Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  300  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98987616--98987724
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2
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
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2.2
60
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Percent
Indels
Score
A
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1
3
52
1.26
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99152385--99152551
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99175340--99175380
18
2.3
18
87
8
57
82
4
7
4
0.93
99176786--99176960
94
1.8
96
87
3
264
43
1
5
49
1.33
99180154--99180226
6
12.2
6
95
0
92
50
24
0
24
1.49
99180244--99180687
219
2.0
219
97
0
834
34
13
19
32
1.90
99189415--99189525
37
3.0
37
97
0
213
29
22
8
39
1.83
99194443--99194482
20
2.0
20
90
4
64
55
7
0
37
1.29
99198082--99198106
13
1.9
13
100
0
50
52
0
0
48
1.00
99198022--99198147
66
1.9
66
98
0
243
41
6
13
38
1.70
99210493--99210945
225
2.0
223
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0
852
30
9
25
35
1.87
99212289--99212334
23
2.0
23
95
0
83
36
21
6
34
1.80
99218898--99219032
35
3.7
37
81
10
170
31
11
23
34
1.90
99219979--99220035
21
2.8
21
82
15
66
61
0
8
29
1.26
99219991--99220045
21
2.5
22
80
13
69
61
0
9
29
1.26
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99221667--99221724
27
2.1
27
81
15
66
20
5
32
41
1.75
99224614--99224659
23
2.0
23
100
0
92
34
26
26
13
1.92
99226793--99226841
20
2.5
20
86
6
64
57
6
0
36
1.24
99226793--99226852
21
2.8
21
80
10
68
56
8
0
35
1.29
99227335--99227419
42
2.0
42
100
0
170
21
21
16
41
1.90
99227355--99227422
20
3.3
20
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8
73
25
19
16
39
1.91
99227453--99227592
39
3.6
39
94
0
235
13
26
22
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1.92
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1.9
31
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93
37
11
8
42
1.72
99249332--99249362
3
10.3
3
100
0
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0
0
32
0.91
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15
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14
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59
0
2
38
1.09
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5
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5
100
0
66
60
0
0
39
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21
2.5
21
85
5
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25
7
16
50
1.70
99261789--99261818
14
2.1
14
93
0
51
16
0
36
46
1.47
99265682--99265722
18
2.3
18
87
8
57
29
21
0
48
1.50
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27
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25
1.99
99266865--99266920
25
2.3
24
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58
10
12
3
73
1.22
99272074--99272103
14
2.1
14
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0
51
16
0
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46
1.47
99273791--99273834
17
2.6
17
96
0
79
75
0
25
0
0.81
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51
2.3
51
89
0
167
20
18
19
42
1.89
99274289--99274429
57
2.4
59
85
4
180
19
17
18
44
1.87
99274562--99274596
18
1.9
18
94
0
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34
14
17
34
1.90
99274564--99274610
18
2.6
18
86
0
58
34
14
14
36
1.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
99278042--99278108
6
11.2
6
77
6
55
44
1
34
19
1.60
99281861--99281900
20
2.0
20
95
0
71
47
10
22
20
1.79
99284932--99284963
5
6.6
5
92
7
57
81
0
0
18
0.70
99284933--99284963
9
3.3
9
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4
53
80
0
0
19
0.71
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22
77
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60
38
0
3
58
1.16
99294827--99294856
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0
0
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3
100
0
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0
0
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47
0
1
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1.09
99310217--99310360
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2.0
72
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0
234
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28
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20
1.98
99319093--99319124
12
2.8
12
90
9
50
78
0
21
0
0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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