genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  257  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84978724--84978797	26	2.8	26	85	0	94	45	5	6	41	1.53
84979616--84979670	28	1.9	29	82	10	69	58	7	0	34	1.26
84979675--84979899	114	2.0	116	80	8	255	29	20	19	31	1.97
84980200--84980251	22	2.4	22	80	0	59	42	42	1	13	1.55
84989487--84989519	17	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
84991890--84991925	13	2.9	12	84	8	54	44	38	0	16	1.48
84995373--84995448	22	3.3	21	75	20	71	55	0	2	42	1.14
84999201--84999305	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
85001255--85001345	38	2.4	38	80	7	105	29	18	23	28	1.98
85001377--85001608	40	5.8	40	94	0	401	19	23	31	25	1.98
85006003--85006107	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
85009513--85009558	20	2.3	20	84	0	56	41	6	13	39	1.70
85022281--85022334	28	2.0	28	88	3	83	44	7	0	48	1.31
85024145--85024202	30	1.9	30	82	6	73	20	36	29	13	1.91
85034342--85034506	43	3.8	42	77	16	160	32	26	18	23	1.97
85034344--85034503	86	1.9	85	85	8	227	31	26	18	23	1.98
85036410--85036634	40	5.7	40	86	7	273	24	22	27	25	2.00
85036463--85036657	80	2.5	79	85	6	227	25	21	27	25	1.99
85045346--85045495	27	5.6	26	81	6	158	27	16	28	28	1.97
85045346--85045495	54	2.8	53	82	7	176	27	16	28	28	1.97
85045347--85045495	81	1.8	81	86	2	219	26	16	28	28	1.97
85053495--85053669	27	6.5	26	86	3	181	26	15	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85053495--85053648	80	1.9	81	89	4	240	26	15	27	29	1.96
85053491--85053669	80	2.2	81	84	3	236	26	15	27	30	1.96
85061084--85061328	44	5.5	44	84	6	325	24	21	28	26	1.99
85061079--85061328	89	2.8	89	91	0	412	24	21	28	26	1.99
85061488--85061571	42	2.0	42	97	0	159	34	2	21	41	1.66
85063465--85063517	17	3.1	17	78	13	54	24	1	0	73	0.93
85063474--85063533	16	3.7	16	70	12	50	20	5	0	75	0.99
85072319--85072536	40	5.5	40	93	2	352	25	27	23	24	2.00
85093640--85094201	47	11.6	47	90	6	725	29	29	8	33	1.86
85094040--85094202	49	3.1	54	82	13	228	30	28	6	34	1.83
85093996--85094201	106	2.0	104	95	1	367	30	29	7	33	1.84
85101195--85101219	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
85101509--85101544	18	2.1	17	89	5	54	13	16	8	61	1.56
85103200--85103235	6	5.8	6	90	3	54	0	22	0	77	0.76
85103850--85103977	62	2.1	62	87	0	184	28	28	22	21	1.99
85105655--85105684	10	3.0	10	95	0	51	53	10	0	36	1.35
85108356--85108419	32	2.0	32	100	0	128	37	6	15	40	1.73
85117620--85117811	55	3.6	54	81	2	233	36	18	24	19	1.94
85147385--85147513	46	2.8	46	93	0	222	29	27	21	20	1.98
85157194--85157386	40	4.8	40	92	1	309	24	21	29	25	1.99
85163864--85164010	47	3.1	47	86	0	177	33	10	29	27	1.89
85164217--85164325	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85165199--85165302	52	2.0	52	98	0	199	31	9	18	40	1.83
85165574--85165716	42	3.4	42	80	4	164	27	17	27	27	1.98
85165574--85165727	84	1.8	83	80	4	184	29	16	26	27	1.97
85166682--85166717	13	2.8	13	86	0	54	11	16	52	19	1.73
85168459--85168514	11	5.5	11	75	16	66	35	10	21	32	1.88
85168458--85168514	20	2.8	20	97	0	105	35	10	21	33	1.87
85168560--85168632	25	2.9	25	87	4	94	28	23	21	26	1.99
85168572--85168645	25	2.9	26	86	6	89	29	21	18	29	1.97
85168854--85168937	38	2.4	34	86	13	111	35	17	23	22	1.95
85173426--85173610	48	3.9	48	94	0	334	34	7	29	29	1.84
85173751--85173890	37	3.8	37	98	0	262	23	20	32	24	1.98
85180736--85180785	5	10.0	5	75	16	50	36	8	20	36	1.82
85180741--85180796	11	5.5	11	73	16	57	33	12	19	33	1.89
85180740--85180796	20	2.8	20	97	0	105	33	12	19	35	1.89
85180844--85180927	25	3.4	25	88	6	109	28	22	22	26	1.99
85191454--85191490	16	2.3	16	100	0	74	45	8	18	27	1.77
85193246--85193393	39	3.8	39	90	0	226	30	24	18	26	1.98
85198793--85198823	15	2.1	15	100	0	62	12	25	6	54	1.62
85205852--85205930	39	2.0	39	97	0	149	54	8	17	18	1.68
85209805--85209852	23	2.1	23	96	0	87	33	6	29	31	1.82
85210390--85210420	16	1.9	16	100	0	62	22	19	19	38	1.93
85214304--85214455	37	4.1	37	95	0	268	25	31	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85214664--85215007	47	7.1	47	82	9	411	26	29	12	32	1.92
85214664--85215007	102	3.5	98	89	4	507	26	29	12	32	1.92
85214687--85214985	149	2.0	150	90	2	465	26	27	12	33	1.92
85218888--85219239	40	8.8	40	93	0	551	24	28	22	24	1.99
85220502--85220653	37	4.1	37	95	0	268	25	31	20	23	1.98
85220862--85221203	47	7.1	47	83	7	425	26	29	12	32	1.92
85220862--85221181	147	2.2	148	87	5	465	26	28	12	32	1.93
85220862--85221203	100	3.5	98	91	3	521	26	29	12	32	1.92
85223804--85223873	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
85223804--85223901	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
85232923--85233171	56	4.4	56	86	2	347	33	22	14	29	1.94
85237445--85237492	24	2.0	24	100	0	96	25	29	12	33	1.92
85239194--85239416	46	4.8	46	79	7	254	29	27	20	22	1.98
85239194--85239416	93	2.4	92	82	7	272	29	27	20	22	1.98
85242220--85242361	69	2.1	69	98	0	275	41	18	16	23	1.90
85244869--85245045	46	3.8	46	73	10	162	28	27	22	22	1.99
85244876--85245047	93	1.8	93	87	0	254	27	27	23	22	1.99
85247476--85247691	40	5.4	40	90	2	321	24	28	22	24	2.00
85259088--85259118	16	1.9	16	93	0	53	12	25	16	45	1.83
85265020--85265069	27	1.9	25	84	15	66	20	10	0	70	1.16
85270223--85270400	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
85270224--85270379	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85270220--85270400	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
85270305--85270411	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
85274584--85274760	27	6.5	26	80	6	149	25	16	28	29	1.97
85274584--85274739	82	1.9	81	84	3	206	26	16	28	28	1.97
85274582--85274760	82	2.2	81	80	3	198	26	16	27	29	1.97
85277166--85277190	10	2.5	10	100	0	50	20	8	28	44	1.79
85277259--85277322	25	2.5	25	92	2	110	29	9	18	42	1.82
85277465--85277505	20	2.2	19	91	8	66	31	0	19	48	1.49
85295242--85295290	27	1.9	24	84	12	62	20	10	0	69	1.17
85300430--85300607	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
85300431--85300586	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
85300427--85300607	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
85300512--85300618	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
85304782--85304958	27	6.5	26	80	6	149	25	16	28	29	1.97
85304782--85304937	82	1.9	81	84	3	206	26	16	28	28	1.97
85304780--85304958	82	2.2	81	80	3	198	26	16	27	29	1.97
85311804--85311981	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
85311805--85311960	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
85311801--85311981	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
85311886--85311992	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
85316855--85316879	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
85330722--85330772	25	2.1	24	81	3	57	47	19	0	33	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85337447--85337623	27	6.6	27	82	4	169	30	27	15	26	1.96
85337447--85337623	55	3.3	54	81	4	196	30	27	15	26	1.96
85337468--85337622	82	1.9	80	85	5	213	30	27	15	26	1.96
85345514--85345690	27	6.6	27	82	4	169	30	27	15	26	1.96
85345514--85345690	55	3.3	54	81	4	196	30	27	15	26	1.96
85345535--85345689	82	1.9	80	85	5	213	30	27	15	26	1.96
85348866--85349012	37	4.0	37	95	0	249	26	31	18	23	1.97
85349220--85349404	47	3.9	47	90	0	280	25	28	12	33	1.92
85360651--85361020	27	13.7	27	88	1	472	30	14	16	38	1.88
85361013--85361075	27	2.3	27	83	5	74	42	15	17	23	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316