genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.308.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101119931--101119969	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
101125344--101125382	20	1.9	20	84	5	51	61	2	10	25	1.41
101125465--101125508	23	1.9	23	86	9	63	68	0	4	27	1.09
101125693--101125730	11	3.5	11	92	0	58	57	7	0	34	1.28
101125833--101125868	3	12.0	3	93	0	63	63	0	0	36	0.94
101125874--101125960	26	3.7	22	74	16	77	59	6	2	31	1.36
101127983--101128012	15	2.0	15	93	0	51	56	10	13	20	1.65
101128242--101128278	19	1.9	19	94	0	65	72	0	8	18	1.08
101128169--101128442	94	3.0	90	80	10	333	39	16	14	28	1.89
101128433--101128484	14	3.7	14	89	0	86	59	3	21	15	1.52
101128424--101128484	28	2.2	28	90	0	95	60	3	19	16	1.49
101128267--101128647	204	1.9	206	91	2	633	37	16	18	27	1.92
101128450--101128654	89	2.3	88	89	2	333	38	16	19	26	1.92
101142730--101142773	23	1.9	23	86	9	63	68	0	4	27	1.09
101142958--101142995	11	3.5	11	92	0	58	57	7	0	34	1.28
101143098--101143133	3	12.0	3	93	0	63	63	0	0	36	0.94
101143139--101143225	26	3.7	22	74	16	77	59	6	2	31	1.36
101143788--101143815	11	2.5	11	100	0	56	14	0	0	85	0.59
101150795--101150876	26	3.2	26	91	0	128	30	6	25	37	1.80
101152362--101152414	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
101153430--101153566	67	2.0	67	95	0	247	27	16	20	35	1.94
101160103--101160172	32	2.2	32	97	0	131	30	10	14	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101161479--101161761	3	94.3	3	68	14	102	25	6	5	63	1.38
101164585--101164686	48	2.1	48	98	0	195	44	16	25	13	1.85
101168017--101168143	44	2.8	45	79	3	150	31	17	25	25	1.97
101168049--101168422	187	2.0	188	87	0	543	30	15	25	29	1.96
101168559--101168723	44	3.8	44	81	7	183	32	17	23	26	1.97
101168727--101169772	88	11.9	87	86	3	1215	29	24	19	27	1.98
101168727--101169772	176	5.9	176	86	1	1360	29	24	19	27	1.98
101168727--101169772	264	4.0	264	86	1	1396	29	24	19	27	1.98
101169749--101169859	44	2.5	44	85	1	125	32	23	18	25	1.97
101169782--101170291	44	11.5	44	70	10	252	30	18	21	29	1.97
101169703--101169905	87	2.3	88	80	2	212	30	20	20	28	1.98
101170067--101170218	45	3.4	43	78	11	146	30	15	25	27	1.96
101170011--101170220	89	2.4	88	80	7	226	29	18	23	28	1.98
101170102--101170256	45	3.6	41	77	10	123	30	18	23	27	1.98
101171828--101171857	12	2.5	12	94	0	51	26	6	6	60	1.47
101173813--101173987	46	3.8	46	77	13	196	29	29	20	20	1.97
101173821--101173991	93	1.8	93	92	0	288	29	29	20	20	1.98
101174542--101174578	20	1.9	19	89	10	58	35	18	0	45	1.50
101177357--101177563	46	4.6	44	80	12	172	23	29	20	26	1.99
101177400--101177608	46	4.5	46	78	11	148	22	30	19	27	1.98
101180137--101180311	46	3.8	46	74	13	178	30	29	19	21	1.97
101180869--101180905	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101181609--101181697	3	29.3	3	75	10	74	30	4	3	61	1.32
101181612--101181698	20	4.2	20	72	15	79	29	4	4	60	1.36
101182003--101182045	22	2.0	21	81	4	50	32	9	0	58	1.30
101183548--101183637	46	2.0	46	93	0	153	36	14	25	23	1.93
101184627--101184889	138	1.9	136	80	6	307	34	20	17	27	1.95
101186901--101187027	62	2.0	62	98	0	245	44	7	6	42	1.57
101189313--101189396	42	2.0	42	90	0	132	41	15	8	34	1.77
101190385--101190442	20	2.9	20	87	10	91	12	31	34	22	1.91
101190927--101190962	13	2.7	13	91	4	54	52	19	0	27	1.46
101192092--101192219	64	2.0	64	96	0	238	14	14	11	59	1.62
101194374--101194763	131	3.0	132	88	3	551	25	17	20	36	1.94
101194814--101194879	31	2.1	31	97	0	123	7	25	24	42	1.81
101196352--101196392	3	14.0	3	85	14	59	65	0	2	31	1.05
101197953--101198017	32	2.0	32	96	0	121	41	15	18	24	1.89
101198332--101198599	138	1.9	138	91	3	441	31	22	11	33	1.91
101204493--101204655	30	5.4	30	86	4	197	26	47	3	22	1.68
101205140--101205269	25	5.5	23	70	15	72	34	4	3	57	1.35
101205226--101205281	16	3.6	17	75	18	50	35	3	1	58	1.26
101205297--101205355	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
101205313--101205361	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
101205514--101205553	8	5.1	8	84	6	55	35	0	2	62	1.09
101205514--101205553	16	2.6	16	92	4	64	35	0	2	62	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101206937--101206978	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
101206941--101206977	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
101212472--101212549	28	3.0	27	79	9	90	32	5	2	60	1.32
101212462--101212547	24	3.4	24	75	12	82	32	4	2	60	1.30
101212514--101212573	26	2.3	26	80	8	68	35	3	3	58	1.31
101212578--101212627	25	2.0	26	84	11	68	36	4	2	58	1.29
101212565--101212638	26	2.9	25	80	8	60	35	6	2	55	1.41
101216429--101216482	19	2.8	19	88	5	74	27	18	5	48	1.70
101224232--101224350	44	2.7	44	82	2	132	30	17	24	27	1.97
101224390--101224693	88	3.5	88	87	3	427	30	23	18	26	1.98
101224379--101224781	176	2.3	176	80	6	408	30	22	19	26	1.98
101224669--101224919	132	1.9	134	85	1	353	31	20	21	27	1.98
101224377--101225126	44	16.9	44	70	10	310	31	21	19	27	1.98
101228319--101228432	48	2.4	48	83	2	142	30	21	14	34	1.92
101229687--101229957	131	2.1	130	84	4	343	36	16	17	28	1.92
101230285--101230314	16	1.9	16	93	6	53	66	13	0	20	1.24
101230267--101230317	27	1.9	26	84	4	66	64	9	1	23	1.34
101231975--101232023	26	1.9	25	83	4	62	28	4	4	63	1.31
101232182--101232264	24	3.3	24	77	12	85	32	2	2	62	1.21
101232192--101232269	28	3.0	27	83	9	99	32	2	2	62	1.22
101232240--101232293	26	2.0	28	82	7	67	37	1	5	55	1.34
101236560--101236597	16	2.4	16	95	4	69	21	10	7	60	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101237037--101237099	23	2.7	24	78	9	67	39	1	0	58	1.07
101237055--101237110	15	3.6	16	80	9	62	42	1	1	53	1.21
101237247--101237314	34	2.0	34	100	0	136	29	14	14	41	1.86
101241350--101241380	14	2.1	15	94	5	55	45	0	0	54	0.99
101241350--101241381	15	2.1	15	94	0	55	46	0	0	53	1.00
101241485--101241546	25	2.5	25	78	5	72	54	3	1	40	1.26
101242360--101242395	19	1.9	18	88	5	54	47	2	8	41	1.48
101242789--101242825	5	7.6	5	93	6	67	40	0	16	43	1.48
101243012--101243045	18	1.9	17	88	5	50	50	8	0	41	1.34
101243044--101243072	5	5.8	5	100	0	58	41	0	17	41	1.49
101247883--101247990	26	4.2	26	91	0	180	33	7	24	35	1.83
101249475--101249527	26	2.0	26	82	7	63	37	16	15	30	1.90
101254918--101255025	26	4.2	26	91	0	180	31	7	24	37	1.83
101259212--101259295	38	2.2	38	86	0	114	17	15	30	35	1.91
101259263--101259314	22	2.4	22	83	0	68	15	15	30	38	1.88
101264545--101264628	9	9.4	9	70	12	57	67	3	1	27	1.14
101264544--101264628	18	4.7	19	75	8	63	68	3	1	27	1.13
101264545--101264637	17	5.2	19	72	15	56	65	3	1	30	1.15
101265468--101265502	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
101270121--101270461	169	2.0	169	99	0	673	34	15	12	37	1.86
101275405--101275439	18	1.9	18	88	0	52	40	17	20	22	1.92
101287489--101287589	50	2.0	50	92	0	166	44	11	19	23	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101309818--101309931	26	4.4	26	92	0	192	34	24	7	34	1.83
101309818--101309931	52	2.2	52	100	0	228	34	24	7	34	1.83
101311203--101311235	6	5.5	6	100	0	66	15	0	0	84	0.61
101311204--101311243	18	2.2	18	86	0	53	12	5	2	80	0.98
101327508--101327571	20	3.2	20	85	10	78	34	1	1	62	1.14
101327518--101327575	10	5.6	10	79	6	62	34	0	1	63	1.04
101331727--101331771	22	2.2	20	88	8	63	46	6	0	46	1.29
101331997--101332029	10	3.7	9	88	12	50	78	3	0	18	0.87
101331997--101332066	18	3.8	18	76	9	61	68	1	1	28	1.06
101332076--101332134	19	3.1	19	83	11	77	64	1	6	27	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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