Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  87  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26287836--26287896
15
4.0
14
79
14
59
81
0
6
11
0.85
26291661--26291718
27
2.1
27
81
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46
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1
41
1.48
26297050--26297131
27
3.1
26
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5
101
36
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24
15
1.94
26303252--26303313
21
2.9
21
85
2
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3
50
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29
1.62
26303735--26303763
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2.1
14
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6
0
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1.27
26308808--26308951
9
16.0
9
70
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1.56
26308845--26308951
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12
92
39
1
15
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1.58
26309165--26309217
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16
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2
72
62
13
9
15
1.54
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0
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1.92
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2.0
43
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6
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1.81
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2.4
28
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7
82
25
0
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25
16
23
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1.96
26315863--26315933
10
7.1
9
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35
7
1
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1.35
26315861--26315934
30
2.4
30
82
10
80
36
6
1
55
1.35
26318157--26318212
19
2.8
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10
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1.58
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28
3.3
27
80
6
103
23
14
33
28
1.94
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27
10.6
27
82
4
290
38
20
9
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1.85
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53
5.9
53
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1
331
38
19
10
31
1.86
26332096--26332378
80
3.5
80
82
2
354
38
20
9
31
1.85
26332172--26332447
27
10.3
27
82
5
136
38
19
11
30
1.87
26334036--26334267
48
4.8
48
84
2
313
25
29
18
27
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26334036--26334272
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2.5
97
92
2
388
25
29
17
27
1.98
26339854--26340052
39
5.1
40
91
4
318
27
27
21
23
1.99
26339854--26340052
79
2.6
78
91
4
314
27
27
21
23
1.99
26341359--26341392
13
2.5
13
90
9
50
47
14
2
35
1.60
26345087--26345243
43
3.7
43
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13
110
32
23
15
28
1.95
26355562--26355661
42
2.3
44
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10
118
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22
15
26
1.93
26374612--26374759
43
3.5
42
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11
142
31
23
18
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1.97
26376271--26376341
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2.3
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26
32
19
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1.97
26377110--26377291
48
3.8
48
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2
204
25
26
18
28
1.98
26377113--26377293
96
1.9
96
92
0
308
25
26
18
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1.98
26385380--26385564
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17
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26386980--26387012
14
2.4
14
100
0
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46
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13
210
21
19
29
30
1.97
26391414--26391584
93
1.8
93
96
0
315
21
20
29
29
1.98
26405921--26405945
13
1.9
13
100
0
50
40
16
4
40
1.67
26419960--26420010
24
2.0
26
85
7
70
62
1
0
35
1.06
26419960--26420010
26
2.0
24
85
14
68
62
1
0
35
1.06
26419965--26420024
14
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14
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23
57
70
1
0
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0.97
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29
2.1
29
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37
1
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46
1.54
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20
2.1
20
86
8
59
71
4
0
23
1.05
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2
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1.19
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104
1.9
104
89
0
310
30
26
17
25
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26446434--26446466
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2.9
12
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0
0
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0.92
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2.1
37
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0
107
38
19
14
27
1.91
26451265--26451294
15
2.0
15
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51
40
10
0
50
1.36
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11
2.3
11
100
0
50
0
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0
92
0.40
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2
2
22
1.06
26454676--26454755
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18
1.07
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2.0
20
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0
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65
2
0
32
1.06
26454663--26454753
17
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15
73
73
2
3
20
1.08
26454674--26454754
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11
71
21
64
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2
3
18
1.07
26454655--26454755
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3.5
28
75
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72
1
2
22
1.09
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271
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1.94
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0
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4
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1.32
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23
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26471244--26471268
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0
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16
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1.90
26474829--26474871
14
2.9
15
86
6
61
58
2
6
32
1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26476933--26476970
14
2.6
15
84
16
53
63
0
0
36
0.95
26477461--26477500
19
2.0
20
85
4
55
67
2
2
27
1.16
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19
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19
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2
0
60
1.10
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22
2.4
21
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38
0
0
61
0.96
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36
1.79
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26
2.0
26
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37
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15
30
1.90
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101
2.3
101
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2
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24
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25
31
1.97
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101
2.4
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3
285
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18
25
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1.98
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50
5.8
50
79
7
281
25
18
25
31
1.97
26487264--26487589
180
1.8
180
86
0
481
39
8
19
32
1.82
26489740--26489801
5
12.4
5
100
0
124
40
0
0
59
0.97
26493869--26494012
41
3.5
41
91
0
227
31
25
16
26
1.96
26497708--26497739
15
2.1
15
100
0
64
50
12
6
31
1.65
26512417--26512628
105
2.0
105
97
0
397
29
18
21
31
1.97
26515017--26515064
11
4.5
10
80
12
51
0
25
0
75
0.81
26515017--26515066
15
3.5
14
77
17
50
0
24
0
76
0.80
26518473--26518756
43
6.6
43
95
1
507
29
33
26
10
1.90
26518754--26518856
38
2.7
38
87
0
143
28
24
24
23
2.00
26522999--26523110
27
4.2
26
83
7
98
37
20
22
19
1.94
26522999--26523110
54
2.1
54
81
3
127
37
20
22
19
1.94
26537719--26537757
17
2.4
17
91
4
62
30
15
10
43
1.80
26538346--26538449
27
3.8
27
83
9
131
36
20
24
19
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26538339--26538449
54
2.1
54
89
3
170
36
21
23
18
1.94
26549790--26549920
27
4.9
27
86
0
190
29
19
9
41
1.82
26549898--26550144
27
9.2
27
80
4
239
40
22
8
28
1.83
26549790--26549920
54
2.4
54
92
0
217
29
19
9
41
1.82
26549824--26549947
54
2.3
54
82
0
149
33
19
8
37
1.83
26549797--26549946
81
1.9
81
81
0
183
32
18
9
40
1.82
26549898--26550170
81
3.4
80
81
5
273
41
21
8
28
1.82
26549939--26550185
54
4.6
53
77
6
228
41
21
8
28
1.82
26550288--26550376
27
3.3
27
87
3
108
37
19
24
19
1.94
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26
4.3
26
80
6
129
30
19
21
29
1.97
26551180--26551284
25
4.2
25
78
8
108
30
19
20
29
1.97
26551180--26551289
51
2.2
49
80
9
123
30
19
21
29
1.97
26551495--26551565
31
2.3
31
90
0
115
30
16
23
28
1.97
26554571--26554607
19
2.0
18
89
5
56
18
24
40
16
1.90
26559964--26560128
35
4.7
35
80
4
181
32
10
21
35
1.88
26562219--26562249
13
2.4
13
100
0
62
58
6
22
12
1.58
26563649--26563832
92
2.0
92
95
0
332
22
11
22
44
1.84
26567519--26567609
35
2.6
36
79
6
107
31
12
23
32
1.91
26569986--26570320
96
3.5
93
78
8
300
24
28
18
28
1.98
26569984--26570270
48
6.0
48
82
4
292
24
28
18
28
1.98
26577198--26577230
7
4.7
7
85
14
50
3
12
0
84
0.72
26577193--26577230
14
2.6
14
88
12
51
2
13
0
84
0.73
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
26585608--26585637
16
1.9
15
93
6
51
36
23
13
26
1.92
26585773--26585881
42
2.6
42
95
0
191
29
23
15
31
1.95
26592802--26592934
40
3.3
40
91
2
196
26
21
26
26
1.99
26592802--26592967
80
2.1
79
80
5
183
27
20
26
25
1.99
26600696--26600960
40
6.7
40
90
4
369
26
21
26
26
1.99
26600748--26600993
120
2.1
119
89
3
370
26
20
26
26
1.99
26604748--26604913
42
3.9
42
85
4
210
31
26
14
27
1.95
26608930--26609060
66
2.0
66
86
5
185
26
25
29
18
1.98
26610118--26610244
47
2.7
47
86
1
157
33
29
14
22
1.94
26614529--26614671
40
3.6
40
90
3
182
30
25
22
22
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316