genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15105138--15105197	28	2.1	30	87	6	88	26	3	11	58	1.49
15117812--15117848	14	2.6	14	91	0	65	91	0	8	0	0.41
15117812--15117851	16	2.7	16	85	14	59	90	0	10	0	0.47
15126686--15126751	22	3.0	22	95	0	114	39	19	15	25	1.91
15133967--15134004	17	2.3	17	86	4	51	63	5	23	7	1.42
15141498--15141681	67	2.8	64	76	8	185	29	16	29	23	1.96
15146303--15146367	30	2.2	30	97	0	121	40	23	9	27	1.85
15150431--15150456	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
15152296--15152340	20	2.3	20	81	14	58	26	15	28	28	1.96
15154846--15154892	23	2.0	23	95	0	85	27	8	19	44	1.79
15157369--15157407	14	2.8	14	100	0	78	58	12	7	20	1.58
15162245--15162300	20	2.8	20	91	2	85	58	0	3	37	1.15
15164727--15164783	24	2.4	24	79	5	71	49	3	3	43	1.36
15164791--15164841	23	2.1	25	82	10	61	45	9	0	45	1.36
15167774--15167817	19	2.3	19	84	4	52	50	6	4	38	1.50
15169584--15169717	35	3.7	36	79	10	148	34	23	10	31	1.89
15169580--15169717	75	1.9	74	86	6	199	34	23	10	31	1.89
15171248--15171303	21	2.7	21	73	26	57	46	5	1	46	1.36
15172016--15172048	6	5.0	7	85	14	52	12	87	0	0	0.53
15172017--15172048	13	2.5	13	94	0	55	12	87	0	0	0.54
15177397--15177423	13	2.1	13	100	0	54	51	18	7	22	1.70
15178933--15179015	42	2.0	41	92	2	139	21	6	14	57	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15180236--15180372	37	3.5	39	76	10	136	35	22	16	25	1.95
15184492--15184569	40	2.0	40	87	5	113	37	32	14	16	1.89
15190597--15190636	21	1.9	21	84	0	53	37	0	17	45	1.49
15190954--15191204	25	10.2	25	72	9	167	18	26	20	34	1.96
15190954--15191168	73	2.9	73	78	9	179	17	26	21	34	1.96
15199862--15199890	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
15199913--15199948	5	7.4	5	87	6	56	44	0	0	55	0.99
15201210--15201266	15	3.9	15	90	2	89	36	0	12	50	1.40
15201652--15201747	21	4.5	21	89	2	129	13	22	27	36	1.92
15201639--15201747	42	2.5	42	85	2	137	15	22	25	35	1.94
15208069--15208114	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
15211541--15211597	28	2.0	28	100	0	114	50	10	24	14	1.73
15223687--15223798	51	2.2	51	88	0	161	25	21	12	40	1.88
15228808--15228832	13	1.9	13	100	0	50	64	4	24	8	1.38
15238172--15238214	15	2.7	15	82	7	50	51	0	0	48	1.00
15242224--15242319	44	2.2	45	86	3	133	34	9	20	35	1.85
15246000--15246045	23	2.0	23	100	0	92	30	13	13	43	1.81
15246317--15246359	21	2.2	19	88	12	61	25	0	18	55	1.42
15248674--15248745	16	4.5	16	91	0	99	27	25	6	40	1.81
15248834--15248901	16	4.2	16	90	3	102	39	5	26	27	1.79
15248883--15248976	44	2.1	46	90	7	149	32	5	25	36	1.79
15249126--15249240	58	2.0	57	83	10	144	53	3	0	42	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15251533--15251578	23	2.0	23	100	0	92	43	13	13	30	1.81
15253745--15253785	20	2.1	20	90	4	66	63	17	9	9	1.51
15253798--15253857	29	2.1	29	100	0	120	36	10	23	30	1.87
15254073--15254133	25	2.5	23	80	12	68	14	29	22	32	1.94
15261556--15261602	20	2.3	20	85	3	58	59	21	0	19	1.38
15266897--15266921	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
15271140--15271325	73	2.5	73	97	0	345	41	24	5	28	1.78
15271326--15271380	3	18.7	3	88	3	85	72	0	0	27	0.85
15280167--15280191	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
15285173--15285201	12	2.3	13	94	5	51	79	0	0	20	0.74
15288532--15288674	71	2.0	71	97	0	268	31	13	8	46	1.74
15302941--15302987	21	2.2	22	88	3	69	23	19	36	21	1.95
15305465--15305517	22	2.4	22	87	6	72	11	15	7	66	1.44
15305478--15305559	33	2.5	34	80	7	89	13	14	9	62	1.55
15312372--15312428	28	2.0	28	100	0	114	31	3	17	47	1.65
15313978--15314032	24	2.2	24	81	15	60	1	20	3	74	1.06
15315788--15315839	9	5.6	9	78	17	61	15	0	0	84	0.62
15315789--15315836	15	3.3	15	91	5	80	16	0	0	83	0.65
15315790--15315836	14	3.3	14	93	3	76	17	0	0	82	0.66
15315788--15315839	23	2.3	22	87	12	70	15	0	0	84	0.62
15316450--15316813	46	8.0	46	88	1	473	20	23	14	41	1.89
15325545--15325575	14	2.2	14	94	0	53	61	0	16	22	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15326431--15326533	47	2.2	47	84	3	145	25	16	21	36	1.94
15337456--15337502	21	2.3	21	82	10	53	31	17	4	46	1.67
15342222--15342275	27	2.0	27	100	0	108	51	18	11	18	1.74
15351673--15351712	18	2.1	20	86	9	57	40	2	2	55	1.27
15355271--15355329	12	4.8	13	72	15	54	32	0	1	66	1.02
15361849--15361873	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
15361880--15361907	6	4.7	6	100	0	56	17	0	50	32	1.47
15365622--15365656	6	5.8	6	93	0	61	45	17	2	34	1.63
15366764--15366800	18	2.1	18	89	0	56	45	10	10	32	1.74
15367794--15367889	43	2.3	43	75	1	104	58	5	1	35	1.27
15368552--15368597	19	2.6	18	82	6	58	58	4	2	34	1.30
15368923--15368979	27	2.2	26	87	3	78	49	1	3	45	1.29
15368721--15369047	166	2.0	166	80	6	376	42	11	1	45	1.49
15370015--15370094	39	2.1	39	97	0	151	48	12	7	31	1.68
15372683--15372748	29	2.3	29	83	0	78	65	1	6	27	1.25
15372948--15372993	23	2.0	23	82	4	56	28	23	8	39	1.84
15374350--15374403	28	1.9	28	85	7	74	38	0	11	50	1.38
15383818--15384041	112	2.0	111	80	6	236	28	16	18	36	1.93
15387257--15387329	21	3.4	21	80	14	71	65	1	10	21	1.31
15387267--15387484	27	8.8	25	69	19	111	62	0	14	22	1.36
15387267--15387504	26	9.6	25	69	21	92	62	0	14	22	1.37
15387327--15387458	48	2.8	47	87	5	185	59	0	15	24	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15387330--15387403	21	3.3	21	68	23	60	58	0	18	22	1.40
15387272--15387567	122	2.4	121	91	4	461	61	0	14	22	1.38
15387374--15387532	74	2.1	75	87	1	221	59	0	15	24	1.41
15387440--15387601	47	3.5	47	80	8	190	62	0	13	24	1.31
15387303--15387532	27	9.3	26	69	22	120	60	0	16	23	1.39
15387596--15387649	17	3.2	16	84	10	63	59	1	14	24	1.46
15387586--15387648	5	11.5	6	80	9	57	58	1	14	25	1.45
15387442--15387652	90	2.3	89	78	12	223	61	0	13	24	1.36
15388166--15388200	18	1.9	18	94	0	61	68	5	5	20	1.31
15389508--15389543	17	2.1	18	89	5	56	44	0	0	55	0.99
15395836--15395900	32	2.0	32	96	0	121	32	6	23	38	1.79
15397387--15397439	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
15398518--15398577	30	2.0	30	86	0	84	56	11	5	26	1.55
15401105--15401129	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
15401095--15401129	17	2.0	18	88	5	54	71	0	0	28	0.86
15403241--15403282	12	3.8	11	82	17	52	76	0	23	0	0.79
15403243--15403282	15	2.6	16	78	21	50	77	0	22	0	0.77
15405846--15405900	29	2.0	28	85	7	76	41	1	20	36	1.63
15406139--15406219	41	2.0	41	95	0	144	39	13	12	34	1.82
15413757--15413795	19	2.1	19	95	0	69	35	28	0	35	1.58
15418210--15418249	21	1.9	21	89	0	62	42	5	7	45	1.54
15421222--15421259	13	2.9	13	80	11	51	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15422175--15422209	6	5.8	6	93	0	61	17	14	17	51	1.77
15424130--15424374	117	2.1	117	92	3	404	38	7	11	42	1.69
15425837--15425904	22	2.9	22	78	12	66	48	0	0	51	1.00
15434142--15434185	23	2.0	23	86	13	65	31	9	4	54	1.52
15435918--15435957	19	2.0	19	85	9	53	40	2	5	52	1.37
15437665--15437721	30	1.9	29	86	10	80	19	45	0	35	1.50
15438858--15438933	27	2.6	30	83	12	113	42	0	2	55	1.14
15439017--15439060	23	1.9	23	95	0	79	18	31	2	47	1.61
15439596--15439669	22	3.2	22	77	19	78	63	18	2	14	1.42
15439596--15439673	23	3.3	23	77	19	88	61	21	2	14	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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