genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22030410--22030457	12	3.9	12	75	5	51	39	4	18	37	1.70
22033028--22033107	38	2.1	38	95	0	142	53	0	13	32	1.40
22044957--22044999	18	2.4	18	88	7	61	34	13	23	27	1.93
22044966--22045001	18	2.0	18	100	0	72	33	16	22	27	1.95
22045645--22045726	35	2.3	35	91	2	128	41	31	10	15	1.82
22047021--22047077	29	2.0	29	83	10	73	24	40	15	19	1.90
22049843--22049874	12	2.7	12	95	0	55	46	3	0	50	1.17
22052025--22052094	16	4.4	17	90	3	76	38	2	25	32	1.71
22052024--22052094	32	2.2	32	82	5	90	38	4	25	32	1.75
22052041--22052095	16	3.4	16	94	0	83	40	3	23	32	1.72
22052080--22052169	44	2.0	46	86	4	130	32	5	25	36	1.79
22052756--22052791	18	2.0	18	100	0	72	38	16	11	33	1.84
22052798--22052875	40	2.0	40	92	0	129	33	17	6	42	1.75
22052979--22053004	10	2.6	10	100	0	52	88	11	0	0	0.52
22054759--22054817	15	3.8	16	73	20	54	61	0	1	37	1.07
22055098--22055206	20	5.6	19	76	17	100	57	0	6	34	1.30
22055149--22055207	7	8.7	7	73	26	56	57	1	3	37	1.25
22055149--22055222	27	2.8	27	76	13	73	60	1	2	35	1.19
22062727--22062772	19	2.5	19	77	19	53	56	4	0	39	1.19
22064688--22064749	21	3.0	20	79	9	72	16	22	19	41	1.89
22079555--22079587	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
22079883--22080093	92	2.3	92	91	0	341	18	24	14	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22079873--22080095	46	4.8	46	87	1	295	18	24	14	42	1.88
22086087--22086123	13	2.8	13	91	0	56	2	24	43	29	1.68
22086208--22086264	30	1.9	30	92	0	96	26	12	33	28	1.92
22091281--22091362	25	3.2	25	71	19	71	57	7	2	32	1.39
22092037--22092095	29	2.0	30	90	3	93	57	13	1	27	1.46
22093178--22093303	64	2.0	64	87	0	180	45	12	13	28	1.80
22094878--22094965	31	2.8	31	67	17	74	30	14	12	42	1.83
22095028--22095143	60	1.9	60	81	6	137	28	15	16	39	1.89
22108979--22109111	71	1.9	71	91	0	221	39	15	17	28	1.89
22109404--22109438	6	5.5	6	87	12	52	65	0	20	14	1.26
22109359--22109489	63	2.1	63	85	9	178	52	6	15	25	1.65
22109467--22109502	13	2.8	13	91	4	56	77	0	5	16	0.94
22112272--22112319	12	4.2	12	81	10	64	35	0	2	62	1.07
22112771--22112895	59	2.1	59	89	0	187	26	16	13	43	1.85
22116121--22116155	12	2.9	12	91	0	52	37	0	11	51	1.38
22116120--22116156	14	2.6	14	91	0	56	40	0	10	48	1.38
22120302--22120341	21	1.9	21	94	0	71	32	12	17	37	1.87
22122091--22122311	110	2.0	110	100	0	442	14	13	14	57	1.66
22125029--22125119	44	2.1	44	87	4	130	49	10	10	28	1.72
22126123--22126310	102	1.8	103	80	5	229	36	10	17	36	1.84
22128660--22128734	37	2.1	37	97	2	143	42	16	12	29	1.83
22137818--22137867	25	2.0	25	92	0	82	56	8	20	16	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22137809--22137868	25	2.7	21	76	18	66	51	8	21	18	1.72
22138400--22138429	10	3.0	10	90	0	51	76	0	13	10	1.01
22139405--22139510	38	2.8	37	78	7	115	35	16	19	27	1.94
22143987--22144041	26	2.1	26	93	0	92	25	32	9	32	1.87
22166637--22166693	20	3.0	20	78	17	59	57	0	15	26	1.38
22169394--22169506	40	2.8	40	82	0	136	38	20	22	18	1.93
22181965--22182004	20	2.0	21	85	14	57	20	47	20	12	1.81
22189254--22189344	45	2.0	45	100	0	182	28	13	26	31	1.93
22191977--22192035	20	3.0	20	94	0	100	37	11	20	30	1.89
22192085--22192230	25	6.0	24	87	5	179	27	19	21	30	1.98
22192089--22192230	72	1.9	74	83	8	184	26	20	22	30	1.98
22192424--22192487	31	2.1	31	87	0	92	35	15	23	25	1.94
22200165--22200232	33	2.0	34	94	2	120	58	4	5	30	1.41
22202929--22202974	21	2.2	21	92	0	74	21	13	26	39	1.90
22225969--22225995	14	1.9	14	100	0	54	29	3	22	44	1.70
22226508--22226537	15	2.0	15	93	0	51	20	0	23	56	1.42
22228505--22228539	3	11.7	3	87	0	52	0	25	0	74	0.82
22231896--22231942	24	2.0	22	84	8	58	46	0	2	51	1.13
22231937--22231992	21	2.5	22	82	5	60	62	1	0	35	1.06
22231955--22231998	21	2.1	21	83	4	54	59	2	0	38	1.10
22234057--22234093	12	3.0	12	96	4	65	32	8	32	27	1.86
22242915--22242952	19	2.0	19	100	0	76	26	5	26	42	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22243054--22243316	131	2.0	131	96	0	490	29	9	30	30	1.89
22248201--22248252	13	4.2	12	85	7	52	25	13	21	40	1.89
22248208--22248261	13	4.2	13	81	11	67	24	14	20	40	1.90
22251889--22251950	25	2.4	26	86	2	90	25	12	20	40	1.89
22251889--22251950	13	4.8	13	90	4	90	25	12	20	40	1.89
22253914--22253969	13	4.4	13	90	4	87	26	8	21	42	1.82
22259382--22259424	18	2.4	18	84	7	52	58	6	6	27	1.50
22260648--22260681	14	2.5	13	81	9	50	0	14	5	79	0.91
22264748--22264807	30	2.0	30	86	0	84	58	11	1	28	1.43
22268816--22268846	15	2.1	15	93	0	53	45	0	6	48	1.28
22269797--22269846	24	2.1	24	88	0	73	48	14	14	24	1.80
22272713--22272748	18	2.0	18	94	0	63	50	8	0	41	1.33
22274964--22275012	20	2.5	21	81	18	61	71	8	0	20	1.11
22275053--22275115	23	2.7	25	78	14	80	60	1	4	33	1.27
22275103--22275139	17	2.1	18	90	5	58	59	0	8	32	1.27
22277069--22277590	83	6.2	83	92	1	785	28	19	18	32	1.96
22283092--22283215	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
22283092--22283326	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
22283177--22283353	37	4.8	37	95	0	300	26	20	13	38	1.90
22290786--22290909	46	2.8	46	91	3	200	27	22	16	33	1.96
22290786--22291020	37	5.8	45	87	8	207	26	21	15	36	1.93
22290871--22291045	37	4.7	37	95	0	287	26	21	13	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22299479--22299512	16	2.1	17	88	5	52	55	8	11	23	1.63
22300047--22300096	21	2.5	21	81	15	61	72	8	0	20	1.10
22300193--22300229	17	2.1	18	90	5	58	59	0	8	32	1.27
22305636--22305703	29	2.2	32	82	12	90	39	0	2	57	1.14
22305634--22305703	28	2.4	30	85	7	90	41	0	2	55	1.14
22307086--22307147	16	3.7	16	75	12	61	53	4	1	40	1.32
22308840--22308884	22	2.0	22	83	8	56	73	11	2	13	1.19
22309724--22309767	19	2.2	20	84	11	56	22	47	18	11	1.80
22312109--22312392	132	2.2	133	87	3	421	31	17	17	33	1.93
22312109--22312465	132	2.7	133	82	4	418	29	18	18	33	1.95
22315962--22316183	41	5.4	41	90	2	324	35	23	22	19	1.96
22320019--22320271	134	1.9	133	95	0	461	19	9	18	52	1.73
22322183--22322250	24	2.8	24	86	8	102	27	19	7	45	1.76
22322427--22322482	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
22322587--22322760	9	19.6	9	76	4	120	48	13	1	36	1.51
22322588--22322760	18	9.7	18	80	3	145	48	13	1	36	1.50
22322642--22322760	17	6.8	17	80	5	121	49	10	1	37	1.48
22328405--22328455	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
22328709--22328775	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
22328849--22329012	43	3.8	43	86	3	240	24	31	20	24	1.98
22328849--22329012	86	1.9	86	92	0	274	24	31	20	24	1.98
22329200--22329283	16	5.1	16	76	9	64	70	3	5	20	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22329330--22329832	149	3.4	150	86	6	684	59	7	5	27	1.47
22335961--22336005	24	1.9	23	81	4	54	46	0	4	48	1.22
22335978--22336069	26	3.3	25	66	22	67	44	1	1	53	1.15
22336225--22336275	16	3.2	16	94	0	84	25	31	5	37	1.80
22336343--22336426	26	3.1	26	68	18	71	48	11	2	36	1.53
22339367--22339405	13	2.8	13	81	11	51	48	0	0	51	1.00
22343463--22343529	33	2.0	33	82	5	82	41	1	2	53	1.25
22343604--22343652	24	2.1	23	84	3	62	44	0	0	55	0.99
22354792--22354827	15	2.4	15	95	0	63	22	8	25	44	1.80
22358432--22358485	25	2.2	25	86	0	72	24	20	22	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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