genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.222.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72661275--72661304	6	5.0	6	100	0	60	66	0	16	16	1.25
72664806--72664844	20	2.0	20	100	0	78	15	30	30	23	1.95
72665448--72665507	31	1.9	31	100	0	120	43	21	6	28	1.78
72673961--72674026	28	2.4	28	84	0	78	25	15	33	25	1.95
72674350--72675079	160	4.6	161	82	4	834	39	19	10	31	1.85
72674341--72675053	27	26.7	27	80	6	706	39	18	10	31	1.84
72674991--72675093	27	3.8	27	86	0	107	37	16	14	31	1.89
72682092--72682136	22	2.0	22	91	0	72	37	13	22	26	1.91
72682125--72682213	33	2.7	33	77	6	108	43	15	23	16	1.87
72682228--72682301	33	2.2	33	84	13	91	47	9	18	24	1.78
72685414--72685628	39	5.5	39	88	1	306	30	2	21	45	1.66
72685444--72685508	16	3.6	17	70	29	55	30	1	23	44	1.62
72685414--72685634	116	1.9	117	86	4	322	31	2	21	44	1.66
72686384--72686424	20	2.0	20	86	9	57	26	14	19	39	1.90
72690315--72690428	57	2.0	59	86	6	162	50	6	19	24	1.70
72693296--72693356	10	5.9	10	77	11	61	36	11	19	32	1.88
72693296--72693372	21	3.7	20	81	5	82	35	12	18	33	1.89
72710226--72710396	86	2.0	85	86	1	234	26	18	12	42	1.87
72711381--72711480	49	2.0	50	88	3	148	37	21	10	32	1.86
72712906--72712939	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
72713424--72713530	6	17.8	6	78	18	116	50	14	14	20	1.77
72713424--72713555	30	4.4	30	91	4	187	47	13	17	21	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72714057--72714139	27	3.1	26	86	5	112	36	20	22	20	1.95
72714338--72714525	27	7.0	27	83	1	216	26	19	18	35	1.95
72714543--72715084	27	20.1	27	82	5	612	41	8	21	28	1.83
72714543--72715079	108	5.0	108	89	2	733	41	8	21	28	1.83
72718619--72718796	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
72718620--72718775	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
72718616--72718796	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
72723342--72723366	9	2.8	9	100	0	50	16	0	12	72	1.13
72729508--72729823	165	1.9	165	87	0	461	22	14	29	33	1.94
72734888--72734942	24	2.3	24	93	0	92	49	7	14	29	1.70
72735008--72735042	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
72738433--72738478	22	2.1	22	100	0	92	45	8	19	26	1.79
72742821--72742956	50	2.8	49	79	2	139	23	32	20	23	1.98
72742875--72743015	50	2.8	50	87	4	187	21	29	19	30	1.97
72745662--72745706	14	3.0	15	87	6	56	57	15	15	11	1.64
72748593--72748663	25	2.8	25	91	2	115	25	23	23	26	2.00
72753460--72753615	47	3.3	47	88	0	231	32	8	30	28	1.88
72757786--72758045	127	2.0	127	93	0	439	38	14	12	34	1.84
72765631--72765708	27	2.9	27	77	7	86	33	19	19	28	1.96
72765853--72766034	82	2.2	81	80	7	199	44	19	6	29	1.76
72765701--72766036	27	12.4	26	76	9	167	41	19	8	29	1.81
72766301--72766423	41	3.0	41	83	4	167	21	21	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72784397--72784823	42	10.2	42	82	5	436	22	18	22	36	1.95
72784397--72784823	84	5.1	84	82	1	489	22	18	22	36	1.95
72784397--72784823	126	3.4	125	84	4	482	22	18	22	36	1.95
72791047--72791271	40	5.6	40	83	2	263	24	24	27	23	2.00
72791047--72791307	80	3.3	80	82	3	285	25	24	26	23	2.00
72791047--72791271	120	1.9	121	83	4	294	24	24	27	23	2.00
72811790--72811868	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
72812002--72812201	51	4.1	49	85	5	237	29	30	8	32	1.87
72812046--72812199	51	3.0	51	97	0	281	32	27	7	32	1.84
72819448--72819632	27	6.9	27	83	2	176	30	7	22	39	1.82
72822194--72822250	27	2.1	27	100	0	114	19	14	19	47	1.82
72823752--72823839	27	3.3	26	82	4	104	36	20	21	21	1.95
72833820--72833878	23	2.6	23	79	15	61	42	13	6	37	1.71
72849194--72849424	40	5.8	40	91	1	331	24	24	27	22	2.00
72853523--72853746	40	5.6	40	85	6	301	25	25	23	25	2.00
72853523--72853746	83	2.8	80	87	5	301	25	25	23	25	2.00
72860886--72860998	6	18.3	6	66	18	54	46	12	20	20	1.82
72860907--72860998	25	3.7	25	82	0	121	45	11	21	20	1.83
72861115--72861222	27	4.0	26	83	5	108	37	20	23	19	1.95
72861115--72861222	54	2.0	53	83	1	135	37	20	23	19	1.95
72861381--72861445	22	3.0	22	75	8	69	33	23	23	20	1.97
72861834--72861946	27	4.2	26	84	3	127	26	16	17	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72863368--72863523	43	3.6	42	78	6	143	33	26	18	21	1.97
72878622--72878697	24	3.4	21	78	9	62	31	14	21	32	1.93
72878616--72878722	45	2.4	44	81	10	119	34	15	18	30	1.93
72879774--72879825	27	2.0	26	81	11	61	28	17	11	42	1.84
72880948--72881003	27	2.1	27	83	6	69	25	19	21	33	1.97
72883293--72883355	28	2.3	28	86	8	85	34	22	22	20	1.96
72883775--72883830	27	2.1	27	83	6	69	25	16	21	37	1.93
72884361--72884423	28	2.3	28	83	8	76	34	20	22	22	1.96
72887763--72887795	15	2.3	15	89	5	50	33	36	12	18	1.88
72899686--72899720	18	1.9	18	88	0	52	25	17	42	14	1.86
72900327--72900416	10	8.7	10	77	15	67	17	8	0	73	1.08
72908778--72908807	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
72911644--72911702	6	9.5	6	78	14	66	13	0	5	81	0.85
72911644--72911696	23	2.3	23	87	6	72	13	0	5	81	0.86
72915742--72915886	27	5.4	26	87	3	182	24	23	17	33	1.96
72915742--72915886	53	2.7	52	86	6	182	24	23	17	33	1.96
72916121--72916179	20	3.0	20	85	7	68	22	40	22	15	1.90
72920391--72920428	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
72920656--72920824	46	3.7	46	76	10	182	29	27	20	22	1.98
72927977--72928014	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
72928242--72928412	46	3.7	46	77	7	186	28	27	20	23	1.99
72928243--72928413	93	1.8	93	90	5	274	28	28	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72932419--72932504	28	3.0	28	84	3	109	29	27	15	27	1.96
72932720--72932765	24	1.9	24	86	0	65	8	15	19	56	1.65
72936649--72936757	56	1.9	56	83	0	137	29	13	24	32	1.94
72943074--72943239	46	3.6	45	76	8	181	28	28	19	22	1.98
72943082--72943253	93	1.8	93	92	0	290	27	27	21	23	1.99
72943125--72943268	46	3.1	46	70	14	125	29	27	20	23	1.99
72950501--72950647	56	2.6	54	82	6	152	29	34	17	19	1.94
72959400--72959559	56	2.9	55	78	5	164	28	33	17	20	1.95
72967023--72967119	43	2.3	42	83	3	131	34	24	16	24	1.96
72968492--72968606	44	2.6	44	81	0	149	30	26	16	26	1.97
72978468--72978626	43	3.7	44	78	5	173	31	28	16	23	1.96
72978468--72978626	44	3.7	44	75	9	157	31	28	16	23	1.96
72987056--72987191	56	2.4	56	90	2	211	27	15	24	33	1.95
72991118--72991406	50	5.7	50	81	3	285	32	26	16	24	1.96
72991128--72991409	151	1.9	150	84	3	377	32	26	17	24	1.96
72993085--72993228	49	2.9	48	78	12	166	28	20	24	26	1.99
73001755--73001906	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
73001755--73001906	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
73003521--73003560	17	2.3	17	82	4	53	17	45	27	10	1.80
73011408--73011458	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
73015350--73015422	34	2.1	34	87	5	103	23	20	24	31	1.98
73016882--73016986	40	2.7	40	89	1	158	20	18	28	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73018037--73018071	12	2.9	12	86	0	52	25	40	25	8	1.84
73024387--73024424	15	2.5	15	80	16	51	52	0	2	44	1.14
73025231--73025260	13	2.2	14	94	5	53	6	0	23	70	1.11
73028037--73028061	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
73029525--73029577	20	2.7	20	84	0	70	52	7	5	33	1.53
73029823--73029864	20	2.0	20	86	9	57	40	4	23	30	1.75
73035360--73035390	14	2.2	14	94	0	53	16	16	29	38	1.90
73044668--73045150	47	10.3	47	91	0	759	32	9	30	27	1.88
73051340--73051372	16	2.1	16	94	0	57	48	30	6	15	1.69
73054729--73054755	9	3.0	9	100	0	54	0	22	55	22	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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