genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1595369--1595429	28	2.2	28	100	0	122	36	24	13	26	1.92
1595862--1595887	11	2.4	11	100	0	52	92	7	0	0	0.39
1596204--1596234	6	5.2	6	100	0	62	32	16	35	16	1.91
1596604--1596655	25	2.1	25	100	0	104	19	19	11	50	1.77
1607998--1608036	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
1608263--1608336	23	3.3	23	86	3	114	18	21	27	32	1.97
1608264--1608329	22	3.0	22	90	2	105	18	22	27	31	1.97
1613092--1613165	31	2.4	31	79	0	85	41	9	21	27	1.84
1615634--1615724	31	3.0	32	81	9	95	63	7	3	25	1.36
1615654--1615732	31	2.6	30	84	7	97	67	6	2	24	1.27
1629748--1629821	38	1.9	38	81	13	89	55	2	8	33	1.44
1645521--1645553	15	2.2	15	89	10	50	63	21	0	15	1.30
1646915--1646945	14	2.2	14	100	0	62	32	6	29	32	1.83
1647321--1647360	5	7.4	5	84	15	53	72	0	2	25	0.97
1647316--1647360	15	2.6	18	80	20	60	68	0	4	26	1.08
1652451--1652543	18	5.2	18	79	5	89	36	12	20	30	1.90
1652463--1652543	36	2.2	36	80	0	99	37	13	19	29	1.90
1655984--1656011	7	4.0	7	100	0	56	85	14	0	0	0.59
1656762--1657158	144	2.9	133	79	10	424	45	20	14	20	1.85
1672339--1672387	16	3.0	17	79	8	57	53	0	0	46	1.00
1677155--1677215	21	2.7	21	87	10	77	32	0	11	55	1.36
1677867--1677955	43	2.1	43	97	0	169	13	13	24	48	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1678795--1678850	20	2.9	21	70	29	61	58	3	0	37	1.15
1681859--1681918	31	1.9	31	86	6	86	33	8	13	45	1.73
1695541--1695569	13	2.2	13	100	0	58	68	6	6	17	1.34
1701154--1701241	17	4.9	17	80	12	95	29	25	11	34	1.91
1701151--1701241	38	2.5	35	85	5	128	28	24	13	34	1.93
1707896--1708105	114	1.8	113	86	4	303	41	11	24	21	1.87
1709685--1709725	20	2.0	21	85	4	57	46	0	4	48	1.23
1710760--1710846	18	4.8	18	84	5	95	32	25	11	31	1.91
1710758--1710846	36	2.5	36	88	0	133	31	24	12	31	1.92
1717571--1717780	114	1.8	113	86	4	303	41	11	24	21	1.87
1719357--1719397	20	2.0	21	85	4	57	46	0	4	48	1.23
1720433--1720519	18	4.8	18	84	5	95	32	25	11	31	1.91
1720431--1720519	36	2.5	36	88	0	133	31	24	12	31	1.92
1739378--1739633	43	6.0	43	84	0	244	28	25	14	31	1.95
1739378--1739619	85	2.8	85	84	1	286	27	25	15	31	1.96
1739890--1739935	21	2.2	21	92	0	74	2	45	17	34	1.61
1745443--1745502	9	6.3	9	75	24	61	31	0	20	48	1.50
1745447--1745481	16	2.1	17	94	5	63	28	0	17	54	1.43
1745509--1745546	19	2.0	19	94	0	67	60	0	0	39	0.97
1745518--1745561	15	2.8	16	82	10	54	59	2	0	38	1.10
1754700--1754744	21	2.1	21	87	0	63	53	11	2	33	1.49
1761984--1762009	6	4.3	6	100	0	52	50	15	0	34	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1766816--1766863	20	2.4	19	80	13	53	35	2	2	60	1.20
1769619--1769947	168	2.0	168	87	1	480	36	10	14	38	1.82
1776434--1776477	6	7.5	6	84	5	63	20	0	0	79	0.73
1779503--1779556	22	2.5	21	84	3	72	53	1	1	42	1.22
1779532--1779571	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
1779560--1779760	68	3.1	67	90	7	312	40	4	8	45	1.57
1779644--1779671	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
1779560--1779730	68	2.5	68	97	1	319	39	4	8	47	1.54
1779827--1779870	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
1785010--1785110	42	2.4	42	89	0	148	28	21	11	37	1.89
1787116--1787227	55	2.0	55	100	0	224	41	11	12	34	1.79
1787383--1787407	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
1793845--1793927	36	2.3	36	85	0	121	24	18	16	40	1.90
1796086--1796189	55	1.9	55	86	4	147	50	17	8	23	1.73
1796952--1797276	108	3.0	108	96	0	580	33	17	18	30	1.94
1797577--1797628	2	27.5	2	84	11	65	48	0	3	48	1.20
1804473--1804512	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
1804585--1804612	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
1804501--1804711	68	3.1	68	95	1	381	40	5	9	45	1.58
1804653--1804680	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
1804776--1804819	22	1.9	24	86	9	65	59	4	0	36	1.18
1804829--1804859	15	2.0	16	93	6	55	0	35	58	6	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1812351--1812432	42	2.0	42	87	0	119	28	20	15	35	1.94
1812476--1812512	19	1.9	19	88	0	56	59	0	5	35	1.20
1817832--1817900	17	3.9	17	78	17	61	69	1	0	28	0.97
1817822--1817940	27	4.2	27	74	13	98	64	3	0	31	1.10
1817822--1818076	10	26.9	9	69	19	96	63	3	0	32	1.18
1818645--1818811	9	17.7	9	67	16	72	34	3	2	59	1.30
1818744--1818811	17	3.9	17	72	3	55	30	2	1	64	1.17
1829985--1830367	46	8.5	46	95	1	643	28	22	15	33	1.95
1829985--1830367	91	4.2	91	95	1	673	28	22	15	33	1.95
1832842--1833048	25	8.3	25	76	3	175	36	21	16	26	1.94
1840705--1840765	9	6.8	9	72	7	52	73	11	14	0	1.09
1840706--1840765	27	2.3	26	91	2	93	73	11	15	0	1.10
1851905--1851952	23	2.2	21	82	14	53	31	2	22	43	1.65
1852067--1852253	85	2.2	85	88	1	277	34	21	17	26	1.96
1854694--1854848	50	3.1	49	80	9	136	18	27	20	34	1.95
1854694--1854815	25	4.9	25	75	4	102	17	27	19	35	1.94
1854753--1854839	25	3.5	24	76	9	77	18	26	22	32	1.97
1854768--1854856	25	3.6	25	75	11	76	20	26	22	30	1.98
1869766--1869807	22	1.9	22	85	0	57	30	2	2	64	1.19
1876474--1876502	13	2.2	13	100	0	58	68	6	6	17	1.34
1882124--1882228	18	5.8	18	83	0	138	28	22	14	34	1.93
1882124--1882227	54	1.9	54	92	0	172	28	22	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1888053--1888111	3	19.7	3	100	0	118	32	0	0	67	0.91
1888112--1888371	72	3.6	72	98	0	504	27	6	24	42	1.78
1892586--1892656	3	23.7	3	100	0	142	32	0	0	67	0.91
1892657--1892916	72	3.6	72	98	0	504	27	6	24	42	1.78
1912371--1912400	15	2.0	15	93	0	51	66	3	0	30	1.07
1920124--1920166	18	2.4	18	88	0	59	72	2	9	16	1.21
1920254--1920540	146	1.9	146	85	6	389	28	7	7	56	1.54
1920242--1920562	146	2.2	144	83	6	383	29	7	6	56	1.52
1920622--1920976	148	2.4	149	85	4	473	56	6	7	28	1.52
1921011--1921066	19	3.0	20	82	10	73	10	8	3	76	1.12
1921021--1921066	19	2.5	18	89	6	74	8	8	4	78	1.09
1925979--1926017	17	2.3	17	82	8	53	43	12	0	43	1.42
1929615--1929747	66	2.0	66	100	0	266	27	18	29	25	1.98
1932033--1932175	75	1.9	75	95	0	259	25	16	26	30	1.97
1932916--1932956	15	2.9	14	85	7	64	56	2	0	41	1.13
1942487--1942859	130	2.9	130	80	2	399	28	17	18	35	1.94
1945003--1945034	16	2.0	16	93	0	55	25	15	18	40	1.90
1964160--1964196	16	2.3	16	95	0	65	67	0	2	29	1.04
1964176--1964291	62	1.9	62	96	1	216	52	3	4	39	1.38
1964274--1964350	9	7.9	10	72	22	58	42	1	1	54	1.16
1964364--1964430	17	3.8	18	75	14	68	53	1	0	44	1.09
1964492--1964538	19	2.8	16	81	15	58	48	2	6	42	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1964497--1964535	19	2.1	19	90	4	62	53	2	7	35	1.43
1965794--1965838	21	2.1	21	100	0	90	60	13	0	26	1.34
1965903--1965959	17	3.4	17	70	4	53	59	0	1	38	1.08
1965896--1965961	34	1.9	35	90	9	109	60	0	1	37	1.06
1966071--1966133	17	3.6	18	71	14	60	55	0	0	44	0.99
1979759--1979831	18	3.9	19	80	5	87	47	15	6	30	1.71
1980048--1980072	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
1980844--1980884	17	2.4	17	91	0	64	0	29	0	70	0.87
1983323--1983347	13	1.9	13	100	0	50	80	0	16	4	0.87
1983401--1983444	20	2.1	21	91	4	72	77	0	22	0	0.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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