genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.262.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  262  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86743283--86743432	64	2.2	65	81	8	167	34	16	27	22	1.95
86748425--86748511	42	2.1	42	100	0	174	44	4	13	36	1.65
86751129--86751169	21	2.0	21	95	0	73	43	9	12	34	1.75
86751511--86751541	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
86752089--86752178	18	5.0	18	88	0	135	27	22	17	32	1.97
86756232--86756262	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
86760468--86760551	5	15.6	5	71	14	51	34	19	3	42	1.68
86760456--86760496	16	2.5	17	88	4	57	34	14	2	48	1.57
86766401--86766451	26	1.9	27	84	4	68	21	29	25	23	1.99
86774622--86774677	27	2.1	27	100	0	112	44	3	3	48	1.37
86776031--86776063	17	1.9	17	100	0	66	33	42	18	6	1.75
86777447--86777610	42	3.9	42	79	10	165	31	20	14	33	1.92
86779753--86779780	14	2.0	14	100	0	56	35	14	21	28	1.92
86784560--86784615	3	18.7	3	78	14	62	26	3	3	66	1.25
86791266--86791872	44	13.5	44	70	10	206	32	14	20	31	1.93
86791453--86791613	86	1.9	86	88	2	243	31	14	21	32	1.93
86791624--86792024	96	4.3	95	74	8	331	34	15	18	31	1.92
86791266--86792321	45	22.8	45	69	12	390	33	15	20	31	1.93
86791637--86792091	96	4.8	96	74	9	254	34	14	19	31	1.92
86791853--86792365	51	10.5	51	68	14	242	33	16	19	30	1.94
86792050--86792376	96	3.4	96	88	1	487	33	16	20	29	1.95
86791808--86792266	242	1.9	242	85	3	638	33	16	19	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86794329--86794456	46	2.8	46	84	8	163	24	28	17	29	1.97
86799834--86800005	46	3.8	45	75	9	154	26	29	16	27	1.97
86806294--86806405	40	2.8	40	77	6	118	24	17	26	31	1.97
86808681--86808724	12	3.7	11	85	14	61	25	2	4	68	1.20
86813658--86813711	22	2.5	22	90	0	81	20	37	11	31	1.88
86814940--86814995	27	2.0	27	86	10	76	21	8	14	55	1.66
86815531--86815565	10	3.4	10	84	7	52	20	11	14	54	1.70
86820111--86820177	27	2.4	27	87	9	91	20	7	14	56	1.62
86822232--86822356	40	3.2	40	89	1	189	20	24	28	26	1.99
86822584--86822625	22	1.9	22	85	9	59	30	9	16	42	1.80
86830185--86830347	40	4.1	40	82	3	213	23	20	27	28	1.99
86830584--86830625	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
86831888--86831922	11	3.3	11	88	4	54	20	11	14	54	1.70
86834021--86834139	57	2.1	58	85	1	159	29	21	6	42	1.78
86840024--86840079	21	2.7	21	78	10	53	71	7	5	16	1.27
86840084--86840135	20	2.7	19	80	8	61	71	5	9	13	1.30
86840116--86840154	14	2.8	14	88	7	53	74	7	2	15	1.15
86840116--86840154	13	2.9	13	81	7	51	74	7	2	15	1.15
86840189--86840301	3	37.7	3	73	16	67	68	2	4	24	1.21
86840192--86840308	18	6.3	17	74	16	83	68	3	4	23	1.23
86844338--86844367	13	2.3	13	100	0	60	46	6	6	40	1.56
86848616--86848648	4	8.5	4	93	6	59	0	24	0	75	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86851029--86851166	58	2.4	56	83	7	161	34	22	16	26	1.95
86852466--86852507	15	2.8	16	82	13	54	47	14	19	19	1.82
86852903--86852950	21	2.3	21	85	7	62	41	6	0	52	1.27
86858428--86858605	27	6.6	27	82	3	178	28	29	15	26	1.96
86858449--86858604	82	1.9	81	85	3	215	28	29	15	26	1.96
86866779--86866956	27	6.6	27	79	6	162	28	28	15	27	1.96
86866800--86866954	82	1.9	81	85	4	213	28	28	15	27	1.96
86870676--86870709	17	2.0	17	100	0	68	35	23	11	29	1.90
86872383--86872408	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
86872398--86872441	21	2.1	21	86	0	61	63	11	0	25	1.27
86872571--86872609	20	2.0	20	85	10	53	74	0	7	17	1.05
86872554--86872621	23	2.9	23	76	20	61	73	0	5	20	1.04
86872605--86872655	3	16.7	3	91	4	75	62	1	3	31	1.24
86872758--86872789	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
86874192--86875059	44	19.0	44	69	13	369	29	20	17	32	1.95
86874393--86874824	89	4.8	88	71	14	268	31	20	16	31	1.95
86874251--86874871	181	3.4	184	81	4	630	30	20	16	32	1.95
86874835--86875091	94	2.7	94	81	1	273	28	22	18	31	1.97
86882039--86882151	38	2.9	38	85	2	136	23	23	26	25	2.00
86882055--86882162	38	2.8	38	84	5	137	23	22	26	27	1.99
86882155--86882266	43	2.6	43	92	0	179	14	25	29	30	1.95
86885618--86885671	25	2.2	25	81	15	60	61	1	7	29	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86885767--86885842	4	18.8	4	76	12	59	73	1	3	21	1.06
86885766--86885801	5	7.8	5	87	12	51	80	0	0	19	0.71
86885767--86885801	9	3.9	9	89	10	54	80	0	0	20	0.72
86886144--86886184	20	2.0	20	85	9	55	65	7	9	17	1.44
86896806--86896870	31	2.1	31	100	0	130	27	10	9	52	1.67
86903153--86903177	13	1.9	13	100	0	50	24	0	12	64	1.27
86903109--86903178	36	2.0	35	86	8	97	20	0	11	68	1.20
86903112--86903186	16	4.5	16	74	19	64	20	0	13	66	1.24
86903157--86903259	39	2.6	39	76	11	120	31	3	14	50	1.61
86909628--86910614	149	6.6	150	88	3	1341	27	5	8	58	1.50
86909628--86910614	299	3.3	298	86	4	1352	27	5	8	58	1.50
86910246--86910317	30	2.4	30	76	4	83	26	2	2	68	1.17
86910422--86910517	50	2.0	48	83	4	120	35	3	5	56	1.38
86910534--86910585	22	2.3	22	83	9	61	26	3	1	67	1.18
86911156--86911201	20	2.3	20	82	10	51	0	28	0	71	0.86
86911229--86911274	3	16.3	3	78	13	53	0	36	0	63	0.95
86911230--86911273	22	2.0	22	86	0	61	0	34	0	65	0.93
86912507--86912554	18	2.9	18	77	22	61	39	4	0	56	1.19
86916664--86916714	18	2.9	18	81	16	63	70	1	1	25	1.08
86919144--86919188	23	1.9	23	86	4	63	57	6	0	35	1.25
86921144--86921168	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
86924973--86925038	30	2.2	31	86	2	89	25	22	18	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86925049--86925228	59	3.0	60	81	6	206	40	21	20	18	1.92
86930561--86930643	30	2.8	31	84	12	95	54	7	16	21	1.66
86930624--86930683	29	2.0	32	87	9	90	58	6	8	26	1.52
86931500--86931550	24	2.1	24	82	7	59	56	5	3	33	1.42
86941430--86941503	28	2.6	28	91	4	114	31	25	14	28	1.95
86943280--86943304	13	1.9	13	100	0	50	40	0	16	44	1.47
86943235--86943336	46	2.2	46	91	0	159	32	7	14	45	1.74
86945441--86945530	42	2.1	42	82	8	103	17	18	17	45	1.86
86945461--86945531	21	3.4	22	82	7	94	16	21	15	46	1.84
86950713--86950776	18	3.6	18	78	0	74	37	15	12	34	1.85
86950802--86950853	18	2.8	19	76	5	61	50	7	7	34	1.60
86950968--86951088	53	2.3	53	81	8	165	42	21	19	16	1.88
86951271--86951304	16	2.1	16	89	10	52	32	8	0	58	1.29
86952085--86952143	29	2.0	30	86	3	84	52	8	1	37	1.42
86956403--86956522	21	5.7	21	82	0	132	12	19	19	49	1.79
86956403--86956509	42	2.5	42	90	0	160	13	19	18	48	1.80
86960057--86960187	55	2.6	52	78	12	139	31	9	13	45	1.77
86962079--86962171	35	2.7	35	94	0	168	44	12	11	31	1.79
86962321--86962395	21	3.8	20	69	15	57	10	12	40	37	1.77
86964875--86964919	15	3.0	15	86	0	63	42	33	6	17	1.76
86965023--86965154	62	2.2	62	93	2	223	46	21	8	23	1.78
86965273--86965340	24	2.8	24	100	0	136	55	17	4	22	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86965445--86965526	6	13.7	6	86	0	83	58	13	4	23	1.54
86965445--86965526	18	4.6	18	85	0	101	58	13	4	23	1.54
86965533--86965563	16	1.9	16	100	0	62	51	25	3	19	1.62
86976516--86976543	13	2.2	13	100	0	56	46	32	0	21	1.52
86980991--86981024	11	3.1	11	91	0	50	0	55	0	44	0.99
86984240--86984306	34	1.9	35	84	3	91	44	11	10	32	1.75
86986910--86987067	53	2.9	55	77	3	169	18	24	17	39	1.91
86988336--86988436	44	2.2	45	85	3	132	30	22	12	33	1.92
86988355--86988443	46	2.0	44	88	4	133	28	26	13	31	1.94
86992986--86993167	35	5.2	35	85	5	224	34	21	13	30	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316