genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58979049--58979108	25	2.4	25	73	15	61	55	1	3	40	1.27
58980654--58980708	27	2.0	27	96	0	101	18	32	14	34	1.91
58980611--58980752	71	2.0	71	88	2	214	23	28	15	32	1.95
58980681--58981127	44	10.4	44	82	6	529	29	26	13	29	1.94
58980681--58981127	87	5.2	88	83	5	554	29	26	13	29	1.94
58980681--58981127	131	3.5	130	84	6	563	29	26	13	29	1.94
58980919--58981120	81	2.4	81	81	5	233	32	25	11	30	1.92
58983170--58983221	20	2.7	19	75	13	54	59	1	9	28	1.40
58984133--58984215	25	3.3	24	73	9	69	31	25	19	24	1.98
58985886--58985972	45	1.9	45	97	0	165	25	11	22	40	1.88
58992668--58992714	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
58994385--58994490	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
58995606--58995650	16	2.8	16	79	0	54	2	17	4	75	1.07
58997192--58997238	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
58998642--58998716	20	3.6	21	85	12	84	40	8	4	48	1.51
59000012--59000137	39	3.2	39	89	0	189	26	27	21	23	1.99
59001494--59001533	19	2.0	21	85	9	57	62	5	7	25	1.42
59005782--59005850	26	2.7	26	81	0	75	31	23	8	36	1.85
59009984--59010008	11	2.3	11	100	0	50	48	0	32	20	1.50
59029455--59029516	25	2.4	26	81	13	83	37	25	8	29	1.85
59029620--59029707	28	3.2	28	80	3	99	21	20	19	38	1.93
59030135--59030169	10	3.6	10	92	7	54	31	2	0	65	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59037318--59037381	26	2.4	26	86	2	92	37	25	9	28	1.87
59037483--59037570	27	3.3	27	87	4	124	21	21	21	35	1.96
59042928--59043037	42	2.6	42	84	4	132	24	19	25	30	1.98
59051524--59051564	19	2.1	20	86	4	57	46	0	24	29	1.53
59052013--59052372	47	7.6	47	68	14	160	28	18	28	23	1.98
59058491--59058599	29	3.9	29	83	8	136	22	17	33	26	1.96
59058891--59059267	27	14.1	27	84	4	360	38	18	9	33	1.82
59058891--59059375	54	8.8	54	78	10	432	38	18	9	33	1.83
59058900--59059375	80	5.8	81	76	8	408	38	18	9	33	1.83
59059232--59059305	38	1.9	38	86	0	103	39	16	10	33	1.83
59059268--59059375	27	4.0	27	82	7	121	38	19	9	32	1.83
59059205--59059332	65	2.0	65	89	3	195	39	17	10	32	1.84
59059180--59059350	92	1.9	92	86	2	245	37	18	9	35	1.83
59059151--59059377	119	1.9	118	84	6	307	38	17	9	34	1.82
59059273--59059415	27	5.3	27	79	3	110	38	18	12	30	1.88
59062739--59062905	46	3.6	46	84	7	171	28	18	29	23	1.98
59064605--59064629	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
59079106--59079130	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
59082735--59083033	47	6.4	47	87	2	431	28	29	8	33	1.87
59082735--59083033	140	2.1	141	88	0	438	28	29	8	33	1.87
59086598--59086911	40	7.9	40	90	0	495	24	28	23	22	1.99
59088764--59089062	47	6.4	47	88	2	440	28	30	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59088764--59089062	140	2.1	141	88	1	440	28	30	8	32	1.87
59092459--59092527	24	2.9	24	88	0	84	30	7	39	23	1.82
59093524--59093553	16	1.9	15	93	6	51	46	23	26	3	1.68
59095603--59095825	40	5.6	40	85	4	297	25	23	26	25	2.00
59110922--59111002	31	2.6	31	75	7	83	20	24	30	23	1.99
59116624--59116899	40	6.9	40	93	0	464	23	28	21	26	1.99
59127603--59127790	94	2.0	94	93	0	322	30	10	20	38	1.86
59146064--59146126	31	2.0	31	100	0	126	31	26	6	34	1.82
59146295--59146382	11	7.7	11	72	20	56	72	5	5	15	1.23
59146307--59146338	13	2.3	15	89	10	50	75	9	3	12	1.16
59146321--59146383	22	2.9	21	83	9	65	73	6	6	14	1.24
59146307--59146386	35	2.3	35	82	8	101	72	6	5	16	1.23
59150823--59151046	40	5.6	40	84	6	292	25	25	23	25	2.00
59150823--59151046	83	2.8	80	87	4	308	25	25	23	25	2.00
59154242--59154304	31	2.0	31	93	6	110	31	23	6	38	1.80
59154408--59154531	48	2.6	48	88	5	171	27	20	29	22	1.99
59158052--59158994	47	20.3	47	94	3	1676	32	7	29	29	1.86
59158052--59159601	94	16.8	94	86	9	2047	32	7	29	29	1.86
59158487--59158561	22	3.3	22	63	7	60	30	10	29	29	1.91
59158052--59159601	140	11.2	141	85	9	2047	32	7	29	29	1.86
59158969--59159018	24	2.1	24	96	0	91	26	8	40	26	1.83
59158925--59159067	73	2.0	70	93	4	241	30	7	32	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59158993--59159601	47	12.9	47	93	1	1004	32	7	30	29	1.85
59158876--59159114	120	2.0	117	92	2	397	30	7	30	30	1.85
59161009--59161240	40	5.8	40	89	0	329	22	21	29	26	1.99
59165266--59166093	47	17.6	47	95	1	1381	32	8	30	28	1.88
59165266--59166100	284	3.0	284	94	0	1435	32	9	30	28	1.88
59180653--59180876	40	5.6	40	83	6	274	26	26	22	25	2.00
59180653--59180876	83	2.8	80	85	5	274	26	26	22	25	2.00
59185632--59185692	30	2.0	30	100	0	122	39	9	9	40	1.72
59187979--59188068	34	2.7	34	74	17	89	30	22	20	27	1.98
59195722--59195811	34	2.7	34	75	11	96	28	24	20	26	1.99
59203532--59203817	40	7.2	40	94	1	486	28	26	22	22	1.99
59205195--59205220	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
59216520--59216593	9	7.7	9	71	17	51	63	1	1	33	1.11
59216515--59216805	17	19.2	16	67	19	71	63	1	4	30	1.23
59216523--59216801	12	22.0	13	66	23	68	63	1	4	30	1.24
59216660--59216805	23	5.8	25	71	21	92	64	1	3	30	1.18
59216518--59216775	40	6.6	38	70	18	115	63	1	4	30	1.22
59216662--59216770	50	2.2	49	77	9	105	66	0	3	29	1.15
59216691--59216736	25	1.9	23	91	8	74	67	0	2	30	1.03
59216680--59216794	56	2.1	54	83	6	142	65	1	3	29	1.19
59218488--59218572	44	1.9	44	90	0	134	31	24	12	30	1.93
59224819--59225217	48	8.3	48	89	1	593	35	5	27	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59224819--59225348	96	5.4	96	88	7	767	34	5	27	32	1.81
59224819--59225340	144	3.5	144	86	5	706	35	5	27	32	1.80
59225203--59225231	14	2.1	14	100	0	58	27	0	31	41	1.56
59225146--59225279	62	2.1	62	90	1	205	32	4	28	35	1.77
59224915--59225348	158	2.8	159	84	7	553	34	5	27	32	1.81
59225209--59225348	48	2.9	47	94	1	235	32	7	27	32	1.84
59225121--59225327	110	1.9	107	95	0	306	34	5	27	32	1.81
59225319--59225576	47	5.5	47	90	0	372	32	13	28	25	1.93
59225271--59225585	141	2.2	141	83	3	409	33	11	27	26	1.92
59225739--59225853	37	3.1	37	92	0	185	21	20	32	25	1.98
59240021--59240302	12	22.2	12	65	27	65	62	1	4	31	1.24
59240021--59240289	29	9.3	28	69	19	87	62	1	4	31	1.25
59240171--59240273	46	2.2	46	80	11	113	65	0	3	31	1.11
59240171--59240294	32	4.1	28	75	19	92	64	0	4	30	1.17
59240210--59240301	36	2.6	35	83	8	105	66	1	2	30	1.11
59247787--59247870	22	3.8	22	68	12	64	30	13	17	38	1.88
59248026--59248067	11	3.7	11	78	15	50	19	2	26	52	1.58
59248219--59248277	31	2.0	29	83	12	75	22	8	16	52	1.70
59250162--59250343	40	4.6	40	82	7	201	28	23	25	22	1.99
59258106--59258283	39	4.6	40	85	9	235	26	22	28	23	1.99
59260363--59260424	21	3.1	21	79	11	67	74	0	17	8	1.06
59276137--59276358	40	5.6	39	86	5	263	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59276137--59276358	79	2.8	79	83	7	267	24	21	27	26	1.99
59283767--59283991	40	5.7	40	85	5	287	24	20	27	27	1.99
59289076--59289248	46	3.7	46	75	13	192	23	20	27	28	1.99
59289072--59289243	93	1.8	93	92	2	292	22	20	29	27	1.98
59292201--59292256	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
59294659--59294834	46	3.8	45	72	12	160	23	21	27	27	1.99
59294655--59294826	93	1.8	93	87	2	256	23	21	27	26	1.99
59296221--59296262	21	2.0	22	86	13	61	28	14	16	40	1.88
59297270--59297420	42	3.6	41	77	10	135	22	19	27	31	1.98
59305327--59305376	6	8.2	6	84	2	64	28	0	4	68	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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