genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57804261--57804322	26	2.3	26	77	2	70	33	25	8	32	1.85
57804427--57804540	27	4.2	26	86	4	129	21	22	19	35	1.96
57804427--57804540	54	2.1	54	83	6	142	21	22	19	35	1.96
57806350--57806374	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
57807375--57807415	17	2.4	16	88	8	55	73	0	7	19	1.07
57819382--57819500	29	4.2	29	81	6	145	29	14	29	26	1.95
57819386--57819498	58	2.0	57	87	5	165	29	15	30	25	1.95
57822108--57822164	30	1.9	30	88	0	87	15	26	29	28	1.96
57827119--57827166	11	4.6	11	80	12	57	35	12	18	33	1.89
57827478--57827590	31	3.7	31	83	6	135	30	16	26	25	1.97
57837351--57837409	30	2.0	30	86	0	82	38	8	27	25	1.84
57839374--57839545	46	3.7	46	77	13	190	29	28	20	21	1.98
57839379--57839549	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
57840440--57840674	50	4.7	50	76	5	183	28	17	21	31	1.96
57840376--57840724	150	2.3	151	86	2	477	27	17	22	32	1.96
57840935--57840966	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
57844570--57844633	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
57844846--57844992	24	6.2	24	91	3	235	26	21	22	29	1.99
57844846--57844992	71	2.1	71	94	0	258	26	21	22	29	1.99
57844846--57844992	47	3.1	48	91	2	235	26	21	22	29	1.99
57845042--57845108	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
57845145--57845192	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57847249--57847287	15	2.6	15	88	8	53	20	17	10	51	1.74
57860029--57860088	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
57862353--57862411	30	2.0	30	82	0	73	40	5	27	27	1.77
57862632--57862678	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
57863025--57863309	50	5.7	50	75	4	214	26	17	24	31	1.97
57863031--57863211	51	3.6	51	78	4	213	25	18	24	32	1.97
57863025--57863259	101	2.3	101	91	0	380	26	17	24	32	1.96
57866865--57866925	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
57878598--57878687	28	3.2	27	81	7	101	22	25	21	31	1.98
57878608--57878698	27	3.2	28	79	4	85	24	27	17	30	1.97
57878598--57878712	55	2.1	55	80	8	126	21	25	19	33	1.97
57882406--57882469	7	9.1	7	80	13	69	37	0	0	62	0.95
57882399--57882469	26	2.8	26	85	12	94	35	0	0	64	0.94
57882399--57882565	3	54.0	3	67	22	64	33	4	0	61	1.19
57882405--57882516	30	3.6	29	73	16	93	35	2	0	61	1.10
57882506--57882557	20	2.5	22	82	14	58	30	5	1	61	1.30
57882820--57882879	17	3.5	17	74	21	63	33	1	0	65	1.03
57882821--57882879	16	3.5	16	76	23	59	33	1	0	64	1.04
57882856--57882905	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
57884823--57884963	42	3.3	43	77	12	148	26	17	24	31	1.97
57884810--57884963	43	3.6	42	76	10	150	25	16	24	33	1.96
57884823--57884981	43	3.7	43	74	10	146	27	17	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57887139--57887176	19	2.0	20	89	5	60	71	0	7	21	1.11
57887594--57887655	24	2.6	24	84	0	79	22	19	32	25	1.97
57891216--57891278	31	2.0	31	87	0	90	30	19	15	34	1.93
57894085--57894122	19	2.0	20	89	5	60	71	0	7	21	1.11
57894492--57894603	49	2.3	48	83	7	129	29	16	27	25	1.97
57894515--57894603	24	3.7	24	77	7	83	31	16	26	24	1.97
57900913--57900937	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
57908998--57909022	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
57911572--57911765	55	3.6	54	85	4	257	21	24	18	35	1.95
57911744--57911865	47	2.6	47	94	0	208	27	22	13	36	1.92
57912211--57912300	45	2.0	45	95	0	162	38	24	0	36	1.56
57917153--57917186	10	3.0	12	83	16	54	32	0	32	35	1.58
57919431--57919549	43	2.8	42	79	9	134	31	28	17	22	1.97
57927545--57927716	48	3.6	48	83	3	195	26	13	30	29	1.94
57932898--57932967	35	2.0	35	97	0	131	15	8	12	62	1.52
57933471--57933936	235	2.0	237	93	0	810	40	10	24	24	1.87
57936327--57936557	37	6.2	37	69	13	127	29	21	24	24	1.99
57936364--57936559	74	2.6	73	83	3	230	28	21	23	26	1.99
57936306--57936516	111	1.9	111	82	3	264	27	22	24	25	2.00
57939071--57939135	22	3.0	21	76	10	60	46	4	1	47	1.32
57939114--57939146	17	1.9	17	88	11	50	36	15	0	48	1.45
57943935--57943968	10	3.8	9	88	11	52	0	8	0	91	0.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57943932--57943967	18	2.1	16	90	10	54	0	11	0	88	0.50
57944863--57945402	275	1.9	278	83	6	695	45	5	5	42	1.52
57950320--57950346	14	1.9	14	100	0	54	22	22	0	55	1.44
57950317--57950356	11	3.4	11	81	18	53	17	27	0	55	1.43
57953547--57953616	27	2.6	27	97	2	131	35	14	11	38	1.82
57954013--57954074	32	1.9	32	96	0	115	51	8	8	32	1.60
57959753--57959917	47	3.5	47	93	0	267	30	13	31	24	1.93
57959753--57959873	23	5.1	25	60	25	64	29	14	33	23	1.93
57959887--57960021	48	2.8	48	97	0	252	34	7	26	31	1.84
57960157--57960271	37	3.1	37	87	2	151	27	17	27	26	1.98
57963320--57963430	45	2.5	45	80	5	118	38	13	24	23	1.91
57965634--57965879	68	3.6	68	85	3	307	37	19	19	23	1.94
57966318--57966610	146	2.0	146	95	0	532	34	14	25	25	1.94
57973303--57973443	40	3.5	40	83	1	140	24	27	23	24	2.00
57978429--57978581	42	3.7	41	75	15	145	33	26	18	22	1.96
57982140--57982272	36	3.8	36	91	1	189	18	9	28	43	1.81
57982140--57982305	36	4.8	35	86	4	185	18	9	28	43	1.81
57982140--57982307	71	2.4	71	81	5	191	17	9	29	42	1.81
57983825--57984001	85	2.1	85	89	0	264	20	23	32	23	1.98
57991579--57991615	17	2.1	18	90	5	58	29	32	10	27	1.90
57995592--57995655	21	3.0	21	73	13	60	29	28	17	25	1.97
57995698--57995737	21	1.9	21	85	10	55	20	15	40	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58003501--58003570	26	2.7	26	88	0	104	24	24	28	22	1.99
58011472--58011528	29	2.0	29	89	0	87	26	40	15	17	1.90
58011749--58011820	23	3.1	23	79	0	90	43	19	18	19	1.89
58020478--58020572	50	1.9	49	93	2	163	31	27	14	26	1.95
58021861--58022036	46	3.8	46	80	15	209	21	20	29	28	1.98
58021859--58022028	93	1.8	93	93	0	295	21	21	29	28	1.98
58034425--58034489	32	2.0	32	100	0	130	49	6	0	44	1.27
58038186--58038360	46	3.8	46	77	10	185	20	21	29	28	1.98
58038182--58038353	93	1.8	93	91	0	281	20	21	29	27	1.98
58043856--58044073	40	5.5	40	85	4	264	27	26	22	23	2.00
58051010--58051223	40	5.4	40	86	2	272	26	26	22	24	2.00
58059111--58059324	40	5.4	40	88	2	290	26	27	22	24	2.00
58061644--58061737	28	3.4	28	98	0	179	15	41	21	21	1.90
58062762--58063045	48	5.9	48	78	4	268	26	27	17	28	1.98
58062762--58063045	144	2.0	144	79	6	308	26	27	17	28	1.98
58088073--58088224	40	3.8	40	82	5	182	25	24	25	24	2.00
58094858--58094933	38	2.0	38	100	0	152	31	13	23	31	1.93
58096123--58096267	40	3.6	40	85	4	193	24	24	26	24	2.00
58100376--58100426	5	10.4	5	75	12	52	58	3	0	37	1.16
58100376--58100427	19	2.7	19	91	8	79	57	3	0	38	1.17
58100841--58100957	62	1.9	59	87	5	171	41	4	4	50	1.41
58101065--58101114	25	2.0	25	84	7	66	40	10	8	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58109945--58110041	34	2.9	32	83	6	97	22	22	25	28	1.99
58116973--58117006	17	1.9	17	88	5	50	14	41	29	14	1.86
58116972--58117013	18	2.3	18	76	8	50	14	42	30	11	1.81
58122304--58122666	47	7.6	47	91	3	541	28	29	8	34	1.87
58122304--58122666	143	2.6	143	89	3	545	28	29	8	34	1.87
58128655--58128697	6	7.0	6	81	5	50	2	27	2	67	1.15
58128663--58128709	18	2.5	19	89	3	69	6	23	2	68	1.24
58128694--58128744	21	2.4	21	87	9	68	13	21	0	64	1.28
58128676--58128744	18	3.4	20	83	15	72	11	21	1	65	1.33
58130577--58130614	18	2.1	18	95	0	67	42	18	18	21	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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