genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78390013--78390101	28	3.1	28	73	9	81	64	3	4	28	1.29
78390063--78390101	19	2.0	20	90	5	62	71	2	2	23	1.10
78392180--78392225	21	2.2	21	92	0	74	8	43	34	13	1.74
78397773--78397833	18	3.4	18	83	0	86	40	13	4	40	1.65
78397764--78397846	36	2.3	36	89	0	121	42	13	4	39	1.65
78397773--78397843	18	3.9	18	75	10	65	40	14	5	39	1.69
78397868--78397917	18	2.7	19	75	6	57	50	10	8	32	1.65
78398038--78398071	6	5.7	6	96	0	59	50	11	17	20	1.77
78399687--78399727	22	1.9	21	85	5	55	58	4	0	36	1.20
78403638--78403715	19	4.2	20	74	19	55	41	2	1	55	1.22
78403655--78403708	28	1.9	28	85	7	74	40	1	0	57	1.09
78403655--78403707	9	5.8	9	77	18	56	39	1	0	58	1.09
78412606--78412672	18	3.6	19	80	11	77	37	0	5	56	1.24
78412526--78412674	21	7.3	20	67	18	78	32	1	6	59	1.32
78414823--78414978	27	5.8	27	78	0	123	30	11	31	26	1.91
78414823--78414978	81	1.9	81	80	2	179	30	11	31	26	1.91
78417589--78417630	18	2.5	17	82	14	52	47	2	23	26	1.64
78417721--78417798	29	2.7	28	80	11	95	25	16	30	26	1.97
78417900--78417967	29	2.3	29	85	5	93	27	13	30	27	1.94
78417751--78418252	174	2.9	174	95	0	914	29	14	24	31	1.95
78419774--78419996	40	5.6	40	86	3	236	24	21	28	26	1.99
78419849--78420031	79	2.3	80	83	1	226	25	20	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78427674--78427896	40	5.6	40	86	3	236	24	21	28	26	1.99
78443878--78444012	40	3.3	40	89	7	211	25	22	27	25	2.00
78446116--78446145	14	2.1	14	93	0	51	20	6	10	63	1.47
78452109--78452147	20	2.0	20	89	0	60	15	5	2	76	1.06
78454212--78454236	13	1.9	13	100	0	50	16	32	36	16	1.90
78455043--78455068	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
78455988--78456019	16	2.0	16	93	0	55	46	21	6	25	1.74
78456938--78456978	18	2.3	18	100	0	82	39	12	4	43	1.63
78457828--78457959	27	5.3	27	67	23	108	20	20	12	46	1.82
78457824--78457971	49	3.0	49	97	0	278	19	20	12	46	1.83
78457855--78457932	22	3.3	22	68	22	68	19	20	10	50	1.76
78465047--78465321	46	5.9	47	77	11	219	28	18	30	22	1.97
78467130--78467268	35	4.0	35	84	0	170	35	22	12	29	1.91
78472388--78472444	20	2.9	19	82	12	71	56	1	3	38	1.27
78472333--78472468	68	2.0	70	85	2	186	52	5	2	40	1.36
78477393--78477460	30	2.3	30	89	0	100	19	36	25	19	1.94
78478303--78478620	48	6.9	48	77	12	317	27	27	16	28	1.97
78478251--78478620	96	3.9	96	83	8	474	26	27	17	28	1.98
78478410--78478581	86	2.0	86	95	0	308	27	28	16	26	1.97
78481359--78481393	17	2.0	18	94	5	63	57	11	5	25	1.56
78486054--78486095	14	3.1	14	77	16	52	50	0	4	45	1.23
78493385--78493416	12	2.7	12	100	0	64	0	34	34	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78504412--78504790	40	9.5	40	83	4	381	41	26	17	13	1.88
78508462--78508600	51	2.7	51	81	8	142	28	26	16	28	1.97
78511376--78511448	15	4.9	15	76	3	58	57	16	10	15	1.65
78514930--78515118	50	3.7	50	80	2	189	31	24	17	26	1.97
78514985--78515114	52	2.6	50	83	2	152	33	26	13	25	1.94
78515457--78515513	25	2.2	26	78	9	64	33	17	1	47	1.58
78522698--78522729	17	2.0	17	88	11	50	37	9	12	40	1.75
78539263--78539426	43	3.8	43	73	12	140	32	26	15	24	1.95
78542373--78542495	46	2.7	46	82	11	146	26	20	30	21	1.98
78556225--78556255	12	2.7	11	90	9	53	29	0	0	70	0.87
78556419--78556451	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
78557597--78557636	21	1.9	21	84	0	53	35	7	22	35	1.82
78560026--78560084	28	2.1	28	96	0	109	42	6	23	27	1.79
78560733--78560867	69	2.0	69	86	5	193	20	27	23	28	1.99
78562525--78562558	16	2.1	16	100	0	68	29	0	23	47	1.52
78563380--78563412	17	1.9	17	88	11	50	75	0	6	18	1.00
78563532--78563575	20	2.2	20	92	4	72	47	9	0	43	1.35
78568526--78568782	111	2.3	111	83	2	311	33	26	14	26	1.94
78568553--78568782	55	4.1	56	86	1	311	33	25	14	26	1.94
78571507--78571534	14	2.0	14	100	0	56	42	21	0	35	1.53
78572146--78572214	6	11.5	6	79	0	57	33	33	28	4	1.77
78572158--78572214	30	1.9	30	88	0	87	35	31	28	5	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78572158--78572209	18	2.9	18	79	0	68	36	30	26	5	1.80
78572679--78572818	49	2.9	49	92	0	235	43	10	11	34	1.75
78576559--78576598	4	9.5	4	84	10	53	0	22	0	77	0.77
78576558--78576599	22	1.9	22	95	0	75	0	23	0	76	0.79
78577285--78577310	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
78583727--78583806	25	3.2	25	85	5	108	41	12	7	38	1.71
78585270--78585324	26	2.1	26	96	0	101	43	12	16	27	1.84
78590859--78590894	16	2.2	16	90	5	54	19	0	5	75	1.00
78591137--78591347	10	21.7	9	64	19	59	57	3	2	36	1.28
78591157--78591199	9	4.8	9	80	8	52	60	2	0	37	1.10
78591174--78591230	22	2.6	22	86	2	80	59	3	1	35	1.25
78595918--78596055	73	1.9	73	89	0	213	46	10	10	32	1.72
78600006--78600193	27	7.0	26	84	7	216	36	20	23	19	1.95
78600036--78600196	81	2.0	81	91	3	263	35	21	24	18	1.95
78601161--78601219	26	2.3	26	90	0	91	35	23	6	33	1.82
78606489--78606647	27	5.9	27	80	11	175	33	20	25	20	1.97
78606507--78606650	54	2.7	54	92	2	236	34	22	25	18	1.96
78607608--78607663	26	2.4	22	73	21	58	37	17	7	37	1.78
78607615--78607673	26	2.3	26	93	0	100	35	22	6	35	1.80
78608974--78609159	96	1.9	96	84	2	248	41	17	28	12	1.85
78614023--78614051	6	4.8	6	100	0	58	34	0	65	0	0.93
78616555--78616619	33	2.0	33	81	0	76	16	41	12	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78616879--78617036	48	3.3	48	85	1	201	50	10	8	31	1.67
78620358--78620584	46	4.9	46	92	1	330	21	23	14	40	1.89
78622715--78622760	11	4.0	11	78	10	56	65	0	0	34	0.93
78622709--78622759	24	2.1	24	88	0	75	62	1	0	35	1.06
78627675--78627710	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
78627655--78627717	26	2.5	25	80	14	60	28	23	0	47	1.52
78627662--78627702	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
78627878--78627938	21	2.8	23	80	14	85	34	26	24	14	1.94
78627865--78627950	21	3.9	23	77	10	81	37	24	22	16	1.93
78628322--78628379	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
78628325--78628383	30	2.0	28	93	6	100	55	11	0	32	1.36
78628535--78628580	2	23.0	2	100	0	92	50	50	0	0	1.00
78629351--78629378	13	2.2	13	100	0	56	0	14	7	78	0.95
78632383--78632504	43	2.8	42	80	6	120	31	19	22	27	1.98
78632382--78632555	87	2.0	88	80	7	194	32	17	20	29	1.96
78632751--78632860	51	2.2	51	88	0	166	36	17	14	31	1.90
78632656--78632942	146	1.9	148	81	5	346	32	17	18	31	1.94
78632904--78633029	44	2.9	44	84	4	173	27	16	23	31	1.96
78632901--78633118	89	2.5	88	80	3	224	31	15	22	30	1.95
78633083--78633338	141	1.8	141	83	1	343	32	14	21	32	1.93
78633220--78633931	44	15.6	44	72	11	157	34	16	18	29	1.93
78633410--78633933	44	11.6	44	77	6	390	35	16	19	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78633454--78633569	46	2.5	46	85	4	153	40	18	14	26	1.89
78633410--78633881	89	5.2	88	77	8	389	35	17	19	28	1.94
78633410--78633927	133	3.8	132	77	8	447	35	16	19	28	1.94
78638357--78638382	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
78638398--78638443	18	2.6	18	89	0	65	2	30	2	65	1.16
78638386--78638439	22	2.5	22	75	6	56	1	24	1	72	1.05
78638534--78638606	27	2.7	27	86	0	110	27	30	24	17	1.97
78648327--78648453	51	2.5	50	91	2	200	58	7	5	29	1.47
78649910--78649956	20	2.4	19	76	13	51	55	2	2	40	1.24
78660241--78660279	21	1.9	20	84	5	51	41	2	0	56	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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