genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  228  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74679077--74679116	11	3.6	11	93	0	62	80	5	2	12	0.98
74681202--74681256	15	3.8	14	80	7	65	74	1	21	1	1.01
74688718--74688823	48	2.2	48	85	6	135	15	23	1	59	1.46
74689868--74689929	27	2.3	26	81	13	72	6	14	4	74	1.19
74691476--74691522	20	2.3	20	81	0	58	23	12	34	29	1.92
74691730--74691954	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
74691730--74691961	119	1.9	119	82	6	290	25	21	28	25	1.99
74707670--74707818	35	4.2	35	84	4	192	29	6	20	43	1.77
74707663--74707820	71	2.2	71	84	7	214	29	7	19	43	1.78
74710098--74710203	45	2.3	45	85	9	135	21	22	26	29	1.99
74717684--74717778	41	2.4	41	92	3	158	53	2	5	38	1.35
74718893--74719041	35	4.2	35	86	0	199	28	8	20	42	1.81
74718883--74719042	71	2.3	70	81	9	209	29	8	20	41	1.82
74719020--74719117	50	2.0	50	83	4	126	31	8	19	40	1.81
74734572--74734745	46	3.8	46	78	13	203	22	21	27	29	1.99
74734569--74734739	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
74737520--74737606	40	2.1	41	83	6	115	28	17	21	32	1.96
74757584--74757637	27	2.0	27	82	7	65	40	11	12	35	1.79
74757859--74758091	49	4.7	50	81	2	290	26	18	26	29	1.98
74770444--74770474	16	1.9	16	100	0	62	38	25	9	25	1.86
74771896--74772099	40	5.1	40	79	8	211	25	27	21	25	1.99
74785459--74785784	158	2.0	160	93	1	557	33	9	14	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74788007--74788072	34	1.9	34	96	0	123	37	12	9	40	1.74
74793910--74793964	12	4.5	12	78	17	60	0	52	0	47	1.00
74793904--74793956	12	4.3	12	77	17	56	0	54	0	45	0.99
74798565--74798663	52	1.9	52	89	4	155	37	14	16	32	1.88
74809312--74809589	29	9.5	28	74	12	150	37	12	26	23	1.91
74809312--74809588	59	4.7	59	76	10	262	37	12	26	23	1.91
74809312--74809631	88	3.6	88	88	2	480	35	13	26	24	1.93
74809329--74809630	59	5.1	59	74	10	242	34	14	27	23	1.93
74813091--74813252	42	3.9	42	80	3	182	28	19	23	28	1.98
74813091--74813252	84	1.9	84	83	2	209	28	19	23	28	1.98
74814917--74814942	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
74815993--74816168	51	3.5	51	88	6	227	29	14	28	27	1.95
74817085--74817134	7	7.3	7	86	4	75	46	36	0	18	1.49
74817092--74817130	13	2.9	13	92	3	60	48	33	0	17	1.48
74825632--74825800	47	3.6	47	75	10	193	28	27	20	23	1.99
74825586--74825849	93	2.8	93	93	0	447	28	28	20	22	1.99
74825584--74825846	46	5.7	46	73	12	223	28	27	20	22	1.99
74826269--74826328	30	2.0	30	86	0	84	30	23	8	38	1.84
74833287--74833360	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
74836540--74836804	46	5.7	46	71	12	218	27	26	21	23	1.99
74836545--74836808	93	2.8	93	94	0	456	27	27	21	23	1.99
74836591--74836755	47	3.5	47	75	11	194	28	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74841920--74842003	40	2.1	40	95	0	150	32	13	22	32	1.92
74844319--74844382	27	2.4	27	91	0	101	29	15	23	31	1.95
74846741--74847010	49	5.7	49	75	9	211	25	28	20	25	1.99
74846741--74846962	98	2.4	91	81	6	237	25	29	19	24	1.99
74846895--74847054	46	3.5	48	78	6	145	25	28	19	26	1.99
74846841--74847102	92	2.8	95	80	7	245	22	27	20	29	1.98
74848796--74848978	53	3.4	51	77	11	181	34	19	24	22	1.96
74849066--74849129	29	2.2	29	91	0	101	46	9	25	18	1.79
74850707--74850878	46	3.7	46	76	15	192	29	28	20	21	1.98
74850712--74850882	93	1.8	93	92	2	290	28	29	21	21	1.98
74851302--74851361	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
74858075--74858244	46	3.7	46	77	13	195	28	28	20	21	1.98
74858080--74858250	93	1.8	93	92	0	288	28	29	21	21	1.98
74875378--74875435	28	2.0	29	86	3	82	29	32	12	25	1.92
74875645--74875687	16	2.7	16	88	0	68	11	23	16	48	1.78
74878092--74878275	67	2.8	64	77	8	194	28	17	30	22	1.97
74883119--74883428	49	6.5	48	92	2	484	31	8	30	29	1.86
74883119--74883428	96	3.2	95	92	2	496	31	8	30	29	1.86
74883119--74883428	145	2.2	143	91	2	512	31	8	30	29	1.86
74883547--74883625	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
74885733--74885916	64	2.8	64	76	8	185	23	29	16	29	1.97
74886649--74886709	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74899218--74899289	20	3.6	20	98	0	135	19	31	31	16	1.94
74901385--74901540	43	3.6	44	79	9	187	23	19	26	29	1.98
74903446--74903550	27	3.9	27	81	12	117	36	20	24	18	1.95
74903439--74903550	54	2.1	54	86	6	156	36	21	24	17	1.95
74913876--74913982	27	3.9	27	83	11	121	35	21	24	18	1.96
74917510--74917704	49	3.9	49	76	7	214	26	18	26	28	1.98
74917512--74917694	100	1.8	100	92	0	312	25	18	26	29	1.98
74919450--74919564	29	4.0	28	82	6	124	29	28	13	27	1.95
74919447--74919562	57	2.0	57	86	3	162	29	30	13	26	1.94
74919785--74919839	16	3.4	16	82	0	56	12	20	20	47	1.82
74919789--74919839	24	2.2	23	86	10	68	11	19	19	49	1.79
74928279--74928317	18	2.2	18	100	0	78	25	5	25	43	1.75
74937801--74937835	18	1.9	18	88	0	52	42	11	17	28	1.83
74938093--74938117	13	1.9	13	100	0	50	8	8	12	72	1.29
74940247--74940431	39	4.7	39	83	2	237	32	14	22	31	1.93
74940247--74940431	78	2.4	78	90	1	282	32	14	22	31	1.93
74951236--74951355	44	2.8	42	85	8	145	23	15	28	32	1.95
74951241--74951400	43	3.7	43	77	9	155	23	16	28	30	1.97
74973390--74973422	11	3.0	11	95	0	57	27	24	27	21	1.99
74982539--74982584	20	2.3	20	85	3	58	63	13	0	23	1.30
74995185--74995340	42	3.7	42	81	2	168	29	16	25	28	1.96
74996799--74997104	150	2.0	150	97	0	576	22	26	30	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75016843--75016888	23	2.0	23	95	0	83	19	15	8	56	1.65
75018938--75018979	21	2.0	21	85	0	57	30	30	9	28	1.89
75020899--75021013	28	4.1	28	77	5	99	28	26	14	29	1.95
75021226--75021276	16	3.2	16	82	0	57	19	19	13	47	1.83
75030670--75030706	18	2.1	18	100	0	74	29	5	16	48	1.68
75032619--75032680	26	2.3	27	91	2	99	25	16	20	37	1.93
75032631--75032687	26	2.2	26	83	3	69	24	19	22	33	1.97
75032794--75032827	5	6.8	5	100	0	68	41	17	20	20	1.91
75041196--75041285	27	3.3	27	87	0	126	23	13	23	40	1.90
75041661--75041708	18	2.6	19	83	9	64	18	22	16	41	1.90
75045145--75045208	18	3.6	18	78	0	74	23	18	14	43	1.86
75046714--75046890	40	4.4	40	84	4	225	26	27	22	23	1.99
75051981--75052038	18	3.2	18	80	0	62	22	22	12	43	1.86
75060037--75060077	15	2.7	15	80	0	55	51	17	14	17	1.77
75068386--75068561	46	3.8	46	77	14	200	30	28	19	21	1.98
75068393--75068562	93	1.8	93	93	2	297	29	28	20	21	1.98
75083623--75083799	27	6.5	27	80	3	167	26	15	29	28	1.96
75083623--75083778	82	1.9	81	85	3	215	26	16	29	27	1.96
75096242--75096300	28	2.1	28	83	0	73	13	22	22	42	1.88
75096202--75096387	98	1.9	98	87	0	273	21	18	23	37	1.94
75096341--75096435	28	3.4	28	76	5	111	20	15	22	42	1.89
75100371--75100430	31	1.9	31	86	0	84	23	16	11	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75101651--75101678	13	2.2	13	100	0	56	50	21	14	14	1.78
75102584--75102677	42	2.3	42	83	5	111	28	29	17	24	1.97
75102599--75102691	42	2.2	42	92	3	152	27	26	16	29	1.97
75102622--75102717	42	2.3	41	85	5	122	23	28	20	27	1.99
75105622--75105675	26	2.1	26	92	0	90	46	7	0	46	1.31
75113303--75113341	20	1.9	21	85	15	55	46	5	20	28	1.72
75116989--75117054	27	2.4	27	84	0	87	39	22	6	31	1.79
75119721--75119959	43	5.5	44	76	12	203	28	15	23	32	1.95
75119768--75119959	43	4.5	43	82	7	212	28	15	24	31	1.95
75119716--75119966	85	2.9	83	78	14	231	29	14	23	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316