genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88824934--88824972	21	1.9	20	84	5	51	30	2	20	46	1.64
88830907--88830956	25	2.0	25	100	0	100	28	8	0	64	1.22
88830907--88830949	15	3.2	15	69	30	51	27	6	0	65	1.18
88830911--88830964	25	2.3	23	84	12	67	35	7	0	57	1.27
88831974--88832001	14	2.0	14	100	0	56	35	7	21	35	1.81
88835302--88835476	49	3.5	49	85	3	260	29	26	18	25	1.98
88835295--88835483	100	1.9	100	97	0	360	29	26	19	24	1.98
88839116--88839165	24	2.1	24	100	0	100	28	4	24	44	1.72
88841274--88841437	42	3.9	42	84	4	204	31	15	23	29	1.96
88841274--88841437	85	1.9	84	85	1	220	31	15	23	29	1.96
88848545--88848882	169	2.0	169	97	0	640	35	12	5	46	1.65
88849687--88849767	30	2.7	31	78	5	85	35	1	9	53	1.42
88863825--88863875	19	2.5	21	84	6	61	33	19	9	37	1.85
88863837--88863875	21	1.9	21	89	5	62	30	20	10	38	1.86
88870865--88870935	37	1.9	37	86	11	101	36	1	4	57	1.27
88871002--88871062	6	10.5	6	75	24	60	49	1	0	49	1.10
88871011--88871061	16	3.1	16	77	13	50	49	1	0	49	1.12
88872963--88872993	9	3.4	9	90	0	53	25	6	19	48	1.72
88872970--88873148	95	1.8	98	88	4	274	37	8	9	44	1.67
88878278--88878327	18	2.8	18	79	8	59	50	4	0	46	1.20
88878289--88878331	18	2.3	19	88	4	61	51	4	0	44	1.22
88896347--88896390	22	2.0	22	100	0	88	36	18	13	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88898268--88898389	43	2.9	43	81	4	131	30	24	14	30	1.95
88900046--88900088	10	4.1	10	85	11	59	60	2	0	37	1.10
88900046--88900089	22	2.0	22	95	0	79	59	2	0	38	1.10
88902363--88902491	50	2.5	51	90	5	199	36	16	21	25	1.94
88902467--88902644	31	5.8	31	88	5	254	27	19	26	26	1.99
88902467--88902636	60	2.8	61	86	7	236	28	18	26	26	1.98
88902469--88902634	91	1.8	91	90	0	269	28	18	26	26	1.98
88902643--88902685	7	6.1	7	100	0	86	44	13	27	13	1.83
88902689--88902854	47	3.7	47	84	7	166	28	15	25	30	1.96
88902784--88902898	42	2.7	42	88	6	162	31	14	26	27	1.95
88904075--88904143	34	2.0	34	94	0	120	15	21	24	37	1.93
88906241--88906281	14	2.9	13	86	13	55	48	2	17	31	1.60
88925150--88925197	20	2.5	20	86	10	64	66	0	6	27	1.15
88925192--88925253	27	2.3	26	78	8	70	51	11	0	37	1.38
88933622--88933709	42	2.1	42	100	0	176	23	18	20	37	1.94
88934463--88934535	35	2.1	35	97	0	137	27	19	9	43	1.81
88941892--88941939	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
88941949--88942044	42	2.3	43	94	3	169	30	3	14	52	1.57
88943767--88943798	15	2.1	15	100	0	64	34	18	9	37	1.83
88944756--88944803	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
88944820--88944908	42	2.1	42	89	0	133	31	5	11	51	1.60
88945896--88946109	119	1.8	112	82	6	266	51	11	5	31	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88945993--88946136	71	2.0	73	81	8	170	54	11	4	29	1.55
88946151--88946185	18	1.9	18	88	0	52	74	8	0	17	1.06
88946210--88946248	21	1.9	19	85	10	51	74	7	0	17	1.05
88946564--88946617	12	4.2	12	75	13	54	66	3	1	27	1.19
88948098--88948767	90	7.5	90	91	1	1049	26	25	15	31	1.96
88957216--88957400	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
88957197--88957400	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
88962592--88962636	23	2.0	23	81	0	54	40	6	11	42	1.67
88962636--88962665	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
88962726--88962759	4	8.2	4	87	6	50	76	0	0	23	0.79
88966762--88967311	47	11.6	47	94	2	956	32	8	29	29	1.86
88966762--88967311	96	5.8	94	95	2	956	32	8	29	29	1.86
88966762--88967311	143	3.9	143	96	0	996	32	8	29	29	1.86
88974610--88974654	23	2.0	23	81	0	54	40	6	11	42	1.67
88974654--88974683	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
88974745--88974772	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
88978468--88978681	119	1.8	112	83	6	275	51	11	5	31	1.60
88978565--88978708	71	2.0	73	81	8	170	54	11	4	29	1.55
88978723--88978757	18	1.9	18	88	0	52	77	5	0	17	0.96
88978782--88978820	21	1.9	19	85	10	51	74	7	0	17	1.05
88979136--88979184	14	2.8	19	68	28	54	65	2	0	32	1.04
88979125--88979189	19	3.7	19	69	26	61	63	4	0	32	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88979134--88979201	19	3.5	20	76	13	61	67	2	0	29	1.05
88980351--88980383	15	2.1	17	88	11	52	18	3	39	39	1.66
88982227--88982263	19	1.9	19	88	0	56	29	29	8	32	1.86
88982646--88982701	28	2.0	29	89	3	87	35	14	19	30	1.91
88989607--88989659	26	2.0	26	82	7	63	26	13	20	39	1.89
88991134--88991216	26	3.2	26	96	1	150	36	22	6	34	1.79
88998166--88998223	26	2.2	26	96	0	107	36	22	5	36	1.77
89009710--89009932	40	5.6	40	89	2	290	22	20	28	28	1.98
89009710--89009967	80	3.2	80	84	2	234	24	20	28	27	1.99
89017583--89017805	40	5.6	40	89	2	290	22	20	28	28	1.98
89020591--89020618	6	4.7	6	100	0	56	17	14	0	67	1.22
89030563--89030614	16	3.2	16	75	20	54	23	1	1	73	1.04
89032150--89032215	22	3.3	22	68	24	63	36	6	13	43	1.69
89032148--89032226	38	2.1	38	97	0	149	36	8	11	43	1.72
89035756--89035884	49	2.6	49	83	2	161	23	29	20	27	1.99
89038713--89038863	52	2.9	51	74	14	130	29	15	23	30	1.96
89039660--89039734	20	3.8	20	87	0	105	21	34	32	12	1.90
89046168--89046791	312	2.0	311	96	0	1149	36	11	19	33	1.87
89059191--89059300	28	3.9	28	83	2	114	27	30	15	27	1.96
89059375--89059411	19	2.0	18	89	5	56	21	37	13	27	1.91
89059384--89059420	19	1.9	19	88	0	56	21	35	13	29	1.92
89061381--89061515	35	3.7	37	77	10	143	31	13	22	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89066400--89066497	28	3.5	28	79	8	92	27	30	14	27	1.95
89066573--89066609	19	2.0	18	89	5	56	21	37	13	27	1.91
89066582--89066618	19	1.9	19	88	0	56	21	35	13	29	1.92
89068919--89069212	35	8.4	34	75	10	202	35	31	4	29	1.76
89068985--89069212	70	3.2	70	78	2	242	34	30	4	30	1.77
89076265--89076323	26	2.3	25	80	8	66	28	20	0	50	1.48
89077118--89077263	79	1.9	80	84	4	199	38	19	1	41	1.60
89077602--89077634	16	2.0	17	88	5	50	36	21	0	42	1.53
89078249--89078301	28	2.0	28	82	13	69	50	1	0	47	1.12
89078260--89078308	15	3.4	15	74	25	52	51	0	0	48	1.00
89078552--89078604	16	3.5	16	80	12	67	52	5	0	41	1.25
89079170--89079213	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
89079232--89079275	13	3.3	13	78	15	54	54	0	0	45	0.99
89079521--89079584	32	2.0	32	100	0	128	43	9	6	40	1.62
89081080--89081112	18	1.9	17	88	11	50	33	0	0	66	0.92
89083768--89083794	14	1.9	14	100	0	54	11	0	0	88	0.50
89084541--89085444	452	2.0	452	98	0	1738	35	18	15	30	1.92
89085660--89085724	27	2.4	27	78	0	76	24	29	12	33	1.92
89085869--89085932	27	2.4	27	83	0	92	32	23	14	29	1.94
89087717--89087819	28	3.6	28	83	7	93	28	29	12	30	1.93
89087743--89087848	28	3.8	28	78	5	117	28	29	14	28	1.95
89087772--89087956	58	3.3	57	78	3	194	28	21	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89087864--89087955	28	3.2	28	69	14	80	30	16	19	33	1.94
89100032--89100076	20	2.4	18	77	7	54	46	0	15	37	1.46
89100389--89100535	42	3.5	42	83	5	172	28	15	25	30	1.96
89102353--89102453	35	2.8	37	89	6	161	25	32	18	22	1.97
89102610--89102871	43	6.0	45	78	19	274	32	28	5	33	1.80
89102600--89102871	84	3.1	88	86	9	394	32	28	5	34	1.79
89102589--89102873	128	2.2	130	81	13	345	32	28	4	34	1.79
89102805--89102938	66	2.1	66	88	8	204	33	24	3	38	1.73
89102850--89102892	20	2.2	19	91	4	68	37	23	0	39	1.55
89102600--89102871	90	3.1	87	87	9	319	32	28	5	34	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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