genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15439724--15439754	12	2.6	12	100	0	62	9	6	58	25	1.54
15441693--15441734	20	2.0	22	86	9	61	45	0	0	54	0.99
15442464--15442499	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
15443648--15443699	21	2.4	21	78	9	52	26	0	25	48	1.52
15443712--15443753	14	2.9	14	85	3	57	21	0	30	47	1.51
15443712--15443756	15	3.1	15	80	6	56	20	0	31	48	1.49
15443760--15443803	22	2.0	22	90	0	70	15	0	45	38	1.47
15443725--15443858	7	18.9	7	70	6	72	20	0	36	42	1.53
15452562--15452606	21	2.1	21	83	0	54	6	6	13	73	1.24
15453169--15453200	15	2.1	16	94	5	57	62	0	0	37	0.95
15458011--15458050	10	4.0	10	87	9	55	65	2	2	30	1.19
15458013--15458051	20	1.9	21	94	5	71	64	5	2	28	1.28
15460061--15460111	17	2.7	19	82	17	70	27	15	15	41	1.88
15468473--15468516	22	2.0	22	86	0	61	40	15	29	13	1.86
15473728--15473760	11	2.8	12	86	9	50	30	0	0	69	0.88
15473883--15473945	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
15474320--15474610	96	3.0	96	97	0	555	25	25	18	30	1.98
15475124--15475183	31	1.9	31	89	0	93	23	13	10	53	1.69
15479371--15479512	27	5.2	26	80	10	151	35	21	23	19	1.96
15479385--15479515	54	2.4	55	89	3	194	34	21	25	19	1.96
15481111--15481192	26	3.2	26	100	0	164	35	26	7	30	1.84
15484239--15484272	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15484451--15484485	16	2.1	16	89	10	52	51	0	0	48	1.00
15484499--15484555	26	2.2	26	100	0	114	19	17	0	63	1.32
15491262--15491313	23	2.2	25	82	6	63	71	0	26	1	0.97
15496678--15496727	21	2.4	21	90	6	75	12	8	36	44	1.71
15498901--15499474	186	3.1	184	87	2	779	44	17	10	27	1.81
15504408--15504769	47	7.7	45	72	10	237	27	21	29	21	1.99
15504417--15504769	94	3.8	92	77	11	333	28	20	28	22	1.99
15504447--15504769	141	2.3	142	78	8	340	28	20	29	21	1.98
15505629--15505653	13	1.9	13	100	0	50	8	16	40	36	1.77
15512381--15512413	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
15520134--15520196	6	10.5	6	77	6	65	15	6	1	76	1.07
15523113--15523145	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
15531367--15531478	42	2.7	42	81	0	125	16	33	24	25	1.96
15532775--15532809	17	2.0	18	94	5	63	77	0	11	11	1.00
15532775--15532808	8	4.1	8	85	7	50	76	0	11	11	1.02
15534116--15534299	43	4.3	43	89	2	246	26	26	22	24	2.00
15534079--15534299	43	5.1	43	84	6	243	27	25	22	23	2.00
15534079--15534299	85	2.6	86	82	4	250	27	25	22	23	2.00
15534393--15534533	47	3.0	47	92	0	228	49	24	7	19	1.72
15549794--15549842	24	2.0	24	84	8	62	63	6	4	26	1.36
15551492--15551516	12	2.1	12	100	0	50	60	8	16	16	1.58
15552919--15552950	15	2.1	15	94	0	55	28	6	0	65	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15552976--15553030	14	3.9	14	79	9	58	41	32	5	20	1.75
15553001--15553030	7	4.3	7	95	0	51	43	40	0	16	1.48
15557784--15557836	26	2.0	26	82	13	65	26	13	22	37	1.91
15559318--15559425	26	4.2	26	90	0	180	37	25	6	31	1.81
15566409--15566516	26	4.2	26	97	0	207	35	25	7	31	1.84
15571277--15571361	36	2.4	35	82	2	116	35	14	14	36	1.86
15571277--15571363	18	4.8	19	73	9	76	35	14	13	35	1.86
15571277--15571376	36	2.8	34	79	7	101	35	16	14	35	1.88
15571296--15571376	18	4.5	18	72	9	67	34	17	14	33	1.90
15577046--15577089	18	2.4	18	88	7	63	72	4	9	13	1.24
15583863--15583903	19	2.3	19	91	8	68	41	2	9	46	1.50
15597507--15597774	107	2.5	107	81	0	293	27	18	22	31	1.97
15598731--15598779	21	2.4	21	80	19	59	18	20	42	18	1.89
15601464--15601606	41	3.5	42	80	8	170	18	18	24	37	1.94
15602173--15602265	37	2.5	37	87	5	116	21	8	21	48	1.76
15609493--15609651	27	5.9	27	80	11	166	35	22	23	18	1.95
15609535--15609651	54	2.2	54	96	0	216	35	23	23	17	1.95
15611271--15611378	26	4.2	26	90	0	171	36	23	6	34	1.80
15616412--15616449	19	2.0	19	89	0	58	18	0	7	73	1.06
15616418--15616460	19	2.3	19	84	4	52	20	0	6	72	1.08
15616439--15616487	24	2.0	24	88	4	71	28	0	6	65	1.16
15618999--15619096	26	3.8	26	91	0	151	33	8	20	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15618995--15619096	52	2.0	52	92	0	168	32	7	22	37	1.83
15627177--15627284	26	4.2	26	92	2	173	33	7	23	36	1.83
15629808--15629855	19	2.6	19	80	9	55	33	2	14	50	1.55
15629869--15629961	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
15633622--15633669	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
15633683--15633775	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
15634594--15634634	7	6.1	7	83	11	50	63	0	0	36	0.95
15634549--15634632	14	6.0	14	72	24	70	59	1	5	33	1.29
15634649--15634699	18	2.8	19	79	5	52	62	5	3	27	1.36
15639562--15639623	27	2.3	27	88	0	88	51	32	4	11	1.59
15640770--15640816	18	2.6	18	80	6	51	36	0	2	61	1.08
15642370--15642448	40	2.0	40	92	0	131	13	15	34	36	1.87
15642373--15642467	40	2.4	40	84	6	124	14	11	36	36	1.83
15644092--15644203	23	4.8	23	72	12	93	33	24	27	15	1.95
15644057--15644193	71	1.9	71	79	5	152	35	20	24	19	1.96
15646362--15646410	20	2.5	20	86	6	64	57	6	0	36	1.24
15646362--15646421	21	2.8	21	80	10	68	56	8	0	35	1.29
15654404--15654479	40	1.9	40	86	0	107	32	25	14	27	1.94
15661727--15661873	41	3.6	40	86	0	204	31	26	17	24	1.97
15668307--15668421	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
15668307--15668421	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
15670038--15670145	26	4.2	26	92	1	173	37	24	6	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15676365--15676479	27	4.3	26	85	5	140	37	23	22	16	1.94
15676365--15676479	54	2.1	54	87	3	160	37	23	22	16	1.94
15678078--15678186	26	4.2	26	91	2	157	37	23	5	33	1.78
15678078--15678186	51	2.1	52	89	1	166	37	23	5	33	1.78
15687086--15687138	26	2.0	26	82	7	63	24	15	20	39	1.91
15688624--15688731	26	4.2	26	91	0	180	36	25	7	31	1.83
15689735--15689863	47	2.7	47	87	0	186	34	29	15	20	1.93
15695095--15695160	17	3.9	17	75	0	60	28	21	22	27	1.99
15695129--15695233	34	3.1	35	76	12	101	21	20	21	35	1.96
15698602--15698705	26	4.0	26	93	0	181	35	24	7	32	1.84
15699316--15699362	18	2.6	18	86	3	58	51	0	0	48	1.00
15699734--15699765	15	2.2	14	94	5	55	31	0	0	68	0.90
15702919--15702943	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
15703803--15703863	24	2.6	23	76	7	68	52	1	0	45	1.10
15706814--15706866	26	2.0	26	85	7	72	37	18	15	28	1.91
15712328--15712431	26	4.0	26	91	0	172	31	7	25	35	1.84
15718214--15718316	40	2.6	40	82	0	134	38	20	12	28	1.89
15719204--15719234	15	2.1	15	100	0	62	41	12	0	45	1.42
15732630--15732704	2	37.5	2	86	0	60	45	8	5	41	1.56
15732652--15732709	20	2.9	20	86	0	80	48	13	1	36	1.53
15732650--15732704	22	2.5	22	87	0	83	49	10	1	38	1.49
15735107--15735135	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15751723--15751848	43	3.0	42	71	14	114	31	26	17	24	1.97
15759758--15759947	41	4.6	41	91	0	290	24	20	29	26	1.99
15760254--15760302	18	2.8	18	84	9	66	44	4	2	48	1.33
15760722--15760753	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
15760725--15760792	24	2.8	24	73	10	66	57	1	4	36	1.28
15765591--15765658	24	2.8	24	86	0	100	29	19	5	45	1.73
15765835--15765890	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
15766005--15766220	9	23.4	9	75	9	141	48	12	0	38	1.47
15765995--15766220	18	12.3	18	75	9	170	47	12	0	38	1.47
15766023--15766244	114	1.9	114	85	3	304	47	12	0	39	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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