genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35987384--35987607	49	4.6	48	79	12	203	28	22	26	22	1.99
35987384--35987607	98	2.3	95	84	8	292	28	22	26	22	1.99
35993256--35993306	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
35994052--35994136	36	2.5	34	81	9	102	18	17	9	54	1.70
35999630--35999702	36	2.1	34	82	10	85	21	17	6	53	1.67
36001000--36001268	49	5.6	48	75	10	169	28	18	26	26	1.98
36001037--36001220	98	1.9	97	85	5	255	28	19	27	24	1.99
36001358--36001511	76	2.0	76	94	0	272	27	9	25	37	1.86
36013096--36013125	13	2.3	13	100	0	60	63	6	6	23	1.43
36020189--36020361	43	4.0	44	76	12	180	21	17	27	32	1.96
36026012--36026184	27	6.4	27	83	2	186	26	18	17	36	1.93
36026012--36026184	54	3.2	54	84	0	220	26	18	17	36	1.93
36029160--36029184	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
36034722--36034758	16	2.1	19	85	14	53	54	0	2	43	1.14
36034704--36034758	18	3.1	17	82	12	58	54	0	5	40	1.23
36038519--36038689	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
36038511--36038686	46	3.8	46	78	10	205	29	27	20	22	1.98
36039109--36039168	30	2.0	30	90	0	93	31	25	5	38	1.77
36055670--36055847	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
36055691--36055846	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
36061614--36061795	79	2.3	80	80	10	203	26	28	21	23	1.99
36061614--36061798	40	4.7	39	81	9	205	26	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36069622--36069767	40	3.7	40	85	5	199	26	28	21	24	1.99
36073998--36074044	24	2.0	24	91	0	76	31	12	27	27	1.93
36074022--36074111	40	2.2	40	90	3	137	24	20	28	26	1.99
36079968--36080014	24	2.0	24	91	0	76	31	12	27	27	1.93
36079992--36080081	40	2.2	40	90	3	137	24	20	28	26	1.99
36083951--36084012	26	2.3	26	86	2	79	38	29	4	27	1.77
36084119--36084211	27	3.4	28	89	2	145	19	25	21	33	1.97
36084119--36084223	27	3.9	27	88	2	140	21	25	19	33	1.97
36084119--36084223	55	1.9	54	86	5	149	21	25	19	33	1.97
36089927--36090013	27	3.2	27	86	3	122	17	22	20	39	1.92
36111376--36111525	44	3.5	43	75	9	137	24	18	26	31	1.97
36115643--36115667	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
36116596--36116675	42	1.9	42	84	0	106	13	21	18	46	1.84
36116602--36116698	21	4.6	21	71	2	61	16	21	17	44	1.87
36120976--36121029	22	2.5	22	87	0	72	46	27	14	11	1.79
36121407--36121484	41	1.9	41	89	0	120	25	29	21	23	1.99
36121746--36122094	27	13.0	27	77	9	239	31	9	19	39	1.83
36121746--36122094	80	4.3	81	75	9	220	31	9	19	39	1.83
36121746--36122087	107	3.2	106	76	9	302	31	9	19	40	1.83
36122083--36122158	27	2.8	27	83	0	89	30	22	15	31	1.95
36124240--36124274	12	3.0	12	87	8	54	31	0	40	28	1.57
36141058--36141239	40	4.6	40	85	0	213	25	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36149368--36149549	40	4.6	40	88	0	267	25	28	22	23	1.99
36153496--36153657	68	2.4	68	84	2	191	32	11	11	44	1.77
36153505--36153661	34	4.6	33	78	4	143	33	12	12	42	1.79
36154530--36154560	12	2.6	12	100	0	62	45	12	19	22	1.84
36157618--36157657	16	2.5	16	100	0	80	25	5	5	65	1.34
36161569--36161647	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
36161765--36162199	47	9.2	47	89	1	654	29	30	8	31	1.86
36161765--36162199	143	3.1	142	90	3	680	29	30	8	31	1.86
36174038--36174077	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
36180077--36180185	54	2.0	54	94	0	191	35	20	7	36	1.80
36180571--36180762	55	3.6	53	73	4	143	20	23	18	38	1.94
36188190--36188248	23	2.6	23	97	0	109	22	20	20	37	1.95
36193728--36193884	29	5.5	29	86	3	203	33	26	11	28	1.91
36193728--36193885	57	2.8	58	86	4	205	33	27	11	27	1.91
36201143--36201189	22	2.1	22	96	0	85	36	2	4	57	1.30
36201396--36201433	12	2.8	14	77	22	53	26	10	0	63	1.27
36201397--36201437	15	2.6	17	78	21	54	26	7	0	65	1.18
36202090--36202136	19	2.2	21	82	14	53	31	4	10	53	1.55
36202110--36202143	15	2.3	15	89	0	50	32	0	14	52	1.42
36203778--36203803	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
36204611--36204692	21	4.0	21	76	16	84	15	24	19	40	1.91
36205227--36205445	4	54.8	4	99	0	429	25	0	24	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36206610--36206639	16	1.9	16	93	6	53	20	6	6	66	1.38
36208474--36208687	43	5.0	43	74	1	153	32	25	14	27	1.94
36210755--36210976	40	5.6	40	90	1	322	23	21	26	28	1.99
36219212--36219432	40	5.6	40	90	2	313	23	21	26	28	1.99
36221219--36221343	66	1.9	65	83	6	162	14	25	18	41	1.88
36224631--36224697	35	1.9	35	96	0	125	38	5	8	46	1.60
36224698--36224724	13	2.1	13	100	0	54	37	11	0	51	1.37
36225252--36225299	19	2.5	19	79	0	51	68	2	2	27	1.11
36229830--36229940	34	3.3	34	84	5	127	37	6	18	36	1.77
36230013--36230150	59	2.3	61	76	10	151	33	11	25	29	1.91
36235213--36235275	31	2.0	31	90	6	101	26	15	6	50	1.68
36239861--36239910	19	2.5	20	76	23	61	36	6	0	58	1.23
36241068--36241287	47	4.7	48	78	10	215	21	29	19	29	1.98
36241075--36241328	46	5.4	45	77	10	183	22	28	19	29	1.98
36241063--36241331	94	2.9	94	79	12	275	22	28	20	28	1.98
36242316--36242348	17	1.9	17	93	0	57	21	30	27	21	1.98
36247183--36247232	24	2.1	24	85	3	66	20	26	6	48	1.72
36250680--36250713	15	2.2	16	89	5	52	47	2	2	47	1.32
36256185--36256362	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
36256206--36256361	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
36264129--36264305	27	6.6	27	82	5	178	29	28	14	27	1.95
36264129--36264305	55	3.3	54	82	4	205	29	28	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36269959--36270174	46	4.7	45	75	12	188	24	29	18	27	1.98
36270007--36270175	94	1.8	92	88	7	261	24	28	19	27	1.99
36277666--36277788	46	2.6	45	81	6	138	21	29	21	26	1.99
36280695--36280767	19	3.2	22	66	27	62	23	13	13	49	1.78
36280679--36280771	46	2.0	46	100	0	186	24	12	12	49	1.76
36280930--36281578	323	2.0	325	96	0	1212	34	12	13	39	1.84
36287943--36288126	40	4.6	40	85	4	244	24	22	26	26	2.00
36287947--36288126	83	2.2	80	89	3	263	23	23	27	25	2.00
36291688--36291770	42	2.0	42	90	0	130	38	18	8	34	1.81
36295881--36295953	38	1.9	38	91	0	119	28	16	20	34	1.94
36298516--36298589	37	2.0	37	100	0	148	43	8	32	16	1.77
36307108--36307147	17	2.4	16	80	8	53	47	2	10	40	1.50
36309386--36309443	29	2.0	29	93	0	98	39	6	27	25	1.81
36310108--36310141	16	2.1	17	94	5	61	58	11	17	11	1.62
36316031--36316067	18	2.1	18	94	0	65	10	18	24	45	1.81
36320743--36320793	25	2.0	25	96	0	93	60	17	0	21	1.36
36324163--36324384	40	5.6	40	84	4	227	26	27	20	24	1.99
36324316--36324393	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
36347577--36347630	27	2.0	27	85	7	74	29	20	18	31	1.96
36347767--36347843	26	3.0	25	72	11	66	23	20	18	37	1.94
36349246--36349427	40	4.6	40	78	6	192	24	27	21	26	1.99
36349246--36349427	79	2.3	81	82	7	212	24	27	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36357152--36357336	79	2.3	82	79	8	211	24	26	22	26	2.00
36357152--36357336	40	4.6	41	75	10	186	24	26	22	26	2.00
36371395--36371613	40	5.5	39	87	2	244	23	26	24	25	2.00
36371395--36371612	80	2.7	79	85	4	271	23	26	24	25	2.00
36373735--36373850	43	2.7	43	77	13	107	30	26	18	24	1.98
36379243--36379399	77	2.0	77	98	0	305	40	20	14	24	1.90
36379742--36379805	21	3.0	21	93	0	110	39	18	26	15	1.91
36383167--36383304	42	3.2	42	84	7	145	24	18	26	31	1.97
36383165--36383323	43	3.7	43	74	15	132	23	18	26	30	1.98
36390771--36390927	43	3.7	42	79	9	140	28	19	22	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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