genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85361110--85361159	23	2.2	23	82	13	59	26	16	18	40	1.90
85361464--85361556	35	2.7	35	88	1	143	37	18	17	26	1.93
85361466--85361588	34	3.6	34	84	3	149	34	20	18	26	1.96
85370588--85370654	26	2.6	26	75	0	71	16	11	28	43	1.83
85370667--85370734	34	2.0	34	94	0	118	25	11	17	45	1.82
85370651--85370737	34	2.9	29	73	17	77	22	10	21	44	1.82
85374899--85374943	20	2.2	20	100	0	90	44	20	17	17	1.87
85380764--85380828	29	2.2	29	97	0	121	23	29	30	16	1.96
85390934--85390962	13	2.2	13	100	0	58	31	51	6	10	1.62
85397619--85397675	26	2.2	26	90	6	89	43	24	19	12	1.85
85397619--85397687	26	2.8	25	82	10	70	43	23	18	14	1.87
85399576--85399617	21	2.0	21	90	0	66	38	7	16	38	1.76
85403381--85403555	46	3.8	46	78	15	189	28	28	20	22	1.98
85403386--85403575	46	4.1	44	71	18	118	28	27	20	22	1.99
85408584--85408608	13	1.9	13	100	0	50	40	8	32	20	1.81
85411513--85411593	29	2.8	29	78	10	76	55	1	3	39	1.25
85411586--85411640	22	2.7	20	72	10	56	61	0	5	32	1.19
85411967--85412016	26	1.9	26	83	0	64	32	2	4	62	1.25
85412552--85412601	25	2.0	25	92	0	82	34	2	4	60	1.27
85412634--85412684	26	1.9	26	84	4	66	62	0	1	35	1.06
85416947--85417122	46	3.8	46	76	8	178	22	19	27	30	1.98
85416943--85417113	93	1.8	93	92	2	290	22	20	27	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85418968--85419046	39	2.0	39	100	0	158	17	15	30	36	1.91
85423195--85423372	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
85423196--85423351	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
85423192--85423372	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
85425548--85425800	43	5.9	43	90	3	377	27	28	19	23	1.98
85429307--85429617	47	6.5	49	94	3	521	33	7	28	29	1.85
85429307--85429617	96	3.2	96	94	1	536	33	7	28	29	1.85
85437346--85437467	43	2.8	43	91	4	185	23	31	22	22	1.99
85439470--85439688	46	4.7	46	80	5	271	22	19	28	30	1.98
85456579--85456730	55	2.8	54	83	2	178	25	17	28	27	1.98
85456580--85456730	27	5.6	27	89	1	167	25	17	29	27	1.97
85456580--85456730	82	1.8	82	81	0	185	25	17	29	27	1.97
85459226--85459471	122	2.0	122	99	0	483	30	13	17	38	1.88
85470749--85470785	17	2.1	18	90	5	58	24	0	0	75	0.80
85476125--85476236	32	3.6	32	67	13	90	35	15	25	24	1.94
85476105--85476335	61	3.8	61	80	2	268	34	15	24	25	1.95
85485983--85486016	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
85494121--85494324	43	4.7	43	93	0	345	29	29	18	22	1.97
85495814--85495863	23	2.2	23	82	13	59	40	18	16	26	1.90
85495898--85495987	27	3.3	26	81	9	101	21	18	18	41	1.91
85495979--85496596	27	22.7	27	88	3	812	37	15	15	31	1.89
85495979--85496596	107	5.7	108	86	3	846	37	15	15	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85496389--85496458	34	2.1	34	94	0	122	42	17	11	28	1.83
85496335--85496592	88	3.0	87	85	8	377	38	17	14	29	1.89
85498564--85498592	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
85501879--85501904	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
85502972--85503254	47	5.9	47	91	3	449	28	30	8	32	1.87
85502972--85503254	96	3.0	96	94	1	480	28	30	8	32	1.87
85506805--85506900	9	11.0	9	78	7	92	35	1	17	45	1.56
85507014--85507052	19	2.0	20	85	9	55	33	0	7	58	1.26
85507339--85507383	19	2.3	20	81	14	58	62	6	2	28	1.33
85509864--85509890	14	1.9	14	100	0	54	37	0	29	33	1.58
85511017--85511101	7	11.9	7	78	9	82	31	47	0	21	1.51
85511017--85511099	22	3.5	22	79	17	103	30	48	0	21	1.51
85511334--85511460	42	3.1	42	85	4	177	25	19	20	33	1.96
85511330--85511479	40	3.7	40	84	3	192	28	20	20	30	1.97
85511580--85511685	40	2.7	40	83	0	131	24	21	18	34	1.96
85513881--85513938	25	2.3	25	84	0	71	51	22	13	12	1.74
85515083--85515118	18	2.1	17	89	5	54	33	5	8	52	1.55
85516441--85516472	14	2.4	13	90	10	55	62	12	6	18	1.50
85523964--85524526	293	1.9	293	88	0	840	33	16	20	29	1.95
85532352--85532411	27	2.3	26	85	2	75	36	20	21	21	1.95
85542321--85542471	43	3.5	43	75	6	144	31	15	21	31	1.95
85544580--85544879	56	5.4	56	88	0	395	33	24	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85544825--85544920	43	2.2	43	83	3	113	32	22	15	29	1.95
85548556--85548668	43	2.7	43	82	6	124	18	16	33	30	1.94
85553145--85553294	43	3.5	43	74	8	144	29	15	24	31	1.95
85555351--85555597	56	4.4	56	88	3	365	33	23	14	28	1.94
85557222--85557385	85	1.9	85	98	0	319	39	9	25	26	1.85
85558659--85559253	47	12.6	47	93	2	849	33	9	29	28	1.88
85561683--85561757	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
85561811--85562171	40	9.1	40	90	0	535	24	20	28	26	1.99
85564062--85565215	47	24.3	47	93	4	1890	30	30	8	31	1.86
85564062--85565215	96	12.1	94	94	3	1890	30	30	8	31	1.86
85564062--85565215	335	3.5	334	95	2	2024	30	30	8	31	1.86
85581230--85581397	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
85581253--85581397	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
85590567--85590755	40	4.7	40	92	2	308	24	26	22	25	2.00
85604287--85604473	96	1.9	96	91	0	302	12	32	14	40	1.83
85605239--85605277	16	2.4	17	86	4	53	48	33	5	12	1.63
85606347--85606377	16	2.0	15	93	6	53	51	25	16	6	1.68
85606636--85606698	29	2.2	29	85	0	81	31	12	25	30	1.93
85610408--85610451	20	2.2	20	87	0	61	36	25	4	34	1.76
85610530--85610658	42	3.0	42	80	4	152	31	26	12	29	1.93
85615266--85615322	27	2.1	27	93	0	96	35	22	15	26	1.94
85621125--85621426	27	11.2	27	81	5	315	27	21	9	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85621125--85621421	54	5.5	54	86	2	373	27	21	9	41	1.84
85621128--85621426	81	3.7	81	83	4	370	27	21	9	42	1.83
85621431--85621625	27	7.2	27	80	4	187	36	17	18	26	1.94
85621430--85621626	54	3.6	54	85	1	227	36	18	18	26	1.94
85621439--85621624	81	2.3	82	82	3	216	36	17	19	26	1.94
85621825--85621907	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
85622434--85622510	6	12.8	6	84	10	104	19	16	14	49	1.80
85622409--85622510	30	3.4	30	91	1	159	18	17	15	48	1.82
85628024--85628144	46	2.6	46	86	0	170	22	22	25	29	1.99
85630243--85630267	12	2.1	12	100	0	50	32	24	0	44	1.54
85640339--85640453	29	4.0	29	77	1	115	26	31	13	28	1.93
85640345--85640453	58	1.9	56	83	9	139	25	32	13	28	1.94
85640525--85640572	19	2.6	19	86	3	62	18	35	16	29	1.93
85640675--85640711	15	2.4	16	90	4	58	8	24	16	51	1.71
85641956--85641988	16	2.1	16	94	0	57	12	3	33	51	1.54
85646732--85646798	33	2.0	33	100	0	134	49	5	20	23	1.71
85651683--85651772	27	3.3	27	85	0	108	13	14	36	35	1.85
85651674--85651787	27	4.2	27	77	4	95	14	15	35	34	1.89
85651674--85651787	54	2.1	54	80	0	129	14	15	35	34	1.89
85664617--85664651	18	1.9	18	94	0	61	22	28	37	11	1.89
85667436--85667474	13	2.9	14	84	7	53	15	0	15	69	1.20
85672347--85672416	20	3.4	20	82	7	95	11	30	20	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85674419--85674444	9	2.9	9	100	0	52	23	23	19	34	1.96
85676981--85677154	35	5.0	35	91	2	269	31	7	19	41	1.79
85691020--85691099	6	13.5	6	79	10	85	2	20	0	77	0.88
85691305--85692113	228	3.5	228	86	3	1046	24	19	12	42	1.86
85692025--85692066	16	2.8	15	75	10	50	0	26	0	73	0.83
85703393--85703438	23	2.0	23	95	0	83	50	17	2	30	1.58
85704035--85704121	38	2.3	38	93	0	147	18	47	12	21	1.82
85704579--85704661	3	27.3	3	73	20	59	30	3	1	65	1.17
85704582--85704661	12	6.8	12	75	12	76	30	3	1	65	1.18
85707467--85707513	19	2.5	19	89	6	69	27	21	8	42	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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