genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82519541--82519575	15	2.4	14	90	4	52	17	0	37	45	1.48
82519697--82519802	7	14.9	7	72	3	50	20	0	36	41	1.59
82519864--82519916	14	3.7	14	75	5	52	22	0	28	49	1.50
82519921--82519983	29	2.1	30	85	8	85	20	3	47	28	1.65
82520100--82520150	26	2.0	24	85	14	68	43	9	3	43	1.56
82520097--82520149	18	3.1	17	83	5	63	43	9	3	43	1.55
82520264--82520299	17	2.2	17	95	5	65	22	0	5	72	1.05
82521282--82521320	10	3.7	10	83	12	51	12	12	2	71	1.24
82521395--82521424	13	2.2	14	94	5	53	76	10	0	13	1.01
82521596--82521753	85	1.9	85	90	1	255	25	18	11	44	1.83
82523730--82523862	64	2.1	64	98	0	257	38	12	3	45	1.59
82523743--82523877	64	2.1	64	89	4	202	41	9	3	45	1.55
82523911--82523981	24	3.0	24	91	0	115	29	19	7	43	1.77
82524155--82524228	29	2.6	29	93	4	123	47	1	0	51	1.09
82524155--82524239	15	5.8	15	71	20	81	45	1	0	52	1.08
82524344--82524674	9	37.6	9	72	11	143	47	13	1	37	1.54
82524369--82524648	53	5.1	53	76	10	251	47	12	1	38	1.51
82524405--82524489	44	1.9	44	85	4	118	48	15	0	36	1.45
82524313--82524619	167	1.8	166	90	2	490	47	12	1	37	1.52
82524532--82524612	35	2.3	35	89	0	126	48	11	3	37	1.57
82524633--82524686	26	2.1	26	100	0	108	46	14	3	35	1.63
82527821--82528083	40	6.6	40	87	3	316	27	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82535764--82536026	40	6.6	40	87	3	316	27	27	20	24	1.99
82539120--82539153	16	2.1	16	100	0	68	20	29	11	38	1.88
82540993--82541021	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
82541436--82541490	21	2.6	21	85	0	83	27	18	50	3	1.63
82541875--82541954	42	1.9	42	84	5	108	33	28	12	25	1.92
82544353--82544400	21	2.3	21	74	0	51	22	22	8	45	1.79
82544944--82544977	16	2.1	17	88	5	52	41	0	0	58	0.98
82551994--82552099	25	4.2	25	75	6	90	34	20	24	19	1.96
82557744--82557793	20	2.5	20	83	3	64	40	12	2	46	1.52
82562126--82562164	21	1.9	20	84	5	51	41	15	0	43	1.46
82580070--82580120	25	2.0	25	92	0	84	31	21	17	29	1.96
82580875--82581052	45	3.9	45	87	1	230	21	15	28	35	1.93
82580875--82581083	45	4.7	44	86	2	186	22	14	28	34	1.94
82580961--82581164	43	4.7	42	78	6	124	24	15	27	32	1.95
82582729--82582880	39	4.2	39	76	17	164	26	28	20	23	1.99
82597880--82597948	21	3.3	21	75	4	68	18	21	17	42	1.90
82597894--82597958	21	3.1	21	80	4	69	15	23	18	43	1.88
82598963--82599001	20	2.0	20	84	0	51	38	12	2	46	1.56
82600401--82600529	48	2.6	48	90	2	186	31	21	25	21	1.98
82600401--82600715	49	6.5	49	78	10	285	28	20	27	24	1.99
82604030--82604061	15	2.1	15	94	0	55	18	9	6	65	1.42
82607318--82607446	49	2.6	49	82	2	152	23	27	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82620759--82620943	40	4.7	40	81	7	200	23	22	28	25	1.99
82620812--82620966	79	2.0	79	83	7	199	24	21	27	26	1.99
82626046--82626168	49	2.5	49	81	7	151	22	26	21	29	1.99
82626173--82626234	31	2.0	31	96	0	115	30	25	20	22	1.98
82626092--82626327	124	1.9	124	98	0	454	26	26	20	26	1.99
82639650--82639712	12	5.1	12	74	24	51	50	1	1	46	1.20
82639577--82639707	59	2.2	58	83	4	165	42	3	3	50	1.36
82641378--82641461	41	2.0	41	97	0	159	32	15	17	34	1.92
82642238--82642307	35	2.0	35	100	0	140	25	25	8	40	1.84
82643547--82643778	49	4.7	49	81	7	279	29	26	17	26	1.98
82647734--82647791	18	3.4	18	88	6	77	29	8	24	37	1.85
82648700--82648765	28	2.4	28	82	2	80	36	21	22	19	1.95
82651404--82651456	28	1.9	27	88	3	79	32	20	26	20	1.98
82655390--82655485	50	1.9	50	95	0	174	29	17	26	27	1.98
82660908--82660971	34	1.9	33	87	3	92	20	23	25	31	1.98
82663661--82663810	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
82663685--82663868	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
82670959--82671046	23	3.8	23	79	5	97	20	19	18	42	1.90
82678207--82678268	22	2.8	22	77	0	70	29	25	27	17	1.98
82680808--82680841	14	2.3	15	95	5	61	76	0	0	23	0.79
82680808--82680841	5	7.0	5	86	6	52	76	0	0	23	0.79
82681427--82681462	4	8.8	4	87	6	54	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82689974--82690052	29	2.7	27	86	9	104	26	16	29	27	1.97
82690005--82690331	173	1.9	174	93	0	566	30	14	24	31	1.94
82707799--82707857	29	2.0	29	100	0	118	37	20	3	38	1.69
82709228--82709535	39	7.9	39	92	1	503	21	25	29	23	1.99
82715383--82715573	39	4.8	41	78	8	182	25	21	27	25	1.99
82723377--82723596	39	5.6	40	85	6	263	24	22	28	25	1.99
82723377--82723594	79	2.8	80	83	8	248	24	22	27	24	2.00
82723377--82723596	40	5.5	41	86	6	260	24	22	28	25	1.99
82726591--82727083	47	10.1	47	85	6	590	30	12	30	27	1.93
82726591--82727083	98	5.0	96	85	7	595	30	12	30	27	1.93
82726592--82727083	145	3.3	144	91	3	732	29	12	30	27	1.93
82726810--82726885	24	3.2	24	64	23	61	28	11	32	26	1.92
82727057--82727147	46	2.0	46	82	0	110	34	9	31	24	1.88
82727292--82727473	37	4.9	37	95	0	319	24	19	30	25	1.98
82728729--82728880	40	3.8	40	85	0	214	25	22	26	25	2.00
82730077--82730119	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
82730564--82730741	28	6.4	28	89	2	234	25	13	28	32	1.94
82732512--82732712	37	5.4	37	93	0	339	24	18	30	26	1.98
82733981--82734132	40	3.8	40	87	0	223	25	23	26	25	2.00
82737114--82737647	47	11.1	47	86	5	717	30	12	30	26	1.93
82737114--82737647	145	3.7	144	88	5	783	30	12	30	26	1.93
82737333--82737408	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82737458--82737535	25	3.2	25	63	23	67	28	10	32	29	1.90
82737621--82737711	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
82737856--82738000	37	3.9	37	96	0	254	24	19	31	25	1.98
82741979--82742034	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
82741968--82742034	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
82742083--82742202	45	2.6	46	90	5	188	28	20	20	30	1.97
82742085--82742202	23	5.1	23	91	4	193	27	21	20	30	1.98
82742416--82742479	31	2.1	31	87	0	92	40	15	20	23	1.90
82744911--82744969	29	2.0	31	80	12	70	37	1	20	40	1.63
82755227--82755334	44	2.4	45	84	6	130	33	14	23	28	1.94
82759030--82759186	41	3.8	40	72	12	122	23	18	27	30	1.98
82762407--82762497	42	2.1	43	89	2	139	30	12	25	31	1.92
82762417--82762506	43	2.1	42	85	2	117	31	14	23	31	1.94
82762590--82762636	20	2.3	20	88	0	76	31	2	29	36	1.70
82764869--82765000	42	3.1	42	71	8	108	34	12	21	31	1.91
82776133--82776158	12	2.2	12	100	0	52	34	7	0	57	1.27
82776608--82776640	8	4.2	8	88	3	50	75	0	0	24	0.80
82776579--82776640	16	4.0	15	72	6	52	70	0	4	24	1.06
82787394--82787442	17	3.1	17	75	19	52	40	0	22	36	1.54
82792791--82792940	27	5.6	26	81	6	149	27	15	28	29	1.96
82792791--82792940	54	2.8	53	81	7	167	27	15	28	29	1.96
82792792--82792940	81	1.8	81	86	2	219	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82800940--82801089	27	5.6	26	81	6	149	27	15	28	29	1.96
82800940--82801089	54	2.8	53	81	7	167	27	15	28	29	1.96
82800941--82801089	81	1.8	81	86	2	219	26	15	28	29	1.96
82806575--82806797	40	5.6	40	80	1	243	22	29	16	31	1.96
82806575--82806797	80	2.8	79	82	1	277	22	29	16	31	1.96
82807980--82808031	24	2.2	24	89	0	77	73	1	0	25	0.94
82811688--82811735	21	2.1	21	85	11	60	22	41	22	12	1.88
82823761--82823986	48	4.8	48	75	11	184	25	15	29	30	1.95
82823896--82824114	42	5.1	42	73	7	188	26	17	27	27	1.98
82823947--82824113	90	1.9	90	87	2	246	28	17	27	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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