537369	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
103544927--103545549	111	5.8	102	90	2	537	18	23	21	36	1.95
103545110--103545657	111	4.9	111	87	1	681	19	23	20	35	1.95
103545008--103545549	222	2.5	213	87	3	726	18	23	21	36	1.95
103544858--103545606	222	3.5	222	81	6	687	19	23	21	35	1.96
103545008--103545643	333	1.9	324	81	5	740	19	23	21	35	1.96
103545469--103545741	111	2.5	110	82	3	314	23	24	17	33	1.97
103548973--103549015	22	2.0	22	90	0	68	13	16	13	55	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103550603--103550662	30	2.0	30	96	0	111	28	3	11	56	1.51
103550785--103550815	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
103550785--103550819	11	3.1	11	91	4	52	65	0	0	34	0.93
103554140--103554263	30	4.1	30	91	1	194	25	23	6	44	1.77
103554150--103554257	15	7.2	15	65	12	69	25	21	7	45	1.78
103558826--103558949	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
103558836--103558943	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
103564269--103564298	11	2.7	11	94	0	51	26	0	0	73	0.84
103565870--103565903	4	8.2	4	90	3	50	73	2	0	23	0.97
103567645--103567674	15	2.0	15	93	0	51	66	3	0	30	1.07
103567745--103567769	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
103568039--103568086	14	3.5	13	86	11	51	4	18	0	77	0.93
103568038--103568083	21	2.2	21	85	11	60	4	19	0	76	0.96
103568090--103568129	20	2.0	20	95	0	71	10	22	5	62	1.46
103568794--103568846	27	2.0	28	85	7	74	26	0	5	67	1.12
103569394--103569423	15	2.0	15	93	0	51	66	3	0	30	1.07
103569646--103569703	29	2.0	28	83	9	73	60	3	0	36	1.14
103579685--103579737	16	3.3	15	74	10	52	66	0	16	16	1.26
103585083--103585116	11	3.0	11	91	4	50	73	0	26	0	0.83
103585369--103585397	8	3.6	8	100	0	58	51	0	10	37	1.36
103586843--103586886	20	2.2	20	84	8	54	25	4	25	45	1.72
103588025--103588060	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103588012--103588052	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
103588218--103588300	21	3.9	21	77	4	67	39	25	20	14	1.90
103588228--103588288	21	2.8	22	87	9	90	34	27	24	13	1.93
103588587--103588640	15	3.5	15	87	2	81	51	11	0	37	1.37
103612784--103613195	207	2.0	207	99	0	806	37	14	14	33	1.87
103613904--103614001	51	1.9	51	97	0	187	23	33	6	36	1.80
103616880--103616937	29	2.0	29	96	0	107	44	18	10	25	1.82
103619290--103619396	54	2.0	54	96	0	196	30	12	14	42	1.81
103622014--103622111	45	2.2	45	96	1	178	53	10	21	15	1.71
103632525--103633192	287	2.3	289	88	2	986	42	19	11	26	1.85
103635186--103635276	33	2.8	33	94	0	164	29	42	9	17	1.82
103638316--103638343	13	2.2	13	100	0	56	28	7	25	39	1.82
103644492--103644518	3	9.0	3	100	0	54	0	66	33	0	0.92
103647216--103647273	5	10.8	5	80	12	62	43	0	1	55	1.10
103647217--103647274	8	6.7	9	74	21	61	43	0	1	55	1.10
103647219--103647274	12	4.5	12	81	16	69	42	0	1	55	1.10
103648594--103648632	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
103649129--103649169	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
103652586--103652663	36	2.2	36	84	9	97	62	8	7	20	1.49
103656872--103656972	50	2.0	49	92	1	166	9	26	7	55	1.60
103657325--103657349	10	2.5	10	100	0	50	52	8	0	40	1.31
103657381--103657481	50	2.0	49	92	1	166	9	26	7	55	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103656818--103657826	509	2.0	508	99	0	2009	21	20	16	41	1.90
103661487--103661512	10	2.6	10	100	0	52	50	7	0	42	1.31
103672277--103672521	49	4.9	49	81	3	292	28	26	18	26	1.98
103672290--103672521	100	2.3	99	85	4	306	28	26	18	25	1.98
103673859--103673910	16	3.2	17	81	8	72	57	0	3	38	1.17
103673863--103673945	32	2.6	31	86	9	105	57	0	1	40	1.06
103673865--103673917	16	3.3	15	77	17	54	58	0	1	39	1.09
103685401--103685451	4	12.8	4	95	0	75	19	0	29	50	1.48
103689312--103689354	21	2.0	21	95	0	77	30	9	4	55	1.52
103692369--103692439	31	2.3	31	95	0	124	50	12	16	19	1.77
103692899--103692941	21	2.0	21	86	0	59	67	9	20	2	1.30
103701551--103701598	24	2.0	24	84	8	62	58	4	10	27	1.49
103706548--103706581	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
103711187--103711220	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
103712470--103712700	118	2.0	118	93	3	403	23	23	12	39	1.89
103713819--103713878	22	2.7	21	72	10	57	56	0	8	35	1.29
103722623--103722715	18	5.2	18	84	0	105	30	19	13	36	1.91
103735474--103735507	17	2.0	17	100	0	68	35	23	5	35	1.79
103740459--103740506	13	3.7	13	80	0	60	39	22	2	35	1.66
103752663--103752727	27	2.4	28	89	2	96	52	13	1	32	1.50
103756750--103756807	31	1.9	29	83	13	73	37	10	10	41	1.73
103765043--103765135	18	5.2	18	90	0	150	32	17	23	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103765043--103765135	36	2.6	36	94	0	168	32	17	23	26	1.96
103771682--103771715	6	5.7	6	100	0	68	50	14	0	35	1.44
103797505--103797558	27	2.0	27	100	0	108	14	29	29	25	1.95
103799758--103799786	13	2.2	13	100	0	58	48	6	13	31	1.69
103802245--103802311	33	2.0	34	91	2	109	20	32	8	37	1.84
103803603--103803627	12	2.1	12	100	0	50	68	0	16	16	1.22
103815352--103815389	16	2.4	16	86	4	51	28	5	7	57	1.49
103819362--103819412	22	2.2	23	79	10	59	43	3	3	49	1.39
103821447--103821525	28	2.7	29	84	13	92	34	8	8	48	1.66
103838116--103838154	17	2.3	17	86	8	53	69	2	0	28	1.02
103865108--103865140	4	8.2	4	100	0	66	51	24	0	24	1.48
103875524--103875562	6	6.5	6	96	0	69	17	0	35	46	1.49
103876109--103876146	16	2.3	17	86	4	51	78	7	0	13	0.94
103876255--103876288	11	3.1	11	95	0	59	0	50	0	50	1.00
103876774--103876807	6	5.5	6	93	6	59	32	0	14	52	1.42
103876923--103876961	3	13.0	3	83	0	51	28	5	0	66	1.12
103877072--103877108	19	1.9	19	88	0	56	40	2	5	51	1.39
103878647--103878809	82	2.0	82	91	2	265	35	20	19	23	1.96
103887071--103887125	19	3.1	17	80	12	65	38	0	0	61	0.96
103887074--103887117	22	1.9	24	90	9	74	38	0	0	61	0.96
103887071--103887147	5	16.2	5	79	15	83	35	0	3	61	1.15
103887074--103887122	22	2.2	22	89	7	73	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103887961--103888001	3	13.7	3	84	0	55	34	0	2	63	1.08
103887961--103888017	9	6.3	9	77	0	51	36	0	3	59	1.14
103895700--103895753	28	1.9	29	81	7	67	50	3	1	44	1.30
103895852--103895906	18	2.9	19	81	10	69	78	1	0	20	0.85
103895864--103895892	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
103895852--103895906	12	4.4	13	86	6	69	78	1	0	20	0.85
103895852--103895904	25	2.2	25	86	3	72	79	1	0	18	0.83
103896370--103896405	16	2.2	16	100	0	72	38	30	5	25	1.78
103896466--103896511	18	2.7	16	81	15	56	13	17	0	69	1.19
103903559--103903784	113	2.0	113	95	0	407	39	18	10	31	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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