genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20727304--20727374	34	2.1	34	81	5	81	46	16	0	36	1.48
20732471--20732574	55	1.9	55	88	7	158	46	2	0	50	1.23
20735817--20735842	10	2.6	10	100	0	52	19	19	0	61	1.35
20738184--20738231	15	3.3	15	76	2	53	45	0	8	45	1.33
20738773--20738858	44	2.0	44	100	0	172	36	2	16	45	1.60
20748583--20748895	46	6.6	48	76	11	231	26	18	30	23	1.98
20748583--20748890	96	3.3	95	79	11	291	26	18	30	24	1.98
20755379--20755605	43	5.2	43	88	1	310	25	20	29	25	1.99
20755677--20755735	31	1.9	31	85	0	82	55	20	5	18	1.61
20756438--20756466	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
20761518--20761614	9	11.0	9	73	10	67	36	1	16	46	1.54
20761959--20761990	14	2.4	14	94	5	57	62	0	0	37	0.95
20762055--20762081	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
20762054--20762093	14	2.8	14	84	3	53	72	0	0	27	0.85
20761882--20762772	105	8.4	109	89	6	1313	55	3	5	35	1.40
20762174--20762205	14	2.4	14	94	5	57	62	0	0	37	0.95
20761882--20762772	215	4.2	215	93	3	1454	55	3	5	35	1.40
20762270--20762296	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
20762269--20762308	14	2.8	14	84	3	53	72	0	0	27	0.85
20762379--20762420	13	3.4	13	81	18	54	66	0	0	33	0.92
20762495--20762772	95	2.8	95	87	9	358	56	4	5	34	1.41
20765639--20765689	19	2.4	21	81	15	61	66	5	3	23	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20779814--20779849	17	2.1	18	89	5	56	38	0	2	58	1.13
20782867--20782920	16	3.8	16	70	27	57	48	3	9	38	1.53
20783036--20783102	7	9.0	7	76	12	62	43	37	0	19	1.51
20783036--20783102	15	4.5	15	81	5	64	43	37	0	19	1.51
20783037--20783103	22	3.0	22	80	2	71	43	35	0	20	1.53
20783111--20783162	7	7.1	7	76	6	50	28	42	1	26	1.66
20783202--20783386	7	25.1	7	72	10	102	47	29	0	22	1.55
20783585--20783611	14	1.9	14	100	0	54	18	0	29	51	1.46
20785218--20785269	27	1.9	27	96	0	95	28	32	25	13	1.93
20785082--20785345	103	2.6	103	91	1	413	29	29	20	19	1.97
20792118--20792382	103	2.6	104	91	0	415	29	29	20	19	1.97
20792717--20792774	30	1.9	30	82	6	73	32	22	6	37	1.81
20794001--20794298	154	1.9	155	81	3	359	31	22	17	28	1.97
20794345--20794372	12	2.3	12	100	0	56	46	32	14	7	1.71
20796882--20797155	46	5.8	46	73	13	216	22	20	27	29	1.98
20796942--20797101	47	3.4	47	77	14	195	21	17	30	30	1.96
20796878--20797148	93	2.9	93	88	2	398	22	20	28	28	1.99
20800125--20800178	15	3.7	15	76	11	58	12	12	14	59	1.62
20802911--20803083	46	3.6	46	75	14	188	20	19	29	30	1.97
20802971--20803131	47	3.4	47	76	14	179	21	17	30	30	1.96
20802907--20803138	93	2.4	94	91	3	367	21	18	29	29	1.97
20808673--20808731	29	2.0	29	100	0	118	25	3	30	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20808702--20808744	21	2.0	21	100	0	86	30	4	27	37	1.77
20817000--20817038	19	2.0	21	85	10	55	71	0	5	23	1.05
20818185--20818270	43	2.0	43	90	4	138	53	0	24	22	1.46
20821549--20821595	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
20821856--20822121	46	6.0	46	84	7	334	22	24	15	38	1.92
20822035--20822110	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
20824249--20824294	11	4.2	11	82	0	56	63	0	2	34	1.07
20824252--20824296	22	2.0	22	86	0	63	60	0	2	37	1.09
20824931--20824958	13	2.2	13	100	0	56	46	17	14	21	1.84
20827456--20827519	32	2.0	32	96	0	119	29	15	17	37	1.91
20831374--20831408	16	2.2	16	89	0	52	42	2	2	51	1.31
20848414--20848438	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
20854477--20854521	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
20858252--20858301	22	2.3	22	89	0	73	50	16	2	32	1.56
20869955--20870021	33	2.0	33	100	0	134	23	14	8	52	1.70
20871999--20872101	47	2.2	47	84	3	145	37	20	15	26	1.92
20874600--20874644	21	2.2	20	92	4	72	26	17	26	28	1.98
20875895--20875936	3	14.3	3	85	5	50	4	28	0	66	1.12
20875992--20876032	21	2.0	21	95	0	73	29	29	17	24	1.97
20887478--20887720	86	2.8	85	82	3	317	36	23	9	31	1.86
20887927--20887974	20	2.4	20	86	6	62	54	2	2	41	1.24
20888000--20888080	10	8.6	9	76	14	74	65	1	2	30	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20887998--20888079	19	4.3	19	74	13	78	65	1	2	30	1.13
20887998--20888088	29	3.1	29	78	13	107	63	1	2	32	1.13
20887984--20888061	38	2.0	39	87	7	115	60	1	2	35	1.19
20888009--20888124	58	2.0	60	84	8	157	61	1	6	30	1.32
20888007--20888109	29	3.6	28	76	17	95	61	1	5	31	1.31
20893173--20893414	26	9.3	26	82	0	232	20	12	27	39	1.89
20902758--20902928	93	1.8	93	96	0	315	28	27	21	22	1.99
20902753--20902925	46	3.7	46	76	13	192	28	26	21	23	1.99
20904676--20904727	20	2.7	20	85	5	63	59	1	0	38	1.08
20904774--20904821	23	2.0	24	88	4	71	58	2	0	39	1.10
20904753--20904831	23	3.5	21	73	13	59	64	1	0	34	1.02
20904862--20904887	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
20904827--20904875	25	2.0	24	84	4	62	55	2	2	40	1.23
20907414--20907461	18	2.7	18	96	0	87	35	12	12	39	1.81
20907699--20907724	13	2.0	13	100	0	52	30	30	23	15	1.95
20907901--20908212	72	4.3	71	85	4	412	24	6	16	53	1.66
20910481--20910564	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
20910379--20910608	100	2.3	98	87	2	316	26	18	26	29	1.98
20910376--20910621	49	4.9	50	83	2	307	26	18	26	28	1.98
20912092--20912168	40	1.9	40	97	0	145	33	5	23	37	1.77
20913669--20913721	26	2.0	26	85	7	72	39	20	16	22	1.92
20913969--20914251	137	2.1	136	93	2	478	24	18	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20915843--20915881	3	13.0	3	83	0	51	28	2	38	30	1.70
20915843--20915887	12	4.0	12	75	16	51	26	4	40	28	1.75
20915843--20915883	21	2.0	21	100	0	82	26	4	39	29	1.77
20916199--20916266	19	3.4	19	80	11	75	47	1	0	51	1.09
20917991--20918037	21	2.2	21	96	0	85	31	14	17	36	1.90
20924698--20924749	15	3.4	15	72	12	52	34	5	0	59	1.21
20924697--20924763	32	2.1	31	83	8	82	38	5	0	55	1.25
20925905--20925989	40	2.1	40	97	0	161	27	3	32	36	1.74
20929506--20929637	40	3.3	40	82	8	162	14	26	16	42	1.87
20929546--20929611	20	3.3	20	66	8	53	13	25	18	42	1.87
20929519--20929653	40	3.4	40	81	2	155	14	25	17	42	1.87
20933707--20933774	30	2.3	30	94	0	118	19	27	32	20	1.97
20939104--20939172	5	13.0	5	73	11	57	37	2	20	39	1.68
20939104--20939171	27	2.5	27	83	4	75	38	2	20	38	1.68
20939104--20939179	17	4.7	16	75	15	59	39	2	19	38	1.66
20942591--20942668	14	5.1	15	74	11	61	35	21	11	30	1.89
20942780--20943063	52	5.4	51	74	12	184	26	15	25	33	1.95
20942830--20943068	35	6.9	35	79	5	211	26	14	26	32	1.95
20942830--20943067	70	3.4	69	78	7	259	26	14	26	32	1.95
20942829--20943058	17	13.3	17	74	6	140	26	13	26	33	1.94
20943109--20943161	17	3.2	17	71	15	56	35	32	13	18	1.90
20943087--20943161	33	2.3	33	92	0	123	38	30	12	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20943166--20943225	22	2.7	22	81	0	75	35	15	18	31	1.91
20945843--20945885	22	2.0	22	90	0	68	44	23	6	25	1.78
20959898--20959942	23	2.0	22	82	4	54	35	0	2	62	1.08
20960744--20960789	5	8.8	5	83	9	56	4	0	15	80	0.86
20960741--20960772	15	2.1	15	100	0	64	0	0	12	87	0.54
20960730--20960775	19	2.4	19	88	3	65	4	0	10	84	0.75
20978320--20978358	20	1.9	21	89	5	62	74	2	15	7	1.15
20978400--20978437	4	9.5	4	94	0	58	71	0	5	23	1.07
20979790--20980821	44	22.8	44	73	6	626	28	19	17	33	1.95
20979790--20980821	134	7.6	130	73	9	526	28	19	17	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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