genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83958458--83958540	43	1.9	43	92	0	139	26	31	19	22	1.98
83960008--83960177	27	6.3	27	83	6	177	41	20	10	27	1.85
83960022--83960177	54	2.9	53	86	5	206	41	19	11	26	1.86
83960008--83960177	81	2.1	81	86	2	234	41	20	10	27	1.85
83963436--83963479	18	2.4	18	84	0	61	47	11	20	20	1.80
83963809--83964066	27	9.6	27	81	5	184	39	19	13	27	1.89
83963809--83964066	54	4.8	54	85	3	297	39	19	13	27	1.89
83963809--83964066	81	3.2	81	86	1	329	39	19	13	27	1.89
83964718--83964753	13	2.8	13	82	0	54	83	0	2	13	0.76
83970268--83970421	43	3.6	44	76	4	143	31	26	16	25	1.96
83971542--83971566	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
83974242--83974345	42	2.4	44	82	6	133	30	17	21	30	1.96
83974205--83974363	43	3.7	42	75	10	135	27	18	23	30	1.97
83976395--83976519	46	2.7	48	79	15	147	27	19	30	23	1.98
83976582--83976709	49	2.6	49	77	4	125	28	21	26	24	1.99
83976994--83977230	118	2.0	118	100	0	474	22	19	15	42	1.88
83983099--83983128	15	1.9	16	93	6	53	40	26	0	33	1.57
83983299--83983456	42	3.9	40	79	8	167	29	24	14	31	1.95
83985365--83985436	33	2.3	31	80	7	83	75	0	18	6	1.02
83988235--83988267	16	2.1	16	94	0	57	24	9	6	60	1.49
83988801--83988839	15	2.6	15	83	0	51	35	38	2	23	1.68
83991689--83991755	28	2.3	29	82	7	75	50	10	2	35	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83993483--83993539	29	2.0	29	100	0	114	33	10	35	21	1.87
83996888--83997063	46	3.8	46	79	5	176	25	19	31	23	1.98
83999163--83999230	20	3.3	20	70	22	68	38	22	1	38	1.63
83999149--83999230	42	2.0	42	100	0	164	37	20	2	39	1.66
83999149--83999214	22	3.1	22	68	24	68	37	19	3	39	1.67
83999338--83999438	42	2.4	42	76	0	103	43	16	20	18	1.88
83999394--83999438	21	2.1	21	84	8	56	42	15	20	22	1.89
84005321--84005481	85	1.9	84	81	10	193	32	25	16	25	1.96
84006564--84006588	13	1.9	13	100	0	50	40	24	0	36	1.55
84009931--84010153	40	5.6	39	82	5	216	25	26	21	26	2.00
84010085--84010162	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
84011707--84011796	28	3.2	27	84	4	108	32	22	24	21	1.98
84011902--84011963	28	2.2	28	94	0	106	30	8	29	32	1.86
84014821--84014996	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
84014818--84014989	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
84023215--84023254	15	2.7	15	84	0	53	0	30	0	70	0.88
84023218--84023252	10	3.5	10	88	0	52	0	28	0	71	0.86
84025104--84025158	6	8.8	6	88	4	65	16	5	3	74	1.15
84025121--84025157	20	1.9	20	94	5	67	16	5	0	78	0.93
84032612--84032728	43	2.8	42	73	7	119	34	24	16	24	1.95
84037637--84037675	19	2.0	20	85	5	53	53	0	12	33	1.39
84046670--84046942	95	2.8	97	80	8	297	26	29	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84046665--84046994	145	2.2	148	83	4	425	25	29	19	25	1.99
84046668--84047005	50	6.9	50	79	5	350	25	29	18	26	1.98
84049430--84049556	42	3.0	42	83	8	141	33	26	16	22	1.95
84049430--84049558	44	3.0	43	83	7	147	34	26	17	22	1.96
84051502--84051558	30	1.9	30	85	7	80	35	10	26	28	1.89
84052321--84052485	47	3.5	47	92	3	244	36	13	23	26	1.92
84052463--84052675	55	3.9	54	77	4	187	36	16	23	23	1.94
84054632--84054849	40	5.5	40	86	2	271	23	23	27	25	2.00
84065935--84065992	15	3.9	15	86	8	91	18	0	36	44	1.50
84065938--84065992	7	7.4	7	84	8	65	16	0	38	45	1.47
84065935--84065992	23	2.6	22	86	5	89	18	0	36	44	1.50
84070790--84070921	40	3.3	40	82	7	153	27	27	20	25	1.99
84074437--84074619	79	2.3	81	83	7	223	25	28	22	24	1.99
84074416--84074619	40	5.1	40	81	8	229	25	28	22	24	1.99
84075217--84075304	37	2.4	37	100	0	176	32	22	14	29	1.94
84082482--84082666	40	4.7	40	82	6	207	25	28	21	24	1.99
84082482--84082666	79	2.3	81	79	8	200	25	28	21	24	1.99
84082449--84082666	40	5.5	40	79	8	205	25	27	21	25	1.99
84083265--84083352	37	2.4	37	96	0	167	34	22	13	29	1.93
84093877--84094049	40	4.3	40	92	2	287	25	29	22	22	1.99
84097667--84097794	44	3.0	43	77	11	143	21	15	30	32	1.95
84098828--84098853	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84101869--84101895	12	2.2	12	100	0	54	33	0	33	33	1.58
84102476--84102520	20	2.2	20	88	0	63	48	2	11	37	1.51
84118917--84119179	40	6.6	40	87	3	316	24	20	27	27	1.99
84118970--84119214	80	3.1	80	86	1	251	24	21	28	25	1.99
84126868--84127130	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
84126907--84127165	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
84129076--84129100	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
84129116--84129152	12	3.1	12	100	0	74	8	43	24	24	1.81
84131982--84132030	24	2.0	24	100	0	98	20	0	24	55	1.44
84141739--84141830	46	2.0	46	85	8	125	35	15	20	28	1.93
84145734--84145912	46	3.9	46	88	1	225	22	22	13	40	1.89
84154595--84154656	32	1.9	33	84	12	85	48	16	0	35	1.46
84159927--84159969	21	2.0	21	86	8	61	67	2	0	30	1.03
84159891--84159979	31	2.7	33	81	18	107	61	3	1	33	1.20
84159957--84160001	19	2.4	19	81	3	56	68	2	0	28	1.01
84159928--84160013	27	3.1	26	80	12	75	67	3	0	29	1.07
84159943--84160019	27	2.9	26	76	16	79	66	5	0	28	1.13
84160007--84160073	29	2.3	29	75	14	66	58	4	2	34	1.34
84160007--84160074	30	2.3	30	78	12	70	58	4	2	33	1.33
84160545--84160584	21	1.9	21	94	0	71	40	2	2	55	1.27
84160545--84160610	21	3.3	21	81	8	66	36	1	3	59	1.22
84160565--84160612	19	2.6	18	78	12	53	37	0	2	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84164715--84164745	4	7.8	4	100	0	62	25	0	48	25	1.52
84177482--84177534	26	2.0	26	96	0	97	24	15	20	39	1.91
84178479--84178566	44	2.0	44	97	0	167	29	14	27	28	1.95
84185784--84185817	17	2.0	17	94	0	59	41	2	20	35	1.68
84188980--84189244	40	6.7	40	90	1	356	26	26	23	23	2.00
84194863--84194893	16	1.9	16	100	0	62	32	32	19	16	1.94
84201519--84201961	226	2.0	227	89	0	690	37	24	9	28	1.87
84202722--84202876	43	3.6	43	72	8	127	30	23	16	29	1.96
84203500--84203544	20	2.1	21	84	8	56	46	13	8	31	1.74
84208305--84208349	22	2.0	22	83	8	56	35	17	8	37	1.81
84211900--84212024	67	1.9	66	86	5	180	20	25	7	46	1.76
84212163--84212212	21	2.3	23	82	10	68	24	30	2	44	1.65
84222909--84222978	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
84222909--84223006	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
84227296--84227357	30	2.1	30	93	0	106	37	20	14	27	1.92
84234495--84234621	67	1.9	68	90	4	206	47	6	25	21	1.74
84237522--84237584	31	2.0	31	100	0	126	47	19	6	26	1.73
84239061--84239385	48	6.7	48	79	2	364	27	20	28	23	1.99
84239061--84239385	96	3.4	96	88	3	474	27	20	28	23	1.99
84242435--84242468	16	2.1	16	100	0	68	47	17	20	14	1.83
84242963--84243001	20	2.0	20	95	5	71	51	2	5	41	1.38
84253504--84253553	19	2.6	19	84	9	66	28	20	8	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84256646--84256721	37	2.1	37	92	0	125	30	30	18	21	1.97
84256588--84256892	149	2.0	151	96	2	562	29	26	16	27	1.97
84256795--84256944	37	4.1	37	93	0	237	28	30	18	23	1.97
84257149--84257333	47	3.9	47	89	0	280	27	28	11	32	1.92
84257242--84257317	22	3.3	22	67	16	64	25	27	13	34	1.93
84261203--84261252	25	2.0	25	88	7	75	26	30	12	32	1.92
84261460--84261508	23	2.1	23	92	0	80	24	24	24	26	2.00
84261482--84261830	40	8.7	40	93	0	590	23	29	23	23	1.99
84261428--84261548	63	1.9	63	86	3	172	23	28	23	23	1.99
84263109--84263218	37	3.0	37	90	5	177	27	30	18	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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