genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79791966--79792056	46	2.0	46	88	0	137	34	8	30	26	1.87
79797225--79797381	42	3.6	42	72	9	134	25	29	21	24	1.99
79797352--79797483	48	2.8	48	73	5	126	24	24	21	29	1.99
79798910--79798981	36	2.0	36	97	0	135	22	9	25	43	1.83
79822966--79823046	40	2.0	40	83	4	101	27	20	25	25	1.99
79830794--79830978	40	4.7	40	82	6	207	24	22	27	24	2.00
79830847--79831011	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
79834174--79834390	46	4.6	46	78	11	217	28	19	30	21	1.98
79834169--79834437	47	5.8	45	75	13	190	28	19	29	21	1.98
79834169--79834431	140	1.9	140	83	4	343	29	19	29	22	1.98
79841659--79841867	46	4.5	46	76	13	187	28	17	30	23	1.97
79841649--79841922	47	5.9	47	76	9	206	28	18	29	23	1.97
79841649--79841914	140	1.9	140	80	4	313	29	17	29	23	1.97
79844499--79844636	56	2.5	57	89	4	210	32	22	14	30	1.94
79845792--79845820	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
79849386--79849416	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
79850029--79850163	56	2.4	56	94	0	243	27	16	22	33	1.95
79851331--79851375	24	1.9	23	86	4	63	42	0	15	42	1.47
79851341--79851380	20	2.1	19	85	4	53	42	0	12	45	1.42
79854849--79854995	73	2.0	73	100	0	294	32	10	14	41	1.81
79858225--79858256	16	2.0	16	93	0	55	25	15	15	43	1.86
79860012--79860323	48	6.5	48	73	8	199	27	18	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79860154--79860324	49	3.5	47	72	7	146	26	18	29	25	1.98
79860102--79860321	98	2.3	95	81	10	250	27	19	28	25	1.99
79870373--79870543	46	3.7	46	77	12	190	22	20	27	29	1.98
79887661--79887835	46	3.8	46	78	13	205	22	21	26	29	1.99
79887660--79887830	93	1.8	93	92	0	288	22	21	27	28	1.99
79888060--79888097	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
79892626--79892790	46	3.6	45	87	6	215	30	15	28	25	1.95
79898054--79898209	42	3.7	42	77	0	150	28	25	16	29	1.96
79899096--79899123	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
79904352--79904393	22	2.0	22	95	4	77	38	16	9	35	1.81
79908486--79908569	24	3.3	24	64	23	64	52	4	2	40	1.35
79908505--79908580	19	4.3	19	65	27	58	51	2	1	44	1.23
79908490--79908593	52	2.0	52	98	0	199	49	3	1	45	1.31
79908512--79908610	24	4.0	24	70	15	67	43	4	1	51	1.27
79911576--79911603	13	2.2	13	100	0	56	14	14	17	53	1.73
79918282--79918373	40	2.3	40	98	0	175	29	13	21	35	1.91
79918877--79919194	48	6.6	48	76	11	267	29	19	27	24	1.98
79918877--79919198	96	3.4	95	77	7	312	29	18	27	24	1.98
79918864--79919194	144	2.3	144	89	1	502	28	18	27	25	1.98
79928574--79928603	11	2.7	11	94	0	51	46	0	3	50	1.18
79931218--79931532	94	3.3	95	78	8	300	23	28	19	28	1.98
79931218--79931532	49	6.6	48	75	9	198	23	28	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79931367--79931532	48	3.5	48	77	6	149	24	28	18	28	1.98
79934797--79934912	45	2.6	45	77	2	126	26	14	25	32	1.95
79934891--79934931	19	2.2	19	100	0	82	9	24	34	31	1.88
79937849--79938369	48	10.9	48	94	2	922	30	28	5	35	1.81
79949067--79949105	17	2.3	17	100	0	78	28	5	20	46	1.72
79951296--79951394	37	2.7	37	87	0	126	41	3	17	38	1.65
79955303--79955512	39	5.3	39	94	1	341	24	28	22	25	2.00
79955303--79955564	78	3.3	80	84	11	314	24	27	22	25	2.00
79960042--79960082	19	2.2	19	100	0	82	46	4	14	34	1.66
79968460--79968513	27	2.0	27	100	0	108	22	29	25	22	1.99
79977804--79977829	13	2.0	13	100	0	52	38	0	23	38	1.55
79982200--79982240	20	2.0	20	90	0	64	31	0	2	65	1.05
79982232--79982277	20	2.2	20	84	7	56	39	0	6	54	1.26
79982738--79982774	19	1.9	19	88	0	56	35	16	8	40	1.78
79983220--79983295	38	2.0	38	100	0	152	55	23	5	15	1.61
79985465--79985531	31	2.3	27	78	14	71	40	10	11	37	1.77
79987802--79987832	15	2.1	15	100	0	62	67	0	32	0	0.91
79989502--79989549	21	2.3	21	88	0	69	20	25	14	39	1.91
79990458--79990507	25	2.0	25	96	0	91	26	20	22	32	1.98
79992652--79992697	22	2.0	22	83	12	56	56	4	10	28	1.53
79993173--79993221	8	6.1	8	85	0	71	53	2	10	34	1.47
79993173--79993221	16	3.1	16	90	0	80	53	2	10	34	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79996075--79996307	48	4.9	48	80	2	234	27	18	30	23	1.98
79996075--79996290	96	2.2	96	86	0	306	27	19	29	23	1.98
80019587--80019688	43	2.4	43	81	3	125	32	19	20	27	1.97
80025851--80025897	21	2.2	21	92	0	76	14	23	40	21	1.90
80029596--80029631	16	2.2	16	95	0	63	22	33	5	38	1.77
80031141--80031186	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
80031153--80031196	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
80035994--80036189	53	3.6	53	78	3	212	36	17	23	21	1.94
80041772--80041838	29	2.3	29	94	2	118	28	10	26	34	1.90
80056887--80056968	6	13.3	6	69	19	53	48	14	17	19	1.81
80056901--80056970	25	2.8	25	84	0	95	48	14	17	20	1.81
80056929--80057000	31	2.3	32	92	2	119	51	13	13	20	1.76
80057137--80057238	27	3.8	27	83	5	116	36	20	23	19	1.95
80057408--80057462	22	2.5	22	77	11	67	34	21	23	20	1.97
80057889--80058190	27	11.2	27	83	1	338	25	21	18	34	1.96
80058174--80058263	27	3.3	26	73	13	83	28	7	26	36	1.84
80058227--80058541	27	11.7	28	81	7	226	30	8	21	39	1.83
80058229--80058541	54	5.8	53	83	3	288	30	8	21	39	1.83
80058282--80058541	81	3.2	81	83	5	301	31	8	20	40	1.82
80066977--80067089	33	3.4	32	79	7	111	38	11	23	27	1.89
80067082--80067229	31	4.8	31	85	5	183	30	16	25	27	1.97
80067082--80067222	62	2.3	62	88	0	210	31	15	25	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80067319--80067383	27	2.4	27	92	0	103	38	13	26	21	1.91
80071419--80071472	27	2.0	27	100	0	108	40	18	14	25	1.89
80086425--80086599	46	3.7	46	78	7	149	26	18	31	24	1.97
80086428--80086648	47	4.7	47	74	12	145	27	17	31	23	1.97
80087801--80087841	22	1.9	22	90	5	66	9	46	26	17	1.79
80089428--80089458	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
80089425--80089464	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
80089650--80089904	55	4.8	54	77	7	220	21	23	16	37	1.94
80090013--80090100	41	2.1	41	97	0	167	55	12	7	23	1.63
80091762--80091827	34	1.9	34	84	0	87	28	25	22	22	1.99
80101313--80101388	27	2.8	26	72	18	66	36	21	23	18	1.95
80101461--80101519	27	2.2	27	84	0	82	37	20	23	18	1.94
80105808--80105861	20	2.7	20	97	0	99	7	33	40	18	1.78
80106643--80106805	52	3.1	52	78	7	177	31	25	15	27	1.96
80111701--80111731	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
80120154--80120286	69	1.9	69	95	0	239	48	16	8	26	1.74
80122029--80122102	31	2.4	31	90	0	112	33	4	5	56	1.41
80123017--80123041	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
80123234--80123269	11	3.3	11	84	0	54	41	0	0	58	0.98
80123270--80123333	20	3.4	18	78	18	67	37	1	9	51	1.44
80125639--80125820	27	6.7	27	83	4	195	29	28	14	27	1.95
80125664--80125819	82	1.9	81	86	3	224	28	28	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80133562--80133743	27	6.7	27	82	4	186	29	27	14	28	1.95
80133587--80133742	82	1.9	81	85	3	215	28	27	15	28	1.96
80135745--80135780	16	2.2	16	95	0	63	33	27	13	25	1.94
80146849--80146895	25	2.0	25	84	12	64	27	0	8	63	1.23
80152723--80152943	48	4.7	46	77	9	180	23	27	20	28	1.99
80152723--80152943	94	2.3	94	83	5	268	23	27	20	28	1.99
80177351--80177376	9	2.9	9	100	0	52	11	0	76	11	1.01
80177923--80177964	22	2.0	22	90	4	68	16	26	45	11	1.82
80189124--80189257	46	2.9	45	76	9	128	20	29	23	27	1.99
80193387--80193444	26	2.2	26	81	9	64	27	15	24	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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