genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19841679--19841716	20	1.9	20	94	0	67	21	34	31	13	1.91
19844795--19844885	43	2.1	43	89	2	148	17	17	34	30	1.93
19845428--19845460	12	2.8	12	100	0	66	51	0	9	39	1.34
19848156--19848212	21	2.6	22	80	2	71	33	12	31	22	1.91
19856785--19856849	33	1.9	34	90	3	105	30	21	21	26	1.98
19857795--19857860	29	2.2	31	86	10	93	53	0	15	31	1.42
19857789--19857862	29	2.5	30	75	18	82	51	0	17	31	1.46
19860398--19860440	17	2.5	17	81	7	52	55	0	23	20	1.43
19860689--19860798	54	2.0	54	96	0	202	43	8	19	29	1.79
19862193--19862229	19	1.9	19	88	0	56	45	10	16	27	1.80
19874721--19874758	20	2.1	19	85	14	53	23	26	10	39	1.87
19885705--19886069	46	8.0	46	87	1	491	21	23	14	40	1.90
19885835--19885910	25	3.2	25	63	14	61	21	19	15	43	1.88
19885756--19886069	137	2.3	138	92	1	522	21	23	14	40	1.90
19888179--19888227	3	17.3	3	76	19	52	69	0	2	28	1.00
19888185--19888223	11	3.5	11	92	0	69	69	0	2	28	1.02
19888186--19888227	19	2.2	19	87	8	59	71	0	2	26	0.98
19888197--19888272	20	3.7	21	77	10	68	59	6	1	32	1.32
19894735--19894823	42	2.1	42	89	0	133	25	30	19	24	1.98
19896534--19896563	14	2.1	14	100	0	60	50	6	0	43	1.28
19896791--19896833	8	5.4	8	91	0	50	44	6	6	41	1.58
19896791--19896842	16	3.4	15	76	5	52	44	7	5	42	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19896534--19897073	281	1.9	281	98	0	1053	32	16	13	37	1.87
19904418--19904474	26	2.1	27	90	3	89	35	17	24	22	1.95
19904438--19904514	39	2.0	40	89	2	120	40	11	24	23	1.88
19904479--19904567	27	3.3	27	83	7	110	37	16	23	22	1.94
19904418--19904661	93	2.6	93	92	1	391	36	18	22	22	1.95
19904590--19904662	27	2.7	27	91	0	110	35	24	19	20	1.95
19911612--19911693	26	3.2	26	92	0	146	32	7	24	35	1.83
19921218--19921377	51	3.2	50	87	1	212	27	23	16	33	1.95
19928970--19929129	51	3.2	50	88	1	221	28	21	15	33	1.94
19931930--19932018	36	2.4	37	84	1	117	34	14	6	43	1.72
19933754--19933786	16	1.9	17	88	11	50	3	15	3	78	0.99
19933752--19933812	28	2.2	28	85	5	79	3	14	8	73	1.19
19933841--19933866	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
19933889--19933913	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
19933886--19933917	14	2.3	15	89	10	50	62	0	0	37	0.95
19937828--19937913	18	4.7	18	80	1	91	41	12	9	36	1.75
19937828--19937916	36	2.4	37	81	1	117	40	13	10	35	1.78
19938052--19938157	47	2.3	47	95	3	187	39	24	20	15	1.91
19938035--19938149	47	2.3	52	79	16	159	42	24	18	14	1.88
19939944--19940006	31	2.0	32	84	9	85	49	4	0	46	1.23
19944743--19944828	18	4.7	18	79	1	91	41	13	9	34	1.77
19944743--19944831	36	2.4	37	79	1	117	40	14	10	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19949385--19949430	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
19955405--19955449	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
19957173--19957394	67	3.4	64	76	9	223	31	16	29	22	1.96
19963581--19963623	22	2.0	22	95	0	77	18	18	23	39	1.92
19963592--19963709	38	3.1	38	82	4	148	16	17	28	36	1.93
19963584--19963698	22	5.8	21	67	22	70	18	17	26	37	1.93
19971790--19972109	46	7.0	47	87	2	350	21	24	15	38	1.92
19971805--19972109	137	2.2	137	85	1	396	21	24	15	39	1.91
19974280--19974316	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
19976645--19976794	50	3.1	50	84	5	234	40	6	20	32	1.79
19976651--19976731	27	3.1	27	60	20	64	39	6	19	34	1.77
19976630--19976778	47	3.1	47	84	5	226	38	5	21	34	1.76
19986844--19986920	5	15.6	5	98	1	147	40	0	0	59	0.97
19992991--19993029	20	2.0	20	94	0	69	41	20	2	35	1.66
20001944--20002169	124	1.9	122	83	3	303	21	20	15	42	1.89
20002177--20002268	45	2.0	45	89	4	141	22	16	21	39	1.92
20004237--20004262	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
20004435--20004480	23	2.0	24	82	4	58	63	2	6	28	1.31
20009957--20009993	14	2.6	15	83	12	51	56	0	5	37	1.22
20010047--20010077	4	7.8	4	100	0	62	77	0	22	0	0.77
20013507--20013639	44	2.9	45	79	4	142	36	13	22	27	1.92
20020873--20020987	44	2.6	44	83	2	140	34	13	23	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20020873--20021006	46	3.0	45	80	4	144	34	14	24	26	1.94
20040100--20040128	13	2.2	13	100	0	58	17	10	13	58	1.62
20043923--20044064	32	4.5	31	74	8	108	46	4	11	37	1.61
20049392--20049443	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
20051362--20051413	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
20064782--20064845	21	3.2	20	73	13	69	12	26	21	39	1.89
20064764--20064864	39	2.6	39	93	0	166	12	26	24	35	1.92
20071657--20071691	9	3.9	9	88	11	54	42	11	11	34	1.77
20072580--20072605	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
20073005--20073072	33	2.1	33	88	0	100	27	32	13	26	1.93
20073696--20073739	24	1.9	24	86	9	65	43	18	6	31	1.76
20081057--20081118	31	2.0	31	87	6	90	41	1	1	54	1.19
20081749--20081859	31	3.6	30	68	20	84	55	4	13	26	1.57
20081747--20081885	64	2.2	65	93	2	237	51	6	16	25	1.68
20091563--20091601	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
20094699--20094732	14	2.4	14	95	0	59	35	11	5	47	1.65
20095935--20095963	14	2.1	14	100	0	58	41	0	6	51	1.28
20095844--20096012	62	2.7	62	86	8	218	45	11	8	34	1.71
20100282--20100323	19	2.2	19	83	8	50	54	0	14	30	1.40
20100491--20100539	21	2.3	21	96	0	89	40	10	22	26	1.86
20105231--20105305	20	3.8	19	79	8	80	44	10	9	36	1.72
20105231--20105307	39	2.0	40	87	7	113	44	11	9	35	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20105220--20105316	40	2.4	41	77	10	110	47	9	8	35	1.66
20105460--20105499	20	1.9	22	90	10	66	42	17	5	35	1.71
20109401--20109536	46	2.9	49	78	13	176	30	25	19	24	1.98
20109361--20109533	46	3.7	46	76	11	174	30	24	21	23	1.99
20109409--20109552	46	3.1	45	72	18	127	29	25	20	24	1.99
20109955--20110014	30	2.0	30	86	0	84	28	25	10	36	1.88
20116891--20117058	91	1.8	91	94	2	302	28	28	21	21	1.99
20116886--20117055	45	3.8	45	80	9	211	29	27	21	21	1.99
20123753--20123919	44	3.8	43	74	11	158	29	27	20	22	1.98
20159423--20159458	18	1.9	19	88	5	56	44	0	5	50	1.25
20159423--20159458	19	1.9	18	88	5	54	44	0	5	50	1.25
20160455--20160527	22	3.3	22	94	0	119	38	16	26	19	1.92
20163982--20164051	20	3.5	19	76	5	68	44	17	8	30	1.78
20163987--20164042	20	2.8	20	81	2	69	42	14	8	33	1.77
20167458--20167493	16	2.2	16	90	9	56	50	8	2	38	1.47
20170481--20170600	57	2.1	57	86	7	163	25	20	6	46	1.75
20176367--20176464	29	3.4	29	82	1	117	28	29	15	26	1.96
20177789--20177838	16	3.1	16	82	0	64	14	4	32	50	1.61
20179181--20179237	30	1.9	30	85	7	80	21	36	31	10	1.87
20181529--20181862	166	2.0	167	86	1	474	32	13	14	39	1.85
20181782--20182111	162	2.0	163	97	0	617	36	10	16	36	1.83
20184601--20184652	15	3.5	15	80	15	63	46	0	5	48	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20185717--20185753	19	1.9	19	100	0	74	21	16	29	32	1.95
20196173--20196199	12	2.2	12	100	0	54	22	44	18	14	1.86
20206887--20206984	23	4.3	23	89	2	153	30	26	22	20	1.98
20206894--20206982	45	2.0	45	93	0	151	30	26	23	19	1.98
20208472--20208512	20	2.0	20	85	0	55	34	19	12	34	1.89
20213349--20213430	29	2.8	29	89	9	114	19	20	41	18	1.91
20225611--20226311	44	15.6	44	68	10	303	27	21	19	30	1.98
20225612--20226176	226	2.5	225	88	2	826	27	20	20	31	1.98
20226067--20226313	45	5.6	43	75	8	196	28	25	19	27	1.98
20237853--20237909	25	2.2	26	87	3	80	5	1	29	63	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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