genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62153380--62153546	39	4.3	39	88	0	235	32	19	25	22	1.97
62153380--62153572	78	2.5	78	84	2	201	32	20	25	21	1.98
62154497--62154595	27	3.5	28	75	14	112	42	9	16	32	1.79
62154487--62154609	59	2.1	59	100	0	246	42	9	15	32	1.80
62154516--62154609	29	3.2	29	74	14	111	44	9	15	29	1.79
62159946--62160130	40	4.6	40	82	3	228	23	27	24	24	2.00
62167934--62168116	40	4.6	40	79	5	201	23	27	22	25	2.00
62167934--62168116	79	2.3	81	83	4	221	23	27	22	25	2.00
62173323--62173368	21	2.2	21	88	0	65	84	2	0	13	0.71
62173318--62173367	7	7.3	7	78	10	50	82	2	0	16	0.77
62186784--62186908	63	2.0	63	96	0	232	30	25	24	20	1.98
62188239--62188423	40	4.6	40	78	6	194	23	27	24	25	2.00
62188239--62188423	80	2.3	81	84	4	223	23	27	24	25	2.00
62200980--62201019	21	2.0	20	85	5	53	17	25	35	22	1.95
62209269--62209306	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
62211466--62211613	48	3.0	49	76	8	129	33	22	25	18	1.97
62211524--62211598	26	2.9	26	84	2	107	34	24	24	17	1.96
62211493--62211613	26	4.8	26	74	14	101	33	23	23	19	1.97
62215897--62216081	40	4.6	39	84	5	212	23	22	28	25	1.99
62215950--62216114	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
62223932--62224114	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
62223933--62224116	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62223985--62224149	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
62226819--62226887	36	1.9	36	100	0	138	63	5	5	24	1.39
62235778--62235817	18	2.2	19	90	4	64	65	10	0	25	1.24
62235777--62235826	19	2.6	19	84	9	66	66	12	0	22	1.24
62244512--62244578	23	3.0	23	80	12	77	34	0	7	58	1.26
62244610--62244684	30	2.5	30	81	10	82	34	2	6	56	1.40
62244768--62244804	19	1.9	19	94	0	65	32	13	2	51	1.55
62244877--62244913	9	4.1	9	85	0	56	37	0	2	59	1.12
62244879--62244915	18	2.1	18	94	0	65	35	0	2	62	1.10
62245101--62245145	24	1.9	23	86	13	65	37	4	6	51	1.49
62245168--62245226	21	2.6	22	78	7	66	32	8	0	59	1.28
62245315--62245370	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
62257148--62257379	74	3.1	75	85	5	308	33	16	18	31	1.93
62257302--62257521	90	2.4	90	82	4	273	31	14	17	35	1.90
62257449--62257483	14	2.5	14	90	0	52	25	11	5	57	1.56
62257484--62257623	71	2.0	71	84	5	185	30	15	21	32	1.94
62257148--62257851	335	2.1	326	82	7	818	30	15	18	34	1.92
62257783--62257818	14	2.7	13	83	8	54	30	13	8	47	1.73
62257551--62257851	83	3.5	86	80	6	331	29	15	18	35	1.93
62257551--62257874	88	3.7	88	78	7	322	28	16	19	35	1.93
62259662--62259753	23	4.2	21	75	20	75	34	2	6	56	1.37
62259662--62259753	21	4.2	23	75	17	74	34	2	6	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62259908--62259952	18	2.5	18	82	7	56	31	11	2	55	1.47
62260011--62260045	9	3.9	9	84	0	52	40	0	2	57	1.14
62260234--62260278	24	1.9	23	86	13	65	37	4	6	51	1.49
62260301--62260359	21	2.6	22	78	7	66	32	8	0	59	1.28
62260447--62260502	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
62262490--62262532	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
62267838--62267883	22	2.1	21	88	4	65	4	26	0	69	1.07
62267842--62267890	16	3.0	15	88	8	53	4	22	0	73	1.00
62267848--62267890	5	8.0	5	80	14	50	2	20	0	76	0.89
62267848--62267890	11	3.9	11	81	9	52	2	20	0	76	0.89
62271321--62271534	107	2.0	107	94	1	376	34	30	9	26	1.88
62276277--62276328	22	2.3	23	81	15	65	42	5	5	46	1.51
62280189--62280222	6	5.7	6	100	0	68	82	0	0	17	0.67
62291875--62291934	31	1.9	31	100	0	120	18	21	10	50	1.76
62293605--62293652	23	2.1	23	88	7	71	18	25	20	35	1.95
62293689--62293804	25	4.7	25	67	7	67	24	23	18	33	1.97
62297281--62297348	30	2.3	30	84	5	84	48	4	19	27	1.68
62299772--62299999	46	5.0	46	92	1	350	38	14	24	23	1.92
62304557--62304619	21	3.0	22	74	9	58	36	20	20	22	1.95
62305446--62305504	5	12.0	5	75	21	54	62	0	0	37	0.95
62305452--62305499	3	17.3	3	76	23	52	64	0	0	35	0.94
62306093--62306139	20	2.3	20	76	20	53	36	21	4	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62311127--62311163	17	2.1	18	85	14	51	54	0	10	35	1.36
62311449--62311710	3	89.0	3	68	11	89	59	5	7	27	1.48
62316767--62316807	19	2.1	20	86	4	57	34	0	14	51	1.43
62317160--62317555	50	7.9	50	75	6	334	26	18	25	29	1.98
62317162--62317350	101	1.9	101	86	2	272	25	18	25	30	1.98
62317160--62317552	151	2.6	151	92	1	637	26	18	25	29	1.98
62317313--62317494	101	1.8	101	88	0	283	25	18	26	29	1.98
62324293--62324517	40	5.6	40	82	4	247	25	23	26	24	2.00
62324293--62324553	80	3.3	80	81	4	278	26	22	26	24	2.00
62324293--62324553	120	2.2	120	80	7	291	26	22	26	24	2.00
62329162--62329313	40	3.8	40	87	2	198	25	27	21	25	1.99
62336862--62337072	40	5.3	39	88	4	246	28	27	20	23	1.99
62338388--62338526	16	7.7	17	76	18	104	3	8	2	84	0.83
62338391--62338436	1	46.0	1	82	0	56	0	4	4	91	0.51
62338469--62338526	1	58.0	1	92	0	98	3	0	0	96	0.22
62349569--62349760	40	4.8	40	91	1	190	27	27	21	23	1.99
62349540--62349759	80	2.8	80	80	4	230	28	26	21	23	1.99
62351128--62351167	21	1.9	21	84	0	53	17	20	7	55	1.66
62357319--62357510	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
62357290--62357509	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
62363928--62364152	40	5.6	40	82	4	265	25	24	26	24	2.00
62363928--62364188	80	3.3	80	80	5	278	26	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62363928--62364152	120	1.9	121	83	6	296	25	24	26	24	2.00
62368745--62368814	29	2.5	29	79	6	83	10	35	8	45	1.68
62371036--62371077	4	10.0	4	85	14	50	76	0	2	21	0.90
62376917--62376950	14	2.4	14	90	0	50	35	2	20	41	1.68
62378634--62378958	48	6.8	47	78	5	262	28	18	28	23	1.98
62378629--62378957	144	2.3	144	82	2	392	27	18	29	24	1.98
62380072--62380111	21	1.9	21	84	0	53	12	32	30	25	1.92
62380551--62380594	15	2.9	15	89	0	70	11	13	13	61	1.57
62383682--62383767	45	1.9	44	90	6	138	24	13	24	37	1.92
62390172--62390239	6	12.0	6	75	12	63	75	5	0	19	1.01
62390172--62390239	23	3.0	23	80	2	75	75	5	0	19	1.01
62391672--62391705	18	1.9	17	94	5	59	73	0	11	14	1.10
62391752--62391786	17	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
62394038--62394089	9	6.0	8	77	16	50	78	0	21	0	0.74
62394038--62394097	19	3.0	20	90	7	95	76	0	23	0	0.78
62396034--62396261	46	5.0	46	92	1	332	38	14	24	21	1.92
62396540--62396593	15	3.4	17	72	12	51	50	3	18	27	1.64
62401553--62401726	85	2.0	85	82	2	206	29	18	17	34	1.94
62405801--62405850	20	2.5	20	90	0	82	44	24	18	14	1.86
62406041--62406067	13	2.1	13	100	0	54	33	0	22	44	1.53
62413227--62413286	4	15.0	4	82	6	77	26	1	25	46	1.62
62414827--62414870	22	2.0	22	90	0	70	36	22	22	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62431533--62431660	43	3.0	42	77	7	132	32	25	15	26	1.95
62439380--62439407	10	2.8	10	100	0	56	57	10	0	32	1.33
62440694--62440762	35	2.0	35	97	0	129	43	11	13	31	1.79
62447873--62447920	20	2.3	22	85	7	64	37	2	0	60	1.09
62447875--62447932	20	3.0	20	78	16	59	41	1	0	56	1.09
62448497--62448543	17	2.8	16	84	12	58	51	2	0	46	1.13
62448517--62448562	20	2.3	20	81	7	58	45	0	2	52	1.13
62449660--62449715	30	1.9	28	89	7	85	25	35	0	39	1.56
62449770--62449828	31	1.9	31	89	3	93	23	30	1	44	1.64
62454711--62454768	19	2.7	21	78	19	66	50	0	1	48	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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