genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.144.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45929324--45929375	26	2.0	27	92	3	88	50	0	9	40	1.35
45933431--45933478	19	2.5	19	93	0	78	52	2	22	22	1.58
45935212--45935247	18	1.9	19	88	5	56	63	13	5	16	1.47
45938055--45938094	20	2.0	20	85	9	55	40	5	0	55	1.22
45942859--45943187	46	6.9	50	81	10	318	22	30	19	27	1.98
45942914--45943185	94	2.9	92	80	8	309	23	30	19	26	1.98
45942914--45943177	140	1.9	141	85	4	372	22	30	19	26	1.98
45944919--45944965	22	2.2	22	96	3	87	34	8	0	57	1.29
45949743--45949883	38	3.7	38	89	1	203	22	20	25	31	1.98
45949743--45949883	75	1.9	76	86	1	203	22	20	25	31	1.98
45957725--45957929	39	5.3	39	88	1	288	21	22	26	29	1.99
45963806--45963844	15	2.6	15	100	0	78	20	17	7	53	1.68
45966929--45967037	41	2.6	41	82	8	114	25	27	23	22	2.00
45967354--45967521	43	3.9	43	93	1	259	30	33	22	14	1.93
45967368--45967542	86	2.1	84	89	4	262	30	32	22	14	1.94
45969297--45969742	27	16.7	26	73	11	116	39	19	13	26	1.89
45969378--45969974	27	22.2	27	85	4	663	37	18	18	26	1.93
45969378--45969974	54	11.1	54	85	2	731	37	18	18	26	1.93
45970395--45970504	31	3.5	31	87	0	139	21	15	11	50	1.76
45970395--45970525	6	21.3	6	71	16	90	21	15	12	50	1.77
45970395--45970517	37	3.5	37	80	15	120	21	15	12	50	1.76
45971956--45972074	41	2.9	41	85	6	152	32	27	20	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45971970--45972074	41	2.5	41	90	4	158	32	26	19	21	1.97
45972976--45973029	20	2.6	21	88	5	83	44	0	3	51	1.19
45973099--45973137	19	2.1	19	85	9	53	53	7	5	33	1.51
45973233--45973274	13	3.2	14	80	16	54	69	0	30	0	0.89
45974106--45974147	15	2.9	14	82	10	57	35	0	11	52	1.38
45974529--45974589	21	2.8	22	82	9	81	16	24	26	32	1.96
45979302--45979353	23	2.2	24	86	3	70	48	0	5	46	1.26
45979544--45979582	19	2.1	19	85	9	53	53	7	5	33	1.51
45979678--45979712	13	2.8	13	86	4	54	68	0	31	0	0.90
45980564--45980605	15	2.8	15	80	20	52	35	0	14	50	1.43
45980986--45981046	21	2.8	21	75	5	59	14	19	27	37	1.91
45982082--45982109	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
45984407--45984590	40	4.6	40	75	12	164	25	26	22	26	2.00
45984409--45984591	79	2.3	80	79	7	194	25	26	22	26	2.00
45985216--45985391	56	3.1	56	99	0	343	22	22	9	45	1.80
45991195--45991379	40	4.7	40	78	11	193	25	26	22	25	2.00
45992001--45992228	56	4.1	56	94	0	402	22	20	9	46	1.79
45996479--45996661	79	2.3	81	82	7	214	25	27	22	25	2.00
45996477--45996661	40	4.7	40	81	9	209	25	27	22	24	2.00
46001775--46001818	23	1.9	23	85	0	61	25	27	6	40	1.80
46010982--46011204	40	5.6	39	85	3	241	26	27	20	24	1.99
46010982--46011204	120	1.9	119	81	6	272	26	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46028178--46028285	43	2.5	43	83	3	137	27	13	20	37	1.91
46033527--46033698	43	4.0	43	77	8	188	25	18	25	31	1.98
46037647--46037675	13	2.1	14	93	6	51	34	0	17	48	1.47
46048492--46048632	39	3.6	39	90	0	210	27	29	19	23	1.98
46048476--46048630	78	2.0	78	90	0	247	27	30	20	21	1.98
46051454--46051665	28	7.5	28	72	3	172	28	35	18	16	1.93
46051424--46051667	57	4.2	57	90	1	380	28	36	17	17	1.93
46051424--46051637	29	7.4	29	70	4	155	29	36	16	17	1.92
46053926--46054002	39	2.0	39	92	0	127	24	31	22	22	1.98
46056072--46056135	31	2.1	31	90	0	101	21	23	17	37	1.94
46056341--46056467	47	2.7	47	92	4	211	29	22	20	27	1.99
46056327--46056466	24	6.0	23	90	5	210	29	22	21	26	1.99
46056517--46056583	20	3.3	20	89	0	107	32	20	13	32	1.92
46061510--46061579	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
46064471--46064538	28	2.4	28	90	4	102	27	11	26	33	1.91
46067335--46067497	84	1.9	84	96	0	299	43	16	23	15	1.87
46068048--46068223	56	3.1	55	95	3	316	45	9	22	23	1.80
46069353--46069544	40	4.8	40	82	7	221	25	21	28	25	1.99
46069353--46069570	79	2.7	78	77	14	221	25	21	27	25	1.99
46075341--46075516	56	3.1	56	98	0	334	46	9	22	22	1.80
46076643--46076940	40	7.5	40	82	7	306	24	21	27	26	1.99
46076644--46076907	119	2.2	119	81	6	311	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46078278--46078521	40	6.2	40	82	4	262	23	20	27	28	1.99
46078320--46078521	80	2.5	80	93	0	334	24	20	27	27	1.99
46085194--46085363	84	2.0	84	95	0	304	41	15	25	17	1.89
46085605--46085816	40	5.3	40	88	3	259	24	20	26	28	1.99
46102550--46102670	24	5.0	24	90	7	183	28	22	20	28	1.99
46102541--46102670	49	2.6	48	86	9	183	27	22	19	30	1.98
46102719--46102805	20	4.3	20	86	0	129	33	19	12	34	1.90
46102719--46102774	11	5.5	11	73	16	57	33	19	10	35	1.87
46105042--46105075	17	1.9	17	88	5	50	41	23	0	35	1.55
46124280--46124380	50	2.0	50	96	0	184	25	21	34	17	1.96
46125905--46126051	39	3.8	39	91	0	231	22	25	21	29	1.99
46128670--46128754	37	2.3	37	89	0	125	28	20	24	27	1.99
46128734--46128914	48	3.8	48	86	0	254	24	19	25	29	1.98
46133450--46133490	12	3.3	12	86	3	55	80	4	2	12	0.97
46134443--46134491	19	2.6	19	83	0	53	20	4	8	67	1.34
46136050--46136126	33	2.3	33	80	12	79	11	11	3	72	1.24
46136049--46136099	21	2.5	21	78	15	61	9	11	3	74	1.19
46136987--46137030	23	2.0	22	86	4	61	79	2	9	9	1.02
46136995--46137040	14	3.2	14	84	6	65	82	0	6	10	0.83
46136995--46137040	15	3.1	15	81	3	58	82	0	6	10	0.83
46139600--46139701	37	2.8	37	95	0	177	26	30	18	24	1.98
46139820--46140471	47	13.6	47	93	2	1043	29	29	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46139820--46140471	96	6.8	96	93	3	1082	29	29	8	32	1.86
46142567--46142642	37	2.1	37	100	0	152	11	22	7	57	1.59
46144061--46144100	13	3.1	13	89	7	55	22	20	20	37	1.94
46155006--46155279	29	9.4	29	77	6	171	36	12	27	24	1.91
46155006--46155251	58	4.2	58	73	7	203	36	11	28	23	1.90
46155006--46155249	87	2.8	87	75	8	210	36	11	27	24	1.90
46155005--46155251	116	2.1	116	82	4	293	36	11	27	23	1.90
46155028--46155322	29	10.1	29	77	6	170	36	12	27	23	1.91
46168968--46169274	40	7.7	40	95	0	551	29	20	28	21	1.98
46177649--46177914	40	6.7	40	96	0	480	29	20	27	22	1.98
46190548--46190634	34	2.6	34	83	3	95	25	25	25	24	2.00
46199926--46199964	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
46200062--46200101	20	2.0	20	100	0	80	45	15	10	30	1.78
46200085--46200127	14	3.0	14	86	3	50	34	16	11	37	1.85
46217611--46217828	40	5.5	40	90	2	316	23	24	28	23	2.00
46236175--46236463	147	2.0	147	91	1	472	39	19	12	28	1.88
46240226--46240268	22	1.9	23	90	4	70	20	53	4	20	1.63
46245110--46245161	24	2.2	24	82	6	61	36	11	1	50	1.50
46248157--46248234	39	2.0	39	94	0	138	47	19	3	29	1.67
46267789--46267891	6	16.8	6	71	15	68	47	16	17	18	1.83
46267798--46267891	37	2.5	37	85	0	116	47	15	18	18	1.82
46267834--46267906	31	2.4	31	90	0	110	52	15	16	16	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46268051--46268152	27	3.8	26	89	3	132	37	21	23	17	1.94
46268311--46268375	22	3.0	22	77	8	69	33	23	21	21	1.97
46268819--46269016	27	7.3	27	87	0	261	24	21	20	33	1.97
46268826--46269019	81	2.4	81	89	1	291	25	21	19	32	1.97
46269019--46269185	27	6.2	26	86	5	199	29	9	19	40	1.84
46269004--46269185	81	2.3	81	84	8	230	29	9	20	40	1.85
46269035--46269202	27	6.2	26	82	6	138	29	8	20	41	1.83
46269004--46269212	81	2.6	81	82	8	223	30	9	20	40	1.84
46269206--46269412	27	7.7	27	87	0	281	39	7	23	29	1.81
46269205--46269412	81	2.6	81	91	0	328	39	7	23	29	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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