genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.296.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97595935--97595991	22	2.6	22	88	0	78	15	26	28	29	1.96
97599071--97599099	13	2.2	13	100	0	58	41	20	0	37	1.53
97603255--97603306	23	2.3	23	90	6	79	50	17	1	30	1.57
97603286--97603337	17	3.1	17	77	0	59	38	19	9	32	1.84
97604658--97604699	15	2.9	15	92	3	68	38	0	11	50	1.40
97605084--97605132	21	2.2	22	89	7	73	14	24	26	34	1.94
97606848--97606880	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
97607161--97607667	46	11.0	46	90	1	741	21	23	13	41	1.88
97609499--97609530	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
97612447--97612528	26	3.2	26	94	0	137	31	6	24	37	1.80
97614129--97614257	27	4.8	26	82	11	145	20	24	21	34	1.97
97614129--97614231	54	1.9	54	96	2	190	19	24	22	33	1.97
97619439--97619546	26	4.2	26	92	0	180	32	7	24	36	1.83
97621144--97621227	27	3.1	27	80	14	109	21	25	19	34	1.96
97633319--97633350	12	2.6	13	85	14	50	84	3	6	6	0.86
97633907--97633964	29	2.1	29	81	9	68	39	0	8	51	1.33
97644608--97644648	18	2.3	18	87	4	57	48	12	9	29	1.72
97650027--97650060	12	2.9	12	91	4	52	0	23	0	76	0.79
97650067--97650118	25	2.1	25	96	0	95	0	48	7	44	1.31
97652260--97652840	194	3.0	194	98	0	1130	39	13	22	25	1.90
97657266--97657326	30	2.0	30	100	0	122	26	6	13	54	1.63
97661239--97661276	20	1.9	20	84	10	51	60	13	13	13	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97664881--97664919	13	3.1	13	85	3	53	35	0	20	43	1.52
97682676--97682753	24	3.2	24	74	0	84	33	30	6	29	1.83
97688281--97688346	33	2.0	34	85	8	91	33	16	10	39	1.83
97689015--97689057	20	2.0	22	86	8	63	30	25	0	44	1.55
97689418--97689449	16	1.9	17	93	6	57	34	18	0	46	1.49
97690342--97690477	64	2.1	64	100	0	272	44	7	23	25	1.79
97690635--97690671	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
97692829--97693102	46	6.0	46	88	2	336	39	16	23	20	1.91
97692829--97693102	92	3.0	91	88	2	386	39	16	23	20	1.91
97692844--97693125	138	2.1	137	85	3	370	40	16	22	19	1.91
97698323--97698379	30	1.9	30	100	0	114	10	31	42	15	1.81
97699391--97699569	33	5.4	32	81	5	117	32	21	10	35	1.88
97699456--97699551	33	2.9	33	89	1	131	31	20	9	38	1.85
97700247--97700289	20	2.0	22	86	8	63	30	25	0	44	1.55
97710871--97710910	20	2.0	20	95	0	71	47	0	17	35	1.48
97711445--97711493	17	2.9	16	85	8	62	30	0	4	65	1.11
97711444--97711495	8	6.2	8	82	6	59	30	0	3	65	1.10
97711480--97711551	31	2.4	31	88	9	105	44	0	0	55	0.99
97724553--97724594	13	3.2	13	80	9	50	7	2	11	78	1.04
97724559--97724595	19	2.0	20	89	10	60	5	2	16	75	1.10
97740028--97740122	43	2.2	43	84	0	118	35	23	13	27	1.92
97744512--97744564	26	2.0	26	92	0	88	33	15	16	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97744852--97744931	30	2.6	30	92	6	124	30	6	7	56	1.52
97745325--97745360	16	2.3	16	90	4	56	38	0	2	58	1.13
97749170--97749230	16	3.5	16	72	20	50	45	1	4	47	1.34
97749602--97749660	30	1.9	30	82	6	73	44	5	5	45	1.47
97751586--97751631	24	1.9	24	82	8	58	34	4	4	56	1.39
97754914--97755006	18	5.2	18	88	0	141	27	22	17	32	1.96
97760505--97760573	30	2.3	30	92	0	120	26	50	5	17	1.68
97761040--97761169	23	5.5	24	75	9	88	34	6	3	55	1.43
97761054--97761175	25	5.0	26	68	16	82	36	5	4	54	1.44
97761134--97761244	29	4.0	28	74	12	97	31	6	4	57	1.44
97761188--97761229	22	1.9	22	90	0	66	28	2	7	61	1.35
97761224--97761277	26	2.1	26	83	10	67	29	9	1	59	1.39
97762277--97762321	19	2.2	21	84	11	58	48	0	2	48	1.13
97764534--97764567	16	2.1	17	88	5	52	52	5	0	41	1.25
97765960--97766018	27	2.3	27	83	16	74	62	0	1	35	1.05
97765970--97766023	14	4.0	13	81	13	56	59	0	1	38	1.08
97765970--97766023	27	2.0	27	86	13	76	59	0	1	38	1.08
97768886--97768969	42	2.0	42	100	0	168	35	14	9	40	1.78
97779091--97779133	20	2.2	20	86	0	59	48	0	6	44	1.29
97782290--97782331	19	2.2	20	82	4	50	40	4	16	38	1.70
97791163--97791232	29	2.4	29	95	0	131	61	4	12	21	1.48
97798316--97798366	23	2.2	23	78	0	57	17	17	19	45	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97801430--97801517	43	2.0	43	95	0	158	51	15	4	28	1.64
97803630--97803669	9	4.4	9	87	0	53	2	0	12	85	0.71
97803607--97803660	18	2.9	18	86	5	63	7	0	11	81	0.87
97803626--97803663	18	2.1	18	95	0	67	5	0	7	86	0.69
97805766--97805896	35	3.6	35	75	9	118	31	11	23	33	1.90
97807452--97807548	40	2.4	40	86	3	142	31	27	16	23	1.96
97807955--97808020	29	2.3	29	81	5	71	30	25	1	42	1.64
97818219--97818333	42	2.7	42	82	6	144	26	26	15	31	1.96
97818413--97818553	31	4.5	31	92	0	219	24	26	19	29	1.99
97818529--97818657	50	2.5	51	88	5	190	25	22	15	36	1.93
97827082--97827191	54	2.0	54	98	0	211	44	10	19	25	1.83
97830624--97830668	21	2.1	21	100	0	90	40	13	4	42	1.64
97831011--97831039	15	1.9	15	100	0	58	44	20	13	20	1.85
97833288--97833344	25	2.3	25	93	0	96	40	19	19	21	1.92
97833580--97833641	31	2.0	31	90	0	97	38	24	16	20	1.92
97834423--97834500	26	3.0	26	85	7	106	39	19	23	17	1.92
97834423--97834512	25	3.5	24	86	4	90	37	20	23	18	1.94
97834516--97834541	13	2.0	13	100	0	52	30	23	23	23	1.99
97834748--97834807	31	1.9	31	93	0	102	43	21	15	20	1.88
97835593--97835670	26	3.0	26	87	7	115	39	19	21	19	1.92
97835600--97835682	25	3.3	25	88	5	105	39	20	20	19	1.92
97835918--97835979	31	2.0	31	93	0	106	41	25	12	19	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97839139--97839318	89	2.0	89	83	5	229	39	22	7	31	1.81
97839320--97839406	10	8.3	10	66	14	50	57	0	3	39	1.16
97839519--97839567	18	2.8	18	87	3	73	48	8	14	28	1.72
97839687--97839733	21	2.3	21	96	3	87	38	14	4	42	1.66
97839779--97839833	9	5.9	9	76	16	58	69	5	0	25	1.10
97839775--97839835	20	3.2	20	81	9	90	65	4	0	29	1.13
97840007--97840130	57	2.2	57	81	11	139	29	4	3	62	1.29
97840033--97840162	9	14.6	9	76	13	83	26	2	2	69	1.12
97840100--97840162	25	2.5	25	77	10	58	20	1	3	74	1.04
97840044--97840199	79	1.9	81	84	8	212	27	1	2	67	1.14
97840179--97840223	24	1.9	24	86	13	67	20	2	4	73	1.11
97840033--97840242	9	22.3	10	70	16	71	27	1	2	68	1.12
97840287--97840321	16	2.2	16	90	5	54	25	2	0	71	1.00
97845661--97845694	17	2.0	17	88	0	50	23	0	5	70	1.09
97849539--97849672	44	3.0	45	83	4	162	35	13	23	27	1.93
97856936--97857069	44	3.0	45	83	4	162	35	13	23	27	1.93
97866216--97866411	88	2.3	87	81	8	217	40	18	7	33	1.79
97866879--97866930	19	2.8	18	75	18	61	34	1	0	63	1.06
97866962--97867143	90	2.0	91	80	3	206	34	9	19	36	1.84
97873952--97873989	18	2.2	16	90	9	58	23	7	2	65	1.32
97876767--97876853	45	1.9	45	90	0	138	26	14	24	34	1.94
97881035--97881079	18	2.5	18	96	0	81	31	17	22	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97889784--97889831	20	2.5	20	86	3	62	62	2	8	27	1.35
97889818--97889861	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
97889857--97889889	15	2.2	15	100	0	66	48	12	0	39	1.40
97890801--97890836	18	2.0	18	100	0	72	16	33	16	33	1.92
97905948--97905990	16	2.8	16	92	3	70	55	0	11	32	1.36
97906998--97907023	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
97909569--97909605	13	2.8	14	88	8	51	51	0	2	45	1.15
97913455--97913486	4	7.8	4	93	6	55	75	0	25	0	0.81
97914959--97914997	20	2.0	20	84	0	51	48	0	7	43	1.31
97918126--97918249	30	4.1	30	91	1	194	26	23	6	43	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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