genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94523682--94523860	25	7.2	25	70	15	81	36	24	21	17	1.94
94523793--94523875	26	3.2	24	79	14	87	34	25	21	18	1.96
94525609--94525638	8	3.6	8	91	8	51	73	0	3	23	0.98
94525920--94525952	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
94526168--94526210	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
94527150--94527296	43	3.4	43	76	10	140	27	17	26	29	1.97
94529348--94529500	39	3.9	40	77	6	120	27	28	22	20	1.99
94529418--94529504	39	2.2	39	91	0	138	26	29	21	21	1.99
94533106--94533193	25	3.5	25	73	1	68	31	20	23	23	1.98
94534600--94534649	26	1.9	26	95	0	91	34	22	12	32	1.90
94547054--94547102	19	2.6	19	90	6	73	63	2	0	34	1.06
94547134--94547170	14	2.5	15	86	13	58	43	10	0	45	1.39
94556771--94556894	33	3.8	33	91	0	194	20	9	39	29	1.85
94559769--94559915	31	4.7	31	90	0	231	43	18	11	26	1.84
94563347--94563551	94	2.2	94	92	1	342	56	12	20	11	1.65
94584259--94584301	20	2.2	20	100	0	86	18	9	13	58	1.62
94586861--94586928	34	2.0	34	94	0	118	35	23	8	32	1.86
94588450--94588548	27	3.7	27	95	0	171	21	30	28	20	1.98
94591415--94591478	19	3.1	21	86	6	60	37	18	9	34	1.83
94591432--94591529	19	5.2	19	90	7	155	36	15	10	37	1.81
94591443--94591529	36	2.3	37	90	7	140	37	13	11	36	1.81
94591432--94591539	36	2.9	35	75	20	103	37	14	10	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94592027--94592358	132	2.5	131	89	3	508	26	20	18	34	1.96
94592159--94593003	220	3.8	220	94	0	1460	27	22	18	32	1.97
94592507--94592668	89	1.8	89	84	5	222	27	22	17	32	1.97
94592727--94592887	89	1.8	89	84	5	220	28	23	16	31	1.96
94593061--94593162	44	2.3	44	91	1	161	27	21	22	28	1.99
94599627--94599724	19	5.2	19	86	7	137	36	15	10	37	1.81
94599646--94599718	36	2.0	36	94	0	128	38	12	10	38	1.78
94601090--94601145	26	2.2	26	96	0	103	28	7	28	35	1.84
94606050--94606087	19	2.1	19	85	5	51	50	2	0	47	1.15
94611038--94611097	26	2.3	27	83	11	81	38	21	23	16	1.93
94613316--94613399	25	3.4	25	71	0	60	28	19	27	25	1.98
94613387--94613438	25	2.1	25	85	7	70	38	17	25	19	1.93
94614802--94614855	26	2.1	26	89	0	81	33	24	12	29	1.92
94615375--94615410	10	3.5	10	96	3	63	19	13	8	58	1.61
94620541--94620575	17	2.1	17	94	0	61	28	17	2	51	1.59
94624644--94624699	21	2.4	24	82	14	73	58	0	0	41	0.98
94624639--94624663	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
94624657--94624700	11	4.1	11	85	5	63	61	0	0	38	0.96
94624657--94624714	19	2.9	20	87	7	82	62	1	0	36	1.06
94629439--94629483	21	2.1	22	88	8	67	28	20	31	20	1.97
94643146--94643183	11	3.2	12	86	13	53	23	7	5	63	1.42
94647313--94647515	94	2.2	93	90	3	320	56	12	20	10	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94651331--94651382	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
94651842--94651878	16	2.3	16	100	0	74	37	10	35	16	1.83
94656891--94657073	31	5.9	31	84	0	249	45	20	9	24	1.80
94656888--94657067	62	2.9	62	92	0	288	47	20	8	23	1.78
94656891--94657073	93	2.0	93	90	0	285	45	20	9	24	1.80
94661093--94661138	26	1.9	23	83	16	58	50	17	6	26	1.70
94664042--94664084	21	2.0	21	90	0	68	44	18	18	18	1.87
94665591--94665634	18	2.4	18	81	7	54	38	0	4	56	1.20
94666368--94666429	29	2.2	28	80	8	72	50	16	0	33	1.45
94667919--94668028	55	2.0	55	100	0	220	41	18	1	38	1.61
94668679--94668714	19	1.9	19	88	5	56	2	8	16	72	1.21
94672355--94672397	16	2.6	17	82	7	54	53	2	0	44	1.13
94672425--94672459	18	1.9	18	88	0	52	51	0	5	42	1.25
94673812--94673929	18	6.6	18	77	6	87	38	12	13	34	1.83
94673810--94673947	36	3.8	36	76	0	96	39	11	13	35	1.81
94673920--94673954	18	1.9	18	88	0	52	45	5	5	42	1.51
94673830--94673961	54	2.4	54	82	2	131	40	10	12	37	1.77
94676894--94677100	46	4.7	44	83	10	221	38	15	24	20	1.92
94677361--94677407	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
94680294--94680337	15	2.9	15	80	10	54	38	0	4	56	1.20
94680329--94680381	11	4.8	11	77	6	54	49	1	0	49	1.12
94680323--94680381	23	2.7	22	75	10	59	49	1	0	49	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94689725--94689842	43	2.8	42	73	6	105	24	16	25	33	1.95
94691042--94691125	39	2.1	39	95	2	150	29	25	21	23	1.99
94692052--94692094	22	2.0	22	90	0	68	13	25	27	32	1.94
94693564--94693620	23	2.5	22	72	10	53	22	8	24	43	1.81
94694329--94694419	19	4.8	19	73	2	76	32	25	20	20	1.97
94701965--94702021	22	2.7	21	79	12	64	1	36	0	61	1.07
94708301--94708395	26	3.5	26	68	18	66	43	2	3	51	1.29
94708292--94708427	57	2.4	58	78	2	157	44	2	3	49	1.32
94710101--94710249	42	3.5	42	78	1	156	41	19	14	24	1.88
94711024--94711048	11	2.3	11	100	0	50	36	48	0	16	1.46
94716375--94716430	18	3.3	18	70	14	64	50	5	1	42	1.35
94723031--94723056	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
94723125--94723490	112	3.2	113	90	1	556	24	22	27	25	2.00
94723422--94723531	41	2.7	40	87	2	139	20	23	29	27	1.99
94723308--94723607	155	1.9	155	89	4	471	23	22	27	27	2.00
94723851--94723892	15	2.9	14	82	6	57	21	0	40	38	1.53
94724743--94724783	20	2.0	20	85	0	55	70	4	0	24	1.06
94724888--94724928	19	2.1	20	86	4	57	68	2	0	29	1.03
94724732--94725182	145	3.1	145	93	3	782	44	14	16	23	1.85
94725077--94725289	105	2.0	106	95	1	383	34	17	23	24	1.96
94725247--94725485	124	2.0	120	90	8	378	46	11	15	26	1.80
94727630--94727854	43	5.2	43	89	3	292	24	17	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94730935--94730991	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
94730931--94730989	30	2.0	28	93	6	100	32	0	11	55	1.36
94731364--94731428	21	3.0	22	73	8	69	16	20	23	40	1.92
94731590--94731630	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
94739580--94739694	26	4.4	25	82	8	124	58	2	23	15	1.50
94739593--94739693	26	4.0	25	89	3	139	61	1	19	16	1.44
94739593--94739693	51	2.0	52	88	3	152	61	1	19	16	1.44
94739806--94739853	18	2.6	18	83	3	60	72	2	10	14	1.19
94739842--94739884	20	2.2	20	87	8	61	76	0	13	9	1.01
94739898--94739960	29	2.2	29	85	5	83	68	3	20	7	1.29
94756047--94756080	17	1.9	18	94	5	61	38	11	17	32	1.86
94759724--94759755	16	2.0	16	100	0	64	37	12	18	31	1.88
94763165--94763204	20	2.0	20	85	0	53	32	2	30	35	1.71
94767739--94767771	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
94774526--94774566	21	2.0	21	90	0	64	53	9	0	36	1.34
94774932--94774983	28	2.0	27	85	11	72	28	3	15	51	1.60
94783419--94783447	13	2.1	14	93	6	51	51	0	3	44	1.18
94784082--94784127	23	2.0	23	86	0	65	73	4	17	4	1.15
94785040--94785087	15	3.3	15	79	2	53	39	2	12	45	1.54
94785487--94785534	21	2.3	21	92	0	78	12	27	31	29	1.93
94785483--94785543	21	2.9	21	82	0	68	11	21	27	39	1.88
94788677--94788701	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94792825--94792857	6	5.5	6	92	0	57	81	3	15	0	0.80
94792964--94793012	18	2.6	18	83	6	53	38	20	16	24	1.92
94793223--94793276	27	2.0	27	85	10	74	46	27	0	25	1.53
94793280--94793309	14	2.1	14	93	0	51	66	6	3	23	1.30
94794587--94794620	11	3.0	11	83	8	50	35	0	0	64	0.94
94794667--94794716	19	2.5	21	90	9	79	40	0	4	56	1.18
94797197--94797287	17	4.9	18	67	15	69	32	5	15	46	1.69
94797139--94797288	72	2.1	73	91	5	250	32	6	15	46	1.72
94797142--94797288	37	4.0	37	90	3	244	32	6	15	45	1.71
94797287--94797343	9	6.4	9	85	4	80	22	12	21	43	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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