genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.219.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  219  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71673746--71673903	43	3.7	42	81	2	154	32	27	18	21	1.97
71684472--71684516	23	2.0	23	91	8	74	40	0	8	51	1.33
71688024--71688104	26	3.0	27	77	16	80	44	1	18	35	1.58
71688132--71688188	12	4.4	13	75	14	55	47	0	15	36	1.46
71688052--71688200	80	1.9	79	86	9	214	42	2	17	37	1.61
71698533--71698557	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
71699637--71699806	44	3.9	44	80	6	213	25	15	27	31	1.96
71702610--71702815	53	3.8	54	81	1	234	37	18	24	19	1.94
71705717--71705757	21	2.0	21	100	0	82	21	29	39	9	1.86
71709009--71709058	24	2.1	24	92	0	82	22	22	2	54	1.55
71716806--71716941	54	2.5	54	75	9	136	16	24	26	32	1.96
71739866--71739903	4	9.8	4	85	5	51	47	5	21	26	1.71
71743474--71743514	19	2.2	19	86	4	57	53	7	2	36	1.42
71744457--71744501	23	2.0	23	87	8	67	62	4	2	31	1.27
71744441--71744493	27	2.0	26	85	3	70	58	5	0	35	1.22
71746656--71746787	47	2.8	48	89	3	196	33	28	17	21	1.96
71750539--71750741	40	5.1	40	79	9	209	26	28	21	24	1.99
71750523--71750742	79	2.8	80	81	7	234	27	27	20	25	1.99
71753743--71753934	40	4.8	40	79	0	213	27	27	20	24	1.99
71753743--71753935	80	2.4	80	89	0	296	27	26	20	24	1.99
71758758--71759536	47	16.6	47	91	4	1098	28	29	8	33	1.87
71758758--71759536	142	5.5	141	92	3	1107	28	29	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71762962--71763143	63	2.8	64	78	8	192	29	17	30	23	1.97
71763528--71763649	1	122.0	1	100	0	244	100	0	0	0	0.00
71769498--71769609	42	2.7	42	85	0	134	27	27	18	25	1.98
71775582--71775815	39	6.4	39	86	12	302	30	28	21	19	1.98
71782064--71782361	39	7.7	39	89	3	424	30	29	21	18	1.97
71782434--71782515	28	2.9	28	81	0	92	28	24	10	36	1.89
71787010--71787175	38	4.3	38	84	3	190	34	25	19	20	1.96
71787001--71787204	76	2.6	76	82	6	214	33	26	19	20	1.97
71791465--71791627	42	3.7	42	79	4	146	29	29	15	25	1.96
71791380--71791547	90	1.9	90	83	2	221	23	27	19	28	1.98
71791510--71791676	48	3.6	48	78	10	143	31	28	13	25	1.94
71796355--71796598	40	6.1	40	92	1	375	22	22	28	26	1.99
71804504--71804587	40	2.1	40	91	4	134	22	25	29	22	1.99
71814294--71814426	39	3.4	39	90	1	160	21	28	24	25	1.99
71816890--71817021	47	2.8	48	87	2	185	33	28	15	23	1.95
71821897--71821968	24	3.0	24	78	6	76	37	19	23	19	1.94
71823355--71823531	47	3.8	47	86	0	237	23	16	29	30	1.96
71823355--71823530	94	1.9	94	89	0	271	23	16	30	30	1.96
71830429--71830647	46	4.7	46	79	9	239	21	20	28	29	1.98
71830422--71830593	93	1.8	93	93	0	299	22	20	28	29	1.98
71851686--71851746	26	2.3	26	83	5	70	67	0	9	22	1.20
71853058--71853114	29	1.9	30	85	3	80	56	21	3	19	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71853885--71853963	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
71853945--71854047	43	2.4	43	95	0	188	26	34	14	24	1.94
71855900--71855978	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
71856097--71856666	47	12.1	47	92	0	897	29	30	9	31	1.88
71867379--71867407	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
71872515--71872651	47	2.9	47	95	0	247	32	11	29	26	1.92
71872631--71872670	19	2.1	19	100	0	80	32	10	30	27	1.89
71872584--71872717	66	2.0	66	97	0	250	31	12	30	25	1.93
71872537--71872758	113	2.0	113	95	0	399	31	12	30	25	1.92
71872650--71872779	47	2.8	47	93	0	215	33	11	30	25	1.91
71872650--71872819	47	3.6	47	86	3	173	31	11	30	25	1.92
71872803--71872928	46	2.7	46	80	0	144	36	11	28	23	1.89
71874423--71874619	40	4.9	40	96	0	358	25	22	26	25	2.00
71887274--71887301	13	2.2	13	100	0	56	35	7	14	42	1.73
71888626--71888658	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
71891563--71891644	5	15.8	5	76	20	80	76	0	3	19	0.93
71891583--71891647	31	2.1	31	91	5	105	80	0	3	16	0.85
71891583--71891645	6	10.5	6	80	13	67	79	0	3	17	0.86
71895275--71895303	5	6.0	5	92	8	51	0	20	0	79	0.74
71895270--71895303	14	2.5	14	95	4	61	0	20	0	79	0.73
71895759--71895833	24	3.1	24	100	0	150	33	12	9	45	1.73
71904095--71904270	46	3.8	46	79	12	216	20	19	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71904092--71904263	93	1.8	93	96	0	317	20	20	29	29	1.98
71911205--71911380	46	3.8	46	81	10	214	21	21	28	28	1.98
71911202--71911373	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
71911584--71911631	24	2.0	24	100	0	96	50	8	20	20	1.74
71919885--71920742	436	2.0	435	99	0	1680	26	17	28	27	1.98
71920954--71921251	27	10.8	27	78	5	240	37	21	10	30	1.86
71921290--71921404	27	4.3	27	79	0	122	33	18	20	26	1.96
71921288--71921403	54	2.1	54	82	3	144	35	17	20	26	1.95
71921921--71922026	31	3.4	31	89	0	167	18	15	15	50	1.77
71921917--71922035	6	19.3	6	70	17	66	19	15	15	50	1.78
71921917--71922051	62	2.2	61	86	4	182	19	14	14	51	1.77
71924119--71924410	27	10.8	27	82	1	334	38	21	9	30	1.86
71924119--71924463	81	4.3	80	79	2	323	38	22	9	29	1.86
71924394--71924454	27	2.3	27	82	0	77	42	21	8	27	1.81
71924501--71924614	53	2.1	54	86	1	167	35	14	21	27	1.93
71924501--71924614	27	4.3	27	81	6	133	35	14	21	27	1.93
71924861--71924939	26	3.0	26	94	5	133	18	27	21	31	1.97
71924861--71924962	53	1.9	53	80	7	118	22	24	20	32	1.98
71925084--71925198	31	3.7	31	88	3	160	20	16	14	48	1.81
71925084--71925193	6	17.8	6	72	19	84	19	17	14	49	1.80
71925084--71925193	19	5.9	18	66	21	57	19	17	14	49	1.80
71927735--71928498	47	16.1	47	92	1	1213	31	9	30	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71928617--71928695	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
71930373--71930594	40	5.7	40	85	7	262	26	21	27	25	1.99
71930373--71930594	78	2.8	79	81	9	240	26	21	27	25	1.99
71952738--71952859	22	5.3	22	62	21	61	25	28	12	33	1.92
71952704--71953006	47	6.4	47	92	0	439	27	30	10	31	1.90
71956348--71956824	40	12.1	40	92	1	739	24	28	22	24	2.00
71956878--71956952	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
71959404--71959525	22	5.3	22	62	21	61	24	29	11	34	1.91
71959376--71959625	47	5.3	47	91	0	360	26	31	9	32	1.88
71964240--71964380	47	3.0	47	78	11	164	24	28	19	28	1.98
71968157--71968232	40	1.9	40	94	0	134	31	11	25	31	1.91
71968152--71968242	40	2.3	40	84	0	128	28	15	23	32	1.95
71969786--71969966	48	3.8	48	90	0	281	29	24	18	26	1.98
71977419--71977453	13	2.7	13	100	0	70	17	34	28	20	1.95
71986882--71987104	40	5.6	40	88	4	308	26	26	22	24	2.00
71986882--71987105	81	2.8	80	86	5	310	26	27	22	24	2.00
71993169--71993394	40	5.7	40	87	4	253	26	26	20	25	1.99
71993169--71993394	120	1.9	120	82	7	289	26	26	20	25	1.99
71993162--71993394	80	2.9	79	81	6	281	26	26	20	26	1.99
71997236--71997410	49	3.5	49	83	3	242	29	24	18	27	1.98
71997228--71997415	100	1.9	100	94	0	331	29	23	19	27	1.98
72000356--72000470	29	4.0	28	79	2	113	27	15	28	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72001549--72001582	18	1.9	18	88	5	52	41	20	8	29	1.82
72004844--72004879	17	2.1	18	89	5	56	25	22	33	19	1.97
72004945--72005060	57	2.0	57	83	3	144	25	15	31	27	1.96
72004937--72005051	29	4.0	29	84	6	137	27	14	28	28	1.95
72028239--72028406	56	3.0	56	88	5	225	33	24	14	27	1.94
72033308--72033336	13	2.2	13	100	0	58	44	20	0	34	1.52
72035924--72035981	22	2.6	22	88	0	89	32	29	27	10	1.90
72039425--72039481	27	2.1	27	93	6	98	36	21	17	24	1.94
72039716--72039777	24	2.6	24	87	5	90	17	22	38	20	1.93
72042310--72042494	102	1.8	103	91	1	309	27	14	17	40	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316