genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89394908--89395067	42	3.8	42	82	5	164	30	15	26	28	1.96
89400344--89400368	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
89403802--89403864	31	2.0	31	100	0	126	33	15	9	41	1.80
89407109--89407821	289	2.5	288	90	1	1088	29	21	17	30	1.96
89407554--89408064	205	2.5	205	93	0	851	29	21	18	30	1.97
89420523--89420559	19	1.9	20	94	5	67	72	0	2	24	0.97
89426217--89426444	43	5.3	43	78	5	221	30	24	18	26	1.98
89426224--89426444	84	2.6	85	83	1	264	28	25	18	27	1.98
89426767--89426800	17	1.9	18	94	5	61	23	29	11	35	1.90
89430718--89430765	21	2.3	21	82	13	55	33	41	2	22	1.66
89430821--89430902	21	3.7	22	76	13	96	42	25	1	30	1.63
89430805--89430895	46	2.0	46	93	4	157	41	25	2	30	1.67
89430918--89430967	25	2.0	25	100	0	100	44	8	4	44	1.52
89431096--89431249	41	3.8	41	93	1	256	17	23	25	33	1.96
89445374--89445437	26	2.4	26	84	5	74	32	25	12	29	1.92
89445543--89445628	27	3.2	27	84	12	106	17	22	24	36	1.95
89472810--89472983	47	3.7	47	72	15	180	22	17	30	29	1.97
89472861--89473036	46	3.8	45	72	10	158	18	18	31	30	1.95
89472815--89473029	93	2.3	93	91	1	342	20	19	31	28	1.97
89485903--89485968	5	12.6	5	75	20	55	18	4	0	77	0.94
89485903--89485969	11	6.3	11	76	11	59	17	4	0	77	0.93
89485913--89485969	16	3.9	14	82	11	53	17	3	0	78	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89495749--89495968	40	5.6	40	81	4	232	25	26	23	24	2.00
89504525--89504741	46	4.7	45	72	7	150	23	29	17	28	1.97
89511551--89511723	46	3.7	46	77	13	201	21	20	28	30	1.98
89511548--89511717	93	1.8	93	94	0	304	21	20	29	28	1.98
89511948--89511985	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
89515486--89515671	92	2.0	92	96	0	345	38	4	18	39	1.70
89517379--89517484	28	3.7	27	71	23	74	26	28	16	28	1.97
89517398--89517470	32	2.2	34	81	16	91	31	24	13	30	1.94
89517513--89517558	20	2.3	20	82	14	60	28	28	17	26	1.98
89519038--89519161	60	2.1	60	98	0	239	20	26	8	44	1.80
89523380--89523530	39	3.7	39	74	14	135	41	7	6	44	1.60
89525542--89525596	25	2.4	21	73	21	56	27	21	14	36	1.93
89534395--89534614	40	5.6	40	81	4	196	25	22	26	25	2.00
89534395--89534578	80	2.3	80	85	3	237	25	22	26	25	2.00
89534788--89534857	32	2.2	32	97	0	131	37	0	32	30	1.58
89542441--89542483	7	6.1	7	94	0	59	55	6	0	37	1.27
89542441--89542483	14	3.1	14	89	0	68	55	6	0	37	1.27
89543099--89543123	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
89548213--89548256	19	2.3	19	92	0	70	27	9	11	52	1.67
89548630--89548720	45	2.0	45	97	0	173	51	17	13	17	1.76
89572631--89572808	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
89572632--89572787	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89572628--89572808	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
89581665--89581698	17	2.0	17	88	0	50	35	14	2	47	1.60
89581740--89581900	54	3.1	53	77	10	170	39	6	1	52	1.36
89581740--89581900	49	3.1	50	79	10	146	39	6	1	52	1.36
89582019--89582148	51	2.6	51	82	3	147	30	20	10	38	1.87
89585335--89585512	43	4.1	42	80	7	196	25	15	25	33	1.95
89589137--89589308	45	3.9	45	87	6	246	23	22	29	25	1.99
89593184--89593213	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
89597171--89597360	42	4.4	43	72	9	154	28	15	24	31	1.96
89603023--89603189	27	6.2	26	85	9	210	17	23	22	35	1.95
89603023--89603189	54	3.1	54	91	2	264	17	23	22	35	1.95
89611112--89611275	27	6.0	26	84	9	195	18	24	21	35	1.96
89611112--89611275	54	3.0	54	90	2	240	18	24	21	35	1.96
89613085--89613175	19	4.9	19	82	8	125	36	9	16	37	1.82
89613093--89613182	36	2.5	37	84	10	116	36	10	16	36	1.82
89624842--89625216	206	1.8	207	88	1	583	29	16	22	30	1.96
89625620--89625737	35	3.3	35	93	3	191	37	11	15	36	1.83
89631367--89631473	20	5.2	20	68	23	55	29	3	1	64	1.21
89631350--89631411	30	2.0	31	84	3	81	29	3	0	67	1.06
89631346--89631474	19	6.7	19	70	22	67	31	3	1	62	1.22
89631647--89631694	24	2.0	24	84	8	62	31	6	4	58	1.42
89631884--89631953	33	2.1	33	94	0	122	27	10	5	57	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89637293--89637378	42	2.0	42	97	0	163	34	20	22	22	1.96
89642860--89642926	35	1.9	35	90	0	107	46	13	7	32	1.71
89648239--89648286	24	2.0	24	100	0	96	41	4	0	54	1.20
89649466--89649490	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
89649752--89649895	45	3.2	45	66	20	120	36	9	16	38	1.81
89649728--89649907	89	2.1	86	91	3	288	35	8	16	39	1.79
89649797--89650009	101	2.1	101	95	0	381	35	9	15	39	1.80
89671895--89671933	13	3.0	13	82	14	53	17	5	2	74	1.12
89671895--89671935	14	3.1	14	79	10	50	19	4	2	73	1.13
89679177--89679264	43	2.0	43	100	0	176	26	20	29	23	1.99
89686926--89687098	46	3.7	46	76	10	181	22	20	26	30	1.98
89686925--89687093	93	1.8	93	89	0	266	22	20	27	30	1.98
89690143--89690177	15	2.4	15	90	4	54	17	0	2	80	0.84
89691954--89692006	24	2.2	24	83	6	63	15	3	7	73	1.20
89709348--89709517	40	4.3	40	90	0	234	26	28	21	23	1.99
89721713--89721776	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
89721991--89722085	23	4.1	23	90	5	156	31	21	18	28	1.97
89721993--89722083	45	2.0	47	93	4	159	32	21	19	25	1.97
89721987--89722087	24	4.3	24	91	5	163	30	22	17	28	1.97
89722136--89722182	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
89733179--89733315	53	2.5	53	80	2	148	40	20	20	18	1.92
89736228--89736263	17	2.1	17	100	0	72	25	11	27	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89753120--89753551	95	4.6	95	74	9	330	28	15	16	39	1.89
89754602--89754712	20	5.4	20	72	14	66	27	21	17	34	1.95
89757127--89757241	46	2.5	44	86	6	142	27	16	29	26	1.97
89767078--89767125	25	2.0	25	87	4	71	58	8	0	33	1.28
89773081--89773119	19	2.1	19	90	0	60	35	30	5	28	1.79
89793219--89793311	24	3.8	24	77	8	82	23	20	19	36	1.95
89793290--89793340	25	2.1	23	82	13	59	29	25	19	25	1.99
89795217--89795288	36	2.0	36	94	0	126	52	31	0	15	1.43
89803626--89803650	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
89804009--89804035	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
89809348--89809384	18	2.1	18	100	0	74	48	5	24	21	1.71
89810329--89810397	27	2.6	27	88	0	93	30	21	10	37	1.87
89820411--89821055	320	2.0	322	93	1	1109	43	17	7	31	1.78
89828849--89829332	42	11.4	43	64	11	199	30	20	23	26	1.98
89828800--89829332	85	6.3	85	91	0	834	30	20	23	26	1.98
89828800--89829332	254	2.1	255	92	0	888	30	20	23	26	1.98
89829856--89829887	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
89833135--89833168	17	2.0	17	94	0	59	35	8	29	26	1.87
89835896--89836053	85	1.9	85	87	0	235	27	18	24	29	1.98
89836036--89836463	85	5.0	85	87	0	615	29	20	23	26	1.98
89835916--89836424	127	4.0	127	75	6	472	28	19	23	27	1.99
89836036--89836463	169	2.5	170	89	0	633	29	20	23	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89835896--89836307	212	1.9	211	85	4	562	28	19	24	26	1.99
89835916--89836347	42	10.2	42	67	9	232	28	19	24	27	1.99
89838078--89838214	40	3.5	40	80	11	140	25	22	27	24	2.00
89838194--89838233	19	2.1	19	100	0	80	30	25	25	20	1.99
89838158--89838273	59	2.0	58	88	5	171	24	23	27	25	2.00
89838131--89838312	98	1.9	98	82	6	235	26	21	26	25	1.99
89848172--89848347	46	3.8	45	76	12	178	22	21	27	28	1.99
89848168--89848339	93	1.8	93	91	0	281	22	22	28	27	1.99
89851906--89851975	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
89851906--89852003	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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