genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.261.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86456657--86456708	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
86463637--86463694	30	1.9	30	92	0	98	32	8	25	32	1.86
86464035--86464301	47	5.7	46	73	10	202	27	18	29	23	1.98
86464038--86464301	94	2.8	94	79	12	274	27	18	29	24	1.98
86467255--86467334	30	2.5	31	82	10	99	17	7	21	53	1.68
86470348--86470408	28	2.2	28	84	0	77	27	21	24	26	1.99
86470564--86470645	27	3.0	27	80	0	92	36	17	21	24	1.94
86472190--86472420	49	4.5	49	82	8	255	26	17	25	29	1.98
86474967--86475181	46	4.6	46	90	3	297	20	23	13	41	1.88
86475160--86475202	21	2.0	21	95	0	77	20	20	18	39	1.93
86475114--86475248	67	2.0	67	97	0	252	23	22	15	37	1.93
86475068--86475290	113	2.0	113	96	0	410	23	23	14	38	1.92
86475181--86475311	46	2.8	46	95	0	226	27	22	12	36	1.91
86475022--86475311	159	1.8	159	91	0	481	23	23	13	38	1.91
86481744--86481835	27	3.4	27	80	1	96	36	18	21	22	1.95
86481970--86482035	27	2.5	26	82	7	87	25	16	16	40	1.89
86488747--86488789	5	8.8	5	94	5	79	58	0	0	41	0.98
86491167--86491224	26	2.2	26	84	0	71	41	10	15	32	1.81
86493795--86493827	11	2.9	11	95	4	57	9	18	9	63	1.49
86496297--86496332	18	2.0	18	88	0	54	44	16	5	33	1.71
86496449--86496489	20	2.0	20	100	0	82	39	9	4	46	1.58
86496679--86496714	16	2.2	16	100	0	72	47	13	0	38	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86497154--86497217	22	2.9	22	76	4	76	42	20	25	12	1.87
86497354--86497398	21	2.1	21	87	0	63	33	20	0	46	1.51
86503073--86503166	27	3.5	27	85	0	116	41	15	18	24	1.89
86503152--86503255	27	3.9	27	76	9	95	30	16	15	37	1.90
86503129--86503231	54	1.9	54	86	4	145	35	16	10	36	1.83
86503591--86503645	18	3.1	18	89	0	74	25	23	10	40	1.87
86508729--86508998	94	2.9	94	73	14	227	26	17	29	27	1.97
86511812--86511960	27	5.5	27	81	3	138	28	28	16	27	1.97
86511812--86511960	55	2.7	54	82	4	165	28	28	16	27	1.97
86523870--86524047	27	6.6	27	79	6	155	29	28	16	26	1.97
86523891--86524046	82	1.9	81	84	3	206	28	28	16	26	1.97
86531427--86531612	45	4.1	45	91	0	246	24	22	11	41	1.87
86535864--86535901	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
86537799--86538118	46	7.0	46	93	0	498	39	15	22	22	1.91
86539950--86540124	45	3.8	45	75	5	172	23	21	10	44	1.84
86541570--86541594	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
86549927--86550066	68	2.1	68	94	0	244	35	17	24	22	1.96
86554171--86554197	11	2.5	11	100	0	54	85	7	7	0	0.75
86555234--86555289	30	1.9	28	85	7	76	53	3	30	12	1.55
86561591--86561616	13	2.0	13	100	0	52	23	38	23	15	1.92
86570840--86570867	10	2.8	10	100	0	56	21	32	10	35	1.88
86578333--86578498	56	2.9	56	86	1	233	28	16	24	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86579710--86580048	168	2.0	168	97	0	642	31	7	22	38	1.82
86582342--86582524	40	4.6	39	85	3	233	24	26	23	25	2.00
86594686--86595026	50	6.9	50	89	6	532	36	7	25	30	1.82
86594679--86595026	98	3.5	98	91	3	556	37	6	25	31	1.82
86595177--86595286	37	3.0	37	90	0	175	23	19	29	28	1.98
86596542--86596900	40	9.0	40	83	2	411	22	19	28	28	1.98
86596542--86596898	120	3.0	120	85	0	480	22	19	28	28	1.98
86596542--86596888	80	4.3	80	91	0	543	22	19	28	28	1.98
86597064--86597114	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
86599452--86599825	98	4.0	96	74	18	383	36	6	25	31	1.81
86599452--86599825	48	8.0	48	76	17	378	36	6	25	31	1.81
86599569--86599624	29	1.9	29	89	7	87	41	8	19	30	1.82
86599471--86599726	129	2.0	127	93	4	435	37	6	24	31	1.81
86599968--86600076	37	2.9	37	94	0	182	22	18	31	27	1.97
86607445--86607492	23	2.1	23	100	0	96	16	16	37	29	1.91
86607667--86607691	13	1.9	13	100	0	50	8	40	36	16	1.77
86614027--86614209	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
86614006--86614209	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
86615337--86615512	56	3.1	56	99	0	343	22	23	9	44	1.81
86620002--86620179	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
86620003--86620153	82	1.9	81	88	4	232	27	15	27	29	1.96
86619999--86620179	82	2.2	81	82	2	220	27	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86621846--86621922	39	2.0	39	84	5	102	25	23	18	32	1.97
86624603--86624649	24	1.9	24	82	4	58	40	19	25	14	1.90
86625551--86625612	31	2.0	31	100	0	124	29	16	19	35	1.93
86625935--86625972	17	2.2	17	90	0	58	21	5	5	68	1.29
86634477--86634612	41	3.4	40	84	4	116	30	26	18	24	1.98
86634508--86634612	41	2.6	41	92	0	165	32	24	18	24	1.97
86635804--86635864	32	1.9	32	87	9	90	50	8	0	40	1.32
86635942--86636002	15	3.9	16	79	12	65	57	1	0	40	1.08
86635946--86636002	12	4.7	13	75	18	52	57	1	0	40	1.09
86635941--86636001	9	6.5	10	79	12	60	57	1	0	40	1.08
86635974--86636002	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
86640373--86640480	27	3.9	27	82	10	121	36	21	25	16	1.94
86640371--86640480	55	2.0	54	84	5	141	36	20	26	16	1.94
86641915--86641988	24	3.1	24	94	0	121	21	41	5	31	1.76
86645288--86645389	41	2.6	38	72	9	89	31	25	18	24	1.98
86646618--86646694	31	2.3	33	80	17	88	53	7	0	38	1.30
86646636--86646696	31	1.9	32	90	9	99	52	6	0	40	1.27
86646773--86646843	15	5.0	14	75	17	67	59	2	1	36	1.21
86646778--86646842	12	4.8	13	76	23	64	58	3	1	36	1.23
86646806--86646843	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
86652635--86652900	46	5.6	48	75	10	183	27	18	29	24	1.98
86652775--86652951	96	1.8	98	83	8	236	27	19	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86658221--86658292	21	3.3	21	68	3	54	34	23	25	16	1.95
86659523--86659595	30	2.4	31	90	4	114	28	24	0	46	1.53
86659831--86659876	18	2.7	18	80	9	53	4	19	2	73	1.10
86663413--86663757	46	7.5	46	84	3	392	21	23	13	41	1.89
86663413--86663750	183	1.8	184	86	0	489	21	23	14	41	1.89
86663413--86663760	92	3.8	92	88	0	455	21	23	13	41	1.89
86665890--86665922	8	4.4	8	85	14	52	72	0	0	27	0.85
86665890--86665922	14	2.4	14	95	5	59	72	0	0	27	0.85
86668685--86668857	46	3.7	46	83	4	206	27	15	31	25	1.96
86674912--86674979	34	2.0	34	85	2	93	44	0	1	54	1.09
86675206--86675258	21	2.5	21	84	0	61	33	35	3	26	1.75
86677863--86677924	31	2.0	31	100	0	124	35	25	16	22	1.94
86678580--86678617	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
86688611--86688674	31	2.1	30	88	8	94	25	3	14	57	1.51
86693032--86693072	6	6.5	6	83	10	55	17	2	2	78	0.98
86693097--86693121	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
86693098--86693135	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
86693339--86693668	102	3.2	102	98	0	624	35	8	20	35	1.83
86699443--86699635	37	5.2	37	89	0	278	26	32	15	24	1.95
86699787--86700066	47	6.0	47	92	0	434	26	28	12	32	1.92
86699823--86699898	23	3.2	25	63	24	63	22	34	14	28	1.93
86704123--86704180	27	2.1	27	100	0	116	36	10	22	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86705981--86706035	27	2.0	27	96	0	101	36	16	0	47	1.47
86706454--86706615	70	2.3	70	90	4	247	35	25	8	30	1.85
86706454--86706615	35	4.6	35	86	3	202	35	25	8	30	1.85
86716037--86716262	40	5.7	40	89	3	339	17	21	28	32	1.96
86717172--86717297	35	3.6	35	84	4	173	31	27	11	29	1.91
86719400--86719488	35	2.6	35	78	5	101	14	10	34	40	1.80
86722215--86722256	17	2.5	17	84	7	50	59	14	2	23	1.47
86726985--86727027	19	2.5	17	82	14	52	25	41	23	9	1.84
86739354--86739628	49	5.8	49	74	8	194	25	20	29	24	1.99
86739351--86739625	93	2.9	94	79	6	256	25	19	29	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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